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相似文献
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1.
大熊猫等八种野生珍稀动物蛔虫ITS-2基因的序列分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
为了探讨寄生在大熊猫、小熊猫、黑猩猩、白眉长臂猿和4种熊科动物(北极熊、棕熊西藏亚种、狗熊四川亚种和棕熊东北亚种)体内蛔虫的分类地位,测定了核糖体第二内转录间隔区(ITS-2)基因序列,并对这些序列进行同源性分析和采用UPGMA法构建分子系统树。结果表明:寄生在大熊猫、小熊猫和4种熊科动物体内的蛔虫均为贝蛔属蛔虫;寄生在黑猩猩和白眉长臂猿体内的蛔虫为蛔属蛔虫。分析结果提示蛔虫与宿主之间存在协同进化关系。  相似文献   

2.
为分析中国大陆日本血吸虫不同地理虫株线粒体细胞色素b(cytochrome b,cytb)氧化酶基因的遗传多态性并重构中国大陆日本血吸虫的种系发育关系,以cytb基因作为研究对象对中国大陆11个流行地区日本血吸虫虫株进行了扩增、测序.用Clustal X 1.81程序对序列进行比对,然后用Paup 4.0程序的MP法和NJ法及PUZZLE 4.1程序的ML法重构中国大陆日本血吸虫的种系发育关系;同时利用DNAS-tar 5.0中的Megalign程序进行相似性、碱基组成、转换、颠换分析.结果显示,对11个流行区的日本血吸虫PCR扩增后获得419 bp cytb部分序列,检测到7个变异位点,变异率为1.67%.种系发育关系分析发现,依据cytb基因可有效地区分我国日本血吸虫山区和湖区两种流行类型,显示种内遗传变异特点,并可将日本血吸虫与分体科的其他吸虫鉴别开来.因此,日本血吸虫cytb基因适合作为日本血吸虫分离株种系发育的遗传标记,也可以作为一种鉴别基因用于分体科吸虫的PCR鉴别诊断.  相似文献   

3.
目前,大熊猫等野生动物的蛔虫病流行严重,据成都市动物园对其饲养的大熊猫蛔虫病流行情况所作两年调查,除半岁以下的幼小大熊猫外,蛔虫感染率高达100%。野外大熊猫蛔虫病也极其普遍,从野外病死大熊猫尸体解剖所见,蛔虫寄生普遍,个别高达2000条以上,严重影响大熊猫的发展。为防治本病流行,配合成都市动物园对野生动物寄生虫病的调查和药物驱虫实验工作,对大熊猫、小熊猫、狮、虎等野生动物蛔虫生化指标进行了观察。  相似文献   

4.
运用饱和蔗糖溶液漂浮法收集了26份雅安市碧峰峡野生动物园不同野生动物的粪便寄生虫卵囊,提取DNA,经巢式PCR扩增β-giardin和tpi基因,扩增产物经测序后进行同源性和系统发育分析。结果显示,环尾狐猴(YARTL01)和猕猴(YARM01)感染贾第虫,其中YARTL01分离株为一个新基因亚型,被命名为B11;YARM01分离株为蓝氏贾第虫B1亚型。YARTL01分离株的β-giardin基因序列与环尾狐猴分离株6LC(GenBank登录号HQ616629)的相似率为99.4%,tpi基因序列与猕猴分离株34538(GenBank登录号JX000563)的相似率为98.6%。种系发育分析显示,YARTL01在β-giardin基因位点与聚集体B处于同一分支,而在tpi基因位点,此分离株单独成一分支。YARM01的β-giardin基因序列和tpi基因序列分别与河狸分离株Be1(GenBank登录号EU014382)、猕猴分离株36395(GenBank登录号KC441076)的相似率达到100%;在进化树中,YARM01分离株在β-giardin基因位点与聚集体B处于同一分支,在tpi基因位点此分离株与聚集体B1处于同一个进化分支。本研究是首次报道四川省猴感染贾第虫,其中YARTL01分离株为一个新基因亚型。  相似文献   

5.
用MA-104细胞增殖大熊猫轮状病毒(RV),并提取总RNA,经RT-PCR扩增,获得NSP4基因,将其克隆到载体进行测序,应用生物信息学方法初步分析NSP4基因的结构及功能,并与不同动物的RV构建系统进化树。结果显示,获得了长750bp的大熊猫RVNSP4基因,此序列包含1个528bp的完整开放阅读框,编码175个氨基酸;预测大熊猫RVNSP4基因的理论分子质量为20223.7u,等电点为6.84,半衰期为30h,不稳定系数为30.40,总平均亲水性为-0.240,疏水性为-2.400~2.622;无信号肽序列;跨膜结构分析表明,NSP4有1个跨膜区,其N端位于病毒膜外区,C端位于病毒膜内区;抗原表位预测显示,NSP4有6个抗原决定簇;结构预测显示,其可能包含2个N-糖基化作用位点、6个蛋白激酶C磷酸化作用位点、3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化作用位点和1个酪氨酸激酶磷酸化作用位点;系统进化树分析显示,大熊猫RV NSP4基因与猪RV NSP4基因的进化距离最近。  相似文献   

