丝状霉形体丝状亚种SC型脂蛋白LppQ基因的序列分析

根据基因库发表的丝状霉形体丝状亚种SC型 (MmmSC)脂蛋白LppQ基因序列设计引物 ,采用PCR对国内MmmSC分离株HVRI X株的脂蛋白LppQ基因进行扩增 ,将扩增产物与pMD18 T载体连接并测序。核苷酸序列比较结果显示 ,HVRI X株的LppQ基因序列与基因库发表的核苷酸序列同源性为 99.8% ;由其推导的氨基酸序列同源性为 99.3%。     

宁夏地区猪生殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的克隆及其变异分析

参考GenBank中登录的猪生殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)Jiangxi株和CH-la株的ORF5基因序列,设计并合成了1对引物,对宁夏回族自治区送检的18份PRRS阳性分离毒株进行RT-PCR扩增,获得约750 bp的DNA片段,将其分别克隆入pMD18-T栽体中,进行测序.应用DNAStar软件分析所测序列,并与ATCC VR-2332,BJ-4,RespPRRS MLV等毒株的ORF5序列进行比较,发现其核苷酸同源性为85.4%/～89.0%,与CH-la之间的核苷酸同源性为90.0%～98.2%,与欧洲代表株I,V的核苷酸同源性为55.9%～56.6%.基因系统进化树分析表明,发生于宁夏回族自治区的PRRSV属于美洲型,与CH-la遗传关系较近,归属同一基因亚型.     

云南省猪圆环病毒的分子流行病学调查及其2型cap基因遗传多样性分析

采用猪圆环病毒(PCV)通用PCR技术和PCV-2特异性PCR技术检测云南省2007～2008年采集的120份病猪组织样品,结果获得PCV-2阳性样品21份.选取12份有代表性的阳性样品进行cap基因的扩增、纯化,将产物克隆至pMD18-T载体测序,并与已知参考毒株进行比对及系统发育分析.结果显示,云南省12份阳性样品cap基因的核苷酸及氨基酸序列的同源性分别为92.4%～99.7%和94.4%～99.6%;与国内PCV-2毒株cap基因的核苷酸和氨基酸序列同源性为89.3%～92.9%、88.4%～94.0%;与国外毒株的核苷酸和氨基酸序列同源性为90.0%～99.4%、93.6%～99.6%.有25个氨基酸位点存在变异,其中14个位点位于抗原表位区;12份阳性样品可划分为3个进化分枝(1.1.1.1、1.1.2、1.2),其中1.1.2、1.2可能是新出现的分枝.     

番鸭呼肠孤病毒ZJ99株σC蛋白基因的克隆与序列分析

参考已发表的番鸭呼肠孤病毒(mDRV)的S4序列设计了1对扩增σC蛋白基因的引物,对mDRVZJ99株的RNA抽提物进行RTPCR扩增,获得了特异性的扩增片段。将PCR产物克隆测序,序列经同源性比较,发现mDRVZJ99株σC蛋白基因序列与福建MW9710株对应基因的同源性为99.5%,与法国89026株对应基因的同源性为94.2%,与法国89330株对应基因的同源性为95.0%;相应的氨基酸序列同源性分别为98.9%、94.1%、93.7%。基于σC基因及其推导氨基酸序列的蛋白质结构及物理化学性质预测结果,与国外学者对mDRVσC蛋白的报道相似。     

4种终末宿主土耳其斯坦东毕吸虫cox1和nad1基因的序列分析

收集黑龙江省大庆地区牛源、绵羊源、绒山羊源和山羊源土耳其斯坦东毕吸虫,以SDS-蛋白酶K法抽提其基因组DNA,用特异性引物通过PCR扩增土耳其斯坦东毕吸虫成虫细胞色素C氧化酶亚基1基因(cox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚基1基因(nad1)并进行测序,应用Chromas和DNAStar软件分析扩增产物的变异情况.结果表明,大庆地区4种终末宿主土耳其斯坦东毕吸虫cox1基因均为1 125 bp,nad1基因均为518 bp;且其线粒体基因存在差异,cox1的同源性为99.0%～99.7%,nad1的同源性为98.3%～99.4%.     

