多重荧光RT-PCR同步检测及鉴别诊断口蹄疫和水泡性口炎

本研究建立了可以同时检测和鉴别通用型口蹄疫病毒(FMDV)、新泽西型水泡性口炎病毒(VSVNJ)和印第安纳型水泡性口炎病毒(VSV-IND)的多重荧光RT-PCR方法,并进行了验证和应用。结果显示,建立的多重和单一荧光RT-PCR扩增效率E值约100%,R20.999,扩增效果良好,最低检测限可达到约10 copies/μL,方法特异性为100%。FMDV、VSV-NJ和VSV-IND单一荧光RT-PCR与多重荧光RT-PCR之间的相关性系数分别为0.999 5、0.999 8和0.999 4,与单一荧光RT-PCR相比,多重混合对特异性和敏感性均未产生明显干扰。用已知的FMDV和VSV-NJ及VSV-IND阳性核酸19份验证,符合率为100%。经国家口蹄疫参考实验室分别对62份阳性、50份阴性FMDV样品进行验证,结果一致。从100份临床样品中筛查到10份FMDV阳性,未见混合感染,与单一荧光RT-PCR结果相符。本研究建立的多重荧光RT-PCR方法实现了一次检测同时鉴别多重病毒的目的,适用于混合感染水泡性疫病的临床快速筛查。     

塞内卡谷病毒荧光RT-RPA快速检测方法的建立

本研究利用重组酶聚合酶扩增(RPA)技术建立快速检测塞内卡谷病毒(SVV)的实时荧光RT-RPA方法。试验结果表明,该方法特异性强,能准确检测SVV核酸,与水泡性口炎病毒(VSV-IND和VSV-NJ)、猪水泡病病毒(SVDV)、口蹄疫病毒(FMDV)、猪瘟病毒(CSFV)和猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)等灭活抗原核酸无交叉反应;灵敏度高,本试验中最低可检测SVV核酸浓度为1.35×10~(-3)g/mL;简便快速,反应时间小于20 min;重复性好。利用所建立方法对116份临床样品进行检测,结果与实时荧光RT-PCR一致。本研究为SVV防控提供了一种快速检测的新方法,可用于基层实验室对SVV的快速检测。     

SYBR Green I实时荧光定量RT-PCR检测水泡性口炎病毒方法的建立

本研究旨在建立一种快速、灵敏的用于诊断水泡性口炎的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测方法.通过RT-PCR分别扩增印第安纳型水泡性口炎病毒(VSV-IN)和新泽西型水泡性口炎病毒(VSV-NJ)的G基因,然后将其连接到克隆载体pMD19-T上,构建质粒标准品pMD-VSV-IN-G和pMD-VSV-N...     

蓝舌病病毒和鹿流行性出血热病毒双重荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立可同时检测蓝舌病病毒(BTV)和鹿流行性出血热病毒(EHDV)的快速诊断方法,本研究根据BTV和EHDV保守基因序列设计特异性引物和探针,建立了双重荧光定量RT-PCR,对该方法进行反应条件、特异性及敏感性的验证,并用该方法对部分已知临床样品进行检测。结果显示,该方法与口蹄疫病毒、水泡性口炎病毒、小反刍兽疫病毒等牛、羊常见疾病病原无交叉反应;对两种重组质粒标准品的检出极限均为1×10~2copies/L;批内和批间重复试验的变异系数均小于2.55%。临床试验表明,该方法能够快速准确地检测出临床组织样品中BTV和EHDV的核酸。结果表明,本研究建立的检测方法特异性强、敏感性高、重复性好,可以为BTV和EHDV的快速鉴别检测及流行病学调查提供有效的技术手段。     