6.
为研究大熊猫源轮状病毒(RV)CH-1株外衣壳蛋白VP1基因的结构及功能,采用MA-104细胞增殖大熊猫源RV,提取总RNA,运用RT-PCR扩增VP1基因,将阳性克隆进行测序,用生物信息学软件预测其功能,并构建系统进化树。结果显示,成功获得了长3 287bp的GPRV VP1蛋白基因(GenBank登录号:HQ641297);经生物信息学分析,此序列包含有一个3 267bp的完整开放阅读框,编码1 089个氨基酸;无信号肽;无跨膜区,其整个蛋白都位于病毒膜外区;抗原表位预测显示VP1蛋白有41个抗原表位;系统进化树分析显示大熊猫轮状病毒CH-1株VP1基因与猪A组轮状病毒VP1基因的进化距离最近。本研究成功获得了大熊猫源RV VP1基因,为今后研究此基因的生物学功能奠定了基础。  相似文献   

7.
为探讨多头带绦虫的种群遗传多样性,应用PCR方法扩增20株分离自四川省攀枝花市、雅安市、成都市的山羊脑部和肌间的多头蚴的线粒体nad1基因和nad4基因的部分序列,并进行分析。序列分析结果显示,20株多头蚴的pnad1基因和pnad4基因序列分别有2个和8个变异位点,长度分别为753bp和801bp,变异率分别为0~0.3%和0~0.8%,检测出3个和6个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.574±0.055和0.742±0.074,核苷酸多样性分别为0.000 82±0.000 53和0.002 88±0.001,平均遗传距离分别为0.002和0.003。构建的种系发育树显示,四川分离株与已知多头带绦虫位于同一分支,且与分布的地理区域、寄生部位没有直接的相关性。结果表明,四川多头带绦虫的遗传多样性水平低,其中nad1基因的遗传多样性水平低于nad4基因的遗传多样性。  相似文献   

8.
为了研究湖南省华支睾吸虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅰ基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列构建华支睾吸虫与其他吸虫的种群遗传进化树。应用聚合酶链反应扩增华支睾吸虫虫株的pcox1和pnad1,应用ClustalX 1.81程序对序列进行比对,然后用Phylip3.67程序中的MP法和MEGA4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树。结果显示,所获得的pcox1和pnad1序列长度分别为1 100bp和790bp,种系发育进化表分析表明,25个华支睾吸虫分离株位于同一分枝。证实华支睾吸虫pcox1和pnad1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记,从而为华支睾吸虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定基础。  相似文献   

9.
为了解贵阳动物园圈养野生动物隐孢子虫的感染流行情况,以骆驼、黑熊、斑马、袋鼠、猕猴、长臂猿、大象等野生动物的新鲜粪便为样品(n=84),采用饱和蔗糖溶液漂浮法收集隐孢子虫的卵囊并提取D N A,以18S r R NA为目标基因靶点设计特异性引物,并采用巢式PCR扩增目的基因,后经10 g/L琼脂糖凝胶电泳,对检测结果为阳性的PCR产物进行序列分析并建立系统发育树。结果表明,共有13份隐孢子虫阳性样品,其中骆驼7份,感染率为70.00%,感染虫种为安氏隐孢子虫;斑马1份,感染率为10.00%,感染虫种为安氏隐孢子虫;长臂猿5份,感染率为23.81%,感染虫种为微小隐孢子虫、人隐孢子虫及小鼠隐孢子虫。本次调查发现该园野生动物隐孢子虫具有较高的总体感染率(15.50%)和鉴定出4种人兽共患隐孢子虫虫种,具有较重要的公共卫生意义。本研究首次报道了我国斑马感染隐孢子虫。  相似文献   

