一株洞庭湖候鸟新城疫病毒的分离鉴定及基因组特征分析

为监测湖南省洞庭湖候鸟携带新城疫病毒的现状,本研究于2014年春季在湖南洞庭湖畔采集了150份候鸟粪便样品。经SPF鸡胚分离纯化和RT-PCR鉴定,获得1株新城疫病毒,命名为Swan/Hunan/123/2014(HuN,GenBank登录号:KT894018)。利用RT-PCR方法扩增了HuN株全基因组,并进行基因组序列测定。序列分析表明,HuN株基因组长度为15 186bp,编码的F蛋白裂解位点的氨基酸序列为112 GK-Q-G-R-L117,符合新城疫经典弱毒株的分子特征。F基因相似性分析显示,其核苷酸序列与Queensland V4疫苗株、La Sota疫苗株和ZJ1毒株的同源率分别为99.8%、90.4%、81.3%。对HuN株的F基因、HN基因和全基因组遗传进化分析结果均显示,此毒株与Queensland V4株聚为一类,属于副黏病毒血清1型中的ClassⅡ类基因Ⅰ型新城疫病毒。     

三种单股环状DNA基因组动物病毒简介

病毒通常分为动物病毒、植物病毒、细菌病毒即噬菌体三大群;按核酸类型分为双股RNA病毒、单股RNA病毒、双股DNA病毒、单股DNA病毒。如动物病毒群中的细小病毒科(Parvoviridae)是已知最小的动物病毒,基因组为单股线性DNA;植物病毒群中的双粒病毒组(Geminivirus),基因组为单股环状DNA;细菌病毒群中的微病毒科(Micro-viridae)和丝杆病毒科(Inoviridae),基因组为单股环状DNA,但在动物病毒群中还没有单股环状DNA病毒。近年来随着病毒学的发展,新的病毒逐渐被人们发现和认识,在鸡上分离到鸡贫血因     

新城疫病毒La Sota疫苗株基因组全长cDNA克隆的构建及鉴定

为构建能为新城疫病毒拯救提供直接使用的全长cDNA克隆,利用分子克隆的方法,将新城疫病毒La Sota株全基因组分成末端部分重叠的11个片段(F1～F11),按其基因组顺序克隆至改造后的真核表达载体pVAXr上,同时在全长cDNA两侧引入T7启动子和丁型肝炎病毒核酶(Rib)序列,以确保病毒基因组转录产物的两端形成精确的核酸序列。鉴定结果表明,新城疫病毒La Sota株基因组全长cDNA已成功克隆至pVAXr上,命名为pVAXr-FL。本研究为新城疫病毒的拯救及外源基因的表达奠定了基础。     

减蛋综合征病毒基因组DNA的酶切分析

采用差速离心法纯化了鸭胚尿囊液中的减蛋综合征（ＥＤＳ－７６）病毒ＷＰＤＶ２０５株并提取了病毒基因组核酸。选用ＥｃｏＲⅠ和ＢａｍＨⅠ两种限制性内切酶分别对病毒基因组ＤＮＡ进行单酶切和双酶切处理，单酶切消化均产生４个片段，双酶切消化产生７个片段。用琼脂糖凝胶电泳方法测定了病毒基因组ＤＮＡ和所有酶切片段的分子质量。将这些结果与ＡＶ－１２７标准株和Ｂ８／７８株基因组ＤＮＡ由相同的内切酶消化的结果进行比较，发现该株病毒基因组ＤＮＡ的片段数目、大小与ＡＶ－１２７标准株和Ｂ８／７８株基因组ＤＮＡ的大致相同，但具有双酶切位点的较小片段的长度略有不同     

广西猪圆环病毒2型全基因组进化分析

为了调查近几年广西猪圆环病毒2型(PCV2)流行毒株的遗传变异趋势,为猪圆环病毒病(PCVD)的有效控制提供理论指导,对广西不同地区送检的病死保育猪肺及淋巴结样品进行PCV2检测和全基因扩增。应用Laser Gene 7.1和M EGA 4.1软件对PCV2全基因序列进行核苷酸同源性和遗传进化分析,并对开放阅读框(ORF2)氨基酸位点变异进行分析。结果显示,从阳性病料中成功扩增出12条PCV2全基因序列,其中6条PCV2序列属于PCV2d基因型,另外6条属于PCV2b基因型。不同基因型ORF2氨基酸序列分析显示,PCV2a、PCV2b、PCV2c和PCV2d各个基因型的ORF2氨基酸序列上的位点具有其独特性。本研究发现,近年来广西地区猪群PCV2d基因型的感染病例增多,有可能会替代PCV2b或者与PCV2b共同成为广西地区的主导基因型。     

