印记基因5个SNP分型及亲代来源的检测

目的 采用复合PCR-Snapshot联合甲基化敏感酶切技术,检测印记基因中5个SNP的甲基化状态、印记亲代来源及分型.方法 选择15例亲子鉴定已证实为亲生关系的家系样本,采用单碱基延伸复合检测技术,检测家系样本IGF2AS rs1003483、SNURF rs220028、SNURF rs4906939、DLGAP2 rs6558478、SIM2 rs737380等5个SNP分型,同时选用核酸内切酶(McrBC)和甲基化敏感的限制酶(msRE) HhaⅠ、HpaⅡ消化子代DNA,验证印记基因的亲代来源.结果 经用本文方法检测,证实rs1003483为父源印记;rs220028、rs4906939为母源印记;rs6558478及rs737380未在差异甲基化区,不能确定其印记亲代来源.结论 复合PCR-Snapshot联合甲基化敏感酶切技术简单、高效,在检测多个SNP分型的同时可确定亲代来源,可在相关研究和实践中选用.     

DNA甲基化在法医学中的应用前景及其检测方法新进展

DNA甲基化是一种重要的表观遗传标记。新近的一些研究表明,DNA甲基化在二联体亲权鉴定、同卵双生子法医学个体甄别等案例中可能具有一定的应用前景,可作为STR或SNP等经典遗传标记的有益补充。目前基于甲基化敏感的限制性核酸内切酶、重亚硫酸盐转化以及甲基化CpG结合蛋白等原理已建立了一系列的DNA甲基化检测方法。甲基化敏感的单核苷酸引物延伸、实时荧光PCR、甲基化特异性PCR、甲基化特异性多重连接反应依赖性探针扩增、光纤微珠芯片等位点特异性DNA甲基化检测方法都可用于已知CpG位点甲基化状态的检测并可能在法医学实验室具有一定的应用前景;AIMS、HELP、COMPARE-MS等通过对基因组范围内的DNA甲基化扫描分析,可发现具有潜在法医学应用价值的DNA甲基化位点。     

ARMS-PCR技术检测法医学体液样本DNA甲基化方案

目的 案件现场遗留的体液等生物检材对案件性质的判定以及犯罪现场的重建具有重要意义。本研究旨在确定ARMS-PCR技术能否用于DNA甲基化位点的检测，评估候选的DNA甲基化标记物是否具有体液特异性，以便于解决目前体液鉴定复杂、成本高、混合样本识别困难等问题。方法 利用ARMS技术设计DNA甲基化特异性引物，构建复合扩增体系，通过毛细管电泳进行分型检测。结果 本研究利用ARMS技术以及毛细管电泳构建了包含22个甲基化位点的复合扩增体系，进一步检测并识别出了100例单一体液样本。结论 该方法可实现甲基化位点的检测，是一种快速、低成本的检测方式，候选位点具有体液特异性。     

HUMARA基因座差异甲基化的法医学意义

目的　探讨X连锁差异甲基化多态性基因座的法医学应用意义。方法　以STR基因座HUMARA为例 ,应用甲基化敏感性限制酶消化后PCR技术 ,复合分析该基因座的STR多态性和甲基化状态 ,调查并比较男、女检材的分型效果。结果　基因组DNA经HpaⅡ消化后 ,男性没有扩增产物 ,女性分型不受影响 ,男女混合检材得到女性的分型图谱。女性单克隆瘤细胞只能检出 1个等位基因。结论　差异甲基化的HUMARA基因座是混合斑分析、性别鉴定和组织克隆性判断的有用工具。     

DNA甲基化检测方法及其法医学应用研究进展

DNA甲基化是表观遗传标记的重要组成部分,参与基因表达的调控,在生物发育、衰老以及肿瘤学等领域受到广泛关注。由于具有相对稳定性、可遗传、含量丰富、随龄变化等特点,在法医学领域,DNA甲基化可以作为DNA序列相关经典遗传标记的有效补充,用于年龄推断、组织体液来源检测、同卵双生子的鉴定等。DNA甲基化的检测方法主要有基于甲基化敏感限制性内切酶、重亚硫酸盐转化以及甲基化CpG结合蛋白等原理而建立的一系列方法,近年研究表明,第三代测序技术也可用于DNA甲基化检测。本文就DNA甲基化检测方法及在法医学领域的应用研究进行回顾与综述,以期为法医学实践提供参考。     

