副猪嗜血杆菌LAMP检测方法的建立

为建立快速鉴别检测副猪嗜血杆菌的方法,根据Gen Bank中公布的副猪嗜血杆菌16S rRNA基因设计环介导等温扩增(LAMP)引物,利用Loopamp Realtime Turbidimeter LA-320c仪对反应体系和条件进行优化,建立了检测副猪嗜血杆菌的LAMP方法。结果显示,该方法可在65℃下反应15 min实现肉眼可视化直接判定结果。该方法仅对副猪嗜血杆菌有特异扩增,对胸膜肺炎放线杆菌、肠炎沙门菌等其他10种相关病原菌均无特异性扩增,表明特异性好,且具有较好的重复性及稳定性。其检测的灵敏度为0.175 fg/L,高于PCR方法1×10~4倍。对94份临床发病猪的鼻拭子样品平行检测结果显示,LAMP方法与NY/T 2417—2013标准中的方法间的符合率为96.8%。本方法为基层和口岸快速鉴别诊断副猪嗜血杆菌病提供了新的技术手段。     

肺炎克雷伯菌TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

为建立肺炎克雷伯菌TaqMan荧光定量PCR检测方法,根据肺炎克雷伯菌16SrRNA基因的保守序列设计特异性引物和TaqMan探针,通过反应条件优化和特异性、敏感性、重复性试验以及临床样品的检测,建立了肺炎克雷伯菌TaqMan荧光定量PCR。结果显示,该方法与猪肺炎支原体、猪鼻支原体、臭鼻克雷伯菌、鼻硬结克雷伯菌、多杀性巴氏杆菌、链球菌、葡萄球菌、大肠杆菌、沙门菌、肠球菌、乳杆菌、解淀粉芽胞杆菌、猪丹毒杆菌、奇异变形杆菌和化脓隐秘杆菌共15种细菌无交叉反应;标准品浓度在2.29×109~2.29×104 copies/μL范围内具有良好的线性关系,最低可检测到2.29×102 copies/μL的标准品阳性质粒;批内和批间变异系数均小于3%。临床样品的检测结果表明,该方法具有敏感性高、特异性好、稳定性强和检测快速的优点,可用于肺炎克雷伯菌感染的早期诊断、样品的快速检测以及肺炎克雷伯菌的定量分析。     

三种致奶牛流产病原多重巢式PCR检测方法的建立

为同步检测引起奶牛流产的新孢子虫、布氏杆菌和弓形虫这三种常见病原,本研究分别设计针对新孢子虫ITS1基因(Nc-ITS1)、布氏杆菌16S rRNA基因(Ba-16S rRNA)及弓形虫529 bp重复序列基因(Tg-529 bp)的特异性巢式PCR引物,建立并优化了能够同时检测这三种病原的多重巢式PCR方法。结果显示,多重巢式PCR对Nc-ITS1、Ba-16S rRNA及Tg-529 bp扩增产物的大小分别为601 bp、380 bp、245 bp。外引物退火温度为57℃,内引物为53℃;Taq酶、dNTP和Mg2+浓度分别为1.0 U、2.0 mmol/L和1.0 mmol/L;Nc-ITS1和Tg-529 bp外、内引物浓度均为0.4 m ol/L,Ba-16S rRNA为0.2 mol/L。该多重巢式PCR对Nc-ITS1和Ba-16S rRNA检测敏感性达3×102 copies/L,对Tg-529 bp达3×101 copies/L,对住肉孢子虫、大肠杆菌、沙门菌、李氏杆菌、金黄色葡萄球菌和链球菌扩增均无目的条带,表明该多重巢式PCR方法具有良好的敏感性和特异性。利用该方法对86份临床样品进行检测,结果显示新孢子虫阳性样品26份,布氏杆菌阳性样品2份,弓形虫阳性样品1份,其中新孢子虫和布氏杆菌均为阳性的样品1份,与单巢式PCR检测结果一致。结果表明,建立的多重巢式PCR方法可以用来对致奶牛流产的新孢子虫、布氏杆菌和弓形虫这三种常见病原进行快速、准确地检测。     

