SNaPshot技术检测Y-SNP位点O3-M122单倍群的应用

目的采用SNaPshot技术检测案例检材O3-M122位点6个亚群的分型,并调查其在云南3个民族无关男性人群中的频率分布。方法建立5-plex Y-SNPs复合扩增体系,采用SNaPshot Multiplex试剂盒,检测案例检材O3-M122单倍群下O3*-M122、O3a*-M324、O3a3*-P201、O3a3b*-M7、O3a3c*-M134、O3a3c1*-M117共6个Y-SNPs分型,并对上述6个Y-SNPs在云南佤族、白族、傣族共174名无关男性个体中的分布进行调查。结果 17份案例检材均得到良好的分型结果。上述3个民族分别在3个、5个、5个位点上发现多态性,其中佤族O3a3*-P201分布频率最高(0.430 0);白族O3a*-M324频率最高(0.212 3);傣族O3a3c1*-M117频率最高(0.158 2)。结论多重PCR反应及SNaPshot技术的联合应用适用于法医案件检材DNA检测,3个民族多态性数据可为相关应用所参考。     

云南白族群体Y-STR及Y-SNP关联性探讨

目的探讨Y-STR与Y-SNP单倍群间的关联性及其法医学应用价值。方法用Y-filer的17个Y-STR基因座及6个Y-SNPs（M122、M95、M9、M130、M119和M45）对云南白族146名无关男性个体样本进行检测。结果①17个Y-STR基因座构成的单倍型在146名男性个体中共检出114种单倍型,其中93种仅出现于一名个体中。②6个Y-SNPs在白族中的频率为4.1%～47.3%,其中O3-M122频率最高,占47.3%。③综合两类遗传标记结果,出现于2名或2名以上个体的21种Y-STR单倍型中,有5种其Y-SNP不同;分别只有一个Y-STR基因座分型不同的29对单倍型中,有8对其Y-SNP分别不同。Y-SNP单倍群间部分Y-STR基因座等位基因频率分布存在一定差异。结论 Y-STR单倍型相同或相近的个体间其Y-SNP分型可不相同,结合两者进行检测分析对于男性嫌疑人家系排查具有重要意义。     

5个Y-STR基因座复合扩增及其单倍型

多个Y STR基因座复合扩增在国内外已得到应用[1、2 ] 。本文作者报道用银染法复合扩增DYS389II、DYS389I、DYS390、GATA A7 2和DYS393等 5个Y STR基因座 ,并对广东汉族 4 15名无关男性个体进行基因分型调查。1　材料和方法1 1　材料4 15份广东汉族无关男性个体血样来自本室日常检案标本 ,用Chelex 10 0法提取DNA。1 2　引物序列DYS389Ⅱ、DYS389Ⅰ、DYS390、GATA A7 2和DYS393等 5个基因座引物序列见文献 [3、 4 ],由上海生物工程有限公司合成。1 3　PCR扩增条件总体积 2 5 μl,内含dNTP 4 2 0 μmol/L ,MgCl23 0mm…     

EA-YPredictor:基于Y-STR数据的家系特异性单倍群归属判别分析软件

目的Y染色体为男性所特有,其遗传标记蕴含着丰富的生物地理信息,故可溯源家系,在嫌疑人排查和追踪中发挥作用。Y-STR突变率较高,而Y-SNP突变率极低,几乎不会发生回复突变,所以后代男性群体携带祖先特有的Y-SNP。本研究期望通过现在我国Y库建设中通用的17个Y-STR的单倍型数据预测Y-SNP单倍群细支。方法基于前期观察,选取千人基因组计划III期中的513例东亚人群(中国及周边区域)作为基础数据集,在Java平台和Microsoft Excel软件框架下,以遗传距离计算和Y染色体进化树构建手段相联合研发Y-STR数据的家系特异性单倍群归属判别分析软件:EA-YPredictor。结果本研究揭示了15个单倍群大支下的核心单倍型。通过随机选取70个公开数据库样本,EA-YPredictor软件预测准确性达到92.8%(95%置信区间:[84.1%,97.6%])。结论在Y-SNP复合扩增检测尚无定论的情况下,本软件可基于二代测序样本对Y-STR数据库样本进行单倍群细支的准确预测,能适用于辅助家系单倍群判断。随着测序技术的不断换代和优化,更多高通量的Y-STR和Y-SNP数据补充将会使本软件进一步优化。此外,本软件对于Y数据库中Y-SNP遗传标记的筛查建库有一定指向作用。     

