帕利亚姆病毒血清型特异性RT-PCR检测方法的建立

帕利亚姆血清群病毒(Palyam serogroup virus,PALV)包含多种血清型病毒,我国存在Chuzan virus(CHUV)、Bunyip Creek virus (BCV)和D'Aguilar virus (DAV)三种血清型PALV毒株的流行,目前尚无PALV血清型特异性RT-PCR检测方法的报道。本研究根据获取的中国CHUV、BAV和DAV这三种PALV血清型毒株的Seg-2序列,设计合成了3对特异性引物,建立了PALV血清型特异性一步法RT-PCR检测方法。灵敏度试验结果显示,CHUV、BCV和DAV血清型鉴定引物可分别检测到1.3×10~2 copies、8.0×10~2 copies和5.5×10~2 copies的核酸;特异性试验结果表明,本研究建立的PALV血清型特异性检测方法与蓝舌病病毒(BTV)、流行性出血病病毒(EHDV)、非洲马瘟病毒(ASHV)均无交叉反应。本研究建立的PALV血清型特异性RT-PCR检测方法具有良好的特异性和较高的灵敏度,为开展PALV的诊断与流行病学监测提供了有效的技术手段。     

中国蓝舌病病毒血清5型毒株的分离与鉴定

为掌握我国云南省蓝舌病病毒(BTV)的流行情况,笔者在云南省师宗县设定哨兵动物,定期从哨兵动物上采集血液进行BTV分离。2012年笔者通过"鸡胚-C6/36细胞-BHK细胞"接种的方式从哨兵牛上分离出1株BTV(毒株号:V084/YN/2012),电镜观察显示,病毒粒子无囊膜,直径约80 nm,表面分布有纤突。血清中和试验表明,分离的病毒为蓝舌病病毒血清5型(BTV-5),使用抗BTV-5型的多克隆抗体为一抗进行间接免疫荧光染色,进一步证实分离毒株为BTV-5型。设计特异性引物对V084/YN/2012毒株的Segment 2 (Seg-2)与Segment 3 (Seg-3)的ORF区进行RT-PCR扩增与克隆测序,序列分析结果显示,V084/YN/2012与BTV-5型参考毒株(RSArrrr/05)的Seg-2核酸序列相似度为95.4%,在系统发育树上聚为一簇,属Seg-2基因E型;Seg-3在系统发生树上属Eastern topotype型,与中国BTV-4型YTS4毒株聚为一簇,核酸序列相似度高达97.5%。病毒蚀斑与增殖曲线测定试验表明,V084/YN/2012与实验室保存的BTV-5型参考毒株(RSArrrr/05)在BHK21细胞上可形成形态大小相近的病毒蚀斑,二者在BHK21细胞上的增殖特性也基本一致。本研究确认了BTV-5型V084/YN/2012毒株在我国的分离,掌握了病毒Seg-2与Seg-3基因的遗传特征以及病毒在BHK21细胞上的增殖特性。研究结果为进一步开展中国BTV-5型的基因组测序、流行病学调查与致病性研究奠定了基础。     

广东蚊东南亚十二节段病毒属芒市病毒的分离与鉴定

为了解广东蚊携带虫媒病毒的情况,2014年6月在汕头市濠江区采集蚊标本,用细胞培养法分离病毒,对病毒分离物进行形态学、基因组带型和分子生物学鉴定,测定S1、S2、S3片段序列,并对序列进行同源性和系统进化分析。从采集到的蚊中分离到2株致C6/36细胞产生病变的分离物(编号为GD1和GD7)。电镜观察显示,完整病毒颗粒呈球形,直径约66 nm,无包膜。琼脂糖凝胶电泳结果显示,GD1和GD7两株新分离病毒基因组为12节段,其带型与2015年仅在云南新分离出的东南亚十二节段病毒属芒市病毒相似。新分离的2株病毒GD1和GD7的S1、S2、S3片段核苷酸序列同源性均为100%,与芒市病毒DH13M041核苷酸序列同源性最高,均为98.2%、99.2%、98.5%,而与十二节段病毒属中其他病毒如版纳病毒、辽宁病毒、卡皮罗病毒和Balaton病毒核苷酸序列同源性分别低于69.1%、62.7%、57.6%。GD1和GD7两株病毒S1、S2、S3片段核苷酸序列系统进化分析结果均显示,2株新分离病毒的亲缘关系最近,且与芒市病毒DH13M041位于同一分支上,亲缘关系较近,而与东南亚十二节段病毒属其他病毒具有明显差异。提示这2株广东新分离病毒为芒市病毒,这是除云南以外地区首次分离到该病毒,此次在广东分离到芒市病毒扩大了对东南亚十二节段病毒属病毒地域分布的了解。     

