快速PCR扩增体系的建立及法医学应用

目的建立快速PCR扩增体系,探讨其在法医实践中的应用价值。方法设置不同的缓冲液、酶浓度与Mg SO4浓度、热循环参数等,观察不同参数对扩增结果的影响,建立快速PCR扩增体系。使用该体系对常见检材进行STR分型,与常规方法扩增的结果比较,考察其分型准确性与扩增用时。结果本文建立的快速PCR扩增体系含DNA TyperTM19试剂盒的Primer Mix(5×)2μL;Ta KaRa试剂的Fast BufferⅡ(10×)1μL,Speed STARTMHS DNA Polymerase(5U/μL)0.3μL,Mg SO4(50mmol/L)为0.1μL。扩增程序为95℃120s;95℃2s、61℃15s,27个循环;72℃60s。结论快速PCR扩增体系分型结果准确,用时仅19min,缩短了常规扩增用时,有较大的法医学应用价值。     

RapidHIT~(TM) 200系统在法医学中的应用

目的验证Rapid HIT~(TM )200系统对四类法医学常见检材的检测效能,以及两次重复检测运行中模板、模板DNA和PCR产物的再利用效能。方法将口腔拭子经Rapid HIT~(TM )200系统先后进行两次检验,并针对系统中产生的模板DNA和PCR产物进行首次、再次检测。将四类法医学常见检材经Rapid HIT~(TM)200系统检测,并针对系统运行中产生的模板、模板DNA和PCR产物进行后续检测。结果口腔拭子经该系统首次运行后STR基因座可以完全检出,再次检测过程中部分STR基因座有丢失,再次检测峰值较首次明显降低;模板DNA和PCR产物再次检测的平均STR基因座检出率均小于50%,明显低于首次检测结果。该系统对组织与口腔拭子的检测效能优于血拭子和烟蒂,首次运行后的相应检材、模板DNA、PCR产物延续后续实验流程所获得的STR基因座检出率呈递减趋势。结论Rapid HIT~(TM )200系统对口腔拭子再检测效果好,但经该系统首次运行后的检材、模板DNA、PCR产物以及经该系统再次运行后的模板DNA与PCR产物不应直接用于法医学后续应用及研究。     

AmpF(l)STR(R) Identifiler(R) Plus试剂盒快速直接PCR扩增初探

目的 探索可应用于法医实践的快速直接PCR扩增方法,以缩短扩增时间,提高STR分型速率.方法 联合运用AmpF(l)STR(R) Identifiler(R) Plus试剂盒与TaKaRa快速PCR检测试剂构建快速直接PCR体系,以FTA血卡为模板,采用优化后的扩增程序在快速PCR仪上进行扩增,分型结果与常规直接扩增方法相比较.结果 AmpF(l)fSTR(R) Identifiler(R) Plus试剂盒与TaKaRa的快速PCR检测试剂针对血卡的联合扩增,所得STR分型结果与常规方法一致,扩增用时由常规直接扩增所需的175 min缩短为55 min.结论 采用快速直接PCR方法进行扩增,可得到与常规直接扩增一致的DNA分型,扩增时间明显缩短,DNA分型速率大幅提高.     

用熔解曲线法分析插入/缺失多态性和Y染色体SNPs多态性

随着单核苷酸多态性SNPs (SingleNucleotidePolymorphisms)及插入 /缺失多态性Indels (Insertion/Dele tion)的分型技术研究的深入 ,SNPs和Indels在法医学上的应用将受到深刻的影响。本文研究和探讨Indels的分型方法 ,通过测定扩增DNA片段在溶液中的溶解曲线图确定每个样品的基因型 ,称为溶解曲线Indels基因分型方法(McI/D)。溶解曲线图由被测样品DNA片段的特殊溶解温度组成 ,扩增结果直接由仪器分析不需要繁杂的PCR后期操作。     