12个Y-STR基因座单倍型及其应用

<正>Y染色体遗传标记以单倍型的形式存在于男性，呈父系遗传。在一些特殊的亲权纠纷案，如对有争议的父子、爷孙、叔侄等确定是否有亲缘关系的鉴定时有独特的作用。为此，本文作者研制了3组复合扩增     

河南汉族人群9个Y-STR基因座遗传多态性

本文对中国河南地区汉族102个健康无关个体进行9个Y-STR(DYS626、DYS504、DYS505、DYS576、DYS532、DYS594、DYS522、DYS540)基因座遗传多态性调查。采用苯酚-氯仿提取样本DNA,用2×Taq PCR MasterMix进行扩增及检测。结果在102个Y-STR基因座共检出101种单倍型,其中100种单倍型是唯一的,单倍型基因多样性为0.999 4。其分布符合Hardy-Weinberg平衡定律(P0.05)。所调查的河南汉族人群9个Y-STR基因座具有较好识别能力。     

昆明地区DYS570微变异与Y-SNP单倍群的关联性研究

目的探究DYS570基因座微变异与Y-SNP单倍群的关联性。方法利用AIYSNP42、AIYSNP47和Yfiler^TM Platinum试剂盒中89个Y-SNPs和34个Y-STRs对昆明地区116例在DYS570基因座发生微变异的群体进行研究,采用Set-B二代测序试剂盒检测DYS570基因座的核心重复序列,对获得的数据通过直接计数法进行统计分析,运用Network 10.2软件绘制网络图对样本遗传信息进行可视化分析。结果111例DYS570(18.3-21.3)样本的核心重复序列为TTT[TTTC]_18-21,属于O2a2b1a1a1a4-F14494亚群;1例DYS570/20.3样本的核心重复序列为[TTTC]₁₅TTC[TTTC]₅,属于O2a1b1a1a1a1e-F1365亚群;1例DYS570/17.1样本的核心重复序列为[TTTC]₁₇T,属于O2a1b1a1a1a-F11亚群;3例DYS570/19.2样本的核心重复序列为[TTTC]₃...     

甘肃临夏回族群体8个Y-STR基因座单倍型频率调查

<正>目前,由8个微卫星组成的Y-STR单倍型系列已经成为欧洲法医学领域推荐使用的核心单倍型,获得了广泛的使用,回族是我国人口数量仅次于汉族的少数民族,据2000年第五次人口普查的结果,甘肃回族1184930人,是拥有回族人口最多的省份,选择临夏回族为研究样本具有很好的代表性。我们运用国际法医学界推荐的"最小单倍型"共7个微卫星基因座(DYS19,DYS389I,DYS389II,DYS390,DYS391,DYS392,DYS393)和一个高多态性微卫星基因座DYS385,得出和评价了回族这8个Y-STR的单倍型数据,现报道如下。     

用Y-STR单倍型推断男性个体来源的分析

目的 利用17个Y-STR单倍型数据,推断分析浙江绍兴地区男性个体来源,为Y-STR数据库的建设与应用提供依据.方法 采集绍兴地区6县(市)区,104个镇(乡),1240个村的138个姓氏家族的7384份男性个体血样.采用YfilerTM复合扩增试剂盒进行17个Y-STR分型,所得数据进行县(市/区)/镇(乡/街道)/村/姓氏的组合和县(市/区)/镇(乡/街道)/村/姓氏/单倍型组合分布情况统计分析.结果 在7384份男性样本中,获得2 486种县(市/区)/镇(乡/街道)/村/姓氏组合,4957种县(市/区)/镇(乡/街道)/村/姓氏/单倍型组合,3149种Y-STR单倍型.其单倍型出现的次数从1至52次不等,其中仅出现1次的有2 471种(78.47％).对出现频率为17～ 52次的单倍型数据进行姓氏分析,发现平均有71.0％ (42.9％ ～87.5％)的人员来自同一姓氏,且在地域上多数为相邻镇或村的同姓人员.结论 利用Yfiler系统的17个Y-STR基因座单倍型数据,可以推断浙江绍兴地区男性个体的地域或姓氏来源.     