猪四种呼吸道病原菌四重PCR检测方法的建立与应用

为建立可同时快速检测猪支气管败血波氏杆菌(Bb)、副猪嗜血杆菌(Hps)、胸膜肺炎放线杆菌(App)和多杀性巴氏杆菌(Pm)的四重PCR方法,根据Bb的fla基因、Hps的16S rRNA基因、App的apxⅣ基因和Pm的特异性基因KMT1设计4对特异性引物,基于TaKaRa公司的Premix Taq PCR预混酶,对四重PCR的引物浓度和退火温度进行优化,确定该四重PCR的反应体系和反应条件,通过对特异性及同一种病原菌不同血清型检测的通用性、敏感性和重复性评价,建立快速检测猪这4种呼吸道病原菌的四重PCR方法,同时应用该方法对81份临床样本进行检测,检测结果与这4种病原菌单项PCR检测以及4种病原菌的分离鉴定结果进行比较。结果表明,该方法能同时对这4种病原菌进行检测,特异性和通用性好、重复性好,对这4种病原菌DNA的最低检测质量浓度为20 pg/L,对这4种细菌的最低检出量分别为1×10~3CFU/mL的Pm,1×10~2CFU/mL的Hps、Bb和App,敏感性高。81份临床样本的四重PCR检测结果和单项PCR检测结果一致,PCR检出率明显高于细菌分离鉴定结果。本研究成功建立了可同时检出猪支气管败血波氏杆菌、副猪嗜血杆菌、胸膜肺炎放线杆菌和多杀性巴氏杆菌的四重PCR方法,该方法可用于临床样本的快速检测以及这4种病原菌的鉴别检测。     

绵羊肺炎支原体荧光定量PCR检测方法的建立与应用

为建立快速检测绵羊肺炎支原体的荧光定量PCR方法,根据EF-Tu基因序列设计合成引物,构建含有EF-Tu基因的重组质粒,以其为标准品绘制标准曲线,检验该方法的特异性、敏感性和重复性,并用于临床样本的检测。结果显示,本研究建立的方法能特异性扩增绵羊肺炎支原体,与其他病原无交叉反应,最低检测限为5 copies/L,在5×104~5×109稀释度范围内具有良好的线性关系(r2=0.996),检测的批内和批间变异系数均小于5%。对临床肺组织样本中绵羊肺炎支原体的检出率(105/134,78%)与基于P113基因的q RT-PCR方法的相符,而对鼻腔棉拭子样本的检出率(27/50,54%)略高于后者(25/50,50%)。对人工感染绵羊肺炎支原体山羊肺的病变部位、病健交界部位和无明显病变部位的检出率分别为1/6、6/6和4/6,确定肺的病健交界部位为最佳采样部位。对采自四川、新疆、青海的439份表观健康羊肺绵羊肺炎支原体的平均检出率分别为48%(61/126)、63%(103/163)和75%(113/150),提示受检羊群仍存在严重的绵羊肺炎支原体带菌感染情况。该方法的建立对绵羊肺炎支原体感染的监测与快速诊断有重要意义。     

