线粒体SNP分型用于杀人碎尸案1例

<正>1案例1.1简要案情某日,某市发生一起杀人碎尸案。犯罪嫌疑人疑似将妻子王某杀害后,残忍碎尸,并将部分尸块（软组织）冲入马桶中。案发后,办案单位在粪水中找到多份人体组织,通过DNA检验,从部分人体皮肤组织（角质化皮肤）中检出常染色体STR分型,与王某女儿和丈夫比对后符合亲缘关系,但这并不能证明王某已死亡,且上述STR检测无法获得剩余13份人体组织（肝、肌肉、胃和舌组织等）的常染色体检测结果。因此,将剩余13份人体组织、王某女儿血样、王某牙刷的DNA提取样本送至本鉴定中心进行线粒体检验。     

线粒体DNA异质性在法医遗传学中的研究进展及存在的问题探讨

1 概述 人类mtDNA 1981年在英国剑桥Sanger实验室首次完成全序列测定,这个最初测定的序列(基因库编码:M63933)作为对比的参考序列,通常被称为Anderson序列或剑桥序列[1].线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)为环状DNA,有16569碱基对,含37个编码氧化磷酸化过程相关物质的基因,还有一个复制控制区称为D-环区.该区在个体间呈现多态性,可用于人类个体识别和亲子鉴定.D-环区包括三个高变区(hypervariable region,HV)目前已有人提出高变区Ⅳ的概念,但文献报道较少.无血缘关系个体中mtDNA的HVⅠ和HVⅡ区域变化率大约在1%～3%[2].     

线粒体DNA研究进展

人类细胞内存在两套基因组 ,一套是细胞核内的基因组 ,即核ＤＮＡ(ｎｕｃｌｅａｒＤＮＡ ,ｎＤＮＡ) ;另一套是位于细胞质线粒体内的基因组 ,即线粒体ＤＮＡ(ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌＤＮＡ ,ｍｔＤＮＡ)。由于线粒体在生命活动中的重要作用及其基因组自身特点 ,使得ｍｔＤＮＡ在细胞遗传学、分子遗传学、发育遗传学和法庭科学等领域受到了广泛重视。一、线粒体ＤＮＡ概述(一 )线粒体ＤＮＡ的结构线粒体ＤＮＡ呈闭环双链结构 ,由 16 5 6 9ｂｐ组成 ,外环为重 (Ｈ)链 ,内环为轻 (Ｌ)链 ,两条链都有编码功能[1] ,共含有 37个基因。ｍｔＤＮ…     

线粒体DNA研究进展

人类细胞内存在两套基因组,一套是细胞核内的基因组,即核DNA(nuclear DNA,nDNA);另一套是位于细胞质线粒体内的基因组,即线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA).由于线粒体在生命活动中的重要作用及其基因组自身特点,使得mtDNA在细胞遗传学、分子遗传学、发育遗传学和法庭科学等领域受到了广泛重视.     

线粒体DNA编码区的多态性

目的研究线粒体DNA(mtDNA)编码区单核苷酸多态性,建立mtDNA编码区多态性在法庭科学中应用的理论基础。方法针对mtDNA编码区nt8162-8483以及nt13070-13299两段序列设计引物,应用直接测序技术研究其多态性。结果两对引物扩增片段长分别为322bp和230bp,共检测到21种变异,24种单倍型,基因多样性为0.7511,两个无关个体的偶合概率为0.2564。结论线粒体DNA编码区多态性位点作为线粒体DNA控制区多态性位点的补充,联合应用可以提高线粒体DNA在法医学应用中的个体识别能力。     

用ESI-TOF-MS分型技术检测线粒体DNA高变区碱基组成的多态性

目的 用ESI-TOF-MS分型技术检测线粒体DNA的D环高变区,通过碱基组成分析其多态性.方法 在PLEX-ID技术平台上,分别对mtDNA高变区1(HVⅠ,15924-16428nt)和mtDNA高变区Ⅱ(HVⅡ,31-576 nt)进行碱基组成分析,考察mtDNA在华东汉族人群的多态性,并将该技术应用于一例特殊的亲子鉴定案件.结果 用ESI-TOF-MS分型技术检测线粒体DNA,在高变区Ⅰ的8个区段检见碱基组成的多态性,在mtDNA高变区Ⅱ的10个区段检见多态性.在所应用的亲子鉴定案例中,线粒体DNA标记成了常染色体STR基因座的重要补充,经高变区Ⅰ和高变区Ⅱ的碱基组成检测,最后排除了非母.结论 ESI-TOF-MS检测mtDNA的技术具有良好的应用前景,在一些特殊的案件中,该法可为最终获得可靠鉴定结论提供技术支撑.     