DYS527a/b、DYF387S1a/b基因座多带与Y-SNP单倍群的关联性初探

目的 探讨DYS527a/b与DYF387S1a/b基因座多带分型与Y-SNP单倍群的关联性。方法 用YFilerPlus?试剂盒检测昆明地区DYS527a/b基因座为多带的295例无关男性样本,获取DYS527a/b、DYF387S1a/b和DYS385a/b等3个多拷贝基因座和各单拷贝基因座的基因型及其频率分布;用42个Y-SNP位点构成的AIYSNP42试剂盒对上述样本进行Y-SNP单倍群检测,探讨DYS527a/b基因座多带及其构成单倍型与相关单倍群的关联性。结果 295例样本中DYS527a/b基因座97.29%为三带分型、2.71%的为四带分型;DYF387S1a/b基因座54.24%的分型为三带、4.75%的分型为四带;DYS448基因座则检测出13.22%的分型缺失。Y-SNP位点共检测出O-M175和C-M130等7种单倍群,其中O-M175(135例)、C-M130(133例),分别为占45.76%和45.08%,而R1-M173、N-M231、D1-M174、J-M304和F-M89单倍群低于13例频率介于4.41%～0.34%之间。不同单倍群下Y-STR分型频率...     

用Y-STR单倍型信息指导数据库采样分析

目的分析浙江省绍兴诸暨市（县级市）各镇、村和姓的Y-STR单倍型分布，为Y_STR数据库的采样与应用提供依据。方法采集诸暨市17个镇156村的55个姓氏，且各镇一村有同姓人员10人以上（含）的家族样本5903份男性个体血样。采用YfilerTM复合扩增试剂盒进行17个Y-STR分型，所得数据进行镇（乡／街道）／村／姓氏的组合和镇（乡／街道）／村／姓氏／单倍型组合分布情况统计分析。结果在5903份男性样本中，获得1987种Y-STR单倍型，它们分布于235种镇（乡／街道）／＋-t／姓氏组合，共构成2547种镇（乡／街道）／村／姓氏／单倍型组合。各单倍型对应的“镇／村／姓”组合次数出现从1到18次不等，其中有1686种单倍型对应1种镇一村一姓组合（84．9％），绝大部分的单倍型对应1～2种镇一村一姓组合（95．3％）。各镇／村中同姓人员出现的主流分型大部分为1～2种（90．7％）。在镇／村的同姓人员中出现次要分型的频率平均为18．22％。结论Y-STR数据库在诸暨的采样在家族调查的基础上，应针对次要分型较多的姓增加采样量，减少遗漏风险，获得高质量的YSTR数据库。     

DYS413基因座单倍型在山西汉族人群中的频率分布

1997年Malaspina[1] 报道的DYS4 13(YCAIII)STR基因座 ,在不同个体重复次数不同 ,具有个体差异性。随后Kayser等[2 ] 和Scozzari等[3] 对其在不同人群中的分布频率进行了调查 ,Kayser等[4 ] 还对其突变情况进行了研究 ,证实DYS4 13具有很好的遗传多态性和稳定性 ,是法医学和人类遗传学研究的理想遗传标记。国内郑秀芬[5] 也对DYS4 13的基本特性进行了报道。本文作者通过对 180例山西汉族无关个体DYS4 13基因座的分布频率进行调查 ,为其在法医学和人类遗传学方面的研究和应用提供了依据 ,现报道如下。1　材料和方法采集 180例山西…     

用PCR-DGGE技术检测人外周血mtDNA HVⅠ单倍型及异质性

目的建立简单、有效的m tDNA单倍型检测及异质性筛查技术,并获取其相应的汉族人群频率分布。方法用PCR-DGGE技术对200例武汉汉族无关个体外周血m tDNA HVⅠ15997~16174nt和16208~16401nt区域进行分型检测。结果200例汉族无关个体中,15997~16174nt和16208~16401nt区域分别检出20种和22种单倍型,其单倍型多样性(HD值)分别为0.8159和0.8844;m tDNA HVⅠ组合单倍型共90种,其HD值达0.9803。两区域分别有4名和2名个体观察到异质性,其发生率为3%。结论PCR-DGGE是一种简单、灵敏、高效的m tDNA多态性及异质性检测技术,可应用于法医学实践。     

