新的高致病性PRRSV毒株FZ16A的分子特征及其致病性的研究

为了掌握猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)分离株的遗传变异特点,从福建省某疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)发病猪场采集病料并分离病原,采用RT-PCR、间接免疫荧光试验及基因测序等方法将其鉴定为HP-PRRSV,命名为FZ16A株。对FZ16A株ORF5基因进行克隆和测序,并进行分子生物学研究。将分离毒株接种PRRSV抗原、抗体双阴性的60日龄仔猪,通过观察临床症状、病理解剖变化及其病理切片等指标初步探讨分离毒株的致病性。结果,FZ16A株是北美(NA)基因型高致病性PRRSV(HP-PRRSV)变异株。同源性分析显示,FZ16A株ORF5基因与北美株VR-2332核苷酸(氨基酸)序列的相似性为87.9%(85.1%),与JXA1的相似性为98.8%(97%),与欧洲典型菌株Lelystad病毒的相似性为63.3%(56.9%)。系统发育分析表明,FZ16A属于NA基因型,与其他高致病性PRRSV毒株具有相同的亚型。氨基酸序列分析表明,与VR-2332株相比,FZ16A在信号肽、跨膜区(TM)、初级中和表位(PNE)、非中性表位和N-糖基化位点方面有不同程度的变异。抗原性分析显示,FZ16A ORF5基因产物与JXA1具有相似的抗原性,抗原表位主要位于aa32-37,aa50-55,aa127-133,aa136-142,aa147-156,aa159-171,aa174-185和aa193-198区域。致病性分析表明,该分离毒株感染猪后能引起体温升高、咳嗽、食欲下降等临床症状,但并未引起试验动物死亡。剖检结果显示,FZ16A分离株能引起试验动物肺部组织实变,淋巴结肿大。肺脏病理切片可见FZ16A感染组动物有明显的间质增生性肺炎,肺泡壁毛细血管扩张充血,肺泡壁增厚等变化。以上结果表明,本研究分离的FZ16A株是新的变异毒株,丰富了该地区的PRRSV基因数据库,并为该地区PRRSV分子流行病学研究及防控奠定了一定基础。     

安徽省猪生殖与呼吸综合征病毒的分子流行病学调查

从2006～2008年采自安徽省的高致病性猪生殖与呼吸综合征病毒的病料中扩增得到7株PRRSV ORF5基因序列,并进行了序列分析和抗原位点预测.结果表明,安徽省的地方PRRSV流行毒株与VR-2332、CH-1a、JXA1毒株的氨基酸同源性为85.1%～86.1%、90.5%～92.5%、96.5%～98.5%;安徽省地方分离株之间氨基酸同源性较高,介于97.O%～98.5%之间.与2006年以前获得的毒株相比,安徽省流行毒株与JXA1、TZ、CXN-1等高致病性毒株具有相同的氨基酸突变位点(G9→C9、S16→F16、S35→N35、V94→A94、V185→A185),这些关键氨基酸位点的变异可能导致PRRSV毒力增强.对GP5蛋白表面抗原位点的预测发现,安徽省地方分离株与JXA1株存在6个主要抗原位点;与VR-2332、CH-1a毒株相比,由于抗原表位氨基酸位点的突变(A27→V27,L39→139,V185→A185,I189→L189)导致了抗原位点抗原性发生了变化.遗传进化树分析显示,安徽省地方流行毒株与JXA1、TZ等毒株具有较近的亲缘关系,推断2006～2008年安徽省流行的PRRSV毒株由同一毒株演化而来,且变异程度不大.     

