Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒RT-PCR检测方法的建立

根据获得的Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒(DHVⅠ)RNA聚合酶基因序列,应用Primer Premier 5.0软件设计了1对引物,建立了检测DHVⅠ的RT-PCR方法。该法能从DHVⅠ中扩增到440 bp的条带,而对正常鸭胚尿囊液、健康鸭肝、鸭瘟病毒、番鸭细小病毒、鹅细小病毒、雏鹅新型病毒性肠炎病毒、禽流感病毒(H5N2亚型)、鸭病毒性肿头出血症病毒、鸭源多杀性巴氏杆菌(5∶A)的扩增结果均为阴性。该法最低可以检测到30 pg的DHVⅠ核酸模板。RT-PCR对DHVⅠ强毒CHV-1株人工感染发病死亡鸭肝的检测结果与病毒分离和Dot-ELISA检测结果的阳性检出率均为100%,对脾、肺、脑病料的检出率显著(P≤0.01)高于病毒分离和Dot-ELISA。RT-PCR、病毒分离和Dot-ELISA对1987~2005年采集且保存于-20℃的经病毒分离已确诊为鸭肝炎的临床送检肝病料的检出率分别为100%(19/19)、36.84%(7/19)和57.98%(11/19),对2000~2005年采集且于-20℃保存的来源于中国18个省份发病鸭群的48份肝病料的检出率分别为100%(48/48)、56.25%(27/48)和75.00%(36/48)。结果表明,建立的RT-PCR方法具有良好的特异性和敏感性,可用于DHVⅠ的分离鉴定、临床病料的检测和分子流行病学调查。     

Ⅰ型鸭肝炎病毒间接免疫酶染色检测方法的建立

以蔗糖密度梯度离心提纯的Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)免疫兔制备兔抗DHV-Ⅰ抗体,建立了检测石蜡组织切片中DHV-Ⅰ抗原的间接免疫酶染色(indirect immunoperoxidase staining,IIS)方法,并对DHV-Ⅰ强毒人工感染死亡或濒死雏鸭的各个组织器官进行了检测。结果表明,IIS与DHV-Ⅰ感染死亡或濒死雏鸭的肝等呈现阳性反应,与鸭瘟病毒、鸭疫里默氏杆菌、大肠杆菌、沙门菌、多杀性巴氏杆菌感染发病和死亡雏鸭的肝以及健康雏鸭的肝呈现阴性反应。感染DHV-Ⅰ死亡或濒死雏鸭的肝、脾、肾、心、胸腺、腔上囊、胰腺、十二指肠、盲肠、空肠、回肠、直肠的免疫组织化学检测呈阳性或强阳性,DHV-Ⅰ抗原主要分布于感染细胞的细胞质。该IIS法具有良好的特异性,可用于DHV-Ⅰ在感染雏鸭组织细胞中的亚细胞定位、DHV-Ⅰ感染雏鸭的实验室诊断、甲醛固定组织的回顾性诊断。     

大熊猫轮状病毒RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank中登录的大熊猫轮状病毒(RV)VP7基因序列,设计了1对特异性引物,建立了快速检测大熊猫RV的RT-PCR方法.用该方法对MA-104细胞增殖的大熊猫RV进行RT-PCR扩增,结果得到与试验设计相符的342 bp的特异性扩增条带,而对传染性胃肠炎病毒、大肠杆菌和沙门氏菌的扩增结果为阴性.测序比对结果证实该体系检测结果准确;该方法最低可检测出约1 pg的病毒核酸;重复性试验结果显示,其检测重复性好,提示该RT-PCR方法可用于大熊猫RV的临床快速检测.     

