聚合酶链反应诊断动物病毒的研究进展

聚合酶链反应（Poly－marasechainreaction，PCR）又称DNA体外扩增技术。它是用两个寡核苷酸作引物，通过DVA聚合酶催化的一系列反应，使DNA分子在体外成倍的扩增。PCR技术已广泛应用于遗传疾病的诊断，临床样品中病原体核酸序列的检测，法医样品的遗传学鉴定以及活动性癌基突变体的分析。现将近年来PCR诊断动物病毒病的研究情况作以下介绍。（一）口蹄疫病毒（FMDV）Laor等（1992）利用所描述的PCR程序和选自聚合酶基因上的两个引物进行PCR能够检测从FMDV感染细胞中萃取的FMDVDNA片段，而对未感染BHK细胞的RNA产生阴性…     

产蛋下降综合征病毒PCR检测方法的建立

根据已报道的腺病毒DNA序列 ,设计合成了 1对核苷酸引物 ,引物间隔约 63 0bp。用该引物对EDS76病毒内蒙古分离株 (N3 ,N4 )和参考株 (AV 1 2 7)核酸进行聚合酶链式反应 (PCR)。结果 ,均扩增出了约 63 0bp的特异性DNA片段。所建立的PCR方法可检出 1 0 0pg的样品模板。结果表明 ,此PCR方法是检测EDS76病毒的一种简便快速、特异性强和灵敏度高的方法     

RAPD技术及其在动物医学中的应用

PCR是 1985年兴起的一项基因体外扩增技术。十多年来在生命科学研究领域发挥了前所未有的作用。 1990年Williams等[1] 在PCR技术的基础上建立了一种新的揭示基因组多态性的方法 ,即随机扩增多态性DNA (RAPD)技术。虽然RAPD技术诞生的时间短 ,但由于它具有快速灵敏、程序简便等优点 ,所以在短时间内就被广泛应用。1　RAPD技术的原理及分子机制1.1　RAPD技术的原理RAPD技术是建立在PCR技术的基础上。它利用一系列 (通常数百个 )不同的随机排列碱基序列的寡核苷酸单链 (一般为 10碱基聚合体 )为引物 ,对所研究的基因组DNA进行P…     

采用二温式聚合酶链反应扩增鸡喉气管炎病毒TK基因的研究

建立了检测鸡喉气管炎病毒(ILTV)的二温式聚合酶链反应(二温式PCR),根据已报道的ILTV TK基因的序列,设计并合成了1对引物,用二温式PCR对5株不同ILTV DNA进行扩增.该对引物对5株ILTV DNA均扩增出与预期大小相一致的647 bp的扩增产物,而对新城疫病毒(NDV)、传染性支气管炎病毒(IBV)、禽呼肠孤病毒(ARV)、禽沙门氏菌、鸡毒霉形体和禽巴氏杆菌等6种禽病病原体的扩增,结果全部为阴性.该二温式PCR可检测到1fg的ILTVDNA模板,其敏感性比常规三温式PCR高1万倍.     

PCR检测鸭瘟病毒的研究

根据鸭瘟病毒DNA聚合酶基因序列 ,设计、合成了 1对引物 ,以 1株鸭瘟病毒疫苗株DNA为模板 ,进行PCR扩增 ,扩增出预期 5 6 3bp的目的DNA片段。将扩增出的DNA片段克隆到pMD18 T载体 ,经Amp/IPTG/X gal平板筛选 ,HindⅢ、XbaⅠ双酶切鉴定 ,获得阳性重组质粒。对重组质粒进行序列测定 ,与参考序列比较 ,二者同源性为 99.3%。小鹅瘟病毒、鸭肝炎病毒、鹅副黏病毒PCR扩增均为阴性。用此方法检测人工感染和自然感染鸭瘟的组织 (脑、肝、脾 ) ,均能检测到鸭瘟病毒DNA。PCR检测鸭瘟病毒具有高度的特异性、敏感性 ,能够用于鸭瘟急性及亚临床感染的检测与诊断     