DNA甲基化年龄推断模型在华东汉族人群中的跨平台应用

目的 评估基于DNA甲基化年龄推断模型在华东汉族人群中的法医学应用价值,为探索适用于不同检测平台的年龄推断模型提供理论依据。方法 根据已发表的中国汉族人群血液DNA甲基化年龄推断模型中6个年龄相关甲基化位点,使用焦磷酸测序和下一代测序（next-generationsequencing,NGS）技术分别检测48例样本的DNA甲基化水平,分别将其代入年龄推断模型后计算预测年龄,并与真实年龄进行比较。结果 两种检测技术下6个甲基化位点都与年龄相关,使用焦磷酸技术的R2为0.85,平均绝对误差（medianabsolutedeviation,MAD）为4.81岁,使用NGS技术的R2为0.84,MAD=4.41岁。结论 该血液DNA甲基化年龄推断模型可以在焦磷酸测序与基于NGS的多重目的区域甲基化富集测序技术下使用,并能够较为准确地推断年龄。     

应用高通量测序DNA甲基化差异体液识别研究

目的通过检测和分析DNA甲基化差异的方法识别三种法庭科学犯罪现场常见体液(唾液斑、精液斑、血液斑)细胞来源。方法利用亚硫酸氢盐法对唾液斑、精液斑、血液斑的DNA样品进行甲基化处理,对由文献[1]和实验过程中筛选得到的甲基化位点进行illumina高通量测序,检测三种体液斑中细胞DNA的甲基化程度,并通过BP神经网络分析每一个位点的甲基化程度与细胞来源的关系及全部检测位点的甲基化程度联合与细胞来源的关系。结果运用BP神经网络对35份样品的73个位点的甲基化程度进行训练和预测,可以将唾液、精液、血液三种来源的DNA样本分开,其准确率达到77.3%。其中精细胞在L81528位点中表现为高甲基化,唾液和血液表现为低甲基化,可将精细胞准确鉴别出来。结论本研究建立的高通量测序分析DNA甲基化差异的方法可通过增加检测位点和样品数量进一步提高识别体液细胞来源的准确率。     

印记基因KCNQ1的遗传多态性及在亲权鉴定中的应用

目的为了调查印记基因KCNQ1的STR位点在中国汉族人群中的遗传多态性，利用亲源印记等位基因（parentally imprinting allele，PIA）分型法确定孩子的等位基因亲代来源，为亲权鉴定提供新的侯选STR位点。方法应用Chelex法提取153例佳木斯地区汉族健康无血缘关系个体DNA，用QIAamp Blood Kit（Qiagen）法提取3个家庭10个个体DNA，PCR扩增，凝胶电泳分型，ABIPRISM^TM 3730XL DNA测序仪测序；甲基化敏感性限制性内切酶消化孩子基因组DNA，PCR扩增，确定孩子等位基因的亲代来源。结果发现在中国佳木斯地区汉族人群中KCNQ1基因的STR有7个等位基因，多态信息含量为0．662，且KCNQ1基因的STR位点呈父源印记。结论印记基因KCNQ1的STR位点有很好的多态性，可为亲权鉴定提供新的侯选遗传标记，其亲源特异性甲基化标记有望应用于单亲鉴定中。     

抗污染扩增试剂在法医物证检验中的应用

客观、准确的法医遗传检验结果是作出准确鉴定意见的基础。随着检验设备、扩增检测试剂检验灵敏度日益增加,防控实验室污染、样品污染的压力与日俱增,其中PCR扩增产物对检测结果的污染最难防控。本文测试一款抗污染扩增试剂盒NH-18A,该试剂盒包含16个常染色体STR基因座,1个性别识别基因座（Amel）和一个Y染色体插入缺失基因座（Indel）,NH-18A通过STR复合扩增可得到含有尿嘧啶碱基的DNA片段,该类型的DNA片段在50℃时可被尿嘧啶DNA糖基化酶（UDG）高效水解,每次新一轮PCR扩增前增加一步50℃保温孵育可以彻底消除既往扩增产物对结果的污染威胁。经实验验证,NH-18A具有优异的抗扩增产物污染能力,且替换碱基扩增不改变DNA分型结果,检测灵敏度和DNA产物片段稳定性不降低,后续电泳分析不受影响。利用此试剂盒可以有效消除扩增产物对鉴定结果的污染。     