小反刍兽疫病毒RT-PCR检测方法的建立

通过分析小反刍兽疫病毒(PPRV)不同毒株的N基因序列,根据N基因保守区序列设计了1对引物,根据肌动蛋白基因序列设计了另1对引物作为内参,建立了小反刍兽疫RT-PCR诊断方法,预期扩增片段分别为687bp和493bp。以PPRVNigeria75/1株RNA和山羊组织总RNA混合物为模板,在RT-PCR反应体系内同时加入绵羊肌动蛋白基因引物和PPRVN基因引物,结果可扩增出2条目的条带,序列测定结果证实,分别扩增出了目的基因。对RT-PCR反应条件进行了优化,在最佳反应条件下,该RT-PCR最低可检测到12TCID50/mL的病毒RNA。用该方法对人工感染PPRVNigeria75/1株山羊的血液样品进行检测,结果可扩增出目的基因片段。表明建立的RT-PCR方法具有较好的特异性、敏感性和准确性。     

牛病毒性腹泻病毒RT-PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank中登录的牛病毒性腹泻病毒(BVDV)5′UTR基因序列,设计合成了1对特异性引物,建立了检测BVDV218bp片段的RT-PCR方法。通过对该方法的特异性、敏感性和重复性进行试验,结果显示,该方法从BVDV标准毒株OregonC24V中扩增出了218bp的特异性片段,而对猪瘟病毒、蓝舌病病毒、牛传染性鼻气管炎病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病病毒、MDBK正常细胞的扩增结果均为阴性。经对标准毒株的细胞毒进行检测,其敏感度达10-1TCID50。不同人员用该方法进行检测,结果均一致,表明其重复性好。应用该方法对70份临床疑似发病猪样品进行检测,结果检出11份阳性,阳性检出率约为15.7%。在对5份细胞培养用犊牛血清的检测中,亦检出2份阳性。表明,建立的RT-PCR方法具有特异、灵敏、高效、快速的特点,可用于BVDV的临床检测及流行病学监测。     

应用反转录-聚合酶链反应检测鸽Ⅰ型副粘病毒的研究

根据鸡新城疫病毒(NDV)和鸽Ⅰ型副粘病毒F基因的保守序列,设计合成1对引物XZ9、XZ10,用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)对3株鸽Ⅰ型副粘病毒和6种其它禽病原体进行检测.结果,该引物对3株鸽Ⅰ型副粘病毒均扩增出与预期大小相符的RT-PCR产物,而对鸡传染性支气管炎病毒、禽呼肠孤病毒、鸡传染性喉气管炎病毒、大肠埃希氏菌、禽腺病毒、禽巴氏杆菌扩增结果均为阴性;RT-PCR最低能检出1pg的鸽Ⅰ型副粘病毒的核酸模板.     

绵羊肺腺瘤病毒套式RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank中的绵羊肺腺瘤病毒(JSRV)基因组序列,应用Oligo6.0软件设计合成了2对引物,外部引物的扩增片段大小为467bp,内部引物的扩增片段大小为214bp,建立了一种快速检测JSRV的套式RT-PCR检测方法。试验结果显示,该检测方法与同属的几种绵羊易感的病毒均无交叉反应,比普通RT-PCR方法敏感性高,具有重复性好、特异性强、敏感性高等优点,可以准确快速地检测出极低含量的JSRV病原,为绵羊肺腺瘤病的快速诊断、净化及深入研究奠定了基础。     

Ⅰ型鸭肝炎病毒逆转录套式PCR检测方法的建立

根据GenBank中登录的Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)A66株的RNA聚合酶基因序列,设计合成了2对引物,建立了适合DHV-Ⅰ快速检测的逆转录套式PCR方法(RT-nested-PCR),采用该方法对DHV-ⅠA66弱毒株和R85952强毒株进行了检测.结果显示,均能扩增到304 bp的条带,而正常鸭胚、健康鸭肝组织、鸭瘟病毒、鹅细小病毒、禽流感病毒(H9亚型)、新城疫病毒、传染性腔上囊病病毒、减蛋综合征病毒、鸭源大肠杆菌、鸭疫里氏杆菌和鸭源多杀性巴氏杆菌的扩增结果均为阴性.该方法第1次扩增的敏感性是100 Pg,第2次扩增的敏感性是1 fg,第2次比第1次扩增的敏感性高106倍.表明,所建立的逆转录套式PCR方法可用于鸭病毒性肝炎(DVH)的临床诊断、病料检测和分子流行病学调查等.     

