荧光标记STR复合扩增检验系统的研究

本研究以化学合成的荧光标记引物建立了STR复合扩增体系,体系I包括4个STR基因座和牙釉蛋白基因,体系Ⅱ包括4个STR基因座,体系Ⅲ包括3个STR基因座.制备了体系I各基因座的等位基因标准对照,测定了各等位基因长度.对代表性等位基因进行了序列测定,确定了等位基因重复单位的重复数目及测量长度与等位基因命名的对应关系,对各基因座等位基因进行了标准命名.建立了复合扩增检验系统等位基因自动分析命名的模板.三个复合扩增检验体系的累积随机匹配概率为8.3×10-3,为遗传学分析建立了实用的检验系统.     

中国德昂族9个STR基因座的遗传多态性

<正> 人类基因组由约30亿个碱基对组成,其中短串联重复序列(Short tandem repeat STR)一般由2～7bp为单位组成核心序列重复排列[1]。人类基因组中每15～20kb就出现1个STR基因座。 聚合酶链式反应分析时,STR等位基因片段大小一般为100～500bp。由于扩增的片段短,可多基因座复合扩增,不仅灵敏度高,而且方便快捷,已广泛应用于个体识别、亲权鉴定、考古、基因诊断等方面,是目前最理想的DNA遗传标记[2]。本研究选择的D3S1358、vWA、FGA、,TH01、TPOX、CSF1P0、D5S818、D13S317、D7S820基因座,个体识别率高,均为美国法庭科学PCR检验金标准位点[3]。本文作     

STR基因座中检出三带型等位基因3例CSCD

目前,国内外进行亲子鉴定主要采用短串联重复序列(STR)分型方法。常用STR分型试剂盒中的STR基因座多为四核苷酸或五核苷酸重复序列的基因座。正常情况下,常染色体上的单个STR基因座纯合子个体的分型图谱表现为只有1条带或1个峰.     

临夏回族自治州保安族人群15个STR基因座的遗传多态性

正短串联重复序列(short tandem repeats,STR)是一类简单重复的DNA序列,其重复序列仅2~6 bp,重复次数在10~60次,又称为微卫星DNA。STR分布广,散布在整个基因组中,平均每20 kb就有一个STR基因座,在人类基因组中约存在着5万~10万个STR。STR基因座具有极高的多态性,亦按孟德尔定律遗传[1]。据全国第六次人口普查数据,我国共有保安族     

STR基因座中检出三带型等位基因3例

<正>目前,国内外进行亲子鉴定主要采用短串联重复序列(STR)分型方法。常用STR分型试剂盒中的STR基因座多为四核苷酸或五核苷酸重复序列的基因座。正常情况下,常染色体上的单个STR基因座纯合子个体的分型图谱表现为只有1条带或1个峰,杂合子个体的分型图谱表现为2条带或2个     

海南地区汉族人群15个STR基因座的遗传多态性

<正>短串联重复序列(short tandem repeat,STR),又称微卫星DNA或简单重复序列,其长度多态性来源于2~6 bp重复单位拷贝数的个体差异,是目前在法医物证鉴定中应用最广泛的长度多态性遗传标记[1]。本研究采用Amp F詛STRTM华夏TM荧光标记复合扩增体系对海南地区汉族人群的15个常染色体基因座(D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、D5S818、D13S317、     

20723例亲子鉴定中19个STR基因座的突变分析

目的观察并分析肯定亲权关系的案件,探索STR基因座的突变规律。方法采用Goldeneye 20A试剂盒对20723例肯定亲权关系的案件筛选等位基因突变事件,统计各基因座的突变率和突变等位基因的来源、片段大小、突变步数及重复单位的增加或减少情况,分析突变相关因素的特点。结果 19个STR基因座共发现548例突变,观察到557个突变事件,基因座的突变率为0.07‰~2.23‰。父系突变与母系突变的比例为3.06∶1。突变以一步突变为主,增加与减少重复单位的情况相当;二步以上(含二步)突变更易出现重复单位减少。突变主要发生于中等位基因,重复单位增减比例相当,长等位基因突变中重复单位减少显著多于增加。父系突变出现重复单位增加与减少的比例相当,母系突变重复单位减少较增加多见。结论各基因座的突变率差异具有统计学意义,当出现1~2个基因座不符合遗传规律时,应当加测其他检测系统,并结合突变基因座的信息计算PI值,以进一步明确鉴定意见。     

基于二代测序的24个STR基因座序列多态性

目的对95名中国汉族无关个体的24个STR基因座序列多态性进行调查。方法采用Thermo Fisher公司25重早期测试试剂盒进行STR基因座复合扩增,应用HID-Ion AmpliSeq~(TM)文库试剂盒进行文库构建,使用Ion PGM~(TM)基因测序仪进行测序反应,对Ion Torrent Suite~(TM) v4.6软件显示的STR基因分型结果分析评估,使用PowerStats分析软件计算法庭科学参数,并与STR长度多态性的参数进行比较。结果 24个STR基因座共观察到252个不同重复序列的等位基因。其中,12个STR基因座具有相同长度的不同等位基因核心序列,其累计随机匹配概率为3.5×10~(-15),其累计非父排除率达0.999 998 2。序列多态与长度多态STR的累计随机匹配概率相差两个数量级。结论针对调查的中国汉族人群,本文24个序列多态STR基因座具有较好的个体识别能力,该数据为法医STR基因座序列多态性研究提供很好的参考。     

