兔出血症病毒与兔出血症病毒2型复合RT-PCR检测方法的初步研究

为建立用于兔出血症病毒(RHDV)与兔出血症病毒2型(RHDV2)鉴别诊断的检测方法。根据Gen Bank已公布的RHDV和RHDV2的VP60基因,设计合成6对特异性引物和10条搭桥引物,采用RT-PCR和搭桥PCR技术分别获取RHDV和RHDV2的VP60基因中保守区片段,构建重组质粒p MD-19T-RHDV2、p MD-19T-RHDV441和p MD-19T-RHDV294,并以其为模板,经过反应条件优化、敏感性试验、特异性试验以及人工感染RHDV样品和临床样品的应用,对RHDV与RHDV2的复合RT-PCR检测方法进行了初步研究。结果显示,建立的RHDV与RHDV2复合RT-PCR方法具有良好的特异性和敏感性,可分别扩增出RHDV和RHDV2的VP60保守区基因片段大小为294 bp和435 bp,RHDV与RHDV2的检测限度分别为160和230个拷贝的靶基因片段,而p GM-T-EBHSV(已构建)、兔巴氏杆菌、兔源大肠杆菌和沙门菌等病原的检测结果均为阴性。样品检测结果显示,人工感染样品的RHDV检出率为100%(5/5),30份临床检样RHDV和RHDV2检测结果均为阴性。     

小反刍兽疫病毒RT-PCR检测方法的建立

通过分析小反刍兽疫病毒(PPRV)不同毒株的N基因序列,根据N基因保守区序列设计了1对引物,根据肌动蛋白基因序列设计了另1对引物作为内参,建立了小反刍兽疫RT-PCR诊断方法,预期扩增片段分别为687bp和493bp。以PPRVNigeria75/1株RNA和山羊组织总RNA混合物为模板,在RT-PCR反应体系内同时加入绵羊肌动蛋白基因引物和PPRVN基因引物,结果可扩增出2条目的条带,序列测定结果证实,分别扩增出了目的基因。对RT-PCR反应条件进行了优化,在最佳反应条件下,该RT-PCR最低可检测到12TCID50/mL的病毒RNA。用该方法对人工感染PPRVNigeria75/1株山羊的血液样品进行检测,结果可扩增出目的基因片段。表明建立的RT-PCR方法具有较好的特异性、敏感性和准确性。     

日本脑炎病毒基因Ⅰ型与Ⅲ型复合RT-PCR鉴别方法的建立

为建立一种简单快捷的鉴别日本脑炎病毒(JEV)基因Ⅰ型与基因Ⅲ型的方法,根据基因Ⅰ型和基因Ⅲ型JEV的保守序列,分别设计合成了针对基因Ⅰ型和Ⅲ型JEV的RT-PCR引物P1、P3和P2、P3,以JEV SA14-14-2和CZ1株的核酸提取液为模板,通过对反应体系及条件的优化,建立了一种可快速鉴别JEV基因Ⅰ型与Ⅲ型的复合RT-PCR方法,并用建立的方法对27份临床样品进行了检测。结果显示,以设计合成的引物进行复合RT-PCR扩增,得到与基因Ⅰ型JEV预期相符的381bp的特异性条带,得到与基因Ⅲ型JEV预期相符的550bp的特异性条带,而对猪瘟病毒、猪细小病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒及猪伪狂犬病病毒核酸的扩增结果均为阴性。敏感性试验结果显示,该方法对基因Ⅰ型和基因Ⅲ型JEV的最小检出量分别为1.0pg/μL和10pg/μL。利用建立的复合RT-PCR方法对27份临床样品进行检测,结果5份为基因Ⅰ型,2份为Ⅲ型,与核苷酸序列分析结果一致。结果表明,建立的复合RT-PCR方法具有特异性强、敏感性高、快速简便等特点,可用于检测及鉴别基因Ⅰ型与基因Ⅲ型JEV。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒与猪流行性腹泻病毒双重RT-PCR检测方法的建立与应用

为快速简便地检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)与猪流行性腹泻病毒(PEDV),根据GenBank中已发布的基因序列,选择PRRSV的ORF7基因和PEDV的S基因,分别设计1对特异性引物,通过对反应体系中各成分的优化,建立了可同时检测PRRSV和PEDV的双重RT-PCR方法。本方法能从PRRSV和PEDV的混合基因组中分别扩增出300 bp和578 bp的特异性片段,且对猪传染性胃肠炎病毒、猪瘟病毒、乙型脑炎病毒、轮状病毒、大肠杆菌的扩增结果均为阴性;应用该方法对采自成都周边的79份临床样品进行检测,结果与单一RT-PCR的检测结果一致,具有良好的重复性;本方法检出的最小拷贝数为1.49×10~5copies/μL,敏感性也较好。本研究建立的双重RT-PCR方法具有较好实用性,可用于临床样品的检测。     