16个线粒体DNASNP复合检测体系的建立

目的建立一种复合检测线粒体DNA（mtDNA）单核苷酸多态性（SNP）分型的方法。方法通过设计等位基因特异性引物并结合毛细管电泳分型技术平台,建立包含16个mtDNASNP位点的复合扩增检测体系。对50名汉族无关个体血样进行mtDNASNP检测,并通过直接测序法对其分型结果进行验证。结果50个样本经本检测体系复合扩增后,均得到清晰的SNP分型结果,当模板量在0．5～10pg时能得到较理想的分型图谱。样本的复合检测结果与直接测序法结果完全一致。结论建立的复合检测体系检测mtDNASNP方法灵敏度高、操作简便、分型准确,为针对mtDNA进行简便、有效的中高通量多态性分型提供了一种新方法。     

基于二代测序技术的浙江畲族线粒体DNA多态性

目的 研究线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)全基因组在浙江畲族的遗传多态性,探究畲族的母系遗传结构.方法 对浙江畲族231名无关个体进行mtDNA全基因组测序,统计变异位点信息及单倍型多样性(haplotype diversity,HD)、个体识别率(discrimination power...     

基于二代测序平台的90个常染色体SNP分型研究

目的基于二代测序平台进行90个常染色体SNP位点分型,调查其在中国广东汉族人群中的多态性,评估其法医学应用价值。方法采集100例中国广东汉族无关个体外周血样,采用Auto Mate Express TM提取样本DNA,使用HID-Ion Ampli Seq?Identity Panel分型体系复合扩增90个SNP位点制备文库,Ion One Touch?2进行乳化PCR,Ion PGM?平台进行测序,Torrent_Suite_v4.4.2软件及HID_SNP_Genotyper_v4.3.1插件进行数据分析,计算常用法医学参数并与该群体Goldeneye TM 20A体系的检测效能进行比较。结果经Bonferroni法校正后,90个常染色体SNP位点分布均符合Hardy-Weinberg平衡,不存在连锁不平衡现象。各位点平均杂合度(Ho)为0.423,平均个体识别力(DP)为0.560,平均多态信息含量(PIC)为0.329。90个SNP体系的累积个体识别率(CDP)为(1-1.20×10~(-33)),大于20A体系;三联体累积非父排除率(CPE_(tri))为0.999 999 911,二联体累积非父排除率(CPE_(duo))为0.999 882,均小于20A。结论 90个常染色体SNP检测体系可独立应用于法医个体识别和三联体亲子鉴定,并辅助进行二联体亲子鉴定。     

人类线粒体DNA非编码区的序列分析与法医学应用

一、人类线粒体DNA(mtDNA)序列分析和应用的历史沿革 1981年Anderson完成了人类线粒体基因组的全部核苷酸序列的测定,并提出人类mtDNA呈闭合环状,总长度为16 569bp[1].在此基础上,许多学者致力于分析这一环状小分子DNA,以揭示mtDNA的序列多态性程度.早期主要采用RFLP技术,如Greenberg等[2]、Horai等[3]用RFLP技术对人类mtDNA进行了序列分析,结果显示:人类mtDNA的序列多态性仅局限于长度约为1.1kb的非编码区,称之为D-Loop区,其中包含两个长度各为400bp的高度可变区-HV1和HV2;不同个体的mtDNA存在长度变异和序列变异,结果也提示人类线粒体DNA比核DNA有更高的突变率,为核DNA的5～10倍.甚至某些区域是核DNA的6～17倍.到了90年代,DNA自动测序技术在mtDNA研究上的普及应用,大大促进了研究的发展,不少学者提出人类mtDNA的序列分析可用于法医学个人识别.如Stonking等[4]用SSO杂交技术,Sulivan等[5]和Holland等[6]用直接测序法分别对时间久远(最长达24a)的尸体残骸的mtDNA进行序列分析,并与其可疑母系亲属进行比对,为尸源追踪提供了证据. 国内法医学者也于90年代中期开始了对我国汉族人群的mtDNA D-Loop区的序列进行分析[7,8],并陆续有将mtDNA的序列分析用于法医个人识别的报道,如公安部二所的刘冰等[9]将对脱落毛发的mtDNA嵌套式扩增的方法用于模板量很少的案例的个人识别,获得成功. 二、人类mtDNA序列分析的现状目前对mtDNA序列的分析方法多采用对其PCR产物的自动测序,所用检材包括血液、毛发、皮肤、指甲、骨骼、胎盘等多种组织,仍以Aderson所报道的序列为参考序列.     