猪脑心肌炎病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

为了建立猪脑心肌炎病毒(EMCV)的检测方法,根据GenBank中EMCV 3D基因的保守序列设计并合成1对引物和1条TaqMan探针,经过反应条件的优化,建立了该病毒的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法。该方法线性关系好,以重组质粒标准品构建的标准曲线的相关系数达到0.998;敏感性高,检测下限为10copies/μL,比普通PCR敏感100倍;特异性强,只有EMCV呈阳性,而与猪口蹄疫病毒、猪瘟病毒、猪生殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病病毒、猪细小病毒、BHK-21正常细胞均无交叉反应;重复性好,组内与组间的变异系数均小于1.5%。应用所建立的检测方法,对猪源EMCV GXLC株人工感染小鼠的脑、心、脾中的病毒载量进行了检测,同时对临床采集的153份可疑病料进行了检测。结果表明,本研究建立的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可以用于EMCV的检测及定量分析。     

DHV-Ⅰ和DEV双重荧光定量PCR方法的建立

为建立快速特异的能够鉴别诊断DHV-Ⅰ和DEV的荧光定量PCR方法,根据NCBI中Ⅰ型鸭肝炎病毒和鸭肠炎病毒的保守序列,采用Beacon Designer 7.5软件,设计了2对特异性引物和2条用不同荧光基团标记的TaqMan探针.接着,对反应条件进行优化,验证其特异性及敏感性.结果,该方法特异性好,对鹅细小病毒、番鸭...     

贵州省猪戊型肝炎的分子流行病学调查

采集贵州省戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)抗体阳性的6个猪场新鲜猪粪便样品216份,提取RNA,通过RT-nPCR扩增HEV ORF2基因,对阳性PCR产物进行克隆和测序,采用MEGA5.05软件进行序列比对,构建系统发生树,并经流行病学分析,调查了贵州省猪群的HEV感染情况及基因型。结果显示,HEV主要感染1月龄以上的未成年猪群;粪样采集的6个猪场均不同程度(5.88%～56.52%)地检出HEV RNA阳性,总体阳性率为22.69%(49/216),场群阳性率为100%(6/6);不同类型猪场(养殖户型和养殖场型)HEV RNA阳性率(分别为41.10%和13.29%)差异具有统计学意义(P<0.01),养殖户之间及养殖场之间的阳性率差异无统计学意义(P>0.05),但随着饲养时间的延长,这2种类型猪场的粪便HEV RNA检出率呈上升趋势;测序36个PCR阳性分离株(占73.5%),序列一致性为91.1%～100%,与HEV禽型及Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ型的一致性分别为52.4%～55.4%、75.2%～77.9%、73.6%～75.9%、72.7%～79.1%、83.2%～95.6%,系...     

应用PCR检测成年鸭体内鸭瘟强毒的分布

鸭瘟病毒 (DPV)强毒经人工接种和同居感染 10 0日龄鸭后 ,应用聚合酶链反应 (PCR)检测病毒在鸭体内各组织器官的动态分布。试验结果表明 ,DPV强毒经肌肉注射进入鸭体后 6h可在肝、脾、血液和粪便中检测到DPVDNA ;DPV强毒经肌肉注射到鸭体后各受检样品被检测到DPVDNA的先后顺序为 :肝、脾、血液和直肠粪便 (6h)→肺、脑和腿肌 (12h)→肾和胸肌 (2 4h) ;同居鸭于混群后 4 8h在肝、肺、血液和直肠粪便中检出DPVDNA ;DPV强毒经同居感染鸭后各受检样品检测到DPVDNA的先后顺序为 :肝、肺、血液和直肠粪便 (48h)→脾和脑 (72h)→胸肌和腿肌 (96h)→肾 (12 0h)。     

