DNA提取方法和PCR循环次数对STR扩增成功率的影响

目的探讨常见载体上的微量血痕DNA的提取方法、PCR循环次数对STR扩增成功率的影响。方法分别应用Chelex-100法及Chelex-100结合纯化法对8种载体上不同大小的血痕样本进行DNA提取,并采用28次、30次及34次PCR循环进行STR扩增,分别观察其扩增成功率。结果经28次、30次及34次PCR循环,Chelex-100法提取DNA后的STR扩增成功率分别为0.2917,0.3333,0.4583,Chelex-100结合纯化法的STR扩增成功率分别为0.3750,0.4583,0.8750。结论用Chelex-100结合纯化法提取DNA,用34次循环扩增可提高STR基因座的检测成功率。     

吸附性载体上微量血痕的DNA分型

目的研究吸附性载体上微量血痕的DNA提取及其检验。方法用Chelex-100法、QIAamp MiniKit、及QIAamp Mini Kit改良法提取吸附性载体上微量血痕中的DNA,进行PCR扩增及STR检验。结果采用Chelex-100法及QIAamp Mini Kit的分型成功率很低;采用QIAamp Mini Kit的改良法能较好的得到分型图谱。结论采用QIAamp Mini Kit的改良法能较好的提取吸附性载体上微量血痕的模板DNA。     

DNA数据库建设中批量样本直接扩增检验法的应用

目的研究批量样本直接扩增法在DNA数据库建设中的应用。方法打孔机打取血滤纸600份,剪取芝麻大小的口腔拭子300份,放入96孔扩增板,加入扩增试剂后直接扩增,并对其中200份血滤纸用磁珠法,100份口腔拭子用96孔板Chelex-100法,经DNA提取后扩增检验进行比较。结果血滤纸采用直接扩增法及磁珠法STR检测成功率均为100%;口腔拭子采用直接扩增法的成功率为95%,采用96孔板Chelex-100法的成功率为94%。结论血滤纸和口腔拭子通过直接扩增均能获得很好的DNA分型结果,该方法省时省力,可用于DNA数据库建设。     

光滑载体上接触DNA的检验

接触DNA是指通过皮肤接触而遗留在客体表面人体皮肤脱落上皮细胞的DNA[1].通常遗留在光滑载体（如刀柄、手枪等）表面接触DNA较少,检验难度较大.对于这类检材,较常采用硅珠法、磁珠法或Chelex-100法进行DNA提取,但成功率不高.本文尝试采用直接扩增法（简称直扩法）进行检验,收到了很好的效果,报道如下.     

PowerPlex21直扩法与磁珠法用于毛发STR检验的比较

目的比较Power Plex21直接扩增法与磁珠提取后扩增法用于带毛囊毛发STR检验的效果。方法带毛囊毛发平均分成2组,每组含拔取毛发20根、自然脱落带毛囊毛发20根,剪取毛囊后1组用Power Plex21试剂盒直接扩增,1组先用磁珠法提取DNA然后扩增Power Plex21试剂盒,扩增产物在3130XL遗传分析仪上进行电泳检测分析。结果拔取毛发直接扩增和磁珠提取后扩增均成功检出全部STR基因型。自然脱落带毛囊毛发直接扩增检出STR基因型的成功率为55%,磁珠提取后扩增检出STR基因型的成功率为25%。结论 Power Plex21直接扩增法比磁珠提取后扩增更适于带毛囊毛发的STR检验。     

PowerPlex(R) 16 HS系统直接扩增法检测常见检材的DNA

目的研究PowerPlex 16 HS系统直接扩增法对血样、口腔拭子和烟蒂3种常见检材的有效性。方法采用PowerPlex 16 HS系统对11份新鲜血样、10份口腔拭子和10份烟蒂样本进行直接扩增检测,对所得数据进行统计分析。结果新鲜血样和口腔拭子的完整遗传图谱检测成功率为100%,烟蒂样本的完整遗传图谱检测成功率为90%。结论 PowerPlex 16 HS系统直接扩增法是一种适用于血样、口腔拭子和烟蒂3种常见检材的有效方法。     

脱落毛发及毛干DNA的STR分型研究

目的探讨脱落毛发及毛干细胞核DNA提取、含量和STR分型问题。方法对脱落毛发或毛干进行DNA提取和定量,使用低扩增体系、增加循环次数和多次平行扩增等方法扩增DNA样本,采用叠加比较的方法分析STR分型。结果15cm脱落毛发样品DNA含量大于0．3ng的样品占52．8％,STR分型成功率为55．6％;15cm毛干样品DNA含量大于0．3ng的样品占30．6％,STR分型成功率为25％。结论采用增加循环次数、多次平行扩增等LCN—STR分型方法和Mini—STR试剂盒有助于脱落毛发及毛千的STR基因座分型获得。     