激光捕获显微分离技术在DNA检验中的应用研究

目的建立一套显微细胞捕获技术用于法医学生物检材DNA检验方法。方法使用VeritasTM LCM激光捕获仪,采用紫外加红外的捕获方式,对框架覆膜玻片上经苏木素染色口腔上皮细胞进行捕获,采用改良硅珠法提取细胞DNA,使用Identifiler TM试剂盒在5μL体系中进行PCR扩增。结果成功获得20个口腔上皮细胞的13个以上完整STR基因座分型谱带。结论本研究建立的方法适合法医学生物检材制成的染色涂片上细胞的DNA检验。     

“疑难检材核酸提取成功经验征集与分享”活动报导

2015年《中国法医学杂志》社和凯杰(QIAGEN)公司再次联手举办了"疑难检材核酸提取成功经验征集和分享"活动,并借助《中国法医学杂志》社的网络/纸质媒体,给法医DNA检验工作者提供一个疑难检材互相学习、交流的平台。此次活动得到广大法医DNA检验工作者积极参与,经《中国法医学杂志》社与QIAGEN技术专家团队共同对来稿进行评选,评出一等奖1名,二等奖2名,三等奖4名。现将征集论文反映出的成功经验总结报道。     

交流DNA检验心得体会,共享检验成功经验 “疑难检材成功经验征集和分享”——活动报道

2012年9月至2013年3月《中国法医学杂志》社和凯杰(QIAGEN)公司联手举办了"疑难检材成功经验征集和分享"活动,并借助《中国法医学杂志》社的网络/纸质媒体,给广大法医DNA检验工作者提供一个相互学习、相互交流的平台,以推动法医DNA疑难样本处理技术的发展。此次活动得到广大法医DNA检验工作者积极参与,经《中国法医学杂志》社与QIAGEN技术专家团队共同对来稿进行评选,评出一等奖1名,二等奖2名,三等奖3名;参与鼓励奖30名。现将征集论文反映出的成功经验总结提炼报道。     

宁夏回族3个STR基因座的多态性分析

本文作者调查了D16S539,D7S820,D13S317三个基因座在宁夏回族人群中的基因频率分布情况,现报道如下。1　材料与方法1.1　实验材料无关回族个体血样标本从宁夏医学院附属医院采集,血纱布阴干保存。1.2　实验方法1.2.1　DNA模板的制备　按chelex-100法提取血痕DNA。1.2.2　复合扩增　扩增引物及缓冲液均采用Geneprint试剂盒(PromegaCorporation),加入5μl模板DNA上清液及0.75μTaq酶(PE公司),总体积25μl于PCR仪(PE480)中,96℃变性2min,然后94℃变性1min,60℃退火1min,70℃延伸1.5min,循环10次;再于90℃变性1min,60℃退火1min,70℃…     

单核苷酸多态性与DNA芯片技术在法医学中的应用

８０年代中期,Jeffreys建立的DNA指纹技术是法医学DNA分型的里程碑。针对人类基因组小卫星VNTR位点靶序列作RFLP分析,获得高度个体特异性DNA指纹图,使法医学第一次能够作出认定同一性,认定亲生关系的鉴定结论。此为第一代法医DNA分型技术。８０年代后期,Mullis建立PCR技术,以基因组内STR位点多态性位点为靶序列作PCR扩增,利用电泳分离,分析STR位点多态性。PCR－STR分型结合了PCR高效扩增和STR位点高度多态性的特点,成功地解决了检测灵敏度问题,采用复合扩增多STR位点的办法,鉴别能力达到或接近DNA指纹水平…     

三个不同民族9/15个STR基因座分型结构的比较

目前,法医DNA分析技术已成为法医学鉴定的重要内容.其中,采用DNA分析仪进行ABI-Profiler PlusTM、ABI- Identifiler系统9/15个STR基因座基因型检测较为普遍.在少数民族聚居地区的法医学鉴定实践中,案发现场获取的生物物证所属个体的民族来源,往往因牵涉到民族问题的敏感性,而为办案人员进一步开展案件侦破工作所重视.因此,对我们获取的相关群体调查资料(已另文发表)做进一步的分析研究,抛砖引玉,与同行共同探求解决这一实际问题的方法,便是本文作者的初衷.     