伪狂犬病病毒四川流行株的分离鉴定及gE和gD基因的序列分析

为了解当前四川省伪狂犬病病毒(PRV)流行株的生物学特性及分子特征,2015年从四川省9个市13个猪场采集了13份疑似猪伪狂犬病病毒感染发病病例的脑组织,采用PCR鉴定、PK-15细胞分离培养、蚀斑纯化和动物回归试验等方法从脑组织中共分离得到4株PRV,分别命名为PRV-SC-1、PRV-SC-2、PRV-SC-3、PRV-SC-4。通过对gE、g D基因序列进行遗传进化分析,结果表明,本次分离得到的PRV-SC-3株(G en Bank登录号:KU 605803)与N CBI上公布的中国广东2013年分离株KR051971.1和2015年分离株KT 936476.1的亲缘关系最近(同源性为100%),属于同一进化分支,它与2010年公布的比利时分离株F J605132.1的亲缘关系最远(同源性为97.5%);对PRV-SC-3株gE糖蛋白的生物信息学分析结果显示,分离株PRV-SC-3的T细胞抗原表位较2012年后国内分离株未发生变化,但其较比利时分离株减少了2个酪氨酸磷酸化位点。本研究结果为四川省伪狂犬病最新流行动态及病毒变异情况研究奠定了基础。     

牛传染性鼻气管炎病毒的分离鉴定及其遗传进化分析

采集内蒙古地区疑似发生牛传染性鼻气管炎的发病牛的鼻拭子液,经MDBK细胞连续传代培养,分离获得1株病毒,该病毒在MDBK细胞上增殖致细胞病变。经PCR鉴定、间接免疫荧光试验和动物回归试验,证明该分离株为牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV),对牛具有较强的致病性,将其命名为IBRV NM8株。通过PCR扩增分别获得gB和gE全基因序列,遗传进化分析表明,IBRV NM8株g B和g E基因与BHV-1型参考毒株的同源性较高,位于同一进化分支,而与BHV-5型参考毒株位于不同的进化分支。NM8株gB基因与Cooper株、MN12株、Los Angeles株和NM06株等的亲缘关系相对较近,而g E基因与瑞典的Salwa株的亲缘关系较近,位于同一分支。上述研究结果将为我国IBRV流行病学研究提供新的数据,并为相关后续研究奠定基础。     

猪流行性腹泻病毒YZ2016全基因组测序与稳定性分析

2016年我国江苏扬州某规模化养猪场暴发严重腹泻,本实验室通过RT-PCR确定其病原为猪流行性腹泻病毒(PEDV)。将阳性样品接种Vero细胞,盲传5代后出现典型病变,并通过RT-PCR及间接免疫荧光试验确定成功分离到PEDV毒株,命名为PEDVYZ2016。采用分段重叠法对分离株基因组扩增测序,获得其全长序列。遗传进化分析显示PEDV YZ2016与近年流行毒株亲缘关系较近,与经典毒株亲缘关系较远。PEDV YZ2016与BJ-2011-1、LZW全基因组核苷酸序列一致性可达99. 2%,与BJ-2011-1、OKN-1/JPN/2013 S基因推导氨基酸序列一致性可达98.5%。此外,分离株S基因发生多处点突变,导致其抗原表位及糖基化位点均发生部分改变。同时,序列比对分析显示不同代次的S、ORF3、N基因核苷酸突变率均极低。结果表明,本研究分离的PEDV YZ2016株属流行变异毒株,且在传代过程中遗传稳定性良好。     