印记基因H19上游高甲基化区SNPs多态性研究

目的建立简单、高效的DNA甲基化标记和SNPs联合检测技术，并用于H19基因上游高甲基化区两组SNPs群体遗传学检测。方法用PCR—DGGE技术对232例武汉汉族无关个体H19基因上游启动子区H19FR1和H19FR2单倍型进行检测；同时选用两种甲基化敏感的限制酶（msRE）HpaⅡ和HhaⅠ，检测H19FR等位基因亲代来源。结果H19FR1区检出5种单倍型、9种表型组合，其个体识别能力（DP）、多态性信息含量（PIC）和非父排除率（PE）分别为0．803、0．58和0．322；H19FR2区检出2种单倍型、3种表型组合，其DP、PIC和PE值分别为0．626、0．37和0．162。测序结果显示，片段H19FR1含有a7342g、a7357g和g7547a3个SNPs与1个g7351c点突变；H19FR2仅含aS097g1个SNP。msREHpaⅡ或HhaⅠ可消化个体母源等位基因，PDP-DGGE分析仅能检测到父源等位基因。结论PDP-DGGE是一种简单、灵敏、高效的DNA甲基化标记和SNPs联合分析技术，其在进行多态性分型同时还可以确定等位基因的亲代来源，具有较高的法医学应用价值。     

同卵双生子外周血DNA甲基化谱的差异

目的通过比较不同个体外周血DNA甲基化谱的差异,评估DNA甲基化在同卵双生子个体甄别中的应用价值。方法在知情同意基础上获得22对同卵双生子外周血样。抽提基因组DNA后进行重亚硫酸盐转化．采用Illuraina公司的人27k甲基化微珠芯片检测基因组27578个CpG位点的甲基化程度（启值）。依据常染色体CpG位点的序值,采用欧氏距离计算方法计算同卵双生子间以及同性男ll的无关个体间的表观遗传距离。比较同卵双生子对与无关个体对两组不同人群间的表观遗传距离差异。结果同卵双生子对人群以及无关个体对人群中的男性个体对与女性个体对的表观遗传距离差异均无统计学意义（P值分别为0．0695和0．4825）。同卵双生子对的表观遗传距离显著低于无关个体对人群（中位数：6．02νs7．20,P=0．0002）．但两组人群的表观遗传距离均显著大于4．00（P〈0．0001）。结论同卵双生子间的外周血DNA甲基化谱差异显著．DNA甲基化是进行同卵双生子个体甄别的有效生物学标记。     

A novel multiplex assay system based on 10 methylation markers for forensic identification of body fluids

Identifying the source of body fluids found at a crime scene is an essential forensic step. Some methods based on DNA methylation played significant role in body fluids identification. Since DNA methylation is related to multiple factors, such as race, age, and diseases, it is necessary to know the methylation profile of a given population. In this study, we tested 19 body fluid-specific methylation markers in a Chinese Han population. A novel multiplex assay system based on the selected markers with smaller variation in methylation and stronger tissue-specific methylation were developed for the identification of body fluids. The multiplex assay were tested in 265 body fluid samples. A random forest model was established to predict the tissue source based on the methylation data of the 10 markers. The multiplex assay was evaluated by testing the sensitivity, the mixtures, and old samples. For the result, the novel multiplex assay based on 10 selected methylation markers presented good methylation profiles in all tested samples. The random forest model worked extremely well in predicting the source of body fluids, with an accuracy of 100% and 97.5% in training data and test data, respectively. The multiplex assay could accurately predict the tissue source from 0.5 ng genomic DNA, six-months-old samples and distinguish the minor component from a mixture of two components. Our results indicated that the methylation multiplex assay and the random forest model could provide a convenient tool for forensic practitioners in body fluid identification.     

