| 大熊猫轮状病毒CH-1株NSP4基因的克隆与生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 刘菲,雷燕,颜其贵,张志和,王成东,郭万柱,陈斌,王旭,左兰,程渝.大熊猫轮状病毒CH-1株NSP4基因的克隆与生物信息学分析[J].中国兽医科学,2010,40(8). |
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| 作者姓名： | 刘菲 雷燕 颜其贵 张志和 王成东 郭万柱 陈斌 王旭 左兰 程渝 |
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| 作者单位： | 刘菲,颜其贵(四川农业大学,动物医学院,四川,雅安,625014;动物疫病与人类健康四川省重点实验室,四川,雅安,625014);雷燕,郭万柱,王旭,左兰,程渝(四川农业大学,动物医学院,四川,雅安,625014);张志和,王成东(成都大熊猫繁育研究基地,四川,成都,610081);陈斌(四川省动物疾病预防控制中心,四川,成都,610041) |
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| 基金项目： | 教育部"长江学者和创新团队发展计划"创新团队项目，成都大熊猫繁育研究基金会项目，四川省科技厅科技支撑计划项目 |
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| 摘 要： | 用MA-104细胞增殖大熊猫轮状病毒(RV),并提取总RNA,经RT-PCR扩增,获得NSP4基因,将其克隆到载体进行测序,应用生物信息学方法初步分析NSP4基因的结构及功能,并与不同动物的RV构建系统进化树。结果显示,获得了长750bp的大熊猫RVNSP4基因,此序列包含1个528bp的完整开放阅读框,编码175个氨基酸;预测大熊猫RVNSP4基因的理论分子质量为20223.7u,等电点为6.84,半衰期为30h,不稳定系数为30.40,总平均亲水性为-0.240,疏水性为-2.400～2.622;无信号肽序列;跨膜结构分析表明,NSP4有1个跨膜区,其N端位于病毒膜外区,C端位于病毒膜内区;抗原表位预测显示,NSP4有6个抗原决定簇;结构预测显示,其可能包含2个N-糖基化作用位点、6个蛋白激酶C磷酸化作用位点、3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化作用位点和1个酪氨酸激酶磷酸化作用位点;系统进化树分析显示,大熊猫RV NSP4基因与猪RV NSP4基因的进化距离最近。
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| 关 键 词： | 大熊猫 轮状病毒 NSP4基因 生物信息学分析 |
Cloning and bioinformatics analysis of non-structural protein gene 4 of giant panda rotavirus CH-1 strain |
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| LIU Fei,LEI Yan,YAN Qi-gui,ZHANG Zhi-he,WANG Cheng-dong,GUO Wan-zhu,CHEN Bin,WANG Xu,ZUO Lan,CHENG Yu.Cloning and bioinformatics analysis of non-structural protein gene 4 of giant panda rotavirus CH-1 strain[J].Veterinary Science in China,2010,40(8). |
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| Authors: | LIU Fei LEI Yan YAN Qi-gui ZHANG Zhi-he WANG Cheng-dong GUO Wan-zhu CHEN Bin WANG Xu ZUO Lan CHENG Yu |
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| Institution: | LIU Fei1,2,LEI Yan1,YAN Qi-gui1,ZHANG Zhi-he3,WANG Cheng-dong3,GUO Wan-zhu1,CHEN Bin4,WANG Xu1,ZUO Lan1,CHENG Yu1(1.College of Veterinary Medicine,Sichuan Agricultural University,Ya'an 625014,China,2.Key Laboratory of Animal Disease and Human Health of Sichuan Province,3.Chengdu Research Base of Giant Panda Breeding,Chengdu 610081,4.Provincial Center of Epizootic Prevention & Control of Sichuan Province,Chengdu 610041,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | giant panda rotavirus NSP4 gene bioinformatics analysis |
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