人类线粒体DNA非编码区的序列分析与法医学应用

一、人类线粒体ＤＮＡ(ｍｔＤＮＡ)序列分析和应用的历史沿革1 981年Ａｎｄｅｒｓｏｎ完成了人类线粒体基因组的全部核苷酸序列的测定 ,并提出人类ｍｔＤＮＡ呈闭合环状 ,总长度为 1 6 5 6 9ｂｐ[1 ] 。在此基础上 ,许多学者致力于分析这一环状小分子ＤＮＡ ,以揭示ｍｔＤＮＡ的序列多态性程度。早期主要采用ＲＦＬＰ技术 ,如Ｇｒｅｅｎｂｅｒｇ等[2 ] 、Ｈｏｒａｉ等[3] 用ＲＦＬＰ技术对人类ｍｔＤＮＡ进行了序列分析 ,结果显示 :人类ｍｔＤＮＡ的序列多态性仅局限于长度约为 1 .1ｋｂ的非编码区 ,称之为Ｄ -Ｌｏｏｐ区 ,其中包含两个长度…     

荧光定量PCR技术研究线粒体DNA nt16519单核苷酸多态性

目的应用荧光定量PCR技术,建立mtDNA nt16519位点的PCR分型方法。方法应用Primer Express3．0软件,设计1对Taqman MGB探针和1埘扩增引物,在探针的5’端分别标记FAM和VIC报告荧光,应用7500荧光定量PCR和直接测序两种方法,分别榆测62份血样和18份毛发样本的mtDNA nt16519单核苷酸多态性,比较二种方法结果的一致性。结果62份血样和18份毛发样本均得到了可靠的mtDNA nt16519分型结果。结论建立的荧光定量PCR的分型方法操作简单、结果准确,适用于法医DNA检案。     

应用HID Ion GeneStudioTM S5测序系统探讨毛干样本线粒体DNA异质性

目的应用HID Ion GeneStudio^TM S5测序系统对毛干样本线粒体全基因组分型结果的异质性进行探讨。方法采集8名无关个体的口腔拭子、血液及同一个体不同部位毛干样本,使用Precision ID mtDNA Whole Genome Panel对线粒体全基因组进行扩增,应用HID Ion GeneStudio^TM S5测序系统对线粒体全基因组进行分析检测。结果2名个体的颞部毛干样本线粒体DNA出现异质性,其余6名无关个体的口腔拭子、血液及不同部位毛干样本的线粒体全基因组分型结果均一致。8名无关个体共观察到119个碱基变异,个体的变异位点数目分别为29、40、38、35、13、36、40和35。结论应用HID Ion GeneStudio^TM S5测序系统可全面了解序列多态性。     

线粒体DNA测序在法医物证检验中的应用现状及前景

人类线粒体DNA（mitochondrialDNA，mtDNA）基因组由16，569个碱基组成，】981年人们就已完成了对其全长碱基序列的测定【’】，并研究了其基因组的组成、组织方式及所编码的基因．mtDNA是独立于细胞核基因组而存在于细胞浆中的一组双链环状DNA序列，它按自己的方式与标准进行遗传和复制：呈母系遗传，其拷贝数高于目前所知的任何核基因，约500至1，000拷贝l细胞，wtDNA在维持细胞正常功能中起着十分重要的作用．近年来发现，mtDNA不仅编码参与氧化磷酸化中的13种多肽，还编码线粒体蛋白质合成中绝大多数RNA121早在1987年就有人发…     

利用线粒体DNA异质性检验碎尸案1例

线粒体DNA(mtDNA)异质性在法医学鉴定中具有双重价值,当比对的检材中只有一份存在mtD-NA异质性时,给法医学鉴定增加了不确定性,但当比对的检材在相同的位置均出现相同的异质性时,其异质性可作为特殊的遗传标记增加证据的强度。本文就在实际案件检验中遇到的在相同位置均存在长度异质型作一报道。1案件简介2005年12月2日在北京市海淀区某河床发现尸块,同时在现场提取到枕巾上附着的毛发,毛发已无毛囊,失去STR检验条件。因此对其进行mtDNA高变区Ⅰnt16030-16481和高变区Ⅱnt15-484扩增测序,并与尸块血痕进行比对。结果发现毛发及尸块血…     