PCR-DHPLC法检测硅藻SSU基因在溺死鉴定中的应用

目的采用PCR-DHPLC法检测硅藻SSU基因,评估其在溺死鉴定中的应用价值。方法 60只实验兔随机分为生前溺死（水中溺毙）、死后入水（空气栓塞致死后入水）、对照组（空气栓塞致死后不做处理）;溺死人体脏器组织;取各组织检材提取硅藻DNA,PCR扩增硅藻特异的核糖体小亚基（SSU）片段,用琼脂糖凝胶电泳检测、DHPLC检测分析。结果 6份硝酸消化法检测阴性的溺死人体器官组织检材经PCR及琼脂糖凝胶电泳检出5例阳性。生前溺死组肺、肝、肾硅藻检出率分别为100%、90%、85%,死后入水组仅肺检出硅藻（15%）,对照组各组织均为阴性;生前溺死组检出率明显高于死后入水组（P〈0.05）。10份溺死人体器官组织检材采用DHPLC法检出硅藻种类明显多于微波消解-扫描电镜法（P〈0.05）。脏器检出硅藻种类与溺死点水样一致。结论采用PCR-DHPLC法检测硅藻SSU基因,有助于溺死鉴定和溺死地点的推断,具有法医学应用价值。     

电热板消解电感耦合等离子体质谱法测定人发中33种无机元素的含量

目的建立头发中33种无机元素的电热板消解电感耦合等离子体质谱（inductivelycoupledplas—ma—IllasssDectrometry,ICP—MS）测定方法。方法以锂（6Li）、锗（^72Ge）、钇（^89Y）、铟（^115In）、铽（^159yb）作内标,硝酸和过氧化氢作为消解酸体系．采用电热板消解对头发进行前处理,ICP—MS法分析人发中33种无机元素的含量。结果电热板消解ICP—MS法的检出限为0．0001μg／g（Th）-10．9μg／g（Ca）,定量限为O．0005μg／g（Th）～25μg／g（Ca）,加标回收率为86％～113％,日内及日间精密度≤9.2％,与微波消解法检测结果相比,差异无统计学意义。结论电热板消解ICP—MS法高效、准确度高,适用于对头发中33种无机元素的分析。     

24个基因座复合扩增系统的应用

目的建立24个基因座的复合扩增系统,并对其性能指标进行评价。方法选择24个基因座（包含D8S1179、D5S818、D2S1338、D18S51、D6S1043、D2S441、D3S1358、vWA、D19S433、D16S539、CSF1PO、Penta D、D22S1045、D13S317、D1S1656、D7S820、TPOX、Penta E、D10S1248、TH01、D12S391、D21S11、FGA等23个STR基因座及1个Amelogenin基因座）;合成引物,上游端标记荧光染料;收集DNA数据库建库血痕及口腔拭子样本及相关11种动物样本,采用本文方法进行复合扩增;并对方法的准确性、灵敏度、稳定性、种属特异性、检材适用性、混合样本的检验等系统性能指标进行验证。结果本文复合扩增系统对最长保存9年的各种血痕检材完整分型成功率为100%,且均衡性良好,无非特异性扩增,口腔拭子的成功率为97.8%,灵敏度达125pg,对含有抑制剂样本,在血红素浓度≤600μmol/L,腐殖酸浓度≤50ng/μL时检出效果稳定,种属特异性好。结论本文24个基因座复合扩增系统在DNA数据库建设中具有较好的应用价值。     

加热板消解-ICP-MS检测血液中的33种元素

目的 对比微波消解方法,建立加热板消解-电感偶等离子体质谱法（inductively coupled plasma-mass spectrometry,ICP-MS）检测血液中33种元素的方法.方法 以双氧水和浓硝酸为消解试剂,分别采用微波消解和加热板加热的湿法消解方法,对血液进行消解后检测,对两组结果进行t检验.结果 两种前处理方法无显著性差异,所建立的加热板加热消解方法,其33种元素方法检出限为0.0002 ng/mL （Cs） ～ 21.8 ng/mL（Ca）,准确度为91％～112％,日内精密度为0.5％～8.9％,日间精密度为0.4％～10.9％.结论 加热板消解方法简单准确,适用于大量样本的检测.     

