鸭瘟病毒gC基因的克隆及其分子特性分析

对已构建的鸭瘟病毒(DPV)DNA文库重组质粒测序后,运用ORF Finder、BLASTN等工具进行全面生物信息学分析,根据分析结果设计引物,以DPV DNA为模板进行PCR扩增和T克隆,获得完整基因,经测序和探针核酸斑点杂交进行验证。结果证实,获得的完整ORF片段(ORF1296)为DPV的gC基因(GenBank登录号EU076811),全长1 296 bp,与已报道的其他疱疹病毒gC基因具有较高的同源性,它编码432个氨基酸,蛋白分子质量为45 ku、等电点(PI)为5.292,具有疱疹病毒典型I型膜蛋白结构特征。gC基因进化树分析表明,DPV与α-疱疹病毒亚科的鸟源疱疹病毒亲缘关系最近,编码的gC蛋白多为柔性区域,富含无规卷曲,含少量α-螺旋和β-折叠,氨基酸序列的第21～24、50～58、67～70、161～171、273～281、387～393位最有可能为抗原表位。此结果为进一步开展DPV gC基因及其编码蛋白的深入研究提供了有用数据。     

鸭瘟病毒UL24基因的分子特征分析

根据本实验室获得的鸭瘟病毒的一段基因序列设计引物,利用PCR扩增UL24基因并克隆到pMD18-T载体,阳性重组质粒进行酶切鉴定、测序验证与生物信息学分析.结果显示,获得的UL24基因全长1 230 bp,编码409个氨基酸;与其他26株疱疹病毒科中α-疱疹病毒亚科的UL24基因的相似性较β和γ亚科高,其中与α亚科禽疱疹病毒属中的GaHV-3相似性最大(34.7%);遗传进化树显示,该基因编码的蛋白与火鸡疱疹病毒的UL24蛋白的亲缘性最近.该蛋白是一种保守但不舍信号肽的外膜蛋白,具有5个潜在的N-糖基化位点和19个磷酸化位点;编码的氨基酸Ala,Apn,Glu,Phe,Leu,Arg,Thr,Val具有一定的偏嗜性.二级结构分析显示,α螺旋和无规卷曲含量高,均达46.94%,而β折叠仅占6.11%;同源建模比对,未发现与之匹配的三级结构;预测的抗原表位主要位于肽链第36～48、241～323、344～379位区段.     

鸭瘟病毒UL26.5基因的克隆和编码蛋白的亚细胞定位

对鸭瘟病毒(DPV)UL26.5基因(GenBank登录号EF643564)的分子特征分析表明,其具有疱疹病毒支架蛋白的典型特征,含有6个保守的结构功能域和1个丝氨酸蛋白酶水解位点(M位点),且具有与其功能相关的磷酸化位点;编码的多肽链是一种膜外蛋白.DPV UL26.5与α-亚科禽类疱疹病毒属的进化关系最近.将UL26.5基因扩增产物亚克隆至pET-32a(+)原核表达载体,并转化至E. coli BL21(DE3)中,经IPTG诱导表达,获得一约59 ku的表达蛋白,与预期大小一致.将重组蛋白纯化后,制备兔抗血清,经间接ELISA检测,效价达1:204 800.DPV UL26.5基因编码蛋白亚细胞定位检测结果显示,最早可在感染后10 h的细胞核中检测到该蛋白,12 h后细胞核中出现较多绿色荧光,48 h时细胞质中也出现少量荧光.试验结果为进一步开展DPV UL26.5基因功能的研究提供了重要数据和材料.     

鸭瘟病毒的纯化及电镜负染形态观察

先做切向超滤浓缩,再采用蔗糖垫底超速离心和蔗糖密度梯度超速离心的方法对鸭胚成纤维细胞培养物中的鸭瘟病毒进行纯化,并对纯化的病毒粒子用电镜进行了观察.结果显示,用切向超滤法将病毒培养物浓缩为原体积的1/5后,再采用300g/L蔗糖垫底超速离心和300～600 g/kg蔗糖密度梯度离心的方法进行纯化,可获得大量的纯化病毒粒子.电镜负染观察结果表明,病毒粒子呈圆形,多数直径为150 nm左右,只有1个核衣壳,少数病毒粒子直径可达300 nm,有2个或多个核衣壳.     