犬细小病毒广西流行株的分离鉴定及生物学特性分析

为了解当前犬细小病毒广西地方毒株的生物学特性,本研究收集广西各地疑似犬细小病毒(CPV)感染病犬的粪便通过接种F81细胞进行病毒的分离培养,并通过血凝试验、抗性分析、同源性分析和攻毒试验等对分离毒株的生物学特性及致病力进行研究。结果显示,接种3代后,细胞出现明显的病变(CPE),血凝效价为1∶512,第5代病毒的TCID_(50)为1×10~(-3.6)/0.1 m L,能抗热、酸、氯仿和乙醚;电镜观察到CPV为直径约25 nm圆形、无囊膜的结构,应用CPV特异性引物检测到长约1 419 bp和1 254 bp的特异性条带,提示成功分离到一株犬细小病毒毒株;测序分析结果表明,VP2基因与周边国家地区及我国各地方的参考毒株、流行株核苷酸同源性为98.9%~99.8%;系统进化发生分析表明,广西分离株的基因型为CPV-2a亚型,与泰国参考毒株VT148亲缘关系最近;与其它CPV-2a亚型相比,分离株的第267位、305位、324位和440位氨基酸位点发生了变异;动物回归试验结果表明,犬细小病毒广西分离株属于强毒株。本研究成功分离到犬细小病毒广西地方流行株,并对其主要衣壳蛋白VP2基因进行遗传变异分析,为更好的预防和控制犬细小病毒提供依据。     

一株猪源1型呼肠孤病毒的分离及鉴定

为了研究猪呼肠孤病毒的分子生物学特性,通过在细胞培养液中添加胰酶的方法,从仔猪腹泻粪样中分离、纯化并鉴定了1株能在Vero细胞上稳定产生细胞病变,以细胞颗粒增多、肿胀、漂落等细胞病变为主要特征的猪源1型呼肠孤病毒SHR-A株。根据呼肠孤病毒的理化特性,对病毒进行初步纯化,然后进行电镜观察、核酸提取、RNA电泳、RT-PCR、各病毒基因扩增和克隆测序等常规病毒学鉴定。SHR-A株S1基因的同源性分析和核苷酸系统发育进化树分析表明,该病毒与哺乳动物呼肠孤病毒血清1型的同源性较高,而与血清2型和3型的同源性较低,因此初步判断该SHR-A株为血清1型,为国内首次报道从猪体内分离到血清1型的呼肠孤病毒。进一步分析发现,SHR-A的S1基因全长为1 465bp,其3′-UTR为3型,其余部分则为1型,说明其S1基因是1型和3型的嵌合体,此结果表明,哺乳动物呼肠孤病毒作为RNA病毒,基因重组可能是其除基因突变和基因重排以外的第3种病毒变异进化的重要方式。     

2007-2011年广东省猪圆环病毒2型分离株的遗传变异分析

为了解广东省2007-2011年猪圆环病毒2型(PCV2)流行毒株的遗传变异情况,采用PCR方法对本实验室分离到的49株PCV2分离株进行全基因组克隆和序列分析。所分离的毒株全长分别为2株1 766bp、45株1 767bp、2株1 768bp。通过序列比对进行遗传变异分析,无论是这49株病毒间还是与GenBank中的8株PCV2基因组间的核苷酸同源性均为93.2%～99.9%;在遗传演化关系上,49株分离株分布于2个大群,分别为PCV2b和PCV2d分支。提示目前疫苗毒株不处于广东地区PCV2流行毒株分支中,应该引起高度的重视。     