乌骨鸡J亚型禽白血病病毒的分离及其全基因组遗传进化分析

为了解云南地方品种盐津乌骨鸡感染禽白血病病毒（ALV）的情况,从云南省盐津县某规模化盐津乌骨鸡种鸡场中分离ALV,并对1株ALV-J(YN2021株)的全基因组进行序列分析。结果显示,该场乌骨鸡的ALV感染阳性率为16.66%,以ALV-J亚型感染为主,也存在ALV-B亚型单独感染和ALV-J/B亚型混合感染。测序表明YN2021株基因组全长7 618 bp,与参考毒株核苷酸同源性为65.0%～97.1%,其中env基因N端糖基化位点与参考毒株存在差异;遗传进化分析显示,YN2021株可能是由ALV广东株和广西株重组产生的。本研究首次报道了云南地方品种盐津乌骨鸡中ALV-J的全基因序列,为我国研究ALV-J遗传进化奠定了基础。     

猪非典型瘟病毒的基因组特征分析及荧光定量RT-PCR检测方法的建立

最近的研究表明,猪非典型瘟病毒(APPV)在我国猪群流行,并造成了严重的危害。本研究应用RT-PCR方法对APPV GD3株进行了全基因组扩增、测序,并进行了全基因组及其部分编码基因的遗传演化分析;根据APPV基因组编码的结构蛋白E2的基因序列,构建了APPV的荧光定量RT-PCR检测方法。APPV GD3株的全基因组序列与德国、美国、荷兰和西班牙毒株在不同的进化分支上,同源性为83.1%~83.4%;与中国毒株GD1、GD2和GD的同源性分别为99.5%、99.6%和83.4%。GD3株编码的E2、Npro和Erns基因与国内外现有毒株的同源性分别为83.1%~99.7%、80.2%~99.8%和81.9%~99.5%。本研究建立的荧光定量RTPCR检测方法特异性强、最低检测浓度为10 copes/L、操作简单、耗时短,具有良好的兽医临床应用前景。     

传染性腔上囊病病毒VP2基因表达条件的优化

用摇瓶培养法,对用作生产传染性腔上囊病基因工程亚单位疫苗的基因工程菌种BL21/pET28a VP2的表达条件进行了优化研究。其结果为:温度 37 ℃,诱导表达时间 3~7 h,用乳糖诱导时终浓度为20 mmol/L时即达到最高表达量;用IPTG诱导时终浓度为0.33 mmol/L时即达到最高表达量;乳糖的诱导效果优于IPTG。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒HN-HW株全基因组分子特征分析

利用RT-PCR方法扩增得到猪繁殖障碍与呼吸综合征病毒(PRRSV)HN-HW分离株全长基因组的17个片段。拼接后发现该毒株基因组全长为15 334nt(包括poly A尾巴),与国内外14株美洲型PRRSV分离株全序列相似性介于85.3%～99.4%之间,而与欧洲型PRRSV Lelystad Virus(M96262)和SD01-08(DQ489331)分离株全序列相似性仅为59.7%和59.9%。序列分析表明,该毒株包括189nt的5′UTR,14 981nt的蛋白编码区和150nt的3′UTR及14nt的poly(A)尾巴。同美洲标准株ATCC VR-2332相比,Nsp2存在30个氨基酸的缺失。本研究结果补充了PRRSV毒株的基因组信息数据,为深入研究该毒株的遗传与变异及其与生物学特性的关系奠定了基础。     

番鸭呼肠孤病毒S基因组的克隆与序列分析

对番鸭呼肠孤病毒S12和S14毒株S基因组(S1-4)中σA、σB、σNS和σC蛋白基因进行了克隆和测序。序列分析表明:鸭呼肠孤病毒(DRV)与禽呼肠孤病毒(ARV)的σA和σNS基因的核苷酸同源性分别为76.0%~77.1%和78.4%~79.6%,氨基酸同源性分别为89.5%~91.2%和91.6%~92.7%;而具有诱导群特异性和型特异性中和抗体的σB和σC基因的核苷酸同源性分别为60.3%~64.4%和2.7%~9.9%,氨基酸同源性分别为61.4%~62.0%和22.6%~26.7%;DRV和ARV抗原性存在差异。而DRV S12/S14与法国89026株σA、σB、σNS和σC基因的核苷酸同源性分别为90.0%、93.6%、87.9%~88.0%和93.1%,氨基酸同源性分别为97.1%、94.3%、95.7%~95.9%和93.7%。进化树分析表明,DRV与ARV形成不同的分支,DRV是正呼肠孤病毒属中不同于ARV的一种新的呼肠孤病毒。     