线粒体DNA测序分析及其法医学应用

本文建立一种以γ－３２ＰＡＴＰ直接标记ＰＣＲ扩增引物为测序引物、纯化的ＰＣＲ扩增产物为模板、Ｔａｑ酶直接测序的方法、对１００倒无血缘关系的中国汉族人线粒体ＤＮＡ主要高变区Ｄ环区的３２８个碱基（第１６０９１－１６４１８位）进行了核酸序列分析，检出８６种基因型，出现率最高者为７％；检出８１个可变碱基位点。两个非血缘关系的中国汉族人出现完全相同序列的概率为０．００６８。通过对２个四代家系．５个三代家系和１０个两代家系分析扯实线粒体ＤＮＡ是母系遗传。     

线粒体高变区多聚C-stretch序列长度多态性

目的研究线粒体高变区多聚C-stretch序列长度多态性,并探讨其在法医学个体识别中的价值。方法针对线粒体高变区nt16180及nt310两个位点采用文献报道引物,应用直接测序技术研究其等位基因分布及频率。结果两对引物扩增长度分别为807bp和962bp,nt16180位点检测到7种基因型,其中AAAACCCCCTCCCC基因型占87.72%,AAAACCCCCCCCCCCCC基因型在汉族人群中首次报道;nt310检测到7种基因型,其中CCCCCCCCTCCCCCC基因型占60.53%;联合两个位点共检测出15种单倍型,GD值为0.6309,其中AAAACCCCCTCCCC-CCCCCCCCTCCCCCC检测出66条,达到57.89%。结论为线粒体控制区DNA在法医学领域中的应用提供基础数据,证实了线粒体nt16180位点和nt310位点单倍型在线粒体DNA鉴定中有较好的应用价值。     

线粒体二代全测序在陈旧检材亲缘鉴定中应用1例

<正>1案例资料1.1简要案情张某拟重修母亲坟墓,因墓穴混淆,无法辨认生母尸骨,需鉴定张某与尸骨是否存在母子关系。1.2检验方法对可疑张某母坟中取出的磨牙与张某血滤纸的DNA进行提取、扩增和电泳,其过程由不同人员,不同实验室进行操作。磨牙DNA的模板制备根据张付瑶等方法[1],DNA的定量使用Qubit?ds DNA荧光试剂盒,Qubit?2.0进行定量。牙齿降解指数采     

用dHPLC技术检测线粒体DNA编码区单核苷酸多态性

目的研究线粒体DNA(m tDNA)编码区单核苷酸多态性,建立检测m tDNA编码区单核苷酸多态性(SNP)的变性高效液相色谱(dHPLC)方法。方法设计针对线粒体DNA编码区nt10287-10679及nt8507-8805引物,应用dHPLC技术检测其序列多态性。结果100例中国汉族无关个体中,m tDNA nt10287-10679检出13个SNP位点,13种单倍型,基因多样性(H)为70.79%,偶合概率(P)为29.92%;m tDNA nt8507-8805检出10个SNP位点,12种单倍型,H为70.42%,P为30.28%;两段序列联合起来共检出23个SNP位点,23种单倍型,H为84.14%,P为16.70%。结论所建立的dHPLC方法可用于快速、准确地检测m tDNA编码区序列多态性;m tDNA编码区多态性位点作为m tDNA控制区多态性位点的补充,联合应用可以提高m tDNA的个体识别能力。     

SNP辅助判断3个STR基因座突变亲子鉴定案件1例

1案例1.1案情因户口申报需要,自称孩子父亲的男子(被检父)和孩子(男孩)要求做亲子鉴定,经询问孩子母亲已去世。采集二人指血备检。1.2检验过程1.2.1STR检验采用Chelex-100法提取DNA,先后采用HumDNA Typing试剂盒(深圳华大法医科技有限公司)、GoldenEye_22NC试剂盒(基点认知公司)、GlobalFiler试剂盒(美国AB公司)、GoldenEye_26Y试剂盒(基点认知公司)、HumDNA Typing(炎黄Y)试剂盒(深圳华大法医科技有限公司)进行STR检验。