Ⅰ型鸭肝炎病毒和鸭瘟病毒一步法二重RT-PCR检测方法的建立

为了建立一种能同时检测Ⅰ型鸭肝炎病毒(duck hepatitis virus typeⅠ,DHV-Ⅰ)和鸭瘟病毒(duck plague virus,DPV)的检测方法,根据Gen Bank中DHV-Ⅰ和DPV的基因保守序列,设计合成两对特异性引物,扩增得到DHV-Ⅰ和DPV片段,大小分别为399 bp和232 bp。据此建立了双重PCR检测方法,并将反应条件进行了优化。结果显示,该方法特异性强,能同时扩增出DHV-Ⅰ和DPV目的条带,而对其他常见的水禽病病原的扩增结果均为阴性。该方法灵敏度高,最低能检出5.3 pgⅠ型鸭肝炎病毒和2.7 pg鸭瘟病毒的RNA或DNA。采用该方法对在江苏省徐州地区所采集的166份鸭肛拭子进行检测,DHV-Ⅰ阳性率为1.2%;DPV阳性率为26%。同时,利用该方法对建立的DHV-Ⅰ和DPV雏鸭感染模型的肝组织和肝组织接种的鸭胚尿囊液进行检测,结果均为阳性,与常规PCR和RT-PCR检测结果一致。上述结果表明。本研究建立的一步法二重RT-PCR方法可以用于DHV-Ⅰ和DPV快速准确的诊断。     

牛共刺激分子CD80和CD86实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

根据GenBank中牛CD80和CD86基因的序列,在保守区设计并合成各自的特异引物,并以牛3-磷酸甘油脱氢酶(GAPDH)基因为内参,采用SYBR GreenⅠ染料以建立一种检测牛共刺激分子CD80和CD86的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。将CD80基因和CD86基因克隆至pMD18-T载体上,转化大肠杆菌DH5α,经PCR及测序鉴定后得到阳性重组质粒,作为标准品模板建立SYBR GreenⅠ荧光定量PCR标准曲线并进行熔解曲线分析以及灵敏性、特异性和重复性试验。结果表明,CD80基因、CD86基因和GAPDH基因的Ct值与标准品稀释度在1×102～1×108 copies/μL范围均呈良好的线性关系,相关系数均大于0.991。熔解曲线分析表明,产物为特异的单峰,特异性和重复性较好。证实,所建立的牛共刺激分子CD80和CD86荧光定量RT-PCR检测方法适用于临床样品的检测。     

新型鸭肝炎病毒的分离及初步鉴定

从北京和广西发病鸭群中分离到 2株病毒 ,分别编号为B株和G株 ,病毒大小约 40nm ,无囊膜。血清中和试验表明 ,2株病毒为同一血清型 ,与 1、3型鸭肝炎病毒和鸭瘟病毒无血清学相关性。人工感染试验表明 ,G株对雏鸭具有很强的致病性 ,可引起典型的鸭肝炎病变 ,但死亡率随雏鸭日龄的增长而明显下降 ;B株病毒不能致死正常雏鸭 ,但雏鸭经过环磷酰胺处理后 ,感染B株病毒可引起雏鸭死亡 ,死亡鸭肝肿胀、出血     

鸭疫里默氏杆菌16 S rRNA PCR快速检测方法的建立

根据GenBank中的鸭疫里默氏杆菌(RA)1～19型16 S rRNA基因序列,分别与大肠杆菌、沙门氏菌、葡萄球菌、巴氏杆菌的16 S rRNA基因序列对比,设计特异性引物,建立了基于鸭疫里默氏杆菌16 SrRNA的PCR检测方法.结果表明,用该方法对鸭疫里默氏杆菌、大肠杆菌、沙门氏菌、葡萄球菌、巴氏杆菌进行检测,只有鸭疫里默氏杆菌的DNA能扩增出680 bp的特异条带,其他细菌的DNA不能扩增出任何条带;测序结果与GenBank中鸭疫里默氏杆菌相应序列完全一致;同时分别将鸭疫里默氏杆菌基因组DNA和菌液10倍稀释进行PCR扩增,对鸭疫里默氏杆菌DNA的最小检出量为1.907×10~(-5)g/L,对鸭疫里默氏杆菌菌液的最小检出量为1.5×10~4CFU/mL.证实,建立的基于鸭疫里默氏杆菌16 S rRNA的PCR检测方法具有快速、灵敏、特异的优点,可用于鸭疫里默氏杆菌感染的检测、分子流行病学调查和分离菌株的快速鉴定.     