南昌汉族人群DYS19、DYS390基因座遗传多态性

Y染色体呈父系遗传,所有基因座之间存在连锁关系,而且Y-STR基因座在不同人群的差异远远高于常染色体基因座。故Y-STR基因座分析在单亲父子对或可疑父亲缺席的父权鉴定及混合检材(精液与阴道液)的检验中以及人类遗传学研究中的特殊价值日益受到人们的重视。DYS19、DYS390是Y染色体上的STR基因座,均为四核苷酸重复序列,重复单位分别为GATA、TCTG/A。有研究表明上述两个基因座等位基因多,多态性高,是法医鉴定中非常有意义的STR基因座[1-2]。本研究采用PCR扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染显带的方法对南昌汉族人群的Y-STR基因座…     

亲子鉴定中3个STR基因座存在变异分析1例

STR基因座变异已为人们所关注。据报道STR基因座的平均突变率为2.1×10-3[1],本实验室也对STR基因座的突变情况进行了较系统的研究[2],并从1999年起规定对于亲子鉴定案件要有3个或3个以上的STR基因座的遗传违反孟德尔遗传规律,才能否定亲生关系。这一原则与德国亲子鉴定专家证人协会(theGermanAssociationofExpertWit鄄nessesforPaternityTesting)的规定是一致的[3]。但显而易见,检验STR基因座越多,发生突变的可能性就越大,而突变基因座个数/检验基因座个数在国际上尚未有一个标准。当选择的STR基因座多达几十个时,仔细筛选STR基…     

15个STR基因座的突变观察和分析

目的调查15个STR基因座的突变情况。方法采集817例亲子鉴定的2722份血样本,采用Identi—filerTM系统扩增15个STR基因座分型,共有33060次等位基因传递,统计各基因座发生突变的频率。结果在15个基因座中发现涉及11个基因座共25次突变,平均突变率为0．8×101（95％C10．5—1．1×10-3）,其中一步突变20次,两步突变3次,三步突变2次;父、母来源突变比率为2．6：1,不能确定来源突变7次。结论STR基因座等位基因在IdentifilerTM复合扩增系统突变现象较为常见,亲子鉴定时应引起注意。     

新疆地区汉族人群9个STR基因座的遗传多态性

20 0份中国新疆汉族无关个体的血样 (日常检案积累 ) ,用chelex - 10 0法提取DNA后 ,参照profilerplus试剂盒和ABI 310型遗传分析仪使用说明书对D3S135 8、vWA、FGA、D8S1179、D2 1S11、D18S5 1、D5S818、D13S317、D7S82 0等 9个STR基因座进行扩增和检测 ,分别发现 7、 9、 16、 11、 14、 14、 8、 8、7个等位基因和 17、 2 5、 5 0、 35、 4 1、 5 3、 2 3、 2 4、2 1个基因型 ,其等位基因频率见表 1。经 χ2 检验分析[1] ,9个STR基因座P值均大于 0 0 5 ,符合Hardy-Weinberg平衡。表 1　新疆地区汉族人群 9个STR基因座等…     

藏獒16个STR基因座的遗传多态性

目的通过对449头藏獒的16个STR基因座遗传多态性进行研究,建立藏獒的基因多态性数据库。方法选用犬荧光标记16个STR复合扩增试剂盒进行PCR扩增,对扩增产物进行检测及统计学分析。结果 449头藏獒的16个STR基因座累积个体识别率为0.999 999 999 999 999,累积非父排除率为0.999 997 795,除FH2010(等位基因数10)、PEZ21(等位基因数12)、PEZ05(等位基因数13)外,其余STR基因座的等位基因数均在15个以上;16个STR基因座的杂合度均0.5,多态信息含量均0.7。结论 16个犬STR基因座在藏獒中具有较高的个体识别能力,可用于藏獒的个体识别和亲权鉴定。通过本研究获得的各种数据,可用于建立藏獒的DNA多态性数据库。     

STR基因座中检出三带型等位基因7例

目前，国内外亲子鉴定主要采用短串联重复序列（STR）分型方法。常用STR分型试剂盒中的STR基因座多为四核苷酸或五核苷酸STR。正常人常染色体单个STR基因座的等位基因分型表现为纯合子或杂合子，纯合子个体图谱表现为只有1条带或者1个峰，杂合子个体图谱表现为2条带或者2个峰，由于人是二倍体，正常情况下不会出现3条带或3个峰。在极个别情况下，单个STR分型图谱会出现3条带或3个峰，此种情况通常被认为是三带型。本文在2000个（共5000名个体）亲子鉴定或个体识别案例中，共计检出7例三带型等位基因，现报道如下。     