新疆南疆部分地区绵羊支原体感染的分子流行病学调查

为了解新疆南疆地区规模化羊场支原体感染的流行情况,首先采用PCR技术对新疆南疆3个县的5个规模化羊场132例鼻拭子、6例肺样品进行初步检测;然后利用支原体液体培养基MTB及固体培养基MTA对PCR阳性样本进行分离培养、鉴定;并选取部分代表株,对其16S r RNA基因进行序列测定,分析其分子特征。PCR结果显示,该地区支原体总体阳性率为26.1%(36/138),绵羊肺炎支原体阳性率为14.5%(20/138),精氨酸支原体的阳性率为11.6%(16/138),其中库车县的支原体阳性率最高,达43.5%(27/62)。系统进化树显示:绵羊肺炎支原体分离株中,WSMO株与美国株的亲缘关系较近,其他分离株单独聚为一支;精氨酸支原体分离株中,YJSMA与南非株的亲缘关系较近,其他分离株单独聚为一支。这说明该地区菌株由于地理环境或长途运输导致与国外菌株的亲缘关系较近,同时存在一定程度变异造成基因型的差异。本研究结果可为该地区绵羊支原体病的有效防治提供参考。     

副猪嗜血杆菌纳米PCR检测方法的建立

为了建立副猪嗜血杆菌(HPs)的高效纳米PCR检测技术,根据文献合成了1对针对HPs的16S rRNA基因的特异性引物,并对纳米PCR的反应条件进行优化。然后用建立的纳米PCR检测HPs、大肠杆菌、肠炎沙门菌、金黄色葡萄球菌及猪链球菌2型等猪源细菌以验证该纳米PCR的特异性,同时比较该纳米PCR与普通PCR的灵敏度。特异性试验结果表明,只有HPs能够扩增出822bp的目的片段,其他细菌的扩增结果均为阴性。敏感性试验结果显示,建立的纳米PCR的敏感性比普通PCR高10倍,最低可检出4.19×10-6 ng/μL的HPs基因组DNA。结果表明,本研究建立的基于16S rRNA基因的HPs纳米PCR具有较好的特异性和较高的灵敏度,是一种高效、快速的检测方法,可为副猪嗜血杆菌病的防控和检验检疫提供技术支撑。     

猪鼻支原体荧光PCR检测方法的建立和应用

为了建立猪鼻支原体（Mycoplasma hyorhinis）快速荧光PCR检测方法,本研究合成了该病原特异性基因P37的重组质粒,根据该基因设计荧光PCR引物和探针,并对设计的引物和探针的特异性、敏感性和重复性进行了检测。结果显示,该方法具有高度的特异性,除了识别猪鼻支原体基因组外,对猪的基因组和猪常见病原的基因组均不发生交叉反应。在敏感性和重复性试验中,该方法对猪鼻支原体的检测限为1 000copies/m L,变异系数小于3%,因此具有优良的敏感性和稳定性。用该方法检测临床样本,阳性检出率为76%(38/50),远高于普通PCR的阳性检出率（40%,20/50）。上述结果表明,本研究建立的荧光PCR方法在特异性、敏感性和稳定性方面均满足猪鼻支原体的临床检测要求,可以用于猪鼻支原体临床样品的检测。     

我国猫Candidatus Mycoplasma haemominutum的分子鉴定及其系统发生关系

无菌采集30份猫血样品,进行全血基因组DNA的抽提,用文献报道的方法筛选出感染猫血巴尔通氏体的样品。挑取2份阳性的DNA样品,用能扩增大多数真细菌16S rRNA基因的通用引物进行PCR扩增,扩增产物经克隆、测序后,获得大小为1456bp的核苷酸序列(登录号为AM745338)。序列比对和系统进化分析发现,该序列与猫血巴尔通氏体(DQ825442)的16S rRNA基因序列相似性达到99.7%,按照新的分类命名应称之为CandidatusMycoplasma haemominutum,从而从分子生物学水平证实了此种猫的血营养菌在广东省的存在。系统进化分析结果也证实,在以往的分类中被归属于"附红细胞体属"和"血巴尔通氏体属"的病原体应归为同一个属,这类血营养菌在系统发生上与肺炎支原体最靠近,应归于支原体属,是一种血营养性支原体。     