激光显微切割技术与低体系扩增方法的法医学应用探索

目的建立减少DNA低体积扩增过程中产生气泡的方法。方法采用激光显微切割技术、PALM系统收集目标细胞,并在1μL～1.5μL低体积扩增样本,加入扩增液0.7μL～0.8μL。结果低体积扩增反应中的失败位点比例为2.3%,比常规反应位点时常会产生气泡导致该位点样本扩增失败且达30%以上的比例显著降低。结论低体积扩增方法可以减少或克服扩增过程中气泡的产生,提高扩增成功率。     

AGCU免提取STR荧光检测试剂盒的验证

目的考察AGCU免提取STR荧光检测试剂盒．对保存在滤纸片或FTA卡上血液样本的直接扩增检测情况。方法使用人GCU免提取STR荧光检测试剂盒,对未经提取的滤纸片血液样本、FTA卡血液样本675份进行直接扩增和18个基因座的DNA分型,并对结果的可靠性进行研究。结果18个基因座检测结果与PP16和ID试剂盒分型结果一致,2000年数据库样本成功率92．3％,2001年数据库样本成功率92．6％,2004以后年数据样本及案件样本、亲子鉴定样本成功率在99％以上。结论AGCU试剂盒可以成功地对滤纸片、FTA卡样本的18个STR基因座进行直接扩增检测,检验结果稳定,分型准确。     

PowerPlex16 HS系统直接扩增法检测肋软骨

目的检验PowerPlex16HS直接扩增系统对软骨的有效性。方法采用PowerPlex16HS复合扩增系统对10例腐败尸体的肋软骨进行直接扩增检验。结果所检验肋软骨都获得了完整遗传图谱,检测成功率为100%。结论 PowerPlex16HS系统直接扩增法能够应用于肋软骨的DNA分型检验。     

全基因组扩增法应用于低拷贝数DNA检测

目的建立基于多重置换扩增(MDA)技术的全基因组扩增(WGA)方法,实现对低拷贝数(LCN)DNA样品进行分析。方法采用REPLI-g试剂盒对样本进行等温全基因组扩增,扩增产物采用ProfilerPlus试剂盒确定样本的十个STR基因座的等位基因型。结果10pgDNA模板经全基因组扩增后,能够进行DNA分型。结论全基因组扩增可以用于LCN的DNA分析,帮助提高微量物证的检出成功率。     

新鲜血痕样本直接扩增试验条件比较

目的探讨新鲜血痕在不同直接扩增试剂盒的试验条件。方法存放2d内的新鲜血痕FTA卡540份和存放1~3m的陈旧性血痕FTA卡270份,各分别随机均分为3组,每份血痕打3片1.0mm纸片,分别用DNATyperTM15Plus试剂盒、GoldeyeTM20A试剂盒和华夏TM试剂盒在标准条件(说明书条件)、优化条件1(标准条件+1μL DMSO)和优化条件2(标准条件+室温浸泡1h)扩增检验,比较在3种条件下各组STR检验成功率。结果陈旧血痕样本用3种直扩试剂盒,在3种条件下,检验成功率均97.00%,且均高于新鲜血痕。新鲜血痕在标准条件和优化条件1下,成功率为27.22%~31.67%,在优化条件2下,检验成功率相似(97.00%),与标准条件和优化条件1比较,有统计学差异(P0.01)。结论新鲜血痕在加入直接扩增试剂后于室温浸泡1h,可有效提高STR检验成功率。     

浓缩DNA法结合miniSTR分型技术检验微量DNA

目的优化低拷贝数DNA STR分型方法。方法对采用磁珠法或Chelex-100法提取DNA,Identi-filer试剂盒扩增,未获得分型结果的日常检案检材,采用物理浓缩法或过柱浓缩法浓缩DNA,采用miniFilerTM试剂盒再次扩增分型。结果 127例检材中,47例磁珠法提取DNA未获得分型的样品,分型成功率为36%;80例Chelex-100法提取DNA未获分型的样品,分型成功率为30%。结论采用浓缩法和miniFilerTM试剂盒,可以提高日常检案中低拷贝数检材的STR检验分型成功率。     

用Chelex100法及有机溶剂提取法联合提取DNA扩增STR基因座的比较研究

为了比较不同方法提取DNA扩增STR基因座的成功率 ,本文用Chelex10 0法及Chelex10 0法联合有机溶剂提取法分别提取性犯罪案件 6份血斑及 6份混合斑中精子DNA ,并用PE公司ProfilerPlus系统复合扩增 ,ABI 310型基因分型仪检测。结果表明 ,常规采用Chelex10 0法提取血斑及精斑等生物检材DNA作STR基因座检验失败或所检测的位点较少时 ,应对Chelex10 0法提取的DNA上清液再用有机溶剂提取法提取 ,可极大提高DNA检验成功率。采用本文建立的Chelex10 0法联合有机溶剂提取法 ,提高了PCR扩增阳性率 ,对实际检案很有帮助 ;在PCR扩增前应常规进行DNA定量检验 ,否则对于重要检材应进行梯度扩增。     

