猪源嗜麦芽窄食单胞菌16 S rRNA基因的克隆和序列分析

从临床病猪无菌采集抗凝血 ,抽提全血基因组DNA ,用能够扩增大多数真细菌 16SrRNA基因的通用引物 ,扩增出长度为 15 0 2bp的嗜麦芽窄食单胞菌的 16SrRNA基因 ;该基因与国外报道的嗜麦芽窄食单胞菌部分临床和环境分离株核苷酸序列的同源性达 99%以上。证实嗜麦芽窄食单胞菌可感染猪。     

狐狸奇异变形杆菌的分离与鉴定

无菌采取病死狐狸内脏,用LB液体培养基和麦康凯琼脂平板培养,分离到1株细菌,通过对该菌的形态特征、培养特性、生化特性进行分析,初步鉴定为变形杆菌。用PCR方法扩增该分离菌株的16 SrRNA基因,结果获得大小为1 539 bp的DNA片段(已登录GenBank,登录号EU643833)。经BLAST分析,结果表明,该分离株的16 S rRNA基因核苷酸序列与GenBank上登录的奇异变形杆菌分离株(AY820623、EF091150)的同源性为99.7%,证实该分离菌株为狐狸奇异变形杆菌,并命名为HU/08。致病性试验证明,该分离菌株对小白鼠有高致病性;毒素测定试验证明,该分离菌培养液的无菌滤液对小白鼠无毒性作用。     

某种鸡群沙门菌的分离鉴定、毒力基因检测及单宁酸抑菌作用分析

为了解宁夏某种鸡群孵化率及雏鸡存活率下降原因,随机采集血样进行鸡白痢、鸡伤寒抗体血清学检测,同时采集死胚及死雏肝进行病原菌分离。分离病原菌通过16S rRNA和生化试验,经多重PCR鉴定禽源沙门菌血清型并检测了14种毒力基因,测定分离株对单宁酸（TA）的最低抑菌浓度（MIC）。结果显示,鸡群鸡白痢、鸡伤寒抗体阳性率为20%;试验共分离病原菌39株,其中鸡源沙门菌29株,主要血清型为鸡白痢沙门菌26株、肠炎沙门菌2株、鼠伤寒沙门菌1株;鸡白痢沙门菌对单宁酸最为敏感,MIC为0.125～1 mg/m L。本研究揭示了该种鸡群内病原菌感染情况和携带的沙门菌毒力基因,检测了单宁酸对各分离株的MIC,为单宁酸净化沙门菌的临床应用提供了参考。     

猪沙门菌分离株的毒力及耐药特征

为了检测哈尔滨市猪沙门菌分离株的毒力及耐药情况,对采自健康猪群的非重复35株沙门菌进行了血清型鉴定、人工感染及毒力试验、药敏试验、耐药基因的检测与转移试验。结果显示,检出的最主要血清型为猪霍乱沙门菌,共25株,占71.4%(25/35),其次为猪伤寒沙门菌和鼠伤寒沙门菌。被攻毒小鼠全部死亡,肝、脾、胃出现不同程度的出血性病变。大部分沙门菌株对临床常用的抗菌药物已产生多重耐药,其中对氨苄青霉素、氟喹诺酮类、四环素和氨基糖苷类抗生素的耐药性较高,而碳青霉烯类抗生素的体外活性较高。结果表明,碳青霉烯类抗生素可作为临床治疗沙门菌病的首选药物之一。     

携带猪流行性腹泻病毒S基因的减毒鼠伤寒沙门菌的构建与鉴定

为构建可有效抵抗猪流行性腹泻病毒(PEDV)入侵的诱导黏膜免疫反应的核酸疫苗,采用RTPCR方法扩增了PEDV SC-L株的S基因主要抗原编码区域(简称S1),插入pMD19-T载体,构建载体pMD19-T-S1,再将S1基因片段插入双启动子真核表达载体pVAXD中,构建了pVAXD-S1表达载体。经免疫荧光法鉴定S1基因可在COS-7细胞中正常表达后,将pVAXD-S1电转入减毒鼠伤寒沙门菌SL7207中,构建了携带S1基因的重组减毒沙门菌SL7207(pVAXD-S1),并对该重组菌株的生长曲线、携带质粒的稳定性、口服小鼠的安全性及目的基因在体内转录等特性进行了鉴定。结果显示,SL7207(pVAXD-S1)在含卡那霉素(100μg/mL)的培养环境中稳定性良好,以每只1×109 CFU口服免疫BALB/c小鼠具有良好的安全性,携带的S1基因能在小鼠回肠末端组织内正常转录及表达。本研究为深入开展减毒沙门菌疫苗菌株SL7207(pVAXD-S1)的免疫评价及构建PEDV与其他抗原基因联合免疫DNA疫苗奠定了基础。     

