应用高通量测序技术对蜱携带RNA病毒的检测研究

利用高通量测序技术,对来源于不同边境地区的蜱类进行宏基因组测序,对所携带的病原基因序列进行鉴定和分类。不经事先筛选,直接对含有未知病原体的蜱类样本提取核酸并进行高通量测序,对测序得到的数据采用与病原体数据库比对的方法进行潜在病原体筛查。结果显示,在4组样本中,有3组样本发现一种或一种以上的可疑病毒,且在2个样本中检测到致病性的发热伴血小板减少综合征病毒(SFTS病毒)及白蛉病毒。结果表明,高通量测序技术可以初步描绘蜱类所携带病毒的多样性,为口岸虫媒携带病原体快速筛查提供依据。     

H1N1和H3N2亚型流感病毒基因芯片检测方法的建立

为建立同时能鉴别甲型H1N1和猪流感病毒常见亚型的新型基因芯片检测方法,根据GenBank中已发表的甲型流感病毒MP的基因序列和甲型H1N1(2009)和猪流感病毒H1N1、H3N2亚型的基因序列,设计、筛选并合成7对特异性引物和1对通用引物;根据扩增的靶序列,设计并合成14条特异性探针和3条质控探针,制备了甲型H1N1(2009)流感病毒和猪流感病毒H1N1、H3N2亚型基因芯片;并进行了特异性试验、敏感性试验和田间样品的检测。结果显示,该芯片检测方法与猪细小病毒(PPV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)等猪常见病毒无交叉反应;对猪H1N1、猪H3N2和甲型H1N1(2009)流感病毒而言,最低可检测到105、104和105稀释的病毒株。结果证实,该方法特异性强、敏感性高,是一种高通量的甲型H1N1和猪流感常见亚型筛查方法。