非洲猪瘟病毒免提取核酸荧光定量PCR检测方法的建立

根据非洲猪瘟病毒(ASFV)保守的VP72基因序列,设计特异性引物和探针,经过优化反应体系中各组分及反应条件,建立了直接检测样品中ASFV的荧光定量PCR方法,并分析该方法的特异性和敏感性。结果显示,该直扩荧光定量PCR方法只对ASFV有特异性扩增,对其他几种相似疾病病原的灭活抗原,如猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒、猪圆环病毒、口蹄疫病毒、印第安纳型水泡性口炎病毒、新泽西型水泡性口炎病毒、猪流行性腹泻病毒等检测均呈阴性。敏感性试验结果显示,对10倍梯度稀释的非洲猪瘟病毒灭活抗原的检测敏感性可达1×10~(-6),与OIE推荐的传统的荧光PCR的检测敏感性相当。3个ASFV稀释度样品的组内和组间重复的变异系数均小于5%。该方法无须提取核酸,可在60 min内完成对样品的检测,检测快速、灵敏,结果准确,结合便携式荧光PCR仪,为野外或现场的非洲猪瘟病毒快速检测提供了一种切实可行的方法。     

帕利亚姆病毒血清型特异性RT-PCR检测方法的建立

帕利亚姆血清群病毒(Palyam serogroup virus,PALV)包含多种血清型病毒,我国存在Chuzan virus(CHUV)、Bunyip Creek virus (BCV)和D'Aguilar virus (DAV)三种血清型PALV毒株的流行,目前尚无PALV血清型特异性RT-PCR检测方法的报道。本研究根据获取的中国CHUV、BAV和DAV这三种PALV血清型毒株的Seg-2序列,设计合成了3对特异性引物,建立了PALV血清型特异性一步法RT-PCR检测方法。灵敏度试验结果显示,CHUV、BCV和DAV血清型鉴定引物可分别检测到1.3×10~2 copies、8.0×10~2 copies和5.5×10~2 copies的核酸;特异性试验结果表明,本研究建立的PALV血清型特异性检测方法与蓝舌病病毒(BTV)、流行性出血病病毒(EHDV)、非洲马瘟病毒(ASHV)均无交叉反应。本研究建立的PALV血清型特异性RT-PCR检测方法具有良好的特异性和较高的灵敏度,为开展PALV的诊断与流行病学监测提供了有效的技术手段。     

蓝舌病病毒和流行性出血病病毒双重荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立检测蓝舌病病毒(BTV)和流行性出血病病毒(EHDV)的快速诊断方法,笔者根据BTV的第10基因节段(Seg-10)和EHDV的第5基因节段(Seg-5)序列,分别设计BTV与EHDV的特异性引物和TaqMan探针,经过反应条件优化,建立了同时检测两种病毒的双重荧光定量RT-PCR方法,并进行了特异性、灵敏度、重复性和临床样品检测验证。用该方法对BTV Seg-10和EHDV Seg-5节段的体外转录ssRNA为模板绘制标准曲线,相关系数(R~2)均大于0.995,线性关系较好;该方法可检测不同血清型的BTV和EHDV,与阿卡斑病病毒(AKAV)、中山病病毒(CHUV)、小反刍兽疫病毒(PPRV)、口蹄疫病毒(FMDV)和牛流行热病毒(BEFV)无交叉反应,表明该方法特异性强;对2种标准品的检出极限均为10 copies/uL,比常规RT-PCR敏感性高10倍;组内和组间重复试验的变异系数均小于2%;用所建立的双重荧光定量RT-PCR方法及常规RT-PCR方法,对100份血液样品和50份病毒液分别进行检测,符合率均大于90%。以上结果表明所建立的双重荧光定量RT-PCR方法具有快速、准确、敏感和稳定等优点,为BTV和EHDV感染的早期快速诊断、高通量检测及流行病学调查提供了有效的技术方法。     

印第安纳型水泡性口炎病毒实时荧光RT-LAMP检测方法的建立

利用ESE-Quant tube scanner监测平台,建立了一种基于实时荧光RT-LAMP技术的印第安纳型水泡性口炎病毒(VSV-IN)快速检测方法.根据VSV-IN的G基因序列,设计6条特异性引物,在63℃条件下,进行核酸扩增,反应时间为45 min.在扩增前加入SYBR Green I染料作为反应的指示剂,以S...     