口疮病毒XC13株的分离鉴定

采用MDBK细胞对西昌市某山羊场疑似患有口疮的山羊病料进行分离培养,经动物回归试验、PCR、遗传进化分析等对分离毒株进行鉴定。结果表明,病料在MDBK细胞上产生致细胞病变;接种病料的山羊出现典型的传染性脓疱;PCR从分离毒株中扩增出F1L基因片段,该基因片段序列与口疮病毒(ORFV)参考株FJ-SL2、FJ-SL1的核苷酸序列的同源性分别为99.8%、99.5%,亲缘关系较近,遗传进化分析处于同一分支上。本研究从疑似口疮病料中成功分离鉴定出1株口疮病毒,遂将其命名为ORFV XC13。     

广东某奶牛场蓝舌病病毒分离株血清型与基因型的鉴定

为了解广东省蓝舌病病毒(BTV)流行的主要血清型及基因型,于2013-2014年在广东省汕头市某奶牛场进行了蓝舌病病毒监测及病毒分离,同时扩增了分离株的VP7和VP2基因,采用生物信息学软件进行序列分析并构建系统进化树。结果显示,从64份BTV抗体阳性牛、山羊血液中分离到16株BTV,主要血清型为BTV-2、BTV-4、BTV-12和BTV-16。遗传进化分析表明,其中3个BTV-2分离株与我国台湾(AY493687)、日本(AB686224)、澳大利亚(JQ240322)的分离毒株的遗传关系较近;8个BTV-4分离株与1997年分离自我国云南的毒株(JX560414)同属一个进化分支;2个BTV-12分离株与印度毒株(KC662613)位于同一分支;4个BTV-16分离株与日本毒株(AB686225和AB686226)同在一个大分支上。本研究结果为丰富我国蓝舌病的流行病学资料和疫苗研制奠定了基础。     

犬细小病毒SH14株的分离鉴定及其VP2基因的序列分析

为分离犬细小病毒(canine parvovirus,CPV),用疑似犬CPV感染的病犬肠组织研磨液接种猫肾细胞(CRFK),进行病毒分离,并利用常规病毒学和分子生物学方法以及动物回归试验鉴定分离的病毒,并对其VP2基因序列进行测定及分析。结果显示,该病毒能在CRFK细胞上良好生长并产生细胞变圆、脱落等特征性细胞病变;细胞培养物能扩增出CPV的特异性基因组;对病毒的VP2基因序列和推导的氨基酸序列进行分析,结果表明,本研究的分离毒株属于New CPV-2a型,与CPV SH-2/2011株的亲缘关系最近,其核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为99.83%和100%。上述结果表明,成功分离到1株New CPV-2a型犬细小病毒,将其暂命名为SH14株。本研究结果为进一步研究我国犬细小病毒的进化和变异,以及疫苗的研制奠定了物质基础。     

猪源伪狂犬病病毒福建龙岩分离株的鉴定及其TK基因和gE基因的分子特征

从福建省某规模化猪场疑似猪伪狂犬病发病仔猪的脑组织中分离到1株病毒,通过病理剖检、PCR鉴定、病毒分离培养等方法证实该病毒为伪狂犬病病毒(PRV)野毒株,并命名为Fujian-LY株。对其主要毒力基因TK和gE的分子特征和遗传进化关系进行分析,结果表明,Fujian-LY株TK基因与参考序列的核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为98.5%~99.8%和98.1%~99.4%;gE基因核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为97.6%~99.8%和95.5%~99.3%。氨基酸多序列比对发现,Fujian-LY株TK基因在2个位点发生了独特性的氨基酸突变,即第16位氨基酸由K→R和第129位氨基酸由S→G。其中,第16位氨基酸突变导致TK蛋白ATP结合结构域由-G**G*GK-转变为-G**G*GR-。gE氨基酸序列最具特征性的变化是第48位和第496位各有1个天冬氨酸(D)的插入,该插入特征为PRV变异毒株的重要标志。遗传进化树分析结果表明,Fujian-LY株与2012年以来国内不同省份分离的PRV变异株的亲缘关系较近,属于近年来流行的PRV变异毒株,而与PRV经典株的亲缘关系相对较远。     