广西地区2004-2010年猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5及ORF7基因的遗传变异分析

为了解广西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的分子遗传进化情况,对2004-2010年间广西的PRRSV阳性病料进行了ORF5、ORF7基因扩增和序列分析。结果显示,所获得的毒株均属于美洲型毒株,其ORF5基因间的氨基酸序列同源性为89.6%～99.5%,与VR-2332、Ch-1a、JXA1株的氨基酸序列同源性分别为84.6%～91%、89.6%～95.5%和93%～99%,而与LV的同源性为54.7%～56.7%;ORF7基因间的氨基酸序列同源性为87.1%～99.2%,与VR-2332、Ch-1a、JXA1株的氨基酸序列同源性分别为91.1%～96%、91.9%～96%和89.5%～99.2%,而与LV的同源性为55.6%～58.1%。基于ORF5和ORF7基因核苷酸序列绘制的遗传进化树,可将所有PRRSV分离株分为4个亚群,广西地区的毒株分布在以CH-1a为代表的Ⅱ亚群、以HB-1为代表的Ⅲ亚群和以JXA1为代表的Ⅳ亚群,以Ⅳ亚群为主。表明当前广西PRRSV流行毒株以美洲型Ⅳ亚群为优势基因亚群,并且各毒株间的ORF5和ORF7基因序列存在一定差异,但没有明显的地域特征。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒HN-HW株全基因组分子特征分析

利用RT-PCR方法扩增得到猪繁殖障碍与呼吸综合征病毒(PRRSV)HN-HW分离株全长基因组的17个片段。拼接后发现该毒株基因组全长为15 334nt(包括poly A尾巴),与国内外14株美洲型PRRSV分离株全序列相似性介于85.3%～99.4%之间,而与欧洲型PRRSV Lelystad Virus(M96262)和SD01-08(DQ489331)分离株全序列相似性仅为59.7%和59.9%。序列分析表明,该毒株包括189nt的5′UTR,14 981nt的蛋白编码区和150nt的3′UTR及14nt的poly(A)尾巴。同美洲标准株ATCC VR-2332相比,Nsp2存在30个氨基酸的缺失。本研究结果补充了PRRSV毒株的基因组信息数据,为深入研究该毒株的遗传与变异及其与生物学特性的关系奠定了基础。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒河南株HNxy的分离鉴定及遗传进化分析

为了解河南地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行株的变异特性,本试验从河南省信阳市某疑似猪繁殖与呼吸综合征发病猪场采集的肺组织中分离到1株PRRSV,并命名为HNxy,该毒株能产生明显的细胞病变。全基因组进化分析和同源性比对分析结果显示,HNxy株与中国高致病性毒株位于同一分支;与欧洲型毒株Lelystad-virus同源性最低,仅为60.0%;与美洲型经典毒株VR-2332的同源性为89.2%;与中国高致病性毒株JXwn06、JXA1和HUN4的同源性分别为98.4%、98.3%和98.4%;HNxy与JXA1-P80同源性最高,为98.7%;与NADC30和NADC30-like毒株HENAN-HEB、JL580、CHsx1401同源性分别为84.6%、84.7%、87.3%和83.6%。NSP2序列比对结果显示,HNxy在高变区存在30个不连续氨基酸的缺失。GP5序列比对结果显示,HNxy在GP5抗原表位上有氨基酸的突变,结果表明,HNxy属于美洲型高致病性毒株疫苗株,且在抗原表位上有一定程度的突变。     

河北省规模猪场猪生殖与呼吸综合征病毒的变异分析

为了解河北省规模猪场猪生殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的变异情况,采用RT-PCR方法对2004～2007年采集的12个典型发病场的病料样本进行了PRRSV Nsp2和ORF5基因扩增、克隆和测序,利用DNAStar和DNAMAN软件对所测序列进行了分析.结果显示,扩增的ORF5基因氨基酸序列同源性为98.7%～100%,与美洲型和欧洲型PRRSV参考株的同源性分别为88.9%～100%和62.9%～63.5%;扩增的Nsp2基因氨基酸序列同源性为82.8%～100%,与参考毒株的同源性为76.5%～100%;从2006~2007年的样本中扩增的6个PRRSV Nsp2基因均在第481位和533~561位共缺失30个氨基酸;系统进化树分析表明,这6个样本株均属于美洲型,分属于2个基因亚群,其中HB0503株与BJ4、NJ1、HN1、LP1和VR-2332遗传关系较近,其他株与JXA1、SX和BJ株遗传关系较近.结果表明,危害河北省规模猪场的PRRSV已经发生了较大的变异,其中2004～2005年的样本株属低致病性PRRSV毒株,而2006～2007年的样本株属高致病性PRRSV毒株.     