猪流行性腹泻病毒SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

为开发一种快速、准确、灵敏及定量检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)的实时荧光定量PCR方法,根据GenBank中登录的S基因高度保守核苷酸序列,设计1对PEDV S基因的特异性引物,建立以SYBR GreenⅠ为染料的荧光定量RT-PCR检测方法,对疑似PEDV感染的临床样品进行检测并与普通RT-PCR结果进行比较。结果显示,所建立的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法的标准曲线具有良好的线性关系,线性相关系数R~2=1,其扩增效率E=2.03,熔解曲线为尖锐单峰;不与猪传染性胃肠炎病毒、猪细小病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪丁型冠状病毒和猪轮状病毒发生交叉反应,具有较强的特异性;最低检出浓度(1×10~1copies/μL)比普通RT-PCR方法灵敏100倍;批内批间重复性试验的变异系数均小于2%,重复性和稳定性好;将36份临床样品检测结果进行比较,与普通RT-PCR的总符合率为88.89%。结果表明,建立的实时荧光定量RT-PCR检测方法特异性强、重复性好、灵敏度高,对PEDV的快速及定量检测具有重要意义。     

BTV-2型3型4型7型12型HPCE检测方法的建立

为了建立同时鉴别检测蓝舌病毒(BTV)2型、3型、4型、7型及12型的快速方法,针对BTV不同血清型的VP2基因保守区,采用Ge XP原理,设计了5对特异性嵌合引物和1对通用引物,优化建立了可单管同步鉴别BTV2型、3型、4型、7型及12型的HPCE方法。该方法仅对BTV 2型、3型、4型、7型、12型的病毒核酸有扩增,对BTV的其他基因型以及小反刍兽疫病毒、口蹄疫病毒均无扩增,特异性好。敏感性试验结果显示:该方法对单一病毒核酸的最低检测量为100～1 000 copies/μL;对五种血清型病毒混合核酸的最低检测量为100 copies/μL。组内重复试验与组间重复试验结果均一致,重复性好。临床样品和模拟样品检测结果显示,本研究建立的HPCE方法与OIE推荐的套式RT-PCR敏感性一致,且该方法可以特异、敏感、快速地鉴别蓝舌病毒(BTV)2型、3型、4型、7型及12型。     

蓝舌病病毒10型和20型及23型多重RT-PCR检测方法的建立

为建立可同时鉴别检测蓝舌病病毒(BTV)10型、20型及23型的方法,本研究针对这三型病毒VP2基因保守区,设计合成了3对特异性引物,经过条件优化,建立了单管同时鉴别BTV 10型、20型、23型的多重RT-PCR方法。结果显示,该方法可同时扩增出BTV 10型696 bp、BTV20型293 bp和BTV 23型356 bp三条特异性的片段,对BTV其他基因型以及小反刍兽疫病毒(PPRV)、口蹄疫病毒(FMDV)的核酸均无扩增;该方法最低可检测1.696×103copies/L的BTV10、1.375×103copies/L的BTV20和1.317×103copies/L的BTV23。利用建立的多重RT-PCR方法对67份临床样品进行检测,结果与OIE推荐的BTV套式RTPCR方法符合率为100%。本研究建立的多重RT-PCR检测方法特异性好,具有较强的检测敏感性,可用于蓝舌病病毒血清型的鉴别。     

猪流行性腹泻病毒SYBR Green I荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

为开发一种快速、准确、灵敏及定量检测猪流行性腹泻病毒（PEDV）的实时荧光定量PCR方法,根据GenBank中登录的S基因高度保守核苷酸序列,设计1对PEDV S基因的特异性引物,建立以SYBR Green I为染料的荧光定量RT-PCR检测方法,并对疑似PEDV感染的临床样品进行检测并与普通RT-PCR结果进行比较。结果显示,所建立的SYBR Green I荧光定量RT-PCR方法的标准曲线具有良好的线性关系,线性相关系数R~(2)=1,其扩增效率E=2.03,熔解曲线为尖锐单峰;不与猪传染性胃肠炎病毒、猪细小病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪δ冠状病毒和猪轮状病毒发生交叉反应,具有较强的特异性;最低检出浓度（1×10~(1) copies/μL）比普通RT-PCR方法灵敏100倍;批内批间重复性试验的变异系数均小于2%,重复性和稳定性好;将36份临床样品检测结果进行比较,与普通RT-PCR的总符合率为88.89%。结果表明,建立的实时荧光定量RT-PCR检测方法特异性强、重复性好、灵敏度高,对PEDV的快速及定量检测具有重要意义。     