鸭瘟病毒gB基因B细胞和T细胞表位的预测及其主要抗原域基因的原核表达

应用生物信息学工具对本实验室鉴定的鸭瘟病毒(DPV)CHv毒株gB基因(GenBank登录号:EF608147)编码蛋白进行了B、T细胞表位预测,对其主要抗原域基因进行了PCR扩增,构建了原核表达载体pET-28a-gBM,并在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达.结果表明,重组菌可表达分子质量约46 ku的重组融合蛋白,表达蛋白以包涵体形式存在,约占菌体总蛋白的30%.Western-blot分析显示,表达蛋白能够被兔抗DPV多克隆血清特异识别,证实该氨基酸片段具有较强的免疫原性.     

鸭瘟病毒gD基因胞外区的原核表达及ELISA检测方法的建立与应用

为研究分离鉴定的鸭瘟病毒gD基因(GenBank登录号:EU195085)及其编码蛋白的应用,采用PCR方法从鸭瘟病毒CHv毒株DNA中获取编码gD胞外区基因729bp片段,构建重组表达载体pET32a-gD,转化受体菌E.coli BL21(DE3),IPTG诱导表达重组gD蛋白。结果显示,该重组蛋白分子质量约为31ku,为gD胞外区与载体6个组氨酸的融合表达产物,与gD胞外区预期大小一致(27.5ku);经离心收集菌体,超声裂解后,SDS-PAGE分析结果显示,gD蛋白主要以包涵体形式表达;将包涵体溶解后进行Ni-NTA亲和层析可较好地纯化重组蛋白。Western-blot检测显示,gD蛋白能与兔抗鸭瘟病毒血清特异结合,具有较好的免疫反应性。利用该蛋白建立了ELISA检测方法,优化了该方法的各个反应条件,并进行了初步应用,为该方法的临床应用奠定了基础。     

鸭肝炎病毒Ⅰ型VP3基因的克隆及原核表达

参照鸭肝炎病毒Ⅰ型(DHV-Ⅰ)的基因组序列设计并合成了1对引物.通过RT-PCR方法扩增获得了DHV-Ⅰ病毒161/79/Ⅴ结构蛋白VP3基因,并将VP3基因片段插入pGEX-6p-1表达载体,转化E.coli Rosetta-gami(DE3)pLysS.SDS-PAGE分析表明,经用0.1 mmol/L IPTG于16℃诱导表达后,菌体裂解产物有特异的、分子质量约52 ku的目的蛋白条带.Western-blotting检测表明,表达产物与DHV-Ⅰ阳性血清发生特异性反应,具有良好的反应原性.     

鸭传染性腔上囊病毒VP2基因的克隆与序列分析

应用RT PCR法对分离于当地典型发病鸭群的鸭传染性腔上囊病毒 (IBDV )YL997株进行了VP2基因的克隆与序列分析 ,并和相关毒株进行了比较。结果表明 ,YL997株与STC株的核苷酸和氨基酸同源性只有 92 .5 %和 91.8% ,与超强毒株UK6 6 1的核苷酸和氨基酸同源性均为97.6 % ,而与当地鸡群中分离的超强毒株HN94 2的核苷酸和氨基酸同源性则高达 98.1%和98.4 % ,该毒株的VP2基因序列完全具备了超强毒株的主要特征。     

猪伪狂犬病病毒gC基因的克隆及其部分生物学特性的分析

采用PCR方法扩增出12株伪狂犬病病毒(PRV)的gC基因全序列,并测序,使用生物学软件对这12株PRV gC基因序列和GenBank上登录的6条gC基因序列进行了生物信息学分析和预测.结果显示,PRV gC基因开放阅读框的核苷酸长度为1437～1464 bp,编码478～487个氨基酸.在遗传进化关系上,四川省流行的PRV毒株与日本、欧洲、美洲分离株的亲缘关系较近,而与我国其他地区的分离株亲缘关系较远.这些毒株的蛋白疏水性、抗原表位和高级结构等具有相似性,但也存在一些变化和差异.表明,PRV gC基因具有较高的保守性,但可能存在抗原漂移现象.     