陈旧性骨骼DNA提取方法的探索

目的探索陈旧性骨骼DNA的提取方法。方法收集4~15年陈旧骨骼样本,去除表面污染物,经脱钙、裂解提取各样本DNA,使用QIAquickPCR Purification试剂盒进行纯化,检测DNA纯度和浓度,应用Power PlexFusion荧光标记复合扩增系统进行扩增,AB-3500型遗传分析仪检测STR分型。结果 15例陈旧性骨骼经提取、纯化,提取的DNA模板浓度较高,在42.9~176.4ng/μL之间,A260/A280值较稳定,在1.06~1.40之间;所有样本均获得完整STR分型。结论该方法简便快速,提取效果好,能够适用于法医学实际检案。     

河南汉族群体D4Satt、D5Saat miniSTR基因座遗传多态性

在法医学实践中,严重降解或者微量的生物检材采用STR分型,结果常不理想,而miniSTR技术是有效的一种检测方法[1]。本文从人类基因组DNA序列中查找并对D4Satt、D5Saat2个miniSTR基因座进行分型检测,希望可在日常法医学鉴定中作为核心STR基因座的补充[2]。1材料与方法1.1样本和DNA的提取134例河南汉族健康无关个体枸橼酸钠抗凝血样取自郑州市中心血站。采用酚-氯仿法提取DNA。1.2引物设计从GeneBank上下载4、5号染色体DNA序列,用Tandem repeats finder软件在距常用STR基因座较远的区域(50Mb以外)查找重复单位为3bp,连续重复12次以上的STR基因座。用Primer3软件设计引物,使扩增片段在150bp以内。引物由上海生工生物工程技术服务公司合成(表1)。1.3 PCR扩增及产物检测PCR扩增体系总体积20μL,包括1ng模板DNA,10×Buffer(含Mg2+1.5mmol/L)2μL,10mmol/LdNTPs 0.4μL,100μmol/L正反向引物各0.1μL,Taq表1 2个MiniSTR基因座一般信息基因座引物序列(5′-3′)重复区结...     

DNA甲基化在法医学中的应用前景及其检测方法新进展

DNA甲基化是一种重要的表观遗传标记。新近的一些研究表明,DNA甲基化在二联体亲权鉴定、同卵双生子法医学个体甄别等案例中可能具有一定的应用前景,可作为STR或SNP等经典遗传标记的有益补充。目前基于甲基化敏感的限制性核酸内切酶、重亚硫酸盐转化以及甲基化CpG结合蛋白等原理已建立了一系列的DNA甲基化检测方法。甲基化敏感的单核苷酸引物延伸、实时荧光PCR、甲基化特异性PCR、甲基化特异性多重连接反应依赖性探针扩增、光纤微珠芯片等位点特异性DNA甲基化检测方法都可用于已知CpG位点甲基化状态的检测并可能在法医学实验室具有一定的应用前景;AIMS、HELP、COMPARE-MS等通过对基因组范围内的DNA甲基化扫描分析,可发现具有潜在法医学应用价值的DNA甲基化位点。     

MiSeq FGx~(TM)系统进行基因突变亲权鉴定1例

<正>1材料与方法1.1 DNA提取及定量样本来源于本实验室日常案件中经ID-PLUS检测存在STR遗传位点突变的三联体的FTA唾液口腔卡,并使用Qiagen DNA Investigator试剂盒(Qiagen公司)提取样本DNA。样本DNA采用Qubit?3.0荧光定量仪(Life Technologies公司)进行DNA浓度检测,并将浓度稀释到0.2ng/μL[1]。     

云南壮族人群15个STR基因座遗传多态性

目的 对600个云南壮族人群15个常染色体短串联重复(short tandem repeat,STR)序列基因座的遗传多态性进行调查,探讨云南壮族群体遗传学特性及在法医学中的应用价值.方法 使用AmpFLSTR? Identifiler? Direct PCR扩增试剂盒对此地区600名壮族无关个体血样DNA进行PCR扩...     