微波消解ICP-MS法测定人头发中24种元素的含量

目的建立人头发中24种无机元素的电感耦合等离子体质谱（inductively coupled plasma-mass spec-trometry,ICP-MS）分析方法。方法采用微波消解法处理样品,以铟（115In）作内标,用ICP-MS分析人头发中的24种元素含量。同时检测56例健康志愿者和10例海洛因滥用者头发中24种元素含量。结果 24种元素的方法检出限范围为0.0003~10.14μg/g,标准物质的测得值与标准值基本相符。海洛因滥用者经戒毒治疗后头发中镁、镓、钡含量下降。结论该方法灵敏度、准确度高,适用于头发中24种元素的测定。     

压力循环技术用于人指甲DNA提取及方法学评价

目的将压力循环技术（PCT）用于指甲DNA提取,并对方法学进行评价。方法收集10份人指甲样本,剪碎约为1mm×1mm大小,采用10%漂白粉水,10%SDS,10%漂白粉水,无菌水清洗样本。10份样本各分成两组,1组用压力循环技术处理,另1组不作处理,提取DNA经复合扩增并进行STR分型检测,用于评价压力循环技术的作用。取5份指甲样本用血浸泡,5份用去离子水浸泡,之后采用上述清洗方法各清洗1-3次,收集各次清洗用的无菌水提取DNA,经STR分型检测,用于评价清洗对去除外源性DNA的效果。结果 10份经压力循环技术处理的样本中有7例比相应未经处理样本DNA提取量更高,但两组进行统计学处理,差异不具有统计学意义（P〉0.05）;两组样本中提取DNA含量在0.026 ng以上的样本均得到完整的STR分型,与相应口腔拭子样本对照准确无误。血污染和非血污染样本清洗二次以上,均可避免外源性DNA的污染。结论使用压力循环技术并配合本文清洗方法,可有效提高人指甲DNA的提取效率,并避免外源性生物DNA的干扰,保证DNA分型结果的准确。     

实时荧光定量PCR检测羊肉制品中鼠源性成分

目的建立基于实时荧光PCR技术的肉制品中鼠源性成分的快速检测方法。方法以羊和鼠的细胞色素b基因序列设计特异性引物和Taqman荧光探针,通过特异性、灵敏性及模拟混合肉样检测实验,建立羊肉制品中鼠源性成分实时荧光定量PCR检测方法。结果该检测方法具有良好的特异性和灵敏度,在50mg羊肉和鼠肉的混合样品检测中,鼠源性成分检测限可低至1%。结论所建立的鼠源性成分检测的实时荧光定量PCR方法,为肉制品质量控制提供了有效的技术手段,弥补了利用RTi-PCR检测肉制品中鼠源性成分的技术空白。     

硅藻硝酸消化法与浮游生物16S rDNA PCR法在溺死鉴定中的比较

目的比较和探讨硅藻硝酸消化法与浮游生物16S rDNA PCR法在溺死鉴定中的应用价值。方法收集40例温州医科大学法医学系2010—2011年受理并证实溺死的鉴定案件,每例案件标本包括肺、肾、肝及现场水样4份样本,分别运用硅藻硝酸消化法与浮游生物16S rDNA PCR法对标本进行检验,硅藻硝酸消化法和浮游生物16S rDNA PCR法所需各器官检材量分别为约20g和2g,现场水样分别为15mL和1.5mL,从所需检验时间以及检出率等方面进行比较分析。结果硅藻硝酸消化法检出硅藻主要为中心硅藻纲和羽纹硅藻纲,浮游生物16S rDNA PCR法可扩增出一条162 bp的条带。平均检验每例案件所需的检验时间,硅藻硝酸消化法为(95.30±2.78)min,少于浮游生物16S rDNA PCR法(325.33±14.18)min(P0.05)。两种方法对现场水样及肺样本的检出率均为100%,而对肝及肾样本的检出率,浮游生物16S rDNA PCR法均为80%,高于硅藻硝酸消化法40%和30%(P0.05)。结论在溺死的法医学鉴定中,应根据具体情况来挑选合适的实验室检验方法。与硅藻硝酸消化法相比,浮游生物16S rDNA PCR法具有检材用量少、信息量大、特异性高等特点,有一定的推广和实践价值。