鹅细小病毒和鸭瘟病毒复合PCR检测方法的建立

根据GenBank中的鹅细小病毒(GPV)和鸭瘟病毒(DPV)基因序列,分别设计合成了针对GPVVP3和DPV UL6基因片段的2对引物,以GPV-GZ1株鹅胚尿囊液和DPV-SD株鸭胚尿囊液的核酸提取物混合液作为模板,经优化反应条件,成功建立了检测GPV和DPV 2种病毒的复合PCR方法.特异性试验结果显示,该方法对GPV-GZ2株与DPV-SC株病毒核酸的扩增均获得550 bp和376 bp的2条特异性目的片段,而对鹅副黏病毒、鸭肝炎病毒、鸭源沙门菌、鸭源巴氏杆菌和鸭疫里默氏杆菌的核酸扩增结果均为阴性;敏感性试验结果显示,该方法对GPV核酸的最小检出量为1.66 Pg,对DPV核酸为0.166 Pg;对人工感染雏鹅的肝组织进行PCR扩增,结果可检测到相应的特异性病毒核酸片段.表明,建立的复合PCR方法具有特异性强、敏感性高、快速简便等特点,可用于GPV或/和DPV临床感染病例的联合检测与鉴别诊断.     

牛病毒性腹泻病毒RT-PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank中登录的牛病毒性腹泻病毒(BVDV)5′UTR基因序列,设计合成了1对特异性引物,建立了检测BVDV218bp片段的RT-PCR方法。通过对该方法的特异性、敏感性和重复性进行试验,结果显示,该方法从BVDV标准毒株OregonC24V中扩增出了218bp的特异性片段,而对猪瘟病毒、蓝舌病病毒、牛传染性鼻气管炎病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病病毒、MDBK正常细胞的扩增结果均为阴性。经对标准毒株的细胞毒进行检测,其敏感度达10-1TCID50。不同人员用该方法进行检测,结果均一致,表明其重复性好。应用该方法对70份临床疑似发病猪样品进行检测,结果检出11份阳性,阳性检出率约为15.7%。在对5份细胞培养用犊牛血清的检测中,亦检出2份阳性。表明,建立的RT-PCR方法具有特异、灵敏、高效、快速的特点,可用于BVDV的临床检测及流行病学监测。     

H5和H7亚型禽流感病毒多重反转录聚合酶链反应快速检测及鉴别方法的建立

参考禽流感病毒(AIV)M基因和HA基因序列设计了3对引物,其中1对为针对不同HA亚型AIV的通用引物,另外2对为分别针对AIVH5和H7亚型的特异性引物。这些引物所扩增的cDNA片段大小分别为244、860和634bp。利用这3对引物,通过对多重RTPCR扩增条件的优化,成功建立了快速检测鉴别AIVH5、H7亚型的多重RTPCR技术。特异性和敏感性试验结果表明,该技术对AIVH5亚型同时扩增出2条大小分别为244bp和860bp的cDNA片段;对AIVH7亚型同时扩增出2条大小分别为244bp和634bp的cDNA片段;对AIVH5和H7亚型混合样品能同时扩增出3条大小分别为244、860和634bp的cDNA片段;对其他AIVHA亚型只扩增出1条244bp的cDNA片段;对其他常见禽病病原扩增均为阴性;该多重RTPCR对AIVRNA、AIVH5和AIVH7亚型RNA的最低检出量分别为10、100和100pg。     

绵羊肺腺瘤病毒套式RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank中的绵羊肺腺瘤病毒(JSRV)基因组序列,应用Oligo6.0软件设计合成了2对引物,外部引物的扩增片段大小为467bp,内部引物的扩增片段大小为214bp,建立了一种快速检测JSRV的套式RT-PCR检测方法。试验结果显示,该检测方法与同属的几种绵羊易感的病毒均无交叉反应,比普通RT-PCR方法敏感性高,具有重复性好、特异性强、敏感性高等优点,可以准确快速地检测出极低含量的JSRV病原,为绵羊肺腺瘤病的快速诊断、净化及深入研究奠定了基础。     

