| 大熊猫轮状病毒CH-1株外衣壳蛋白VP4基因的克隆与生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 雷燕,颜其贵,张志和,王成东,陈世界,王旭,左兰,程喻,任玉鹏,郭玲.大熊猫轮状病毒CH-1株外衣壳蛋白VP4基因的克隆与生物信息学分析[J].中国兽医科学,2011(6). |
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| 作者姓名： | 雷燕 颜其贵 张志和 王成东 陈世界 王旭 左兰 程喻 任玉鹏 郭玲 |
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| 作者单位： | 四川农业大学动物医学院;动物疫病与人类健康四川省重点实验室;成都大熊猫繁育研究基地;四川出入境检验检疫局; |
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| 基金项目： | 教育部“长江学者和创新团队发展计划”创新团队项目(IRT0848); 成都大熊猫繁育研究基金会科研项目; 四川省科技厅科技支撑计划项目(2010SZ0050); 科技部公益性行业科研专项(2009424188) |
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| 摘 要： | 利用MA-104细胞培养增殖大熊猫轮状病毒CH-1株,提取总RNA,运用RT-PCR扩增外衣壳蛋白VP4基因,将其与pMD19-T simple vector连接并转化DH5α,经PCR扩增和测序分析进行鉴定,用生物信息学软件预测其功能,并构建系统进化树。结果显示,成功获得大熊猫轮状病毒VP4蛋白基因,长2 362bp,包含一个2 331bp的开放阅读框,编码776个氨基酸,测序结果在GenBank中的登录号为HQ641296。生物信息学分析表明,VP4蛋白基因编码产物分子质量为86 768.8u,理论等电点为5.56,半衰期为30h(体外哺乳类网状细胞),不稳定系数为28.64,脂肪指数为82.53,总平均亲水性为-0.265,最大疏水性为2.244,最小疏水性为-2.911;无信号肽序列;跨膜结构分析显示VP4蛋白无跨膜区,位于病毒膜外区;在VP4序列中的抗原决定簇主要位于VP4的N-末端和C-末端。预测其可能包含8个N-糖基化作用位点,15个蛋白激酶C磷酸化作用位点、15个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化作用位点、12个N-豆蔻酰化位点。系统进化分析显示,大熊猫轮状病毒的VP4基因与猪轮状病毒的VP4基因的进化距离最...
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| 关 键 词： | 大熊猫 轮状病毒 VP4基因 克隆 生物信息学分析 |
Cloning and bioinformatics analysis of outer capsid protein VP4 gene of rotavirus strain CH-1 in giant panda |
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| LEI Yan,YAN Qi-gui,ZHANG Zhi-he,WANG Cheng-dong,CHEN Shi-jie,WANG Xu,ZUO Lan,CHENG Yu,REN Yu-peng,GUO Ling.Cloning and bioinformatics analysis of outer capsid protein VP4 gene of rotavirus strain CH-1 in giant panda[J].Veterinary Science in China,2011(6). |
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| Authors: | LEI Yan YAN Qi-gui ZHANG Zhi-he WANG Cheng-dong CHEN Shi-jie WANG Xu ZUO Lan CHENG Yu REN Yu-peng GUO Ling |
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| Institution: | LEI Yan1,YAN Qi-gui1,2,ZHANG Zhi-he3,WANG Cheng-dong3,CHEN Shi-jie4,WANG Xu1,ZUO Lan1,CHENG Yu1,REN Yu-peng1,GUO Ling1(1.College of Veterinary Medicine,Sichuan Agricultural University,Ya'an 625014,China,2.Key Laboratory of Animal Diseases and Human Health of Sichuan Province,3.Chengdu Research Base of Giant Panda Breeding,Chengdu 610081,4.Sichuan Enter-Exit Inspection and Quarantine Bureau,Chengdu 610041,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | giant panda rotavirus VP4 gene cloning bioinformatics analysis |
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