二代测序技术在法医学中的应用进展

近几年二代测序(second generation sequencing,SGS)技术的快速发展,使其在通量增大、读长增加的同时测序成本大幅降低,给生物学领域带来了新的突破,也使法医遗传学进入了一个新的发展阶段。本文从测序技术在法医遗传学的应用历程展开,回顾了测序技术对法医学遗传标记检测的重要性。以已有相关法医学研究应用的Roche、Illumina和Life Technologies三大测序技术公司推出的二代测序技术平台为例,探讨其在法医遗传学中的应用现状及潜能。目前可依赖这些平台完成DNA水平遗传标记(SNP、STR)、RNA水平遗传标记(m RNA、micro RNA)及线粒体DNA全基因组的测序。然而,技术产品的推出及验证、分析软件的成熟化、与现有数据库的对接、大数据使用中的伦理问题等都是决定该技术能否替代(或补充)成熟PCR毛细管电泳技术以及普遍应用于案件检测的关键。     

GA118-16A型遗传分析仪技术指标确证测试

目的对GA118-16A型遗传分析仪的技术指标进行测试考察,评估其法医学应用价值。方法选择40份男性和42份女性DNA样本、等位基因分型标准物样本、配成6个梯度浓度的9947A标准品、7种混合比例的男/女、女/男两组混合样本(14份),使用3台GA118-16A遗传分析仪进行检测;评价该仪器分型的一致性、重现性、重复性、精确度、分辨力、灵敏度及混合样本分析能力等技术指标。结果经GA118-16A遗传分析仪检测,1男性和女性样本均可获得完整、清晰的分型图谱,结果准确,重现性、重复性良好;2检测精确度SD≤0.12bp;3能准确分辨1bp差异的DNA片段、基线噪声水平、峰高一致性表现良好;4可准确检出各种比例的男女混合样本分型。结论 GA118-16A型遗传分析仪相关技术指标均能满足法医DNA检案和建库等应用要求,可在法医学中推广应用。     

交流DNA检验心得体会,共享检验成功经验——分享DNA检验成功经验,赢QIAGEN大奖活动!

<正>目前,法医DNA检验过程中,遇到痕量样本、污染样本、长时间保存样本等等都会影响到分析检测的准确性和可靠性。针对此类问题,《中国法医学杂志》社与QIAGEN公司联手举办"疑难检材成功经验的征集和分享活动",并借助《中国法医学杂志》社的网络/纸质媒体,给广大法医DNA检验工作者提供一个相     

定量PCR技术在法医学中应用的研究

目的研究荧光定量PCR技术在法医学中的应用。方法应用Taqman技术对法医各种生物检材进行DNA定量。结果该定量PCR技术对各种法医生物检材进行了准确定量,并判断检材中是否存在抑制物,从而指导了后续STR的检验。结论定量PCR技术是法医DNA检验中一项不可缺少的辅助技术。     

dUTP/UNG体系研究进展及法医学应用展望

尿嘧啶-DNA糖基酶（UDG）是一种普遍存在的酶，在DNA损伤修复中起着关键作用。其亚家族I(UNG专一性识别并催化去除DNA中的尿嘧啶。UNG结合d UTP组成的d UTP/UNG防污染体系，是消除PCR产物污染的重要方法。目前法医实验室DNA检验灵敏度不断提高，但是随之而来的污染问题引起研究者的日益关注，在法医学实验室应用d UTP/UNG防污染体系在防污染上具有独特优势，但是目前尚未有相关报道。文章综述了d UTP/UNG防污染体系的技术原理及研究进展，并展望了其在DNA实验室应用的优势和可行性。