10.
利用MA-104细胞培养增殖大熊猫轮状病毒CH-1株,提取总RNA,运用RT-PCR扩增外衣壳蛋白VP4基因,将其与pMD19-T simple vector连接并转化DH5α,经PCR扩增和测序分析进行鉴定,用生物信息学软件预测其功能,并构建系统进化树。结果显示,成功获得大熊猫轮状病毒VP4蛋白基因,长2 362bp,包含一个2 331bp的开放阅读框,编码776个氨基酸,测序结果在GenBank中的登录号为HQ641296。生物信息学分析表明,VP4蛋白基因编码产物分子质量为86 768.8u,理论等电点为5.56,半衰期为30h(体外哺乳类网状细胞),不稳定系数为28.64,脂肪指数为82.53,总平均亲水性为-0.265,最大疏水性为2.244,最小疏水性为-2.911;无信号肽序列;跨膜结构分析显示VP4蛋白无跨膜区,位于病毒膜外区;在VP4序列中的抗原决定簇主要位于VP4的N-末端和C-末端。预测其可能包含8个N-糖基化作用位点,15个蛋白激酶C磷酸化作用位点、15个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化作用位点、12个N-豆蔻酰化位点。系统进化分析显示,大熊猫轮状病毒的VP4基因与猪轮状病毒的VP4基因的进化距离最...  相似文献   

11.
为分析8株Ⅰa型和10株Ⅱ型牛源无乳链球菌的sip基因特征和遗传进化关系,采用PCR方法扩增目的基因并克隆入pGEM-T Easy载体后测序,进行了同源性分析和构建了遗传进化树。结果显示,18株菌株的sip基因全长均为1 305bp,无基因缺失。8株Ⅰa型菌株之间的sip基因核苷酸同源性和推导的氨基酸同源性分别为99.8%~100%和99.5%~100%;而10株Ⅱ型菌株之间的sip基因核苷酸同源性和推导的氨基酸同源性均为100%。18株菌株与其他不同来源、不同血清型参考菌株相应序列的核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为97.8%~100%和96.8%~99.8%。sip基因的遗传进化树分析显示18株菌株处于2个不同的大分支上,其中Ⅱ型菌株处于同一分支上,与中国菌株Mf32和美国菌株GB01068、GB01089的亲缘关系最近,而Ⅰa型菌株处于另一个分支上,与中国菌株Ly2和美国菌株GB00549的亲缘关系最近。说明8株Ⅰa型菌株和10株Ⅱ型菌株分别来源于不同的菌株,但它们的sip基因同源性很高,而且与参考菌株的sip基因相比,目前仍属于保守基因。  相似文献   

12.
为了研究狂犬病病毒aG株的进化情况,分析狂犬病病毒的遗传变异和基因功能,采用BHK-21细胞培养繁殖狂犬病病毒aG株,运用RT-PCR扩增G基因,将其与pMD18-T simple vector连接后转化JM109感受态细胞,经PCR扩增和测序分析进行鉴定,用生物信息学软件预测其功能,并构建系统进化树。结果显示,狂犬病病毒G蛋白基因全长1 575bp,包含1个阅读框(ORF),编码524个氨基酸。生物信息学分析表明,G蛋白的分子质量为58 377.22u,理论等电点为7.080,半衰期为30h(体外哺乳类网状细胞),不稳定系数为42.99,脂肪指数为88.45,总平均亲水性为-0.106,最大疏水性为3.489,最小疏水性为-2.600,信号肽序列为1~19位氨基酸残基,跨膜区结构分析显示该蛋白为跨膜蛋白,预测可能包含有4个N-糖基化作用位点,2处基于cAMP和cGMP的蛋白激酶磷酸化位点,13处蛋白激酶C磷酸化位点,12处酪蛋白Ⅱ磷酸化位点;1处酪氨酸激酶磷酸化位点;9处N豆蒄酰化位点;1个酰胺化位点。系统进化分析表明,aG株G蛋白与DRV株进化距离最近。  相似文献   

13.
新城疫病毒F48E9株M NP F和HN基因的真核表达   总被引:7,自引:4,他引:3  
将新城疫病毒(NDV)F48E9株的M、NP、F和HN基因克隆到真核细胞表达载体 pCAGG上,经酶切、PCR鉴定和序列分析,分别筛选出了含有M、NP、F和HN基因的重组质粒, 命名为pCAGG-M、pCAGG-NP、pCAGG-F和pCAGG-HN。纯化后的重组质粒通过脂质体单独转染HeLa细胞,经间接免疫荧光试验检测到了M、NP、F和HN蛋白的表达。pCAGG-M、 pCAGG-NP、pCAGG-F和pCAGG-HN重组质粒组合共转染HeLa细胞48 h后,可以观察到明显的细胞融合现象。试验结果表明,NDV F48E9株的M、NP、F和HN蛋白均在HeLa细胞内得到了成功表达,同时证明在该表达系统中F蛋白不足以诱导细胞融合。  相似文献   

