荧光STR复合扩增试剂盒的评估过程探索

STR复合扩增检验技术是目前法医DNA检验技术中最重要也是最常用的技术种类之一，随着荧光检测技术和毛细管电泳技术的发展，特别是DNA数据库建设中丰要采用STR复合扩增技术进行基因分型，大大拓展了STR复合扩增检验应用范围。与此同时，STR复合扩增检验试剂成为影响检验质量的重要因素，关系到样本检验分型结果，而分型数据是为法庭提供证据的直接依据，     

基于下一代测序的全解析度STR分型研究进展与展望

下一代测序技术具有高通量、高速度、集成化、低成本等显著优势,近年来已在科研和临床诊断领域得到广泛应用,在法医遗传学领域亦具有重要应用前景。当前主流的STR分型方法仅关注序列的长度多态性,然而由于核心重复结构存在差异或扩增区段内存在SNP,序列长度相等的等位基因可能是具有遗传稳定性的完全不同的等位基因,此类STR序列多态性是个体识别或亲缘关系分析的宝贵资源。基于下一代测序的STR分型在现有数据输出方式基础上,允许进一步关注STR的序列多态性,对STR基因座进行全解析度分型,显著提升STR基因座的个体识别能力。本文以法医STR遗传标记和下一代测序技术为关注焦点,系统综述基于下一代测序的全解析度STR分型领域国际最新研究进展,深入探讨该技术在法医DNA实验室的实际应用潜力和可能面临的挑战,希冀对相关研究和实践提供参考。     

国产法医DNA检验试剂耗材检测DNA标准品的准确性研究

目的利用法医DNA标准品对自主研发的法医DNA检验试剂耗材进行电泳检测准确性的实验考查。方法实验平台分为2个：平台1全部由美国AppliedBiosystems公司进口的3130xl遗传分析仪、16道电泳毛细管与甲酰胺、电泳缓冲液、凝胶构成;平台2由AppliedBiosystems公司进口的3130xl遗传分析仪、16道电泳毛细管与本实验室研发的甲酰胺、电泳缓冲液、凝胶构成。在实验平台上对allelicladder、内标等标准品以及阳性对照9947a的STR复合扩增产物进行电泳检测,利用GeneMapper软件对电泳结果进行分析。结果自主研发的法医DNA检验试剂耗材可与国外进口的3130xl遗传分析仪配套使用,构建的实验平台对法医DNA标准品的检测结果准确无误。结论自主研发的甲酰胺、电泳缓冲液、凝胶等法医DNA检验试剂耗材检测准确性达到了国外同类产品水平。     

STR系统HUMCSF1PO-HUMTPOX-HUMTH01三位点复合扩增在上海地区的频率分布

STR（ShortTandemRepeat）短串联重复序列多态性又称微卫星（Microsatellite）DNA多态性，通常由某个位点3～7个碱基对的重复数目差异构成，用PCR方法扩增STR位点的技术为个体识别提供了又一有效方法。由于STR片段相对较短（＜500bp），更适用于法医实践中已降解的DNA样品的需要；由于多个STR位点可以复合扩增，又较符合法医检案中DNA样品通常是很微量的实际，因此该技术已广泛地受到法医界的关注。国外已有对HUMTH01、HUMvWA、HUMF13A1、HUMFES等位点的研究报道，国内也已开始了一些工作。我们参照美国Promega公司的方…     

混合STR分型分析方法研究进展

混合STR分型的解释及分析一直是国际上法医物证领域研究的热点和难点。随着DNA检验技术的发展,案件中检出的混合STR分型呈现出模板量降低以及混合组分数增加的趋势,其解释变得愈加复杂,传统的人工分析方法已难以满足现实要求。近几年国外基于统计算法模型的自动化软件解析方法渐趋成为混合STR分型分析的主要方法。本文综述了混合STR分型分析方法的相关研究进展,包括人工为主的定性分析方法以及基于统计模型的基因型概率分析方法;讨论了混合STR分型分析方法的未来发展趋势以及人工智能技术的应用前景。     

SMART:自主研发的混合STR图谱分析系统

目的混合STR图谱的分析是法医遗传学领域的一个难题。目前国内大多数法医DNA实验室依靠人工方法分析混合STR图谱,费时费力,且拆分效果也多有主观性,难以满足日益增长的混合STR图谱分析的需求。本文介绍一套自主研发的混合STR图谱分析系统——SMART(STR Mixture Analysis and Resolution Tools),其能够实现对混合STR图谱的自动化分析,包括拆分混合STR图谱和计算似然比。方法SMART使用的STR峰高的概率模型,考虑了影子峰、降解、基因座特异性扩增效率、峰高变异、插入峰、峰丢失等因素。模型通过比较各个基因型集合拟合当前混合STR图谱的似然值大小来推断最有可能的基因型集合,采用了马尔可夫链蒙特卡洛(MCMC)算法进行求解。结果SMART可应用于不同试剂盒和遗传分析仪产生的数据。经使用ABI-3500XL遗传分析仪和Global Filer试剂盒测试,SMART能够实现对2~5人的混合STR图谱的分析,输出包括混合比例、混合图谱质量、各个贡献者单人的STR基因分型、似然比等多项结果。结论SMART作为一款自主研发的混合STR图谱分析系统,其基本涵盖了国外同类分析系统所具有的功能,技术性能指标达到国际先进水平,能够满足一线法医工作者对于混合STR图谱分析的多样化需求,提高混合STR图谱结果的利用率。     