安徽汉族人群11个Y-STR基因座遗传多态性

本文采用Promega公司PowerPlex(Y系统,对安徽地区255名汉族无关男性个体11个Y-STR基因座遗传多态性进行了调查,现报道如下。1材料与方法1.1样本255名安徽汉族无关男性个体的血样/口腔擦拭物等,来自合肥市红十字会中心血站和本实验室日常检案积累。1.2方法采用Chelex-100法[1]提取DNA,10μl扩增反应体系,在9700型扩增仪上进行扩增,扩增产物用AB I 3100型基因分析仪检测。1.3数据分析各基因座等位基因与单倍型检出频率采用直接计数法,等位基因多样性及单倍型多样性GD值按公式GD=n(1-∑Pi2)/(n-1)计算[2]。n为检测的样本数,Pi为第i个…     

珠海地区汉族人群10个Y-STR基因座的多态性

目的 调查珠海地区汉族人群10个Y-STR基因座及其单倍型的遗传多态性，探讨其法医学应用价值。方法 应用Y-PLEX荧光标记复合扩增系统，对珠海地区汉族200名无关男性个体进行10个Y-STR基因座的复合扩增，用ABI310型基因分析仪对扩增产物进行检测，统计10个Y-STR基因座的群体遗传学参数。结果 9个Y-STR基因座分别检出5、6、6、5、4、5、5、5、7个等位基因，DYS385基因座检出44种单倍型；GD值最低为0.3904(DYS391)，最高为0.9497(DYS385)；10个Y-STR基因座共同构成的单倍型161种，其中134种单倍型只出现1次，20种单倍型出现2次，3种单倍型出现3次，3种单倍型出现4次，1种单倍型出现5次，累计GD值为0.9948。结论 10个Y-STR基因座具有较高的个体识别能力，可应用于法庭科学中的个体识别与亲权鉴定。     

6个X-STR基因座的连锁不平衡和单倍型分析

X染色体遗传标记具有特殊的遗传特点,使其成为亲权鉴定重要的辅助遗传标记[1-2],尤其是在祖母-孙女等亲权关系的鉴定。部分紧密连锁的X染色体短串联重复序列（X,X-STR）呈连锁遗传;因此XSTR检验时,既要考虑基因座间的连锁关系,也要考虑不同等位基因间的连锁不平衡状态。本研究分析Xq21、26区6个X-STR基因座（DXS10101、HPRTB、DXS10103、DXS6799、DXS6789、DXS6801）的连锁不平衡状态及其单倍型分布,为法医学应用提供基础。     

基于二代测序平台的微单倍型位点的分型研究

目的 建立基于二代测序平台的微单倍型分型方案,调查其在中国南方汉族人群中的多态性,探讨其法医学应用价值.方法 以20个微单倍型位点为研究对象,利用多重PCR构建靶向扩增子文库,以二代测序为检测手段,采用生物信息学方法 构建个体微单倍型,最后进行多态性分析.结果 总体测序量为2.12G,覆盖所有片段,平均覆盖深度为335...     

内蒙古地区蒙古族群体10个Y-STR基因座遗传多态性

本文对内蒙古蒙古族群体10个Y-STR(DYS392、DYS438、DYS439、DYS456、DYS459、DYS460、DYS461、DYS462、DYS389Ⅰ和DYS389Ⅱ)基因座遗传多态性进行了调查,现报告如下.     

STR基因座单倍型的推断方法初探

本文参考Browning SR等提出的以SNP等位基因频率为基础,通过统计学模型推断SNP单倍型的方法,初步探讨亲权鉴定中STR基因座单倍型的推断方法。以两个处于连锁不平衡状态的X-STR基因座的女性分型结果为例进行说明。本方法为STR单倍型的推断提供了一个思路,有助于更科学准确地进行STR分型结果的解释。     

基于二代测序平台的261plex微单倍型检测体系的研究

目的 建立基于二代测序平台的261plex微单倍型检测体系,进行遗传学调查和法医物证检验,评价该体系的法医学应用价值。方法 以人类基因组GRCh38为参考序列,使用dbSNP数据库以千人基因组计划中东亚人群为目标人群,等位基因频率介于0.1～0.5之间筛选SNP位点,使用Ion AmpliSeq Designer设计引物。调查山东汉族200名无关个体的261plex遗传多态性,并对该体系进行性能评价。结果 本文建立的261plex微单倍型检测体系片段短、灵敏度高、稳定性好、特异性强、个体识别率高、混合及降解检材适用性好。结论 该检测体系在法医个体识别和亲权鉴定,特别是混合及降解检材检验方面有很高的应用价值。