北京地区犬冠状病毒的分离鉴定及遗传进化分析

采集北京地区宠物医院2～4周龄发生腹泻的幼犬粪便样品,经胶体金和PCR,将其初筛为犬冠状病毒(CCoV)阳性。然后,将其处理液接种于MDCK细胞和CRFK细胞,进行连续传代培养,出现特征性细胞病变。通过形态学观察、RT-PCR鉴定、间接免疫荧光试验,证明该分离株为犬冠状病毒,遂将其命名为CCoV BJ02株。针对M基因通过RT-PCR法鉴定分离株的基因型,证明其为CCoV-Ⅱ型。Reed-Muench法测得CCoV BJ02株的TCID_(50)为10~(–5.2)/100 L。通过绘制一步生长曲线发现,该病毒在48小时左右收毒效果最好。遗传进化分析表明,CCoV BJ02株与日本分离株CCoV fc1株位于同一分支中,同源性最高,有较近亲缘关系。上述研究结果为深入了解北京地区CCoV的流行情况,给犬冠状病毒病的诊断、防治及后续研究奠定了基础。     

猫细小病毒广西分离株FPV-GX01全基因的克隆及遗传进化分析

为了解广西地区猫细小病毒(feline parvovirus,FPV)的生物学特性,阐明其基因组与遗传进化等特征。笔者采集经胶体金检测FPV阳性的粪便样品接种FK81细胞,进行病毒分离及理化特性鉴定,同时利用PCR分段扩增病毒基因组DNA,并与国内外分离株进行同源性及遗传进化比较分析。结果显示,分离株在FK81细胞上盲传3代后出现CPE,猪红细胞血凝价达1∶1 024,第5代病毒TCID50测定为10-5.2/0.1 m L,该毒株对热、酸、氯仿及乙醚有较强的抵抗力,将分离株命名为FPV-GX01。全基因测序结果表明,分离株基因组为4 901 bp,与2007年我国猫源细小病毒株FPV-XJ1同源性高达99.0%,属同一分支。氨基酸位点分析显示,FPV-GX01株VP2蛋白功能较少发生突变,与犬细小病毒(canine parvovirus,CPV)氨基酸位点存在宿主差异;FPV-GX01 NS1蛋白序列上没有VP2蛋白稳定,第619位异亮氨酸突变成苯丙氨酸。广西地区分离的猫细小病毒也在不断发生遗传变异进化,本研究对该地区猫细小病毒的进化特征提供了一定的参考。     

藏獒源犬细小病毒的分离鉴定

为弄清犬细小病毒(CPV)在藏獒中的流行情况,将临床上经胶体金试纸检测为阳性的藏獒直肠棉拭子8份处理后接种猫肾传代细胞(F81细胞),分离到6株病毒,对其进行了血凝试验(HA)、半数组织培养物感染剂量(TCID50)的测定,理化性质鉴定,提取分离株DNA并通过聚合酶链式反应(PCR)扩增其一特异性片段和VP2全序列,并与GenBank上登录的CPV毒株进行比对。结果表明,接毒后第6～13天在F81细胞上出现了明显的细胞病变(CPE),表现为细胞融合、变圆或拉长;所得分离株能使猪红细胞发生凝集反应,血凝效价为27～211;能抗酸(pH3)、热(60℃)、200mL/L乙醚、480mL/L氯仿;从细胞培养物中分别扩增出与特异性片段825bp一致以及与VP2全基因1 755bp一致的条带。将扩增的VP2序列与GenBank上登录的HQ883267.1、FJ222823.1、FJ005214.1等10个国内外CPV分离株的VP2序列进行比对;结果显示,与北京地区一分离株(HQ883267.1)的同源性最高,为99.0%～99.6%。所得分离株为不同毒株,但均为CPV-2a型。     

猪伪狂犬病病毒变异株R13028株生物学特性及致病性的研究

为了解天津地区猪伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)的流行情况,2013年从疑似PRV病例中分离纯化获得一株野毒株(R13028株),对其gC基因进行测序及分析,并研究病毒的细胞增殖特性和致病性.结果 显示,R13028株与参考毒株相比在139位至189位缺失51 bp核苷酸,遗传进化分析显示该...     