14.
为掌握广西猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行毒株的遗传变异情况,本研究对2017-2019年从广西各地采集的腹泻样品,应用RT-PCR方法进行检测,并随机选取部分PEDV阳性样品进行S、M、N基因的扩增、测序和分析。结果显示,共获得PEDV S基因序列23株、M基因和N基因序列各25株。同源性分析显示,广西流行毒株间核苷酸和氨基酸序列同源性在S基因为90.6%~100%和89.6%~100%,在M基因为97.0%~100%和96.9%~100%,在N基因为95.9%~100%和95.9%~100%。序列比对显示,广西流行毒株S1基因的氨基酸序列存在缺失、突变和插入现象,且各毒株之间存在差异。基于S、M、N基因绘制遗传进化树,获得相似的拓扑结构图,广西流行毒株主要分布在S基因的GⅠb、GⅡa亚群,M基因的GⅡa、GⅡb亚群,N基因的GⅢ亚群。遗传进化速率测算显示,广西流行毒株及国内外参考毒株S、M、N基因的平均进化速率分别为7.39×10-4、1.43×10-4和2.96×10-4substitutions/site/year,S基因的变异速度最快。表明PEDV广西流行毒株存在遗传多样性,应加强病原监测和流行病学调查,为有效防控PED提供基础数据。  相似文献   

15.
从湖南湘潭某发病猪场分离到1株病毒,该病毒可使Marc-145细胞产生CPE,应用猪生殖与呼吸综合征病毒检测试剂盒从感染细胞培养物中检测到猪生殖与呼吸综合征病毒,并将该分离毒株命名为HN/XT/07。采用RT-PCR方法扩增该分离毒株的Nsp2基因,并进行序列测定,发现在2932~3031 bp之间不连续缺失了87个核苷酸。序列比对结果显示,该分离毒Nsp2基因与PRRSV经典毒株Ch-1a的核苷酸同源性为85.5%,氨基酸同源性为80.1%;与2006~2007年流行的PRRSV高致病性变异毒株NX和SD的核苷酸同源性为95.3%~96.4%,氨基酸同源性为90.9%~95.6%。  相似文献   

16.
为了研究动物溶组织内阿米巴基因工程疫苗,以川西猕猴溶组织内阿米巴分离株中提取的总基因组DNA为模板,扩增了hgl基因抗原区LC3段,将其重组于原核表达载体pET-32b(+)中,构建了pET-32b(+)-hglLC3表达载体,转化至大肠杆菌BL21中,经IPTG诱导表达融合蛋白,获得了1200bp的hgl基因LC3编码区片段;SDS-PAGE分析结果显示,重组表达质粒产生了大小为66ku的目的条带,与预期的结果一致;Western-blot分析结果显示,重组蛋白与兔超免疫血清呈阳性反应,表明,该抗原可作为动物溶组织内阿米巴疫苗的候选抗原。  相似文献   

17.
对分离自江苏省某发病蛋鸡群中1株病毒(Ck/Jiangsu/DS10/2008,DS10)进行了生物学特性鉴定。同时利用RT-PCR扩增该病毒的S基因、M基因和E基因并进行测序,与GenBank中其他参考株构建进化树,进行比对分析,研究其遗传进化关系。另将S基因、M基因和E基因克隆至杆状病毒表达系统pFastBac 1载体并转染Sf9细胞进行表达,用间接免疫荧光鉴定其表达,用琼扩试验验证表达产物的反应性。经生物学特性鉴定,DS10病毒为嗜肾型传染性支气管炎病毒(IBV)。遗传进化分析表明,各基因之间的遗传进化关系无明显相关性。间接免疫荧光检测表明,S蛋白、M蛋白和E蛋白在Sf9细胞中得到表达。琼扩试验证实,S基因和M基因的表达产物具有良好的反应性,而E蛋白未发现与阳性血清反应所产生的特异沉淀线,表明所表达的S蛋白和M蛋白具有良好的生物学活性,E蛋白可能因其自身分子质量小,在病毒中的含量较少相关。研究结果提示,现有传染性支气管炎疫苗对流行株保护效果不佳,表达的S蛋白、M  相似文献   

18.
河北省猪圆环病毒2型ORF2基因的克隆与序列分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
根据GenBank中猪圆环病毒2型(PCV2)ORF2基因的核苷酸序列,设计了1对特异性引物。采用此引物从PCV2疑似病料的3个样品中扩增出了ORF2片段。将扩增片段克隆入pMD18-T载体中,筛选获得了含有相应片段的阳性重组质粒pMDHB-ORF2。对质粒中的插入片段测序后,应用DNAStar序列分析软件,对所测PCV2序列与GenBank中的国内外PCV毒株进行了同源性比较。结果,3个样品间ORF2基因的核苷酸同源性为100%;它们与浙江分离株之间核苷酸序列的同源性极高,达99.5%。  相似文献   

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