美洲型与欧洲型PRRSV多重TaqMan荧光定量RT-PCR鉴别检测方法的建立及应用

根据猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)美洲型经典毒株、高致病性变异毒株以及欧洲型毒株基因组的序列差异,设计2对特异性引物和3条TaqMan探针,经过反应条件的优化,建立了能同时检测并区分PRRSV美洲型经典毒株、变异毒株以及欧洲型毒株的多重荧光定量RT-PCR方法。该方法线性关系好,标准曲线的相关系数均达到0.999以上;特异性强,只有PRRSV出现阳性反应,而与口蹄疫病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病病毒、猪细小病毒、猪圆环病毒2型均无交叉反应;敏感性高,经典毒株、变异毒株、欧洲型毒株的检出下限分别为1.13、1.37、1.39copies/μL,均比普通RT-PCR敏感100倍;重复性好,组内及组间变异系数均小于1.5%。应用所建立的方法对采集的282份临床病料进行检测,结果 PRRSV阳性101份,其中95份为变异毒株、6份为经典毒株、4份为变异毒株和经典毒株混合感染,未检测到欧洲型毒株。结果表明,本研究建立的多重TaqMan荧光定量RT-PCR方法可为PRRSV的快速鉴别诊断及流行病学调查提供有效的技术手段。     

小反刍兽疫病毒可视化RT-LAMP检测方法的建立

为建立小反刍兽疫病毒(PPRV)可视化RT-LAMP检测方法,本研究根据PPRV基质蛋白(M)基因保守序列设计2对种特异性引物,通过反应条件优化和特异性、敏感性和临床样品的检测,建立了PPRV可视化RT-LAMP检测方法。结果显示,该方法最佳反应条件为62℃1 h,与口蹄疫病毒、蓝舌病病毒、鹿流行性出血热病毒、阿卡斑病毒、狂犬病病毒和犬瘟热病毒这5种羊常见病毒无交叉反应,最低可检测到2.4×10~(-9)ng/L的RNA,敏感性是普通RT-PCR检测方法的1 000倍。该方法与普通RT-PCR的总符合率为95.23%。结果表明,该方法具有敏感性高、特异性好、操作简便、快速和可视化的优点,可用于羊PPRV感染的现场可视化快速诊断检测。     

绵羊痘病毒和山羊痘病毒实时荧光重组酶聚合酶检测方法的建立

为建立一种快速、敏感鉴别诊断绵羊痘病毒(SPPV)和山羊痘病毒(G TPV)的方法,本研究根据SPPV和GTPV基因组保守区,分别设计特异性引物和探针,建立了SPPV和GTPV实时荧光RPA (real-time fluorescent recombinase polymerase amplification)检测方法。结果显示,该方法仅对SPPV和GTPV的靶基因扩增呈阳性,而对牛结节性皮肤病病毒(LSDV)、传染性脓疱病毒(O RFV)、蓝舌病病毒(BTV)、小反刍兽疫病毒(PPRV)、水疱性口炎病毒(VSV)、A型口蹄疫病毒(FM DV type A)、O型口蹄疫病毒(FMDV type O)、亚洲1型口蹄疫病毒(FMDV Asia 1)等相关病毒检测结果均为阴性,特异性良好;对SPPV和GTPV检测的灵敏度分别为4.72×10~2copies/μL和4.35×10~2 copies/μL;利用该方法对临床样品进行检测,与OIE推荐的普通PCR检测结果符合率为100%。结果表明,建立的SPPV和GTPV实时荧光RPA方法灵敏、快速、特异性强,为SPPV和GTPV感染的早期诊断提供了技术支持,适用于SPPV和GTPV的检疫、疫情监测及流行病学调查,对疫情暴发后相应控制方案的制定具有重要意义。     