溶血性曼氏杆菌TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为建立一种快速、准确检测猪溶血性曼氏杆菌TaqMan荧光定量PCR方法,根据溶血性曼氏杆菌16S rRNA基因保守序列设计种特异性引物及探针,优化反应条件,建立了检测溶血性曼氏杆菌的TaqMan荧光定量PCR检测方法。结果表明,以重组质粒pMD-MH-16S为标准品建立的标准曲线在3.06×10~8~3.06×10~1copies/L范围内具有良好的线性关系,最低可以检测到3.06×101 copies/L的标准品阳性质粒。该方法与其他24种常见细菌均无交叉反应,批内和批间变异系数均小于3%。应用建立的方法和普通PCR方法对65份临床样品进行检测,阳性率分别为56.92%和21.54%,阳性符合率为100%。本研究结果表明,所建立的方法可用于牛、羊溶血性曼氏杆菌感染的高通量快速诊断以及溶血性曼氏杆菌的快速鉴定及定量分析。     

鸭疫里默氏杆菌16 S rRNA PCR快速检测方法的建立

根据GenBank中的鸭疫里默氏杆菌(RA)1～19型16 S rRNA基因序列,分别与大肠杆菌、沙门氏菌、葡萄球菌、巴氏杆菌的16 S rRNA基因序列对比,设计特异性引物,建立了基于鸭疫里默氏杆菌16 SrRNA的PCR检测方法.结果表明,用该方法对鸭疫里默氏杆菌、大肠杆菌、沙门氏菌、葡萄球菌、巴氏杆菌进行检测,只有鸭疫里默氏杆菌的DNA能扩增出680 bp的特异条带,其他细菌的DNA不能扩增出任何条带;测序结果与GenBank中鸭疫里默氏杆菌相应序列完全一致;同时分别将鸭疫里默氏杆菌基因组DNA和菌液10倍稀释进行PCR扩增,对鸭疫里默氏杆菌DNA的最小检出量为1.907×10~(-5)g/L,对鸭疫里默氏杆菌菌液的最小检出量为1.5×10~4CFU/mL.证实,建立的基于鸭疫里默氏杆菌16 S rRNA的PCR检测方法具有快速、灵敏、特异的优点,可用于鸭疫里默氏杆菌感染的检测、分子流行病学调查和分离菌株的快速鉴定.     

绵羊肺炎支原体P113蛋白单克隆抗体的制备及其在免疫荧光检测中的应用研究

P113蛋白是绵羊肺炎支原体重要的免疫原。为了制备针对P113蛋白的单克隆抗体,本研究以原核表达的重组P113蛋白免疫小鼠,制备了1株P113蛋白的特异性单克隆抗体C426,纯化后用异硫氰酸荧光素标记单克隆抗体,并建立了绵羊肺炎支原体的免疫荧光检测技术。结果显示,该株单克隆抗体的ELISA效价为1∶128 000,亚型为IgG2b,轻链类型为κ型,并具有良好的特异性。所建立的免疫荧光检测方法特异性强、灵敏度高,其对绵羊肺炎支原体培养物的检测下限为100 CCU/m L。该方法可以从感染动物的鼻拭子样品或肺组织中成功检测到绵羊肺炎支原体,与PCR方法的阳性符合率为86.25%,明显高于支原体分离培养的方法。本研究制备的P113蛋白单克隆抗体以及免疫荧光技术不仅为绵羊肺炎支原体感染的诊断提供了新的手段,同时为进一步研究P113的功能提供了良好的工具。     

牛支原体肺炎PCR诊断方法的建立及初步应用

参照GenBank中牛支原体脂蛋白P48基因序列,设计并合成特异性引物Mb-F/Mb-R,建立了牛支原体PCR检测方法,并在扩增条件优化的基础上,对该方法的特异性和灵敏度进行了分析,进而应用建立的方法完成了疑似牛支原体肺炎临床病料的检测。结果显示,建立的PCR方法对牛支原体的核酸样品能扩增出534 bp的特异性目的片段,而对无乳支原体、丝状支原体、大肠杆菌、绿脓杆菌、链球菌、多杀性巴氏杆菌、金黄色葡萄球菌、沙门菌、肺炎克雷伯氏菌、黏质沙雷氏菌、变形杆菌等牛常见条件病原微生物核酸样品均未见明显的扩增条带,且其可检测出的牛支原体DNA最低浓度约为0.000 002 875μg/mL。对临床样品的检测结果显示,该方法的检出率与与病原分离的符合率为100%。上述结果表明,本研究成功建立了牛支原体PCR检测方法,可用于临床上牛支原体肺炎的快速诊断。     

