石蜡包埋人体组织STR检验的探讨

目的 探讨普通甲醛对人体组织DNA的影响及提高STR检出率的手段。方法 取少量石蜡包埋组织。65℃水浴脱蜡。Chelex-100法提取DNA，PCR扩增，循环次数分别为28次和28＋6次，扩增产物经310型测序检测。结果 普通甲醛固定5d以内的组织基本上可检出Amel及15个STR基因座，固定时间延长，检出率下降；PCR循环次数增加，灵敏度增加，但有错误分型的情况。结论 普通甲醛固定时间长短直接影响PCR—STR的检验，减少模板量有利于PCR反应成功，PCR次数为28＋6时，灵敏度增加。但应谨慎判读结果，以免错误分型。     

石蜡包埋人体组织DNA分型的研究

目的研究石蜡包埋人体组织的DNA提取方法对其STR分型的影响,并建立石蜡包埋组织的DNA提取方法。方法经不同预处理条件后采用Chelex-100法提取石蜡包埋人体组织中的DNA,用不同的反应体系进行STR复合扩增检验。结果经福尔马林固定、石蜡包埋的人体组织直接采用Celex-100法提取DNA与65℃水浴除蜡后采用Celex-100法提取DNA均可获得满意的DNA分型。结论该方法简便易行,实验效果好,适合检案。     

甲醛固定石蜡包埋组织STR分型检测

目的评估10%甲醛固定石蜡包埋组织STR分型结果的影响因素。方法采用QIAGEN法、IQ法、Chelex法对2具新鲜尸体在尸检时常规制备的心、脑、肝、脾、肾、肺、胃、肠石蜡包埋组织进行DNA提取,用AmpFlSTR Identifiler试剂盒进行PCR扩增,在3100-Avant上完成片段分析。另外对15个案例中室温保存1～5年的心、肝、肺、肠存档石蜡包埋组织共56份采用同样的方法进行STR分型。以STR基因座检出率评估分型有效性。结果各种组织DNA片段均随着保存时间延长而持续降解,其中心、肺组织STR基因座检出率与保存时间存在线性相关。相同保存时间时,各种组织基因座检出率差异有统计学意义。其中以肺组织在不同保存时间中基因座检出率最高。结论在甲醛固定时间一定的条件下,存放时间、组织类型、DNA提取方法和PCR模板质量浓度是影响石蜡包埋组织STR分型的重要因素。     

福尔马林固定石蜡包埋组织中DNA提取

由于甲醛介导的DNA损伤和石蜡对DNA提取的阻碍作用,使得常规DNA提取方法很难从福尔马林固定石蜡包埋组织(FFPET)中获取高质量的DNA。近年来,众多学者的研究表明,通过改良预处理方法,优化蛋白酶K消化作用,简化DNA提取步骤,纯化DNA提取物等,可以有效提高FFPET中提取的DNA质量,为FFPET的DNA分析奠定了基础。     

甲醛固定石蜡包埋组织DNA提取方法比较

目的比较甲醛固定石蜡包埋尸检组织中三种提取DNA的方法对DNA质量的影响,寻找一种操作简便、污染较少、经济实用的石蜡包埋组织中提取DNA的方法。方法选取经甲醛固定石蜡包埋的心肌组织20例,分别以二甲苯脱蜡-酚氯仿法、改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法、试剂盒法提取DNA,进行电泳分析、紫外分光光度计测定A260/A280值及PCR扩增。结果改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法抽提DNA法、二甲苯脱蜡-酚氯仿法分别与试剂盒法所提取DNA的A260/A280值相比较,均有显著性意义（P〈0.01）。二甲苯脱蜡-酚氯仿法、改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法所提取DNA的A260/A280值相比较,无显著性意义（P〉0.05）。以改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法所得DNA为模板,扩增的目的条带亮度与阳性对照相当。结论结果证实改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法简便有效,所用试剂价格低廉,是一种经济实用的石蜡包埋组织DNA提取方法。     

PrepFilerTM提取甲醛固定石蜡包埋组织检测STR分型1例

1案例1.1简要案情2004年7月某日下午,张某(女,25岁,小区内业主)与杨某(男,57岁,小区公用车棚门卫)因故吵架,杨某倒地后死亡。法医病理检验显示,杨某系冠状动脉粥样硬化性心脏病而死亡。死者家属不服死因结论,多次上访,8年后有关部门将死者心肾器官的石蜡包埋病理组织送至DNA实验室要求检验鉴定。1.2检验过程及结果取石蜡包埋组织适量,放入1.5 m L的离心管中,     