广西区2008-2011年猪繁殖与呼吸综合征病毒Nsp2基因的遗传变异分析

为了解广西壮族自治区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的遗传变异情况,对2008-2011年间来自广西各地的部分PRRSV阳性病料进行Nsp2基因的扩增和测序分析。结果显示,获得的49个毒株均为美洲型,其中46株具有高致病性变异毒株的序列特征,即其Nsp2蛋白缺失第481位和第533～561位aa,其余3株不具有上述缺失,属于PRRSV传统毒株。广西区49个毒株Nsp2基因间核苷酸序列的同源性介于84.8%～99.7%,与VR-2332、CH-1a、HB-1及JXA1株核苷酸序列的同源性分别为80.5%～83.7%、89.7%～92.6%、92.4%～96.3%、92.8%～99.3%,而与LV株核苷酸序列同源性仅为51.0%～53.9%。基于Nsp2基因核苷酸序列所绘制的遗传进化树,可将所有美洲型PRRSV毒株分为4个亚群,广西区的49个毒株有3株分布在以HB-1株为代表的Ⅲ亚群,46株分布在以JXA1株为代表的Ⅳ亚群。表明,当前广西区PRRSV流行毒株均为美洲型毒株,并且以Ⅳ亚群为优势基因亚群,各毒株间的Nsp2基因序列存在一定的差异,但没有明显的地域特征。     

两株分离自疫苗免疫猪场的PRRSV毒株的遗传演化分析

猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)是严重影响全球养猪业的传染病,疫苗免疫是防控该病的重要措施,但猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)容易发生变异从而降低了免疫预防的效果。本研究从免疫了高致病性PRRS疫苗的发病猪场,分离出2株PRRSV毒株,并测定了其全基因组序列,分别命名为:PRRSV/pig/CHN/JTS/201606和PRRSV/pig/CHN/TG/201711。为了探讨临床中分离得到的这2株PRRSV毒株与该场所使用疫苗之间的关系,我们进行了全基因序列的遗传变异和重组分析,结果显示,这2个毒株都以PRRSV-pig-CHN-TJ-200-610(EU860248.1)疫苗毒株为骨架,其中PRRSV/pig/CHN/JTS/201606毒株在ORF1a蛋白的1429-1522 aa区域存在独特的94 aa的缺失,PRRSV/pig/CHN/TG/201711毒株在1013-1132aa区域存在120 aa的缺失。综上,本研究结果表明,PRRSV疫苗株基因组中核苷酸的突变和缺失产生的新毒株是造成猪场疫苗免疫失败的原因。     

2021—2022年华东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒的分子流行病学调查

为初步了解我国华东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的流行特点,2021—2022年采集华东地区480份临床疑似PRRSV样品,采用RT-PCR方法检测是否存在PRRSV,统计显示阳性为175份,阳性检出率为38.89%。对来自不同猪场的24个阳性样品的病毒ORF5基因测序,所有检测的毒株均属美洲型,共可以分为4个亚型,其中11个毒株属于高致病性PRRSV(HP-PRRSV)(Sublineage 8.7);6个毒株属于类NADC30毒株亚型（Sublineage 1.8）;4个毒株属于类NADC34亚型（Sublineage 1.5）。病毒GP5蛋白基因测序结果显示,流行毒株GP5蛋白aa3-39及aa185-200两个高变区出现变异。该研究表明我国该地区PRRSV流行毒株存在遗传多样性,基因型复杂,需要引起我们的重视。     