潍坊汉族男性27个X-STR基因座遗传多态性

位于X染色体的STR由于其独特的遗传方式,在法医学领域有其独特的应用价值,已引起了法医工作者的关注。本研究应用荧光标记、复合扩增技术对潍坊汉族男性群体X染色体上的27个STR基因座的遗传多态性进行了研究,获得了相关的遗传多态性数据,为进一步的法医学和群体遗传学应用研究奠定了基础。     

云南回族人群17个常染色体STR基因座的遗传多态性

正STR是当前法医DNA分析的主流遗传标记,具有较高的突变率,这虽然会影响法医分型判断和鉴定意见的准确性,但为群体遗传学提供了研究基础。因此,常染色体STR基因座被广泛运用于人类群体遗传学研究。本研究对云南回族人群17个常染色体STR基因座的遗传多态性进行调查,以期为法医学个体识别、亲权鉴定以及群体遗传学研究提供基础数据。     

FTA卡直接扩增缓冲增强剂的研制

目的研制一种能够配合非直接扩增试剂应用的PCR缓冲增强剂,实现对FTA卡保存样本的直接扩增。方法基于常规STR复合扩增试剂盒的扩增体系及引物组,加入增强剂对FTA卡类样本进行直接扩增。结果获得样本STR分型结果清晰、完整、平衡性好,无明显抑制现象存在。结论所研制的FTA卡直扩增强剂能达到FTA卡保存样本的直接扩增检验要求,可应用于法医STR检验。     

两种混合STR分型分析软件的比较与应用

随着DNA技术的发展和应用拓广,案件现场生物检材及其提取检验愈受重视、愈显重要性,近年来混合检材的DNA有效检出比例越来越高,混合STR分型的拆分与合理解释也益发成为DNA鉴定技术领域的研究热点与难点。本文主要针对当下国际主流的两款混合分型分析软件——STRmix和云算GPM进行比较研究,就两者的基本信息、理论、分析过程作比较,并结合实战应用和典型案例综合分析两者的异同,希冀为法医DNA工作者提供选用参考和使用依据,也希望能够推动国内混合STR分型分析的发展及与国际交流互鉴。     

PCR技术的常见问题与处理方法

自1989年我国DNA指纹技术研究获得成功并正式用于法医物证检验以来,已经为侦查破案发挥了重要作用.随着DNA技术的深入发展,此后PCR技术由于它日益明显的优越性得到越来越广泛的应用.到目前为止全国已有几十个法医PCR实验室,从单个VN-TR和STR位点的扩增技术到银染检测,从复合扩增STR技术到荧光检测,使得该技术越来越精确和方便.笔者将在办案过程中就PCR技术的常见问题与处理方法,尤其是银染检测STR位点复合扩增技术和荧光检测STR位点复合扩增技术所积累的一些经验总结如下供大家参考.     

短串联重复序列突变的研究进展

短串联重复序列(short tandem repeat,STR)是广泛存在于人类基因组中的一类具有长度多态性的DNA序列,是目前法庭DNA实验室使用最广泛的一类遗传标记.但是,随着STR分型的广泛应用,STR的突变现象已不罕见,并影响了法医日常检案,得到法医学工作者的重视.同时,作为群体遗传学研究的理想模型,STR突变在群体遗传学领域也得到了较深入的研究.本文根据近年来国内外一些资料,概括地介绍一下这方面研究的动向.     

新一代遗传标记——InDel研究进展

法医DNA分型经历了三代遗传标记的研究,短串联重复序列(short tandem repeat,STR)作为比较成熟的工具已被广泛运用于法医生物学鉴定中。进一步对人类基因组的探索,先后发现了单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)、插入/缺失(Insertion/Deletion,InDel)等一系列遗传标记,而其中InDel作为新型的遗传标记,基本兼具各类遗传标记的优点,受到包括医学分子生物学和法医生物学在内各领域的广泛关注。本文就InDel的研究历史与相应的成果进行简单总结与回顾,以时间轴与研究目的为主要的分类指标,重点关注以多个InDel联合作为遗传标记的多重扩增系统(常染色体或X染色体)在法医生物学及人类学研究中的进展,并对今后该领域研究的方向与暨待解决的问题进行了综述。     

AmpF(l)STR(R) Identifiler(R) Plus试剂盒快速直接PCR扩增初探

目的 探索可应用于法医实践的快速直接PCR扩增方法,以缩短扩增时间,提高STR分型速率.方法 联合运用AmpF(l)STR(R) Identifiler(R) Plus试剂盒与TaKaRa快速PCR检测试剂构建快速直接PCR体系,以FTA血卡为模板,采用优化后的扩增程序在快速PCR仪上进行扩增,分型结果与常规直接扩增方法相比较.结果 AmpF(l)fSTR(R) Identifiler(R) Plus试剂盒与TaKaRa的快速PCR检测试剂针对血卡的联合扩增,所得STR分型结果与常规方法一致,扩增用时由常规直接扩增所需的175 min缩短为55 min.结论 采用快速直接PCR方法进行扩增,可得到与常规直接扩增一致的DNA分型,扩增时间明显缩短,DNA分型速率大幅提高.     