猪流行性腹泻病毒强毒株和疫苗株多重RT-PCR鉴别检测方法的建立及应用

为建立猪流行性腹泻病毒(PEDV)的快速鉴别检测方法,针对PEDV基因序列设计3对特异性引物。第1对引物扩增野毒株(经典株、变异株)和疫苗株ORF3基因198 bp和148 bp片段;第2对引物扩增经典株和疫苗株S基因429 bp片段;第3对引物扩增变异株S基因274 bp片段。经过反应条件的优化,建立了能够同时检测并区分PEDV经典株、变异株及疫苗株的多重RT-PCR检测方法。该方法可以特异地检测PEDV,而与猪的其他重要病原FMDV、CSFV、PRRSV、TGEV、PRo V、PCV2、PRV无交叉反应;对重组质粒标准品的检出下限为2.62×10~2copies/L;重复试验获得了均匀一致的结果。应用该方法检测336份临床病料,PEDV阳性的120份,其中变异株96份、疫苗株21份、变异株和疫苗株混合感染3份。结果表明,本研究所建立的多重RT-PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好,可用于PEDV经典株、变异株和疫苗株的快速鉴别检测和流行病学调查。     

多重RT-PCR快速检测鉴别新城疫病毒强毒株和弱毒疫苗株方法的建立

根据新城疫病毒(NDV)基因结构的特点及强、弱毒株融合基因裂解位点的序列差异设计了4条引物,建立了一种可以快速鉴别NDV强毒株和弱毒疫苗株的多重PCR方法。检测结果显示,强毒株可以扩增出442 bp的特异性片段和671 bp的通用片段,弱毒疫苗株可以扩增出252bp的特异性片段和671 bp的通用片段。该方法只需进行一次RT-PCR,整个过程可在数小时内完成。经敏感性测定,该方法最低能检测到100 pg的NDV RNA。     

产蛋下降综合征病毒PCR检测方法的建立

根据已报道的腺病毒DNA序列 ,设计合成了 1对核苷酸引物 ,引物间隔约 63 0bp。用该引物对EDS76病毒内蒙古分离株 (N3 ,N4 )和参考株 (AV 1 2 7)核酸进行聚合酶链式反应 (PCR)。结果 ,均扩增出了约 63 0bp的特异性DNA片段。所建立的PCR方法可检出 1 0 0pg的样品模板。结果表明 ,此PCR方法是检测EDS76病毒的一种简便快速、特异性强和灵敏度高的方法     

应用PCR检测羊接触传染性脓疱性皮炎病毒

设计合成了 1对引物 ,建立用于检测羊接触传染性脓疱性皮炎病毒的PCR方法。结果表明 ,PCR对羊接触传染性脓疱性皮炎病毒细胞培养毒的检测与细胞培养CPE、电镜检测的结果相一致。经对扩增产物进行序列分析 ,与已报道NZ 2株的核苷酸序列同源性高达 97%。用此PCR方法扩增羊痘病毒、口蹄疫病毒、蓝舌病病毒 ,结果均为阴性。此方法用于检测羊接触传染性脓疱性皮炎病毒是可行的、特异的     

利用PCR检测鸭瘟病毒

参照文献 ,设计和合成了 1对引物。用这对引物 ,以标准毒株DPVF3 4的DNA为模板 ,经PCR扩增出 1个特异的DNA片段。经序列测定 ,该DNA片段由 42 0bp组成。与文献报道的序列比较 ,该片段为鸭瘟病毒UL6基因DNA的一部分 ,与美国毒株LakeAndes(LA)的同源性达 99%。用该PCR方法扩增小鹅瘟病毒、细小病毒和禽巴氏杆菌 ,结果为阴性。以该PCR方法检测 6份送检病料 ,5份为阳性 ,检出率与病毒的分离一致。另外 ,该方法检测DPVDNA的敏感性达到了 1pg水平     

犬瘟热病毒RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank中登录的犬瘟热病毒(CDV)核衣壳蛋白基因序列,设计合成了1对特异性引物,以CDV疫苗株ONP为模板,通过对反应条件进行优化,建立了一种快速检测CDV的RT-PCR方法。结果显示,以该引物进行RT-PCR扩增,能得到与理论设计值大小一致的242bp的特异性条带;该方法最低可以检测出约20pg含量的CDV;对已知CDV阳性和阴性病料进行重复性和稳定性试验,结果均一致;用该方法检测犬细小病毒(CPV)、犬冠状病毒(CCV)、狂犬病病毒(RV)和同为副黏病毒科的新城疫病毒(NDV),均无交叉反应;对32份临床病料进行检测,并与免疫胶体金抗原检测试纸检测结果进行比较,符合率为93.75%。结果表明,此方法特异性强,敏感性高,重复性和稳定性均好,可用于犬瘟热病毒的临床诊断和试验研究。     