聚合酶链反应检测绵羊肺炎霉形体的研究

参照基因库中已发表的绵羊肺炎霉形体Y98株的 1 6SrDNA序列 ,设计合成了 1对引物 ,建立了聚合酶链反应 (PCR)检测绵羊肺炎霉形体的方法。结果显示 ,所建立的PCR能特异扩增绵羊肺炎霉形体的DNA ,而对照的菌株均为阴性 ;其敏感性可达 1pg。经对绵羊肺炎霉形体分离株HD 1的扩增产物进行测序 ,并与绵羊肺炎霉形体标准株Y98的 1 6SrDNA序列进行比较 ,发现有 6个碱基的差异     

应用PCR-RFLP分析鉴别广西鸡毒霉形体

针对鸡毒霉形体 (MG) 16S和 2 3SrRNA基因间的高变区序列设计合成了 1对引物 ,对MG菌株进行了PCR扩增 ,获得了 1条 899bp的DNA片段 ,而其他禽病病原DNA无扩增。扩增产物经用限制性内切酶AfaⅠ和DraⅠ进行酶切片段长度多态性分析 ,表明各MG菌株酶切图谱间均存在差异。     

应用三重聚合酶链反应同时检测鉴别鸡3种病毒性呼吸道传染病的研究

根据鸡新城疫病毒(NDV)、鸡传染性支气管炎病毒(IBV)和鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)的基因文库,设计了3对分别与NDV、IBV和ILTV某段基因序列互补的引物.用这3对引物对同一样品中的NDV、IBV、ILTV核酸模板进行三重PCR扩增,结果均同时得到了3条与设计相符的310 bp(NDV)、1720 bp(IBV)和647 bp(ILTV)三重PCR扩增带,而对其他6种禽病病原的PCR扩增结果均为阴性;敏感性测定结果表明,该三重PCR技术能检出10pg的IBV、1pg的NDV RNA模板和10 pg的ILTV DNA模板.     

减蛋综合征病毒套式PCR检测技术的研究

从GeneBank的1段含六邻体蛋白基因、蛋白酶基因、DNA结合蛋白基因的序列中,应用Primer软件设计了2对引物.用这2对引物在分别对反应体系成分和聚合酶链反应(PCR)试验条件进行优化后,成功地建立了减蛋综合征病毒(EDSV)套式PCR检测技术.对鹌鹑源EDSV QAVC-94株、AV-xb西北分离株、AV-127国际标准株扩增结果,第一轮PCR得到约290 bp的特异性片段,第二轮PCR得到约90 bp的片段,与预期的289 bp、89 bp的设计相符合.而传染性腔上囊病病毒(IBDV)疫苗株B87、鸡新城疫病毒(NDV)Ⅳ系疫苗株(LaSota)和正常尿囊液等对照的扩增结果均未显示任何扩增条带,有很好的特异性.所建立的套式PCR检测方法具有特异、灵敏、快速的优点,其灵敏度比常规PCR灵敏100倍,可检测出0.01fg的DNA模板.     

PCR检测鸡毒霉形体和鸡滑液囊霉形体的研究

根据禽霉形体 16SrRNA的基因序列设计、合成了 1对引物 ,用这对引物对鸡毒霉形体 (Mycoplasmagallisep ticum ,MG)和鸡滑液囊霉形体 (Mycoplasmasynoviae ,MS)菌株DNA进行PCR扩增 ,得到了与预期大小相一致的约 5 80bp的PCR产物 ,而这对引物对其他禽病病原DNA或RNA模板的扩增结果为阴性。PCR方法对MG和MS的最小检出量分别为 2 pg和 3pg。应用已建立的PCR方法检测MG人工感染样品和临床样品 ,从人工感染样品中均检测到MG ,临床样品的MG阳性检出率为 10 .2 5 % ,高于常规分离培养的阳性检出率     