宁夏地区猪生殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的克隆及其变异分析

参考GenBank中登录的猪生殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)Jiangxi株和CH-la株的ORF5基因序列,设计并合成了1对引物,对宁夏回族自治区送检的18份PRRS阳性分离毒株进行RT-PCR扩增,获得约750 bp的DNA片段,将其分别克隆入pMD18-T栽体中,进行测序.应用DNAStar软件分析所测序列,并与ATCC VR-2332,BJ-4,RespPRRS MLV等毒株的ORF5序列进行比较,发现其核苷酸同源性为85.4%/～89.0%,与CH-la之间的核苷酸同源性为90.0%～98.2%,与欧洲代表株I,V的核苷酸同源性为55.9%～56.6%.基因系统进化树分析表明,发生于宁夏回族自治区的PRRSV属于美洲型,与CH-la遗传关系较近,归属同一基因亚型.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒四川株的分离鉴定及Nsp2生物信息学分析

为了解四川省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行情况及分子特征,本研究选用2012—2014年四川省不同地区采集并诊断为PRRSV阳性的病料,以Marc 145细胞进行病毒分离,经蚀斑纯化,病毒基因扩增、测序后与NCBI现有序列进行比对分析并通过构建系统进化树等方法研究分离株的分子特征。共成功分离到10株PRRSV,分析证明所有分离毒株均是高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(HP-PRRSV)株,序列比对显示,其中SC2012、SC2012-2株Nsp2部分基因与众多HP-PRRSV株核苷酸同源性在91%~97%之间,与经典毒株CH-1a株同源性为72.9%,与所有BLAST毒株相比存在新缺失位点,与CH-1a、BJ-4株相比,在Nsp2蛋白485 aa~498 aa处存在14个连续氨基酸缺失,其他8株均含30个不连续氨基酸缺失。氨基酸同源性比对显示,SC2012、SC2012-2株高变区与国内分离株同源性介于61.5%~97.2%之间。通过TCID50法测得SC2012、SCSN2012-1、SCSN2012-2、SCCD2012、SCLS2012、SCMY2012、SCBZ2012、SCXC2012、SCXJ2012和SC2012-2病毒毒价分别为10~(-5.41)/m L、10~(-6.5)/m L、10~(-7.29)/m L、10~(-6.41)/m L、10~(-5.5)/m L、10~(-7.67)/m L、10~(-6.29)/m L、10~(-6.8)/m L、10~(-7.41)/m L和10~(-6)/m L。以上结果表明,本研究所分离的SC2012、SC2012-2株是新变异毒株,为四川省PRRSV分子流行病学和遗传变异研究奠定了一定基础。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离及其基因组变异特征的研究

为了解猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)在河南省新乡地区猪体内的进化情况,笔者对河南省新乡地区某猪场送检的疑似猪繁殖与呼吸综合征的病料进行了病毒的分离鉴定,并采用PCR扩增得到了该病毒的全基因组序列,同时对分离病毒株的GP5和NSP2序列进行了比对分析。结果显示:成功分离并鉴定出1株美洲型PRRSV(XX2015),与中国代表毒株CH-1a中的核苷酸同源性是92.8%,与高致病性(HP)-PRRS病毒代表株Hu N4、Hu B1、He Nan-1、He NAN-A14株的核苷酸同源性则分别为97.2%、97.0%、97.2%、94.4%。对基因组的进一步分析表明,该毒株GP5蛋白非中和性表位处存在氨基酸变异,NSP2蛋白在第481位、第485~488位、第533~561位共缺失34个氨基酸。XX2015分离株是HP-PRRSV的一个代表株,该病毒株在NSP2蛋白中存在跳跃性突变,为进一步研究猪繁殖与呼吸综合征病毒的分子进化提供了分子证据。     