福尔马林固定石蜡包埋组织3种DNA提取方法比较

目的探讨经福尔马林固定1d石蜡包埋组织(FFPET)提取DNA的简易有效方法。方法比较水浴加热、微波加热和二甲苯脱蜡的效果。组织脱蜡后分别采用Chelex-100+层析柱纯化法、DNA IQTM试剂盒磁珠提取法和Chelex-100+磁珠纯化法提取DNA;实时荧光定量PCR技术定量DNA;荧光标记毛细管电泳技术进行STR分型。结果二甲苯脱蜡的效果好于其他两种加热的脱蜡方法(P<0.05)。Chelex-100+层析柱纯化所获得的DNA量显著高于其他两种方法(P<0.05)。结论二甲苯脱蜡、Chelex-100+层析柱纯化法是一种简单、有效的FFPET处理方法。     

改良醋酸铵盐析法提取福尔马林固定石蜡包埋组织DNA

目的采用改良醋酸铵盐析法提取福尔马林固定石蜡包埋组织DNA,并评价其应用价值。方法取死后24h内人体肾组织用10%中性福尔马林溶液固定7d,石蜡包埋。采用酚/氯仿法、Chelex-100法及改良醋酸铵盐析法提取DNA。经用紫外分光光度计法、AGE及PCR-PAGE检测比较不同方法提取DNA的质量。结果改良醋酸铵盐析法、酚/氯仿法、Chelex-100法OD260/OD280比值分别为1.962±0.195、2.110±0.470、1.018±0.124,两两比较均有显著性差异(P<0.05);3种方法提取DNA含量(μg)分别为0.515±0.447、0.328±0.345、5.346±1.994;AGE电泳图谱可印证上述结果;PCR-PAGE检测显示改良醋酸铵盐析法提取DNA的谱带清晰度好于其它两种方法。结论改良醋酸铵盐析法更适合微量福尔马林固定石蜡包埋组织样本DNA的提取。     

保存16年10％甲醛固定石蜡包埋组织的DNA检验1例

1案例 涉及一要案的嫌疑人失踪,由于其为孤儿,无家属血样可供检验比对．根据侦查获悉其于16年前曾在上海某医院进行过胃大部切除术。经与该医院联系,获得嫌疑人的10％甲醛固定石蜡包埋胃组织。切取石蜡包埋胃组织少许,置于1．5mL离心管中,二甲苯和无水乙醇脱蜡脱水后按MagneSil固定组织基因组DNA纯化系统（以下简称MagneSil纯化系统）说明书（美国Promega公司）进行后续操作,     

HE染色切片组织的STR检测及法医学应用

目的建立并优化HE染色切片组织STR分型方法,评估HE染色切片组织的STR分型有效性。方法用QIAgen法提取2例尸检人体的心、肝、肺、肠等8种组织的HE染色切片DNA,用TaqMan荧光探针法通过荧光域值循环数(Ct值)测定获得各提取液中的DNA质量浓度,以阳性内对照(internal posi-tive control,IPC)监测PCR过程中的抑制水平。再用Identifiler试剂盒扩增,在3100-Avant上进行STR片段分析。结果在本研究建立优化的STR分型技术条件下,8种人体组织的HE染色切片DNA提取液质量浓度均可达到1ng/μL以上,其IPC的Ct值提示无PCR抑制剂。HE染色切片组织的STR分型有效性与石蜡包埋组织相当,其DNA随时间延续而缓慢降解。结论在一定保存时限内,HE染色切片的DNA质和量可以满足STR分型检测需要,但受残余甲醛固定剂的影响,HE染色切片的分型成功率随保存时间延长而降低。     

Highly sensitive HLA-DNA typing from formalin-fixed and paraffin-embedded tissue samples

Nucleotide sequences have been determined for more than 1700 different alleles at the core of the human leukocyte antigen (HLA) system. The highly polymorphic character of these genes affects adaptive immune response and is also useful for forensic applications. HLA typing from formalin-fixed and paraffin-embedded tissue provides abundant useful information for both clinical settings and forensic investigations. This study, which investigated the potential use of DNA from formalin-fixed and paraffin-embedded tissue samples in an HLA PCR sequence-specific primer and probe (SPP) system, showed that tissue fixed in formalin for less than 3 days and embedded in paraffin can serve as a useful source of DNA for PCR-SPP typing kits.     

Triton X-100快速提取甲醛固定、石蜡包埋组织内DNA的方法

目的建立一种快速提取甲醛固定、石蜡包埋组织内DNA的方法。方法利用TritonX-100一步提取甲醛固定、石蜡包埋组织内DNA,并具体研究了不同浓度TritonX-100对提取后DNA-STR分型效果的影响。结果成功地一步提取出甲醛固定、石蜡包埋组织内DNA,浓度为1%的TritonX-100提取效果较好。结论利用TritonX-100提取甲醛固定、石蜡包埋组织内的DNA,为快速提取DNA提供了有效的途径,是法科学领域中一种值得推荐的方法。     