网状内皮组织增生病病毒HLJR0901株全基因组的克隆及序列分析

以网状内皮组织增生病病毒(REV)东北分离株HLJR0901基因组为模板,分别用6对引物扩增其全基因组,最终通过拼接和比对确定HLJR0901株的全基因组长8284bp,其基因组结构为LTR-PBS-gag-pol-env-PPT-LTR,GenBank登录号为GQ415646。运用软件将其序列与已知的其他REV全基因组进行比较。结果显示,HLJR0901株不仅与中国台湾和美国的REV毒株有较高的同源性,而且与鹅、野鸟及插入到鸡痘病毒中的REV前病毒有较近的亲缘关系,而与我国南方毒株HA9901的亲缘关系较远,表明我国流行的REV存在多样性。     

三株鸡马立克氏病病毒流行毒株基因组重复区的序列测定及分析

对国内3株马立克氏病病毒血清1型(Marek’s disease virus type 1,MDV-1)流行毒株的基因组重复区进行序列测定及分析,并与GenBank中登录的MDV-1参考毒株序列进行比较。结果显示,3株毒株的基因组重复区序列具有较高同源性,在进化上属于一独立分支。3株毒株的长重复区长度约为12kb,预测的开放阅读框(ORF)分别为43、40、43个;短重复区约为12kb,预测的ORF分别为27、25、26个。3株毒株的多个ORF中存在它们特有的共性氨基酸突变,是国内MDV-1流行毒株的特有的遗传性特征。该研究为我国MDV的流行、遗传变异及防控研究提供了材料。     

山羊痘病毒温度敏感株基因组DNA复制非必需区的筛选

提取山羊痘病毒温度敏感株基因组DNA,用HindⅢ酶切,随机克隆到pUC18质粒中,限制性内切酶片段电泳分析和序列测定结果表明,克隆到4个不同大小的HindⅢ片段pUA、pUB、pUC和pUD。随后,将它们和羊痘病毒Pellor(AY077835)株进行了同源性比较,发现核苷酸同源性为90.0%~94.5%,氨基酸同源性为83.0%~91.4%。选取克隆或亚克隆后的单一酶切位点,插入P11P7.5-LacZ报告基因,构建了pUA1、pUB1、pUC1和pUD1共4个重组载体质粒。通过脂质体分别转染山羊痘病毒感染的BHK-21细胞,在X-gal存在条件下经蓝白斑筛选重组病毒,获得1株重组病毒,证明筛选出了1个复制非必需区片段。     

猪流行性腹泻病毒YZ2016全基因组测序与稳定性分析

2016年我国江苏扬州某规模化养猪场暴发严重腹泻,本实验室通过RT-PCR确定其病原为猪流行性腹泻病毒(PEDV)。将阳性样品接种Vero细胞,盲传5代后出现典型病变,并通过RT-PCR及间接免疫荧光试验确定成功分离到PEDV毒株,命名为PEDVYZ2016。采用分段重叠法对分离株基因组扩增测序,获得其全长序列。遗传进化分析显示PEDV YZ2016与近年流行毒株亲缘关系较近,与经典毒株亲缘关系较远。PEDV YZ2016与BJ-2011-1、LZW全基因组核苷酸序列一致性可达99. 2%,与BJ-2011-1、OKN-1/JPN/2013 S基因推导氨基酸序列一致性可达98.5%。此外,分离株S基因发生多处点突变,导致其抗原表位及糖基化位点均发生部分改变。同时,序列比对分析显示不同代次的S、ORF3、N基因核苷酸突变率均极低。结果表明,本研究分离的PEDV YZ2016株属流行变异毒株,且在传代过程中遗传稳定性良好。     

鸡传染性腔上囊病病毒Gt株全基因组序列分析及真核表达载体的构建

采用一步法长距离RT-PCR克隆了IBDV Gt株全基因组,对其核苷酸和氨基酸序列进行了系统分析。在IBDV Gt株全基因组中引入分子标签,且在基因组两端分别引入锤头状核酶结构(HamRz)和丁肝病毒核酶结构(HdvRz)。将带有分子标签和核酶结构的IBDV基因组插入载体pCAGGS的β肌动蛋白启动子下游,构建了IBDV真核表达载体pCAGGmGtAHRT和pCAG-GmGtBHRT,为IBDV新型高效拯救平台的构建及基于此的病毒基因功能奠定了基础。     

