| 布鲁氏菌全基因组DNA芯片研制及比较基因组杂交方法的建立 |
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| 引用本文： | 钟志军,徐杰,于爽,王玉飞,周冬生,汪舟佳,杜昕颖,白耀霞,陈燕芬,付思美,王同坤,黄克和,陈泽良,彭广能.布鲁氏菌全基因组DNA芯片研制及比较基因组杂交方法的建立[J].中国兽医科学,2011(12). |
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| 作者姓名： | 钟志军 徐杰 于爽 王玉飞 周冬生 汪舟佳 杜昕颖 白耀霞 陈燕芬 付思美 王同坤 黄克和 陈泽良 彭广能 |
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| 作者单位： | 四川农业大学动物医学院动物疫病与人类健康四川省重点实验室;军事医学科学院疾病预防控制所;军事医学科学院微生物流行病研究所;南京农业大学动物医学院; |
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| 基金项目： | 国家重点基础研究发展计划(973)项目(2009CB522602); 国家自然科学基金项目(31000548); 教育部“长江学者和创新团队发展规划”创新团队项目(IRT0848); 四川农业大学双支计划项目(00270713) |
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| 摘 要： | 为利用布鲁氏菌强毒株马耳他布鲁氏菌(B.melitensis)16M和流产布鲁氏菌(B.abortus)9-941全基因组序列,构建布鲁氏菌全基因组DNA芯片,并将其应用于比较基因组学分析,从基因库下载马耳他布鲁氏菌16M和流产布鲁氏菌9-941中的3 218个基因设计引物,经过条件优化和重新设计引物等方法进行大规模PCR扩增,成功扩增3 212条基因。产物纯化后点制醛基修饰玻片,每个基因2个点,加上阳性和阴性对照,芯片上合计6 912个探针。囊括了布鲁氏菌3 212条基因和阳性、阴性对照点。采用Cy3/Cy5双色荧光杂交技术,分别以马耳他布鲁氏菌16M和流产布鲁氏菌9-941作为参照和待测样本进行荧光双色杂交分析,成功建立了布鲁氏菌比较基因组杂交分析方法。若干质控杂交结果表明,建立的全基因组DNA芯片杂交结果与全基因组测序结果完全一致。证明成功建立了基于全基因组DNA芯片的布鲁氏菌比较基因组学技术平台。
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| 关 键 词： | 布鲁氏菌 DNA芯片 比较基因组学 |
Whole genome DNA microarray construction and comparative genomic analysis of Brucella |
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| Institution: | ZHONG Zhi-jun1,2,XU Jie2,YU Shuang2,WANG Yu-fei2,ZHOU Dong-sheng3,WANG Zhou-jia2,DU Xin-ying2,BAI Yao-xia2,CHEN Yan-fen2,FU Si-mei2,WANG Tong-kun2,HUANG Ke-he4,CHEN Ze-liang2,PENG Guang-neng1 (1.Key Laboratory of Animal Disease and Human Health of Sichuan Province/College of Veterinary Medicine,Sichuan Agricultural University,Ya'an 625014,China,2.Institute of Disease Control and Prevention,Academy of Military Medical Science,Beijing 100071,3.Institute of Microbiology and Epidemiology,Academy of Mil... |
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| Abstract: | To develop whole genome DNA microarray based on the genomic of Brucella,a total of 3 218 genes of Br.abortus 16M and Brucella9-941 were downloaded from GenBank for primers design.After several rounds of condition optimization and redesign of primers,PCR products of 3 212 genes were finally obtained,purified and printed onto glass slides to construct a microarray.The microarray includes a total of 6 912 probes,including double spots for each gene,and positive and negative control.Using Cy3/Cy5 double stainin... |
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| Keywords: | Brucella whole genome DNA microarray comparative genomics |
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