禽呼肠孤病毒鸡源分离株的鉴定与人工感染试验

从临床患病鸡关节病料中分离到一株病毒,在电镜下观察到病毒粒子无囊膜,有双层衣壳,外衣壳直径约75 nm,内核约50 nm;分离病毒株对酸、热有较强的抵抗力,对乙醚不敏感;病毒感染鸡胚成纤维细胞上能产生以融合细胞为特征的CPE;爪垫接种1日龄雏鸡表现出明显的病毒性关节炎临床症状,并伴有吸收障碍型和坏死型的病理变化;血清中和交叉试验表明,该病毒分离株与国内的2株番鸭源呼肠孤病毒(YH和YB)分离株和国外S1133呈不同程度的交叉反应。通过对分离病毒株进行电镜观察、理化特性试验、病毒感染力测定、致病性试验、血清学试验,可以确定该分离病毒为禽呼肠孤病毒。     

两株乙型脑炎病毒的分离鉴定与生物学特性研究

2009年从四川多个地区的猪场采集流产死胎及库蚊样本12份,采用BHK-21细胞培养方法分离出2株乙型脑炎病毒,分别命名为JEV-CZ1与JEV-YA1,PrM/C基因与疫苗株SA-14-14-2的同源性分别为90.9%与99.6%,基因分型研究显示JEV-CZ1株为基因Ⅰ型乙型脑炎病毒,JEV-YA1株为基因Ⅲ型。分离株在BHK-21细胞中能产生明显的细胞病变,其细胞半数感染量(TCID50)分别为10-6.206 TCID50/0.025mL与10-4.943 TCID50/0.025mL。经脑内注射测得分离株对体重9～11g小鼠的半数致死量(LD50)分别为9.97LD50/0.1mL和6.95LD50/0.1mL,其中JEV-CZ1株毒力较强。小鼠接种分离株3～4d后出现抽搐、肢体痉挛、异常兴奋等神经症状,5～7d后全部死亡,剖检可见脑部充血、水肿;病理切片观察可见脑内神经细胞变性坏死,其他器官也出现不同程度的病变。结果表明这2个分离株符合乙型脑炎病毒的特征。     

四株广东鸽源新城疫病毒的生物学特性

采用RT-PCR方法从广东省分离的4株鸽新城疫病毒中扩增出F和HN基因片段,并对其进行克隆及序列分析,另外对该4株分离株进行了致病指数的测定。结果发现,分离株NDV/GD-1的静脉接种致病指数为1.84,脑内接种致病指数为1.287 5,鸡胚平均死亡时间为78h;NDV/GD-2的静脉接种致病指数为1.55,脑内接种致病指数为1.162 5,鸡胚平均死亡时间为138h;NDV/GD-3的静脉接种致病指数为0.44,脑内接种致病指数为1.35,鸡胚平均死亡时间为126h;NDV/GD-4的静脉接种致病指数为2.51,脑内接种致病指数为1.35,鸡胚平均死亡时间为84h;分离株NDV/GD-2属于基因Ⅱ型;NDV/GD-4属于基因Ⅶd型,与广西株Gxp40亲缘关系最近;NDV/GD-1、NDV/GD-3均属于基因Ⅵ型,与云南分离株Pigeon/China/YN亲缘关系最近;比较分离株与流行的新城疫基因Ⅶ型毒株的F全基因序列以及分离株与常用疫苗株的F、HN全基因序列,发现核苷酸和氨基酸差异较大,证实这4株分离株的生物学特性均有不同程度的差异。