新城疫病毒F48E9株病毒F基因表达盒的火鸡疱疹病毒转移质粒载体构建

将新城疫病毒(NDV)F48E9株融合蛋白(F)基因1700 bp克隆到真核表达载体pcDNA3中,构建成表达F基因的载体pc3F.然后将包含F基因及其上游的细胞巨化病毒启动子和增强子的3800 bp DNA片段再克隆入包含火鸡疱疹病毒(HVT)非必须片段载体pTK2B中,构建成功含有F基因表达盒的HVT转移质粒载体pTK3F.经限制性内切酶酶切分析,F基因表达盒的插入方向与pTK2B中TK基因转录方向一致.该研究为进一步在细胞中转染并获得表达F基因的HVT重组病毒奠定了基础.     

犬细小病毒SH15株的分离鉴定与全基因组分析

为了解上海地区犬细小病毒的流行及其变异情况,从疑似犬细小病毒感染的死亡犬采集各种组织,无菌处理病料后同步接种F81细胞,盲传至第5代出现细胞病变,从肠组织中分离出1株病毒。采用电镜进行病毒形态学观察,以及HA、HI和PCR等方法鉴定病毒,结果证实为犬细小病毒,命名为CPV-SH15。该病毒的血凝效价为2~9,病毒TCID_(50)为10~(5.2)/m L,测得病毒编码区基因序列的全长为4 869 bp,与上海分离毒株CPV/CN/SH1/2013的同源性为99.8%,亲缘关系较近,说明上海地区的犬细小病毒的遗传变异并不明显。对其VP2基因的氨基酸序列进行分析,确定该细小病毒属于New CPV-2a亚型。该研究为犬细小病毒遗传进化的进一步研究奠定了基础,从而为犬细小病毒病疫苗的研制以及防控提供参考。     

犬瘟热病毒PS株的全基因组序列测定与遗传进化分析

对犬瘟热病毒(CDV)PS株基因组进行全基因组序列测定与分析,以阐明该毒株的基因特征与遗传进化情况。利用RT-PCR方法分段扩增PS株全基因组序列,分别将产物克隆入pMD18-T载体中并进行测序,将所测序列拼接获得CDV PS株的全基因组cDNA。用DNAStar软件比较PS株全基因组序列与国内外犬瘟热病毒疫苗株和野毒株全基因组序列的同源性,然后用Mega4.0软件进行系统进化分析。测序结果显示,PS株全基因组序列的长度为15 690nt,该基因组推导的某些氨基酸位点发生了突变。与GenBank中登录的国内外参考毒株的同源性比较结果显示,PS株基因组与MKY-KM08分离株的基因序列同源性高达97.9%,与其他毒株的同源性为93.0%～97.0%;与CDV3疫苗株和Onderstepoort疫苗株的同源性最低,分别为93.2%和93.0%。基于全基因组序列绘制的系统进化树表明,所有CDV分离株分为疫苗株和野毒株2支,PS株和MKY-KM08株位于同一支,属于亚洲1型。结果表明PS株为野毒株,其全基因组序列与MKY-KM08株的全基因组序列亲缘关系最近。     

猪源乙型脑炎病毒HEN0701株全基因组的分子特征

将乙型脑炎病毒HEN0701株基因组RNA分4段进行RT-PCR扩增,并克隆入pCRⅡ-Blunt-TOPO载体中,测定全长cDNA序列。以MapDraw软件分析了乙型脑炎病毒HEN0701株的基因组结构,并将病毒基因组分成2个非编码区和10个基因,比较了HEN0701株和11株乙型脑炎病毒在全基因组和各基因的核苷酸及推导氨基酸的同源性。以MEGA5软件绘制HEN0701株和11株病毒C、E、NS3、NS5基因的进化树。结果显示,HEN0701株全基因组为10 965 nt,包含一长10 299 nt的开放阅读框。在核苷酸水平,HEN0701株与GⅠ分离株的全基因组和各基因的同源性均高,而与GⅢ分离株则较低;而在氨基酸水平,HEN0701株与GⅠ分离株在多聚蛋白和各病毒蛋白的同源性和HEN0701株与GⅢ分离株的相近。进化分析显示,不同基因进化树的拓扑结构相近,12株病毒的C、E、NS3、NS5基因进化方向相同,GⅠ分离株和GⅢ分离株间C基因进化距离最近。