犬冠状病毒SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR检测方法的建立

参考GenBank上登录的犬冠状病毒(CCoV)S基因的保守序列设计并合成1对特异性引物,建立了一种快速、灵敏和特异的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法,用于CCoV的检测。特异性试验结果表明,该方法特异性强,与犬瘟热病毒、犬腺病毒2型、副流感病毒和犬细小病毒等无交叉反应;敏感性试验结果表明,它的最低检测限为4×10~1~5×10~1 copies/L,高于常规RT-PCR方法 10倍左右;批内和批间重复试验的变异系数均小于1.20%。利用该方法和普通RT-PCR方法分别对76份临床样品进行检测;结果显示,普通RT-PCR的阳性率为69.7%,实时荧光定量RT-PCR的阳性率为78.9%。对于60份阳性病料,随机选择2份病料进行病毒分离,用阳性血清中和其他外源病毒后都出现了CPE,进行RT-PCR扩增后测序,结果证实为CCoV。以上结果表明,本研究建立的方法可以为犬冠状病毒病的快速诊断及流行病学调查提供技术手段。     

新血清型流行性出血病病毒荧光定量qRT-PCR与RT-PCR检测方法的建立及应用

流行性出血病病毒(EHDV)是一种严重危害反刍动物的虫媒病毒.目前世界范围已发现9种血清型的EHDV,2018年笔者在云南芒市新分离到1株新血清型EHDV毒株(YNDH/V079/2018),但尚缺乏该血清型的特异性检测方法.本研究建立了新血清型EHDV核酸检测的实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)和RT-PCR...     

猪繁殖与呼吸综合征病毒通用微芯片荧光定量RT-PCR方法的建立和初步应用

为建立一种可用于猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)通用的核酸检测技术,本研究根据已发表的多株PRRSV ORF6(M)基因保守序列,设计特异性引物和探针,通过优化反应体系和条件,成功建立了一种可用于PRRSV通检的微芯片荧光RT-PCR检测方法。结果显示,该方法特异性强,与多种常见的猪病病毒均无交叉反应;通检性好,可以检出包括美洲型、欧洲型、高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒以及NADC30-like等多种基因型PRRSV毒株;灵敏性好,检测下限为1×10~1TCID_(50)/mL,与常规荧光RT-PCR方法一致;重复性好,批内和批间重复性变异系数均小于4%;且成本低,模板用量少,反应快速,全程仅需61 min;对80份临床样品的检测结果与常规荧光RT-PCR的符合率为100%。本研究建立的微芯片荧光定量RT-PCR技术为PRRSV的快速、通用型检测提供了有力的技术支撑。     

A型动物流感病毒RT-RPA检测方法的建立及初步应用注

根据A型流感病毒M基因核苷酸序列设计引物及探针,建立了一种灵敏度高、特异性强、检测迅速、操作简便的重组酶聚合酶扩增技术(RT-RPA)。选用常见动物疫病病原验证引物探针的特异性,设计多对引物及探针,筛选出最适反应体系及反应条件,并与实时荧光RT-PCR方法比较。结果显示,本研究建立的RT-RPA方法特异性强,只有A型动物流感病毒呈阳性,其他相关常见病原均为阴性;反应时间短,检测反应所需时间仅20 min;灵敏度高,最低可检测到A型动物流感病毒核酸浓度为0.96×10~(-2)μg/mL。与实时荧光RT-PCR方法相比,其灵敏度稍低。本研究建立的检测A型动物流感病毒的RT-RPA方法特异性强,灵敏性高,操作简单,检测快速,适合现场检测以及在基层实验室推广应用。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒变异株实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

根据猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)变异株和经典毒株的序列差异,分别设计了1对特异性鉴别引物和1条TaqMan探针,建立了检测PRRSV变异株的荧光定量RT-PCR方法,并对该方法进行了特异性、敏感性、重复性试验。结果表明,建立的方法可鉴别诊断PRRSV变异株和经典毒株,具有较高的特异性;可以检测相当于1TCID50的病毒模板,比常规RT-PCR方法的灵敏度高100倍;对同一样品进行4次重复试验,变异系数(CV)<10%,具有较好的重复性。应用建立的荧光定量RT-PCR和常规RT-PCR对13份PRRS疑似病例肺组织进行平行检测,结果荧光定量RT-PCR检出11份阳性,高于常规RT-PCR方法。本研究建立的荧光定量RT-PCR方法能检测高致病性PRRSV变异株,不仅特异性好、灵敏度高,而且快速简便,可用于变异PRRSV的临床诊断和流行病学调查。