山羊鼻内肿瘤病毒RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank中登录的山羊鼻内肿瘤病毒(ENTV)SC株的基因序列,设计合成了1对特异性引物,通过对反应条件进行优化,建立了一种快速检测ENTV的RT-PCR方法。结果显示,以该引物进行RTPCR扩增,能得到与理论设计值大小相符的323bp的特异性条带;与ENTV-SC株相应序列的同源性达98%;该方法最低可检测出6pg的ENTV;用此方法对健康山羊鼻黏膜上皮、健康牛鼻黏膜上皮、绵羊肺腺瘤病毒、肺炎球菌和大肠杆菌的扩增结果均为阴性,重复性和稳定性好;对随机收集的100份山羊样品进行检测,并与临床诊断结果进行比较,符合率为100%。结果表明,此方法特异性强,敏感性高,稳定性和重复性均好,可用于山羊鼻内肿瘤病毒的临床检测和试验研究。     

H5N1亚型禽流感病毒新疆株NS基因的克隆和序列分析

根据已发表的H5N1禽流感病毒NS基因全序列设计了1对引物,对4株禽流感病毒新疆株的NS基因进行了RT-PCR扩增,并将其克隆到pMD 18-T载体上,分别获得了全长为817、851、8548、54 bp的全基因序列。序列分析结果表明,新疆毒株间的核苷酸同源性为97.8%~98.9%,氨基酸同源性为96.5%~98.7%,与广东、香港和东南亚等不同地区的11个毒株比较,同源性为90.0%~99.4%;与来自野禽、猪等不同种类的11个流感毒株比较,同源性为81.4%~99.3%。系统进化树分析表明,新疆株独立分支。     

猪圆环病毒2型2d基因型毒株的全基因组序列分析

根据Gen Bank中猪圆环病毒2型(PCV 2)基因序列,设计特异性引物,用PCR方法从福州郊区某猪场疑似PMWS仔猪病料处理后接种育传三代的PK-15细胞中扩增1个分离毒株的全基因组,并将其克隆到p MD-18T载体上,对鉴定为阳性的重组质粒送检测序。对该分离株的基因全序列及其开放阅读框2(ORF2)进行同源性分析及遗传进化关系分析。PCR鉴定结果显示,本试验中分离到的病毒属于PCV2,命名为PCV2-FZ株。全基因组序列分析显示,分离株全基因组大小为1 767 bp,含有11个开放性阅读框,其中ORF2大小为705 bp,共编码234个氨基酸。PCV2-FZ株与参考毒株基因全序列的核苷酸同源性为94.3%~99.4%,与SD毒株同源性最高,为99.4%;与DK1980PMWSfree和DK1990PMWSfree毒株同源性最低,为94.3%。分离株与参考毒株ORF2核苷酸同源性为89.2%~99.4%,其中与SD毒株同源性最高,为99.4%,与DK1980PMWSfree毒株和DK1987PMWSfree毒株同源性最低,均为89.2%。全基因组与ORF2序列遗传进化树分析均表明,PCV2-FZ株属于PCV2d基因型。本研究从福建省首次分离并鉴定了1株PCV2d型毒株,这对PCV2流行病学研究和遗传变异分析具有重要意义。     

猪圆环病毒Ⅰ型ORF1基因的克隆及其在大肠杆菌中的表达

根据GenBank中猪圆环病毒Ⅰ型(PCV1)ORF1基因序列,设计合成了1对引物,对PCV1 ORF1基因进行PCR扩增,将扩增出的ORF1基因(939 bp)克隆入pMD18-T载体,将筛选获得的重组质粒命名为pMD-ORF1。测序分析表明,克隆的ORF1与广东分离株DQ659154的核苷酸序列同源性高达99.6%,推导的氨基酸序列同源性为99.4%。将ORF1双酶切产物插入原核表达载体pET-41a,得到的重组子命名为pET-ORF1。用IPTG进行诱导表达,收集菌液进行SDS-PAGE和Western-blot分析,结果表明,PCV1ORF1在pET-41a中获得了高效融合表达,其表达蛋白的分子质量约为67.6 ku。     

蜱源淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒半巢式PCR检测方法的建立

为建立快速、敏感的蜱源淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒(LCMV)检测方法,根据GenBank中已登录的蜱源LCMV NP基因序列设计半巢式PCR引物,通过优化反应条件建立半巢式PCR检测方法.结果 显示,用该方法能扩增出248 bp的目的片段,与LCMV序列(MG554174)的同源性为100％.特异性试验结果显示,该方法对...     