鸡白痢沙门菌S06004ΔspiC突变株的构建与鉴定

为了研究spiC基因对鸡白痢沙门菌致病性的影响,采用同源重组方法构建该基因缺失株。以鸡白痢沙门菌S06004基因组DNA为模板,PCR扩增spiC基因上、下游DNA片段作为等位基因;将上游片段、卡那霉素抗性基因(KmR)及下游片段依次连接并克隆到pGMB151自杀性质粒上,构建重组自杀质粒pGMB151-ΔspiC/KmR,通过大肠杆菌χ7213与鸡白痢沙门菌S06004固相杂交,将质粒转入S06004中,运用反向筛选法获得含KmR基因的spiC基因缺失株(ΔspiC/KmR);再使用编码FLP重组酶的温度敏感型质粒pCP20敲除KmR,获得无抗性ΔspiC。PCR鉴定和测序结果显示,spiC基因被成功缺失。血清型、生化特性、生长特性、耐药性等鉴定表明,S06004ΔspiC未发生理化特性改变。本研究成功构建了spiC基因缺失株S06004ΔspiC,为进一步研究鸡白痢沙门菌致病性变化及spiC基因的功能奠定了重要基础。     

晋中地区鸡致病性大肠杆菌分离株的鉴定及其16S rDNA序列的同源性分析

为了鉴定晋中地区鸡致病性大肠杆菌,利用传统细菌鉴定方法及16S rDNA序列分析,对分离自晋中地区养殖场送检的30只病死鸡肝中的疑似大肠杆菌菌株进行鉴定及遗传进化分析。结果表明:分离出8株致病性不同的大肠杆菌;鉴定出O78、O2、O11共3种血清型;8株菌均为多药耐药菌,其中对5种及5种以上抗菌药物耐药的菌株达到总分离菌株的87.5%;将8株菌株的16S rDNA基因序列与GenBank中登录的大肠杆菌参考株的16S rDNA基因序列进行比对,同源率均达到99%。经MEGA6.0软件分析后,其位于不同的分支上。本研究结果为进一步研究致病性大肠杆菌的耐药性和对晋中地区大肠杆菌病的有效防治奠定了一定基础。     

鸭沙门菌的随机扩增多态性DNA分析

以5株同一血清型的鸭沙门菌为研究对象,分别提取基因组DNA后,用20条随机引物对其进行RAPD分析。结果,20条随机引物中不能扩出任何条带的引物有2条,能扩出条带但扩增图谱中没有特异性条带出现的引物有10条,能扩出条带且扩增图谱具有多态性的引物有8条。对筛选到的具有多态性的8条引物进行分析,共扩增出46个DNA片段,片段大小为0.2～3.2kb,其中5个菌株共有的片段有13条,显示多态性的片段有33条。     

鸡白痢沙门菌基因组差异片段的筛选与分析

采用抑制性消减杂交技术(SSH)对鸡白痢沙门菌C79-13株与鸡伤寒沙门菌Sg9株进行了基因组差异片段分析。结果,从C79-13株中共检出13个特异性差异片段。经同源分析,这些序列可分为3类:噬菌体相关序列、质粒相关序列和已知功能序列。这些差异片段包含一些重要的沙门菌毒力相关基因,如编码大肠杆菌素I、paJ蛋白、尾突蛋白、切除酶的基因。结果表明,鸡白痢沙门菌C79-13株与鸡伤寒沙门菌Sg9株基因组间存在较多差异基因,这些差异片段为确定鸡白痢沙门菌特异性遗传标志,建立分子鉴别新体系提供了基础。     