鱼类神经坏死病毒的分离及其部分衣壳蛋白基因的核苷酸序列分析

将海水鲈鱼和淡水鲟鱼的病鱼脑组织浸出液分别接种 SSN-1 细胞系,传 2~3 代后,收获细胞分离物;参考鱼类神经坏死病毒的全基因序列设计了 2 对引物,用套式 PCR检测细胞分离物均为阳性,并获得了2 个病毒衣壳蛋白部分基因片段,长度分别为 718 bp(鲈鱼)和 263 bp(鲟鱼)。核苷酸序列分析表明,这2株不同来源的病毒均属于 RGNNV基因型,说明不仅在海水养殖环境下而且在淡水鱼中也有鱼类神经坏死病毒存在。     

聚合酶链反应检测鉴别鸡毒霉形体强毒株和弱毒疫苗株的研究

根据鸡毒霉形体 (MG)强毒株和弱毒疫苗株基因组结构特点 ,分别设计合成 2对引物XZ1、XZ2 和XZ4 5、XZ4 6 ,建立了可检测MG强、弱毒株的PCR方法。以引物XZ1、XZ2 对MG强毒株和弱毒株进行的PCR ,均可扩增出 732bp的特异性片段 ;而以另 1对引物XZ4 5、XZ4 6 对MG弱毒株进行PCR ,可扩增出 5 2 4bp的特异性片段 ,但对鸡毒霉形体标准强毒株和野毒株的PCR ,则扩增不出任何条带。特异性试验表明 ,这 2对引物对其他种类鸡毒霉形体及其他对照禽病病原核酸模板的扩增均为阴性。敏感性试验结果显示 ,2对引物PCR均能检出 10 0fg的MGDNA。研究结果表明 ,通过上述 2对引物的 2次PCR扩增 ,在数小时内即可鉴别出MG毒株是强毒株还是弱毒疫苗株     

伪狂犬病病毒Ea株糖蛋白基因gL的克隆和序列分析

根据已发表的基因序列设计了 1对PCR引物 ,以伪狂犬病病毒Ea株 (pseudorabiesvirusEa ,PRVEa)基因组DNA为模板 ,扩增出一大小为 5 11bp的片段。通过酶切和测序证实 ,该基因为伪狂犬病病毒Ea株的又一糖蛋白基因 ,即gL基因。Blast软件分析表明 ,该基因与Kaplan株核苷酸序列的同源性为 94% ,氨基酸序列的同源性为 95 %。将测序结果输入GenBank ,获得登录号AF44 845 6。     

禽脑脊髓炎病毒 VP3基因的克隆与序列测定

根据已发表的禽脑脊髓炎病毒 (AEV)序列设计了 1对引物 ,利用RT PCR技术 ,从AEVVR株感染的SPF鸡胚脑以及内脏器官组织中成功扩增出了VP3基因 ,回收、纯化后克隆到T载体中 ,用常规方法转化JM1 0 9感受态细胞。阳性重组质粒经酶切及PCR鉴定后测定核酸序列。结果表明 ,VR株VP3基因全长 73 5bp ,共编码 2 4 5个氨基酸 ,与AEV 1 1 4 3标准毒株相应片段的核苷酸和氨基酸同源性分别为 93 .0 %和 97.0 % ;并将其与其他小RNA病毒进行了比较     

狂犬病的分子生物学诊断

从攻击咬伤人并致其死亡的犬脑组织中提取总RNA ,用特异性引物通过反转录聚合酶链反应 (RT PCR)获得了长度约为 14 2 3bp的核酸片段 ,与预期的片段大小相符 ;将扩增产物连接到pMD 18 T 载体中 ,转化大肠埃希氏菌JM 10 9,筛选氨苄青霉素抗性菌落 ,提取质粒 ,经酶切鉴定、PCR分析及测序 ,证明所克隆的 14 2 3bp片段含有完整的狂犬病病毒N基因 ,与国外参考毒株的序列相比同源性较高 ,从而做出正确的诊断。试验表明 ,用RT PCR技术检测狂犬病病毒灵敏度高、特异性强 ,适合于实验室应用