鸭瘟病毒的PCR鉴定及相关序列分析

设计、合成了 2对鸭瘟病毒引物 ,对云南省发现的 1例鸭瘟可疑病例 (YN DPV0 1)进行PCR鉴定 ,并对其扩增产物进行测序。结果显示 ,引物对被检测病料的扩增正确 ;所扩增的片段经序列测定与参考毒株 p4 81的同源性为 99.5 %。     

皮蝇Hypodermin C基因的克隆及重组表达载体的构建

参照牛皮蝇HypoderminC(HC)基因的核苷酸序列 ,设计了 1对引物 ,以牛皮蝇总RNA为模板 ,用RT PCR扩增了牛皮蝇HC基因 ,将扩增基因进行克隆测序。测序结果表明 ,所获得基因与已知序列同源性达 99.4 5 %。同时 ,将该基因与表达载体 pGEX 4T 1连接 ,构建并获得阳性重组表达载体。     

1型鸭肝炎病毒E53株和HP-1株全基因组序列分析

根据已发表的1型鸭肝炎病毒(DHV-1)基因组序列设计并合成引物,通过RT-PCR方法对DHV-1 E53株和HP-1株的基因组序列进行分段扩增并测序.BLAST分析确定为DHV-1型基因组序列,GenBank登录号分别为EF151313和EF151312.E53株与已发表的参考毒株的核苷酸同源性为94.6%～99.4%;HP-1株与已发表的参考毒株的核苷酸同源性为94.4%～99.6%.系统进化树分析结果表明,E53株与北京BJ株进化关系最近;HP-1株与R85952株进化关系最近.     

番鸭细小病毒弱毒株VP2基因的分子克隆与序列测定

将番鸭细小病毒(MDPV)强毒Q株经番鸭胚连续传代,获得致弱株MDPV-26.根据已发表的MDPV的全基因序列,设计了1对引物LHMP7/LHMP8,同时在这2条引物中分别加入2种限制性核酸内切酶SacⅡ和KpnⅠ的酶切位点.应用PCR技术扩增了MDPV-26株的VP2基因片段.将扩增后的基因片段重组到pMD18-T质粒载体上,并对插入片段进行序列测定.测序结果表明,弱毒株MDPV-26与强毒株MDPV-Q的VP2基因序列相同率达99.7%,与国外分离株的同源性为98.3%,说明强、弱毒株的VP2基因序列变化不大.     

iss基因与鸡大肠杆菌致病力的关系

为探讨iss基因的存在及其核苷酸序列的差异与鸡大肠杆菌致病力的关系,分别采用普通PCR及套式PCR方法检测iss基因在21株鸡大肠杆菌菌株中的分布,并进行序列测定,分析菌株携带iss基因的情况及不同毒力的菌株间iss基因序列的差异。结果显示,经套式PCR检测21株鸡大肠杆菌均携带iss基因,而普通PCR检测显示仅有13株携带iss基因;16株菌株iss基因与国外禽大肠杆菌iss基因参考序列同源性为100%;其余5株中,E1与参考序列同源性为93.5%,E33、O78与参考序列同源性为99.4%,E4、E21与参考序列同源性为99.7%。推测,iss基因可能在不同来源、不同毒力、不同血清型的鸡大肠杆菌中都普遍存在,仅是拷贝数高低不同,而不是目前普遍认为的"有或无"的关系,并且iss基因序列是高度保守的。iss基因与鸡大肠杆菌致病力的相关性可能与它所定位的质粒拷贝数有关,与iss基因的序列差异无关。     

北极狐白介素-18基因的克隆与序列分析

根据GenBank中登录的犬白介素-18(IL-18)基因序列,设计了1对特异性引物.将北极狐外周血淋巴细胞经植物血凝素(PHA)诱导,用TRIzol裂解,提取总RNA,通过反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增狐狸IL-18基因,连接pMD18-T载体,转化DH5α感受态细胞,获得阳性重组质粒.核苷酸测序结果显示,获得的基因序列全长590 bp,含582 bp的开放阅读框,编码193个氨基酸,与已知犬IL-18序列的同源性高达98.7%,氨基酸同源性为96.4%.     