新鲜血痕样本直接扩增试验条件比较

目的探讨新鲜血痕在不同直接扩增试剂盒的试验条件。方法存放2d内的新鲜血痕FTA卡540份和存放1～3m的陈旧性血痕FTA卡270份,各分别随机均分为3组,每份血痕打3片1．0mm纸片,分别用ONATyper^TM15Plus试剂盒、Goldeye^TM20A试剂盒和华夏。”试剂盒在标准条件（说明书条件）、优化条件1（标准条件＋1μLDMSO）和优化条件2（标准条件＋室温浸泡1h）扩增检验,比较在3种条件下各组STR检验成功率。结果陈旧血痕样本用3种直扩试剂盒,在3种条件下,检验成功率均〉97．00％,且均高于新鲜血痕。新鲜血痕在标准条件和优化条件1下,成功率为27．22％～31．67％,在优化条件2下,检验成功率相似（〉97．00％）,与标准条件和优化条件1比较,有统计学差异（P〈0．01）。结论新鲜血痕在加入直接扩增试剂后于室温浸泡1h,可有效提高STR检验成功率。     

河北汉族群体D17S974和D11S4463miniSTR遗传多态性

STR技术目前已经广泛应用于法医学实践,但在实际检察中,一些微量及降解的检材,在使用商品化STR复合扩增试剂盒进行检测时,片段较大的STR基因座常因出现“优势扩增”或“无效扩增”而不能成功得出结论。miniSTR分析技术是尽可能靠近核心序列设计引物以缩短扩增片段长度（〈125bp）,可提高高度降解DNA样本的检测成功率。     

96孔过滤板在接触性DNA自动化检验中的应用

目的将96孔过滤板用于自动化工作站,对接触性DNA进行检验。方法收集553份现场提取的附着在烟蒂、饮料瓶、门窗把手、电源网线头、作案工具、手套上的微量接触性生物检材,在96孔过滤板上进行裂解后整体离心,分离载体与裂解液;应用自动化核酸提取纯化仪结合M48磁珠纯化试剂盒提取纯化DNA,采用IdentifilerPlus试剂盒进行扩增,3500XL测序仪电泳分型,ID-X专家系统分析结果。结果在553份检材中,成功获得STR分型的有271份,检验成功率在31.6%~97.3%之间,烟蒂、饮料瓶检材的成功率均在90%以上,提取纯化过程约90min。结论将96孔过滤板用于自动化工作站,可在实现批量接触性DNA的快速、自动化提取的同时,有效提高接触性DNA检出率。     

PCR扩增3因素对低拷贝模板STR分型的影响研究

目的探讨低拷贝模板(low copy number,LCN)STR扩增方法,提高LCN检材的检验成功率。方法采用Profiler P lusTM试剂盒与9947A对照DNA,改变Taq酶量、体系、循环次数3个因素进行扩增检验,了解各变量对扩增检测的影响。结果对低拷贝模板DNA,单纯增加Taq酶量或反应体系,扩增效率改善不明显;增加循环数,显著提高检验灵敏度;低于0.01ng的模板DNA,同时增加扩增体系、Taq酶量、循环数在一定程度上提高扩增效率。结论对于影响扩增的Taq酶量、体系、循环次数3个因素中,循环数影响最大,但应慎用34次及以上循环数;三者同时增加,对于低于0.01ng模板DNA的扩增可有效改善。     

GoldeneyeTM 20A-M试剂盒在数据库建设中的应用

目的 研究GoldeneyeTM 20A-M试剂盒在DNA数据库建设中的应用.方法 针对血滤纸特性,优化不同条件血痕样品的取样量、扩增循环次数,缩短PCR扩增时间,以建立适合批量样品直接快速扩增检验的方法,并将其应用于1 200份数据库样品的检验中.结果 确定了批量样本检验的最适取样量和扩增循环次数,建立了快速扩增反应程序,1 200份样品的直接快速扩增检验成功率为98.4％,批量检验92份样品(1板)从取样到电泳完成只需6h.结论 GoldeneyeTM 20A-M试剂盒的应用,免去DNA提取过程,方法简单、快速、获得信息量大,适用于DNA数据库建设的需要.     

考古样品中Amelogenin同源基因的提取和检测

目的利用人类性染色体Amelogenin同源基因在X、Y染色体上序列长度的差异,选择设计引物,对考古样本进行古DNA性别信息研究。方法采用苯酚/氯仿-二氧化硅-超滤离心方法提取东岭墓葬群殉人骨骼、牙齿古DNA,PCR扩增,非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)分离和检测古DNA扩增片段。结果8个墓葬16个样品中有7个样品出现阳性扩增检测,目标基因片段清楚,男性为二条带(X、Y),女性为一条带(X),牙齿样品检测成功率优于骨骼样品。结论改进的苯酚/氯仿—二氧化硅—超滤分离法是较好的古DNA提取方法,具有降低PCR抑制剂、消耗成本低和提取成功率高等特点。基于人类X、Y染色体Amelogenin同源基因的古DNA性别分析方法可成为分子考古重要的技术方法。