猪源牛病毒性腹泻病毒SD0803株3′非编码区的克隆及结构分析 |
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引用本文: | 邓宇,袁世山,童武,单同领,文心田,童光志,郑浩.猪源牛病毒性腹泻病毒SD0803株3′非编码区的克隆及结构分析[J].中国兽医科学,2013(9):958-962. |
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作者姓名: | 邓宇 袁世山 童武 单同领 文心田 童光志 郑浩 |
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作者单位: | 中国农业科学院上海兽医研究所;西昌学院动物科学学院;四川农业大学动物医学院 |
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基金项目: | 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目(2010JB15) |
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摘 要: | 为了研究猪源牛病毒性腹泻病毒(BVDV)SD0803株3′非编码区(3′-UTR)的结构及其在病毒复制与转录中的作用,采用病毒RNA 3′末端加Poly(A)尾的方法与3′RACE技术对SD0803株3′末端序列进行了扩增、克隆与测序,并应用Clustal W、CLC RNA Workbench 4软件对3′-UTR一级与二级结构进行分析。结果表明,SD0803株3′-UTR由186nt组成,与ZM-95、NADL、SD-1株核苷酸同源性分别为85.4%、53.8%、57.5%;SD0803与其他BVDV株一样,其一级结构均存在1个高变区与1个相对保守区;在高变区缺失约40nt;在RNA 3′末端二级结构方面,SD0803株与ZM-95株均具有3个茎-环结构,而与具有4个茎-环结构的牛源BVDV差异较大。
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关 键 词: | 牛病毒性腹泻病毒 3′非编码区 3′RACE 结构分析 |
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