鸭瘟病毒的PCR鉴定及相关序列分析

设计、合成了 2对鸭瘟病毒引物 ,对云南省发现的 1例鸭瘟可疑病例 (YN DPV0 1)进行PCR鉴定 ,并对其扩增产物进行测序。结果显示 ,引物对被检测病料的扩增正确 ;所扩增的片段经序列测定与参考毒株 p4 81的同源性为 99.5 %。     

鸡传染性喉气管炎病毒TK基因的克隆与鉴定

根据鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)TK基因的核苷酸序列,设计并合成了1对引物,利用该对引物扩增出了长1800bp的TK基因核苷酸片段.将该基因克隆入PGEM-T载体后,对其进行酶切分析和序列测定.结果表明,扩增片段与发表的ILTV的TK基因核苷酸序列一致.以ILTV、正常绒毛尿囊膜组织、鸡传染性支气管炎病毒(IBV)、鸡新城疫病毒(NDV)感染鸡胚的尿囊膜DNA为模板进行PCR反应,结果该PCR反应体系对ILTV是特异的.敏感性试验表明,该PCR系统能检出50 pg的ILTV感染尿囊膜的DNA.     

利用PCR检测鸭瘟病毒

参照文献 ,设计和合成了 1对引物。用这对引物 ,以标准毒株DPVF3 4的DNA为模板 ,经PCR扩增出 1个特异的DNA片段。经序列测定 ,该DNA片段由 42 0bp组成。与文献报道的序列比较 ,该片段为鸭瘟病毒UL6基因DNA的一部分 ,与美国毒株LakeAndes(LA)的同源性达 99%。用该PCR方法扩增小鹅瘟病毒、细小病毒和禽巴氏杆菌 ,结果为阴性。以该PCR方法检测 6份送检病料 ,5份为阳性 ,检出率与病毒的分离一致。另外 ,该方法检测DPVDNA的敏感性达到了 1pg水平     

鸭瘟病毒UL51基因在COS-7细胞中的瞬时表达

为阐明鸭瘟病毒(DPV)UL51基因的特性和功能,根据DPV UL51基因序列设计了1对特异性引物,用PCR方法扩增UL51基因,并将其克隆至pMD18-T栽体上,经双酶切和测序鉴定后,再将该目的片段亚克隆到pcDNA3.1(+)真核表达载体上,得到重组质粒pcDNA3.1-UL51,通过脂质体介导将其转入COS-7细胞;应用实时荧光RT-PCR、Western-blotting和间接免疫荧光法检测UL51基因在COS-7细胞中的转录、表达和定位情况.结果表明,UL51基因在转染后6 h即已开始转录,12 h开始表达,24 h时转录和表达量均达最高峰,之后逐渐降低.该基因在COS-7细胞中表达蛋白的分子质量为33 ku.比预测的分子质量(约27.1 ku)大.间接免疫荧光法显示,该基因产物早期聚集于COS-7细胞的近核区域,晚期位于胞浆和胞核中.     

鸭瘟病毒基因组核酸的制备

用鸭瘟病毒国内标准株DPV34F2接种 10～ 12日龄的非免疫鸭胚 ,37℃培养 5d后 ,收获清亮尿囊液 ,采用高速离心结合切向超滤的方法浓缩纯化含毒尿囊液。然后通过改进的酚∶氯仿抽提法提取其中的病毒基因组核酸 ,用 4对特异引物对抽提物进行PCR鉴定。结果表明 ,应用上述方法可以获得较完整的鸭瘟病毒基因组核酸     

PCR检测鸭瘟病毒的研究

根据鸭瘟病毒DNA聚合酶基因序列 ,设计、合成了 1对引物 ,以 1株鸭瘟病毒疫苗株DNA为模板 ,进行PCR扩增 ,扩增出预期 5 6 3bp的目的DNA片段。将扩增出的DNA片段克隆到pMD18 T载体 ,经Amp/IPTG/X gal平板筛选 ,HindⅢ、XbaⅠ双酶切鉴定 ,获得阳性重组质粒。对重组质粒进行序列测定 ,与参考序列比较 ,二者同源性为 99.3%。小鹅瘟病毒、鸭肝炎病毒、鹅副黏病毒PCR扩增均为阴性。用此方法检测人工感染和自然感染鸭瘟的组织 (脑、肝、脾 ) ,均能检测到鸭瘟病毒DNA。PCR检测鸭瘟病毒具有高度的特异性、敏感性 ,能够用于鸭瘟急性及亚临床感染的检测与诊断