鸭Ⅰ型干扰素基因的克隆与序列测定

从植物血凝素 (PHA)刺激的鸭外周血单核细胞提取总RNA ,采用RT PCR扩增鸭Ⅰ型干扰素 (DuIFN Ⅰ)基因 ,将其克隆到pMD 1 8T载体中 ,进行序列测定。克隆到的鸭Ⅰ型干扰素基因与已公布的DuIFN α核苷酸序列同源性为 99.65 % ,氨基酸序列同源性为 98.95 %。同时表明 ,鸭外周血单核细胞在PHA刺激下能够表达Ⅰ型干扰素mRNA。     

犬瘟热病毒RT-nested PCR检测方法的建立与应用

根据犬瘟热病毒(CDV)弱毒株Onderstepoort的核衣壳蛋白(NP)基因序列设计了套式引物,建立了RT-nested PCR检测方法。特异性试验表明,该法可以特异扩增出CDV NP基因片段,但从RNA病毒狂犬病病毒(RV)、犬副流感病毒(CPIV)、犬冠状病毒(CCV),DNA病毒犬细小病毒(CPV)、犬腺病毒(CAV)及正常Vero细胞中均不能扩增出条带。敏感性试验表明,RT-PCR可以扩增10-6稀释度的病毒RNA,而建立的RT-nested PCR可以扩增到10-9稀释度的病毒RNA,后者的敏感性明显高于前者。用RT-nested PCR法检测了2006年我国东北地区临床表现犬瘟热症状的病例19例,检出率达90%,明显高于RT-PCR的检出率(45%)。部分病例扩增片段的测序结果表明,CDV NP基因出现个别碱基变异。研究结果表明,建立的犬瘟热病毒RT-nested PCR方法敏感、特异,适用于动物犬瘟热的快速诊断。     

鸭肝炎病毒Ⅰ型VP3基因的克隆及原核表达

参照鸭肝炎病毒Ⅰ型(DHV-Ⅰ)的基因组序列设计并合成了1对引物.通过RT-PCR方法扩增获得了DHV-Ⅰ病毒161/79/Ⅴ结构蛋白VP3基因,并将VP3基因片段插入pGEX-6p-1表达载体,转化E.coli Rosetta-gami(DE3)pLysS.SDS-PAGE分析表明,经用0.1 mmol/L IPTG于16℃诱导表达后,菌体裂解产物有特异的、分子质量约52 ku的目的蛋白条带.Western-blotting检测表明,表达产物与DHV-Ⅰ阳性血清发生特异性反应,具有良好的反应原性.     

兔出血症病毒与欧洲野兔综合征病毒复合RT-PCR检测方法的建立

为建立用于兔出血症病毒(RHDV)和欧洲野兔综合征病毒(EBHSV)诊断鉴别的快速检测方法,根据GenBank中的RHDV和EBHSV基因组序列,设计合成5条特异性引物和9条重叠延伸引物,分别以通过重叠延伸PCR人工合成的EBHSV VP60基因中359bp基因片段构建的重组质粒pGM-T-EBHSV和RHDV RT-PCR产物构建的pGM-T-RHDV为模板,经过反应条件的优化、敏感性试验和特异性试验,初步建立了RHDV和EBHSV的复合RT-PCR检测方法,并对20份临床样品和5份RHDV人工感染样品进行了检测。结果表明,建立的复合RT-PCR方法具有良好的特异性和敏感性,可分别扩增出RHDV和EBHSV的特异性目的片段192bp和335bp,对2种病毒的检测限度均可达到50copies的目的基因片段,兔巴氏杆菌、兔大肠杆菌和沙门氏菌核酸扩增均为阴性。样品检测结果显示,5份人工感染样品的RHDV检出率为100%,20份临床样品的RHDV检测为阴性。