通用型猪流感病毒PCR-DHPLC检测方法的建立

应用PCR技术结合变性高效液相色谱(DHPLC)技术,建立通用型猪流感病毒的快速筛检方法。查找、分析猪流感病毒M基因的保守区,设计了1对特异性引物。RT-PCR扩增后经变性高效液相色谱技术分析研究方法的特异性、敏感性和应用性。DHPLC法能特异性检出H1N1、H5N1和H3N2亚型猪流感病毒,与猪瘟病毒、口蹄疫病毒、猪流行性腹泻病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒2型无交叉反应。对构建的含有M基因的重组质粒,该方法的检出下限为100copies核酸。对210份存档猪流感鼻拭子样品,DHPLC法与商业化定量PCR的检测结果完全一致。DHPLC技术为临床大批量猪流感样品的监测提供了一种新的、自动化、高通量的核酸分析平台。     

猪胸膜肺炎放线杆菌种及血清1,5,7型多重PCR检测方法的建立

根据猪胸膜肺炎放线杆菌(APP)外膜脂蛋白(OmlA)基因序列设计了1对种特异性引物;根据APP血清1、5、7型荚膜多糖(cps)基因序列设计了13对型特异性引物,建立了鉴定APP种及血清1、5、7型的多重PCR检测方法,该方法的特异性和敏感性均良好.应用建立的多重PCR方法对临床分离的89株APP及545份无临床症状猪鼻拭子进行了检测.结果显示,89株APP中共检出血清1型17株(检出率为19.1%),血清5型36株(检出率为40.4%),血清7型27株(检出率为30.3%);545份鼻拭子APP检出率为9.36%(51/545),其中血清1型占15.69%(8/51),血清5型占35.29%(18/51),血清7型占33.33%(13/51).证实,该方法可作为猪传染性胸膜肺炎快速诊断和流行病学调查的重要手段.     

胞内劳森菌实时荧光RPA方法的建立及初步应用

本研究基于胞内劳森菌(Lawsonia intracellularis)16S rRNA基因保守序列,设计特异性引物和exo探针,建立了一种能够快速检测胞内劳森菌的实时荧光重组酶聚合酶扩增方法(real-time RPA)。进一步对real-time RPA方法的特异性和灵敏性进行了分析,对临床疑似病例的猪粪便和回肠样品进行了检测,并同real-time LAMP和real-time PCR检测结果进行了比较。结果表明,该方法能够在39℃等温条件下,20 min内实现对胞内劳森菌的有效检测;所建立的方法特异性强,仅对L.intracellularis产生特异性扩增,对其他常见引起猪腹泻的病原均无扩增;灵敏性高,以L.intracellularis基因组DNA为模板,检出限为1.4×10~2fg/μL;在60份临床样品中,该方法对L.intracellularis的检出率为66.7%(40/60),同real-time LAMP和real-time PCR方法一致。本研究所建立的real-time RPA方法反应快速、特异性强、灵敏性高,可用于猪场胞内劳森菌的快速检测。     