云南地区彝族人群17个STR基因座的遗传多态性

本文对中国云南地区彝族390个健康无关个体进行17个STR基因座遗传多态性调查。采用Chelex-100法提取样本DNA,用AGCU 17+1 STR荧光检测试剂盒进行扩增及检测。上述17个STR基因座共检出191个等位基因和704种基因型,其分布符合Hardy-Weinberg平衡定律(P0.05),在所调查的彝族人群具有较好识别能力。     

云南怒族人群HPRTB、DXS7423、DXS101基因座遗传多态性

HPRTB、DXS7423、DXS101是X染色体上常见的3个STR基因座,定位于Xq22.1-Xq28,其核心序列分别为AGTA、TCCA和CTT-ATT,本文对3个X-STR基因座的等位基因频率和基因型频率数据进行调查,为法医学检案提供基础遗传频率数据。1材料与方法1.1样本采集100份无血缘关系的怒族健康个体静脉血在云南随机采集,每份3m l,EDTA抗凝,-70℃保存[1]。1.2方法1.2.1 DNA提取及扩增Chelex-100法提取基因组DNA[2]。3个基因座引物序列及扩增条件见表1。表1 3个基因座的引物信息及扩增条件基因座PCR引物序列(5’to3’)变性退火延伸循环数HPRTBA…     

北京地区汉族人群Penta B、E、C基因座遗传多态性

微卫星(STR)基因座常根据串联重复单元的核苷酸数进行分类。其中五核苷酸重复序列(Pentanucleotide)是指串联重复单元为五核苷酸的STR基因座,其结构比四核苷酸重复序列更加稳定[1]。四核苷酸序列基因座是法医DNA分析最常用的基因座,而五核苷酸序列基因座在当前法医学所采用的商品化的试剂盒中仅有Penta E、Penta D(Promega,USA),所以存在很大的研究空间。本文选取Penta B、Penta E和Penta C(基因座信息见表1)三个STR基因座,在北京地区汉族人群中,随机抽取203名无关个体进行多态性调查。表1 Penta B、E、C基因座信息基因座基因…     

VWA基因座在一个三代家系发生的两次突变

目的探讨短串联重复序列遗传变异的方式。方法用Identifiler^TM试剂盒和DNATyper15^TM试剂盒进行检测,用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳法对VWA基因座突变家系中3代父、母、子的DNA样本进行STR基因分型,将需测序的等位基因条带从凝胶上切下,再进行PCR扩增,产物经纯化后进行测序。结果此3代家系中Ⅱ-7、Ⅲ-8发生等位基因变异表现为一个重复单位的增加或减少。其中Ⅱ-7的一条发生突变的等位基因具体来源可知,Ⅲ-8的一条突变等位基因无法确定。结论本文中VWA基因座等位基因突变主要表现为一个重复单位的增加,没有碱基的插入或缺失,突变主要来自父亲,突变等位基因无TCTA（TCTG）3（TCTA）n、TCTA（TCTG）5-6（TCTA）n突变类型,均为TCTA（TCTG）4（TCTA）n型突变。     

长度多态与序列多态STR模型法庭科学参数比较

基于毛细管电泳平台进行STR基因座分型是当前个体识别的金标准。二代测序技术支持STR序列多态分型,并有可能在法庭科学领域被广泛应用。相比长度多态性,STR测序可提供更大的信息量,但相关法庭科学参数的定量计算十分必要。本文建立了简单的STR基因座模型,分别计算了长度多态和序列多态STR模型基因座的法医遗传学参数,结果表明:对于单个STR基因座,其序列多态模型的个体识别力和非父排除率相比长度多态模型更高,说明序列多态STR遗传标记识别无关个体及排除非父的能力更强。在联用15个非连锁遗传模拟基因座进行法医DNA分析时,长度多态模型和序列多态模型的累积匹配概率分别在10-18和10-26量级;而如果要达到长度多态模型15个基因座的累积匹配概率(10-18),仅需使用10个非连锁模拟序列多态STR基因座。希冀此模型比较能为二代测序STR数据的法庭科学应用提供参考。     

中国3个群体的DYS385基因座的遗传多态性

<正> DYS385基因座是Y染色体上以GAAA为重复单位的四核苷酸重复序列,目前已发现16种等位基因,重复单位数目为9～24,片段长度大小为360～420 bp,DYS385基因座的一对引物同Y染色体上的两个基因座结合,扩增出片段大小有交叉的两组产物,两组产物连锁组成单倍型。DYS385被认为是Y染色体多态性最好的STR基因座之一,在法医学个人识别和亲子鉴定中具有重要的应用价值[1、2]。本文作者调查了DYS385基因座在中国北方汉族、维吾尔族和哈萨族群体的多态性,现报告如下。