2007-2010年间我国西北地区猪繁殖与呼吸综合征病毒的分子流行病学调查

在过去的两个时间段内,作者从我国西北地区的15个猪场分离出32个病原样品,通过基因分子检测和测序分析以确定猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的感染和PRRSV的基因型。结果显示,PRRSV阳性检出率为35.9%,2007-2008年和2009-2010年的平均发病率分别为46.5%和29.3%。依据GP5完整基因的核苷酸序列所做的遗传进化树分析表明,所有的32株PRRSV田间流行株的基因型都属于北美洲型,且属于高致病性的PRRSV亚型。分离自新疆的毒株形成一个相对密切的基因分支,与以BJ0706株为代表的分子进化中间型的其他分离株也有较为密切的进化关系。此外,通过比较2007-2008年和2009-2010年分离自同一养猪场的毒株,发现16个分离株中15株表现相同的氨基酸突变,即V29→A29和N34→S34。调查结果表明,自2007年到2010年间PRRSV在我国西北地区和其他地区相继出现,而且显示一定的地域特征。同时,2009年之后的分离株在GP5基因上出现新的氨基酸突变。     

猪生殖与呼吸综合征病毒ORF6片段的cDNA克隆及鉴定

根据已发表的PRRSV基因组序列,设计并合成了1对特异扩增ATCC VR-2332株的ORF6基因的引物.以ATCC VR-2332基因组为模板,通过RT-PCR扩增出586 bp的cDNA产物.将该cDNA片段经T-A连接插入pGEM-Teasy载体中,用重组质粒转化大肠埃希氏菌JM109,获得重组质粒转化菌.对重组质粒DNA进行PCR及酶切鉴定,证明插入的DNA片段与PCR扩增的DNA片段大小相符.对整个ORF6进行序列分析,将测序结果与已发表的ATCCVR-2332序列相比较,证实插入片段为PRRSV VR-2332的ORF6片段的cDNA.     

广东省猪生殖与呼吸综合征病毒主要结构蛋白基因的变异分析

根据GenBank中猪生殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)美洲株(ATCC VR 2332)基因序列分别设计合成了针对PRRSV ORF3、ORF5和ORF6 基因的引物,利用RT PCR从广东省送检的5份病料中均分别扩增得到了大小约787、630 和550 bp的片段,将扩增的cDNA片段克隆入pMD 18 T载体并测序。应用DNAStar软件分析,并与国内外已发表毒株和疫苗株(RespPRRS/Repro、RespPRRS MLV)、LV4.2.1 株的序列进行比较。结果显示,这5 个毒株与CH 1a、HB 1(sh)、BJ 4、ATCC VR 2332、疫苗株等毒株ORF3、ORF5、ORF6 的核苷酸同源性分别为87.2%~98.7%、85.4%~96.8%、91.8%~98.9%,推导的氨基酸同源性分别为84.6%~97.6%、84.5%~95.5%、94.8%~98.9%;而与LV4.2.1株的核苷酸同源性分别为56.1% ~58.3%、54.4%~57.0%、62.2%~64.4%,推导的氨基酸同源性分别为53.9%~56.7%、54.0%~57.0%、78.0%~80.3%。基因系统发育树表明,广东省流行的PRRSV 与HB 1(sh)株的亲缘关系比较近。     

高致病性PRRSV的分离及其Nsp2和ORF5基因的序列分析

从广东省不同地区疑似高致病性猪生殖与呼吸综合征病料中分离出能引起Marc-145细胞病变的病毒,经RT-PCR检测,确定分离物中存在美洲型猪生殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),将此细胞病毒液命名为GDB1,用其感染回归5头40日龄健康仔猪,采集发病及死亡猪组织,重新用Marc-145细胞进行病毒分离,将再次分离到的病毒命名为GDB1F.对GDB1、GDB1F的Nsp2、ORF5基因序列进行测定分析.结果表明,单独感染猪2/2发病死亡,同居感染的3头猪全部发病,2头死亡;感染后2～4 d所有感染猪均出现体温升高.死亡猪表现为严重的出血性、间质性肺炎,肢体远端皮表出血.序列分析结果表明,GDB1和GDB1F株的Nsp2基因与国内高致病性PRRSV分离株JXA1、HN2 Nsp2、HNXT1、HNyz、HUB2、HUN1的同源性很高,达98.4%～99.0%.GDB1和GDB1F株的ORF5基因存在部分突变,没有缺失,与国内高病性PRRSV分离株JXA1、HUB2、JX0612、GDZC1的同源性高达97.5%～99.8%.     