甲醛固定组织中DNA提取与扩增技术的初步研究

目的：探索从甲醛固定组织中提取并扩增DNA的方法。方法：采用高pH缓冲液,结合有机溶剂法抽提DNA,选择扩增片段较短的DQa位点作为检测位点。结果：甲醛固定组织中的DNA降解程度随浸泡时间的延长而加重,但浸泡1、5、10个月的3份心脏组织均获得了240bp的扩增产物。     

8种方法显现的汗潜指印STR分型研究

目的研究常见指印显现方法对指印STR检验的影响。方法采用Invisorb spin forensic试剂盒提取纯化人汗潜指印DNA,低拷贝模板(LCN)STR复合扩增,荧光电泳检验。结果用铜粉、铝粉、荧光粉、黑磁粉、"502"胶、茚三酮、磺酸双三嗪荧光显色液显现的玻片、纸张和胶带纸粘面上的汗潜指印可成功进行STR分型。结论常见指印显现方法不影响指印STR检验。     

STR typing of human DNA from fly larvae fed on decomposing bodies

In homicides with entomological evidence, it may be important to prove the presumed association of fly larvae to a corpse, especially if it is in doubt whether all maggots used for entomological expertise developed and fed on it. The present study demonstrates for the first time the possibility of analyzing human microsatellite DNA present in the digestive tract of necrophagous larvae that fed on decomposed bodies with a postmortem interval up to four months. The obtained human STR profiles support the association of a maggot to a specific corpse. In addition, the identification of the host species (e.g., animal source like pig) can be achieved by analysis of the cytochrome b gene. Maggots were collected from 13 corpses after various postmortem intervals and STR typing and HVR amplifications were performed using their crop contents. In seven cases, a complete STR profile was established, in two cases, an incomplete set of alleles was obtained, and in four cases, STR typing was not successful. HVR analysis was successful in all cases except one. The time of storage of the maggots and the length of the postmortem interval up to 16 weeks appeared to have no particular influence on the quality of the results.     

Evaluation of reliability of STR typing in human colon carcinomas tissues used for identification purpose

The short tandem repeats (STRs) have become an important and widely used tool in forensic casework. Clinical tissue samples are not usually employed in forensic casework, but sometimes, malignant tissue samples may be the only source of biological material for forensic investigations. However, in use of such samples, uncertainties due to microsatellite instability (MSI) and loss of heterozygosity (LOH) may be encountered. In our study of 77 human colon carcinomas tissue with the AmpFlSTR Identifiler Kit comprising 15 STR loci and the amelogenin gene, we detected four kinds of changes between normal tissue and tumor tissue including pLOH, LOH, occurrence of an additional allele (Add) and occurrence of a new allele (New) instead of that found in normal tissue. The overall variation detectable rate was 11.28%, of which pLOH was 79.1%, LOH was 7.9%, Add was 7.9% and New was 5%. Of the above four changes, the incidence rate of pLOH, LOH, Add and New was respectively 8.93%, 0.89%, 0.89% and 0.57%. The STRs mostly affected were D18S51, D5S818, FGA and D19S433. Only pLOH was found at five loci including vWA, TPOX, TH01, D13S317 and amelogenin gene. Our results demonstrate that great care should be taken in the evaluation of typing results obtained from clinical tissue specimens, in particular when no reference samples are available, because genetic instability is a very common event observed in different tumors and the STRs used for individual identification could sometimes be affected.     

甲醛固定及石蜡包埋组织的DNA分型及其应用

目的：建立甲醛固定及石蜡包埋组织ＤＮＡ的基因分型方法并使之应用于实际检案。方法：用Ｃｈｅｌｅｘ和有机溶剂提取法提取ＤＮＡ,以ＰＣＲ与反向探针杂交技术作ＰＭ和ＨＬＡ－ＤＱＡ１位点分型。结果：２６份包埋组织块有２４份能得到理想的分型结果。结论：本法可用于法医学个人识别和亲子鉴定     

荧光标记STR分型技术检验腐败组织基因型

探讨腐败组织荧光标记STR分型检测技术的应用价值。应用含12个STR基因座及一个性别基因座的2个荧光标记的复合扩增系统,对40例1～6周的腐败肌肉提取的DNA进行扩增,用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,PE377测序仪分析基因型。所检测样本在12个STR基因座均扩增出特异性谱带,并可判定其基因型。荧光标记STR检测技术对腐败组织分型可靠,在实际检案中具有较高的应用价值。     

指甲DNA的STR分型研究

目的 研究尸体所处环境、指甲DNA提取部位及提取方法对STR分型的影响。方法 对案件中不同条件腐败尸体指甲,使用不同部位、不同体系和时间消化,酚-氯仿法提取指甲核DNA,进行PCR扩增及STR分型。结果 提取指甲甲体、甲根部位均可获得STR分型。结论 指甲是法医检案中一类具有实用价值的检材。