长度多态与序列多态STR模型法庭科学参数比较

基于毛细管电泳平台进行STR基因座分型是当前个体识别的金标准。二代测序技术支持STR序列多态分型,并有可能在法庭科学领域被广泛应用。相比长度多态性,STR测序可提供更大的信息量,但相关法庭科学参数的定量计算十分必要。本文建立了简单的STR基因座模型,分别计算了长度多态和序列多态STR模型基因座的法医遗传学参数,结果表明:对于单个STR基因座,其序列多态模型的个体识别力和非父排除率相比长度多态模型更高,说明序列多态STR遗传标记识别无关个体及排除非父的能力更强。在联用15个非连锁遗传模拟基因座进行法医DNA分析时,长度多态模型和序列多态模型的累积匹配概率分别在10-18和10-26量级;而如果要达到长度多态模型15个基因座的累积匹配概率(10-18),仅需使用10个非连锁模拟序列多态STR基因座。希冀此模型比较能为二代测序STR数据的法庭科学应用提供参考。     

等位基因分型标准物的法医应用及制备研究

短串联重复序列（short tandem repeats，简称STR）由于其本身的优点和检测技术的不断完善，在今后相当长的时间内仍将是法医应用的重要遗传标记。等位基因分型标准物是STR检测试剂盒的组成部分，能够保证各等位基因分型的准确性。本文对等位基因分型标准物的出现、在法庭科学上的应用以及目前制备方法进行了综述，并对各种制备方法进行比较，以期对各实验室按照实际需要自行制备相关STR的等位基因分型标准物在方法选择上有所帮助，从而更好地进行法医物证鉴定。     

卡方检验和精确检验在HWE检验中的应用

综述了几种不同数据处理方法卡方检验和精确检验在法医人类遗传标记群体遗传学研究Hardy-Wein鄄berg平衡检验中的应用。强调了精确检验在多等位基因标记系统,尤其是以VNTR、STR为代表的法医DNA分析研究中的重要性。     

2011—2017年法医学中文文献计量学分析

目的通过文献计量学方法研究法医学领域中文期刊的发展现状及本领域的科研走向、趋势和研究热点。方法利用Web of Science平台中"中国科学引文数据库SM"和自带的"分析检索结果"功能获取和分析2011—2017年法医学期刊文献发表数据,通过Microsoft Excel 2016进行描述性统计,通过书目共现分析系统V201312和Gephi 0.9.2对数据进行提取、清洗、分析。结果 7年中法医学领域中文文献共3 017篇。每家机构平均发文1.37篇,司法部司法鉴定科学技术研究所(现更名为司法鉴定科学研究院)居首位。高卫民的"急性心功能障碍大鼠心肌中BNP的表达"以8次被引排在第1位。每位作者平均发文0.43篇,夏文涛、范利华、朱广友的发文量名列前三,作者协作网络分析将发文量≥15篇的作者分为12组,司法部司法鉴定科学技术研究所的9位作者构成16-core子网络。前20个关键词中有8个学科分类词,法医病理学居首位,不包括学科分类时,多态现象,遗传、STR、创伤和损伤位居前三,共现分析将频次≥15次的关键词分为法医病理鉴定、法医临床鉴定、法医毒物鉴定、法医物证鉴定和法医人类学5组。结论法医学领域期刊数量少,机构及作者的平均发文量低于国际水平,基金资助文献多于SCI收录文献的资助率,跨单位、跨专业合作相对较少,本领域各专业间的研究呈交叉、融合发展态势。     

法庭科学DNA检验设备的现状和发展

法庭科学DNA检验技术是上世纪80年代发展起来的一项新型检验技术,该技术自应用于刑事案件侦查领域以来,因其能够进行个体认定而倍受关注,成为提供法庭证据的主要技术之一。我国公安系统DNA检验技术研究紧跟国际先进水平,研究人员在最短时间内完成了实验室技术研究和实际办案技术转化，相继研发出DNA指纹图技术、PCR技术、STR技术、DNA数据库技术、国产DNA检验试剂、DNA提取纯化试剂与仪器等，并陆续在侦查办案工作中应用，为打击各类刑事犯罪提供了大量证据和线索，发挥了突出作用。     

河南汉族人群39个STR基因座遗传多态性

本研究采用AGCU Ex22和21＋1荧光标记复合扩增系统对河南汉族人群39个STR 基因座的遗传多态性进行调查,获得了这39个STR基因座的河南汉族人群遗传学数据,旨在为法医学个人识别、亲权鉴定、法医DNA数据库提供基础数据。