猪生殖与呼吸综合征病毒NM1株的分离鉴定及其Nsp2基因的序列分析

从内蒙古某猪场患高热症病猪病料中分离到1株病毒,该病毒能在Marc-145细胞上增殖,产生细胞病变.经RT-PCR法鉴定证明,该病毒为美洲型PRRSV,将其命名为NM1.应用设计的特异性引物扩增NM1株的Nsp2基因,并与国内外PRRSV分离株的Nsp2基因序列进行了比较.结果表明,NM1株Nsp2基因推导的氨基酸序列出现30个不连续的缺失,与PRRSV高致病性毒株HUN4、HuB2、JXA1的核苷酸序列同源性分别为99.1%、99.0%和98.9%.动物回归试验结果显示,人工感染的5头仔猪全部发病,其中3头死亡,说明NM1株为发生变异的PRRSV,其致病力有所增强.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒Myanmar株全基因序列的测定与遗传变异分析

2010年首次从缅甸某发病猪场采集的疑似猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproductive and re-spiratory syndrome,PRRS)病料中分离到一株PRRSV,命名为PRRSV Myanmar株。应用RT-PCR方法分段扩增出Myanmar株的各基因片段,并将扩增产物分别连接到pEASY-T3载体并进行测序。序列测定结果表明,Myanmar株基因组全长15 411bp(不包括PolyA尾),包含10个开放阅读框,5′UTR长189nt,3′UTR长151nt。全基因序列与经典PRRSV VR2332株核苷酸序列的一致性为99.3%,与高致病性PRRSV NVDC-JXA1株核苷酸序列的一致性为89.5%。在非结构蛋白Nsp2区域并未出现特征性的30个氨基酸的缺失,而与欧洲型标准毒株(LV)核苷酸序列的一致性为54.6%。上述结果说明Myanmar株在基因型上属于经典美洲型。同时,遗传进化树分析显示,Myanmar株与PRRSV 01NP1.2株、RespMLV株、BJ-4株及PL97-1株的亲缘关系最近。     

2006～2008年重庆部分区县PRRSV分离株ORF5和Nsp2基因的遗传变异分析

为了解重庆市PRRSV流行毒株的遗传变异情况和分子流行病学背景,对2006～2008年分离到的14株重庆市内的PRRSV流行毒株进行了Nsp2和0RF5基因序列的测定和分析.结果显示,与2006年以来国内流行的变异毒株相比,Nsp2与ORF5基因的核苷酸同源性分别达到97.3%～99.5%和98.2%～99.7%,这2个基因推导的氨基酸序列同源性分别达到95.7%～99.2%和98.0%～99.5%.与传统毒株相比,Nsp2和ORF5基因及其推导的氨基酸都存在点突变,并在Nsp2基因内部存在编码30个氨基酸的碱基对的不连续缺失,ORF5基因未存在缺失.从遗传进化以及变异情况看,重庆市流行的PRRSV主要为变异毒株,属于美洲型中的亚群Ⅱ.     

犊牛血清对高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒增殖及其活疫苗的影响

为了研究在同一培养条件下,不同含量犊牛血清(FCS)对高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(HP-PRRSV)JXA1-R株病毒含量的影响,以及用其生产的疫苗质量、免疫效果的变化情况,采用4个不同含量的FCS对HP-PRRSV JXA1-R株进行了繁殖,并测定病毒毒价及疫苗样品的效价,监测免疫猪的体温变化,用ELISA方法检测免疫猪PRRSV特异性抗体水平。结果显示,用15～30mL/L犊牛血清培养的病毒的含量没有较大变化,但是随血清含量的增加而略有增高。样品疫苗的病毒含量没有明显变化,但是在免疫后测温过程中发现,血清含量高的样品疫苗在接种后第2～4天体温有短暂的高温波动,随后正常。采血检测抗体发现,血清含量高的样品疫苗产生的抗体也早3～5d。本试验结果可以为HP-PRRSV的培养及疫苗工艺的改进提供有效的参考数据。