利用PCR检测鸭瘟病毒

参照文献 ,设计和合成了 1对引物。用这对引物 ,以标准毒株DPVF3 4的DNA为模板 ,经PCR扩增出 1个特异的DNA片段。经序列测定 ,该DNA片段由 42 0bp组成。与文献报道的序列比较 ,该片段为鸭瘟病毒UL6基因DNA的一部分 ,与美国毒株LakeAndes(LA)的同源性达 99%。用该PCR方法扩增小鹅瘟病毒、细小病毒和禽巴氏杆菌 ,结果为阴性。以该PCR方法检测 6份送检病料 ,5份为阳性 ,检出率与病毒的分离一致。另外 ,该方法检测DPVDNA的敏感性达到了 1pg水平     

鸡传染性喉气管炎病毒TK基因的克隆与鉴定

根据鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)TK基因的核苷酸序列,设计并合成了1对引物,利用该对引物扩增出了长1800bp的TK基因核苷酸片段.将该基因克隆入PGEM-T载体后,对其进行酶切分析和序列测定.结果表明,扩增片段与发表的ILTV的TK基因核苷酸序列一致.以ILTV、正常绒毛尿囊膜组织、鸡传染性支气管炎病毒(IBV)、鸡新城疫病毒(NDV)感染鸡胚的尿囊膜DNA为模板进行PCR反应,结果该PCR反应体系对ILTV是特异的.敏感性试验表明,该PCR系统能检出50 pg的ILTV感染尿囊膜的DNA.     

应用聚合酶链反应扩增鸡传染性喉气管炎病毒TK基因的研究

根据鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)TK基因的核苷酸序列设计并合成1对引物,用该引物对4株不同的ILTV进行PCR扩增.结果全部ILTV毒株均获得与试验设计相符的647 bp的扩增片段,而对其它6种禽病原体的扩增结果均为阴性;敏感试验表明,该引物能检出10 pg的ILTV DNA.     

五种禽呼吸道病病原多重PCR检测方法的建立和应用

根据GenBank中禽流感病毒(AIV)、新城疫病毒(NDV)、鸡传染性支气管炎病毒(IBV)、鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)和鸡毒支原体(MG)的基因序列,设计了5对特异性引物,建立了分别针对鸡AIV、NDV、IBV、ILTV和MG的多重PCR鉴别诊断方法,并进行了退火温度、引物浓度和TaqDNA聚合酶浓度的优化,以及特异性、敏感性试验和临床应用。结果表明,设计的5对引物对同一样品中的RNA(AIV、NDV、IBV)和DNA(ILTV、MG)进行多重PCR扩增,均同时得到5条片段大小与设计相符的特异性片段,即268bp(AIV)、321bp(NDV)、457bp(IBV)、662bp(ILTV)和732bp(MG);建立的多重PCR方法具有较强的特异性和较高敏感性,能检测出1pgAIV、1pgNDV、10pgIBV的RNA和1pgILTV、10pgMG的DNA。对鸡临床样品的检测结果证明,该方法在临床诊断方面具有广阔的应用前景。     

猪鼻支原体LAMP快速诊断检测方法的建立

采用环介导等温扩增(LAMP)技术,以猪鼻支原体的P37基因序列为靶基因,设计1组特异性引物,对反应体系的引物浓度、MgSO_4、dNTPs、反应温度和时间进行优化,并进行了特异性和灵敏度试验,旨在建立猪鼻支原体(Mhr)的简便、快速、准确的分子检测方法。同时应用所建立的方法对临床样品进行检测,结果显示,最佳反应体系为MgSO_46 mmol/L,dNTPs 1.2 mmol/L,内引物(FIP/BIP)1.6 μmol/L,外引物(F3/B3)0.2 μmol/L,Bst DNA聚合酶8 U,60℃扩增60 min。灵敏度是常规PCR的100倍并且与其他病原菌无任何交叉反应。对23份呼吸道疾病临床样品进行检测的结果显示,普通PCR和LAMP的检出率分别为23.4%和79.6%。表明建立的LAMP检测方法可以用于Mhr的常规检疫。     

羊痘病毒多重PCR检测方法的建立

根据羊痘病毒(CaPV)末端反向重复序列中的一段序列和P32基因序列,设计合成了2对引物,通过确定最佳的PCR反应条件,建立了检测羊痘病毒核酸的多重PCR方法.结果显示,用这2对引物均能扩增出羊痘病毒相应的特异性片段,而用此PCR方法检测口蹄疫病毒和羊口疮病毒,结果均为阴性.与中和试验比较,建立的PCR方法具有更好的敏感性.表明,该PCR方法可对组织病料中的CaPV进行快速检测.     