贵州某猪场胸膜肺炎放线杆菌血清5型的分离鉴定

2020年11月贵州毕节某猪场一头经产母猪突然发病死亡,为鉴定导致其发病死亡的致病菌,试验无菌采取病死猪病变肺组织,通过细菌分离培养、染色镜检、生化试验、16S rRNA PCR扩增等方法进行鉴定,并对分离菌进行药敏试验、血清型鉴定、毒素基因鉴定、耐药基因检测及毒力试验。结果显示,从病变肺中分离到1株病原菌,分离菌的菌落形态、菌体形态、生化特征和16S rRNA基因序列均与胸膜肺炎放线杆菌相符,将其命名为APP GZBJ2020;药敏试验显示,APP GZBJ2020株对头孢曲松、头孢哌酮、青霉素等9种药物敏感,对头孢氨苄和米诺环素中度敏感,对庆大霉素、红霉素、新霉素等9种药物耐药;血清型鉴定结果显示其为血清5型胸膜肺炎放线杆菌;毒素鉴定结果显示APP GZBJ2020株含有ApxⅠ、ApxⅡ及ApxⅣ三种毒素基因;耐药基因检测结果显示,APP GZBJ2020株携带有tem、gyrB、parC和parE四种耐药基因;动物毒力试验结果显示,APP GZBJ2020株对小鼠有致病性。试验成功从病死经产母猪病变肺中分离到1株血清5型胸膜肺炎放线杆菌,试验结果可为该猪场治疗发病猪提供一定帮助,并为了解胸膜肺炎放线杆菌在贵州省的流行血清型提供数据支持。     

猪附红细胞体PCR-ELISA检测方法的建立

根据猪附红细胞体OxaA膜蛋白基因设计了1对分别标记生物素和地高辛的引物,将PCR扩增产物固定至链霉亲和素包被的酶标板中进行酶联显色检测,并优化PCR扩增及ELISA检测步骤,建立了猪附红细胞体PCR-ELISA。结果显示,该方法较传统的PCR-ELISA节约近2h,最低能检出0.36pg的猪附红细胞体DNA,敏感性比常规PCR高10倍,且与猪链球菌、猪肺炎霉形体、大肠杆菌等无交叉反应。用该方法对64份猪血液中提取的DNA样品进行检测,结果阳性检出率为35.9%,明显高于常规PCR的28.1%。结果表明,建立的猪附红细胞体PCR-ELISA具有敏感、特异、安全和快速的特点。     

猪胸膜肺炎放线杆菌半套式PCR检测方法的建立及应用

根据1型胸膜肺炎放线杆菌apx Ⅳ A基因3'端序列设计3条引物,建立了检测猪胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacillus pleuropneumoniae,APP)的半套式PCR方法.筛选了该方法的最佳反应条件,并采用该方法进行临诊检测,比较了不同处理临床样品的检测结果.结果表明,该方法能检测出所有供试血清型APP,不能从猪上呼吸道常见细菌基因组DNA中扩增出条带,特异性好;最低DNA检出量为16.5 fg,其灵敏性是常规PCR方法的1 000倍;重复性试验结果表明,该方法稳定可靠.应用半套式PCR方法检测临床样品,检出率显著高于细菌分离鉴定;样品保存方法和核酸抽提方法能影响阳性样品的检出率.     

丹毒丝菌属荧光定量PCR检测方法的建立

为建立高效快速的丹毒丝菌属荧光定量PCR(SYBR Green real-time PCR)检测方法,根据丹毒丝菌属16S r RNA基因保守序列设计特异性引物,通过优化确定最佳反应条件,并进行敏感性、特异性、重复性试验以及临床样品的检测,建立了丹毒丝菌属荧光定量PCR检测方法。结果显示,标准品浓度在1.06×106~1.06×101copies/L范围内具有良好的线性关系,最低可检测到1.06×10-2 copies/L的标准品阳性质粒;该方法与副猪嗜血杆菌、多杀性巴氏杆菌、金黄色葡萄球菌等22种细菌和病毒无交叉反应;批内和批间的变异系数(CV)均小于3%。对临床样品的检测结果表明,该方法具有敏感性高、特异性强、稳定性好、准确度高和检测快速等优点,可用于猪丹毒杆菌感染的早期诊断、样品的快速检测与定量分析。