猪传染性胃肠炎病毒SY株的分离鉴定及S基因的序列分析

取沈阳地区某猪场表现为腹泻症状的病死仔猪小肠病料,无菌处理后接种在PK-15细胞上分离病毒。通过无限稀释法进行病毒纯化、病毒中和试验和RT-PCR检测,证实其为传染性胃肠炎病毒(TGEV),并命名为TGEV SY株。参照Gen Bank中TGEV序列设计引物,对SY株S基因进行RT-PCR扩增,克隆并测序,获得S基因组完全序列。将S基因序列和所编码的氨基酸序列与Gen Bank中登录的10个TGEV和1个PRCV S基因序列进行同源性和亲缘关系的比较分析。结果表明,SY株S基因核苷酸序列和编码的氨基酸序列与其他参考毒株的同源性分别为96.4%~99.2%和96.0%~97.9%;而与PRCV毒株的同源性分别为96.2%和96.6%。由系统进化树可知,SY株与国内的华毒株、TS株以及国外的Miller M60株位于进化树的同一分支,亲缘关系较近。总体来看,各毒株之间的S基因差异性不大,表明TGEV虽然处于不断遗传演化中,但不同毒株的S基因变异不是特别明显。     

伪狂犬病病毒Ea株糖蛋白基因gL的克隆和序列分析

根据已发表的基因序列设计了 1对PCR引物 ,以伪狂犬病病毒Ea株 (pseudorabiesvirusEa ,PRVEa)基因组DNA为模板 ,扩增出一大小为 5 11bp的片段。通过酶切和测序证实 ,该基因为伪狂犬病病毒Ea株的又一糖蛋白基因 ,即gL基因。Blast软件分析表明 ,该基因与Kaplan株核苷酸序列的同源性为 94% ,氨基酸序列的同源性为 95 %。将测序结果输入GenBank ,获得登录号AF44 845 6。     

猪传染性胃肠炎病毒半巢式RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立一种高效、敏感、特异的用于检测猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的半巢式RT-PCR方法,本研究依据GenBank发表TGEV的N基因序列设计3条特异性引物,通过优化反应体系,建立了检测TGEV的半巢式RT-PCR方法,并对反应体系特异性和敏感性进行了检测。结果显示,该方法能够成功扩增483 bp和338 bp两条目的条带;对TGEV具有良好的特异性,与猪流行性腹泻病毒、猪轮状病毒、猪博卡病毒、猪德尔塔冠状病毒均无交叉反应;最低可检测到1.86×10~(-1)pg/μL的TGEV cDNA。用所建半巢式RT-PCR对临床50份猪腹泻样品进行检测,结果显示,阳性率为36%,高于普通RT-PCR阳性检出率,且阳性样品符合率为100%。本试验所建立的半巢式RT-PCR检测方法灵敏度高、特异性好,可准确地对TGEV感染做出诊断,为TGEV的临床检测、流行病学调查提供了有效手段。     

猪圆环病毒复合PCR检测方法的建立

根据已发表的PCV 1和PCV 2全基因组序列 ,设计了 3条引物 ,组成PCV 2的特有引物对和PCV 1、PCV 2的共有引物对 ,分别扩增长度为 4 72bp和 339bp的片段。为验证PCR扩增的特异性 ,将 4 72bp的扩增产物纯化后 ,克隆到 pMD 18 T载体 ,转化大肠埃希氏菌TG1,对阳性克隆进行酶切及PCR鉴定 ,并测序。将该序列递交NCBI进行BLAST同源序列比较 ,发现它与美国、加拿大及我国台湾的PCV 2毒株核苷酸序列的同源性均在 99%以上 ,与PCV 1毒株的同源性为 86 %。结果显示 ,该方法最少可用于 3μg病料组织和 0 .75 pgDNA的PCV 2检出 ,具有很高的灵敏性。应用该PCR方法检测了浙江省和上海市 4 7份“猪高热综合征”病料 ,PCV 2感染阳性率为 36 .17% ,PCV 1单独感染阳性率为 34.0 4 %。