应用多重聚合酶链反应检测四种霉形体的研究

根据鸡毒霉形体 (MG)、滑液囊霉形体 (MS)、衣阿华霉形体 (MI)和火鸡霉形体 (MM )的基因文库 ,设计了 4对分别与MG、MS、MI和MM某段基因序列互补的引物 ,用这 4对引物对同一样品中的MG、MS、MI和MM的DNA模板进行多重PCR扩增。结果 ,均同时得到了 4条特异性的大小与试验设计相符的 732bp(MG)、2 0 7bp(MS)、2 99bp(MI)、85 0bp(MM )多重PCR扩增带 ,而对其他 6种禽病病原体的PCR扩增结果均为阴性。敏感性测定结果表明 ,此多重PCR能同时检出 1pg的MG、MS、MI和MMDNA模板     

中国南方七省份牛无浆体病的流行病学调查

为了调查我国南方地区牛羊感染牛无浆体的状况,用PCR检测了采自四川、重庆、云南、贵州、广西、湖南、广东等七省(区、市)共685份牛和羊的血液样品的DNA。PCR方法以16SrRNA基因为靶标,采用无浆体属通用引物EE1/EE2和牛无浆体特异性引物AB1f/AB1r对采集样品的全血基因组进行套式PCR扩增。PCR结果显示:四川省样品感染率为17.5%;重庆市样品感染率为25.7%;云南省样品感染率为29.6%;贵州省样品感染率为59.1%;广西壮族自治区样品感染率为14.0%;湖南省样品感染率为8.2%;广东省样品感染率为23.7%。调查证实了牛无浆体在我国南方地区有广泛的分布,该调查丰富了我国牛无浆体的流行病学资料。     

猪生殖与呼吸综合征病毒ORF6片段的cDNA克隆及鉴定

根据已发表的PRRSV基因组序列,设计并合成了1对特异扩增ATCC VR-2332株的ORF6基因的引物.以ATCC VR-2332基因组为模板,通过RT-PCR扩增出586 bp的cDNA产物.将该cDNA片段经T-A连接插入pGEM-Teasy载体中,用重组质粒转化大肠埃希氏菌JM109,获得重组质粒转化菌.对重组质粒DNA进行PCR及酶切鉴定,证明插入的DNA片段与PCR扩增的DNA片段大小相符.对整个ORF6进行序列分析,将测序结果与已发表的ATCCVR-2332序列相比较,证实插入片段为PRRSV VR-2332的ORF6片段的cDNA.     

应用复合PCR方法检测沙门菌的研究

参照文献报道的沙门菌Repeatse和hisJ基因片段的引物序列 ,设计并合成了 2对引物 ,对沙门菌属和非沙门菌属的标准菌株及分离菌株进行了复合PCR扩增反应。结果 ,沙门菌PCR产物均出现 199bp与 4 95bp的特异性DNA扩增条带 ,而非沙门菌均未出现扩增条带 ,证明这 2对引物具有沙门菌属特异性。将提取的沙门菌DNA做梯度稀释 ,测定该复合PCR体系的敏感度。结果表明 ,此体系可检出 10 3CFU/mL菌液提取的DNA模板。应用上述方法 ,对进境鱼粉阳性样品进行了检测 ,均出现阳性结果。本研究表明 ,复合PCR是一种特异、敏感、快速的沙门菌检测方法 ,可应用于口岸系统鱼粉、肉骨粉的日常检测。