猫源贾第虫16S rRNA与β-贾第素基因双位点的基因型鉴定

为了对流浪猫粪便中分离的贾第虫滋养体进行基因型鉴定,提取虫体基因组DNA,以16SrRNA和β-贾第素基因为遗传标记,通过PCR扩增、克隆、测序、NCBI比对以及相关软件分析,建立系统进化树,确定了其基因型。结果显示,成功扩增出291bp的16SrRNA和511bp的β-贾第素基因片段,测定了2个基因片段的序列,并经NCBI比对以及DNAStar中MegAlign软件分析确定该株贾第虫为十二指肠贾第虫F型。本研究首次对我国猫源贾第虫进行了基因型鉴定,为猫源贾第虫分子生物学和分子流行病学研究奠定了基础。     

异育银鲫致病性鲍曼不动杆菌的鉴定和系统发育分析

从濒死的异育银鲫肝中分离到1株革兰阴性菌(YCS07-04株),经人工注射感染,5×106CFU/mL剂量组异育银鲫表现较强的致病性,感染第14 d死亡率为100%.YCS07-04菌株的主要生化特性为氧化酶阴性,氧化型,接触酶阳性,无运动力,VP试验阳性,利用柠檬酸盐作碳源;在普通琼脂和麦康凯琼脂中生长良好,在SS琼脂培养基中不生长.经负染电镜观察,菌株为末端圆形的短杆状,偶尔可见不规则丝状体,大小(短径×长径)为1.0～1.5μm×1.5～2.5μm,无芽孢、荚膜和鞭毛,表面凹凸不平,静止期呈球形.16 S rRNA基因序列的测序结果为1 343 bp(登录号EU733247),与鲍曼不动杆菌的同源性为99.0%,系统发育分析结果与ATCC 19606T(登录号为Z93435)聚为一个分支,与鲍曼不动杆菌属同一类群.YCS07-04菌株经培养特征、形态、生理生化特性和系统发育分析等鉴定为鲍曼不动杆菌.     

八株芽孢杆菌的分离鉴定及其抗逆性比较

从土壤中分离到3个菌株,分别命名为KF、DY和LB1,从猪粪便中分离到5个菌株,分别命名为KH、K2X、KY1、LB2和LY3,通过16SrRNA基因序列分析,结合细菌形态学、生理生化特性进行了鉴定,并对分离菌的抗逆性进行了比较。经鉴定,KF、KH、K2X和KY1菌株为枯草芽孢杆菌,LB1、LB2和LY3菌株为蜡样芽孢杆菌,DY菌株为地衣芽孢杆菌;抗逆性比较结果显示,K2X菌株对温度比较敏感,其他菌株经60℃处理30min后不影响其生长;DY菌株耐酸性最强,能在pH3的胃液中正常生长;KY1菌株的耐酸性次之,耐胆盐能力最强,能在胆盐含量为6g/L的培养基和模拟肠液中正常生长。研究还发现,这8个菌株对共培养的大肠杆菌都没有抑制作用,只有KF、KH和LB2菌株对共培养的沙门氏菌分别有28.6%、27.0%和24.6%的抑菌效果。     

鸭疫里默氏杆菌16 S rRNA PCR快速检测方法的建立

根据GenBank中的鸭疫里默氏杆菌(RA)1～19型16 S rRNA基因序列,分别与大肠杆菌、沙门氏菌、葡萄球菌、巴氏杆菌的16 S rRNA基因序列对比,设计特异性引物,建立了基于鸭疫里默氏杆菌16 SrRNA的PCR检测方法.结果表明,用该方法对鸭疫里默氏杆菌、大肠杆菌、沙门氏菌、葡萄球菌、巴氏杆菌进行检测,只有鸭疫里默氏杆菌的DNA能扩增出680 bp的特异条带,其他细菌的DNA不能扩增出任何条带;测序结果与GenBank中鸭疫里默氏杆菌相应序列完全一致;同时分别将鸭疫里默氏杆菌基因组DNA和菌液10倍稀释进行PCR扩增,对鸭疫里默氏杆菌DNA的最小检出量为1.907×10~(-5)g/L,对鸭疫里默氏杆菌菌液的最小检出量为1.5×10~4CFU/mL.证实,建立的基于鸭疫里默氏杆菌16 S rRNA的PCR检测方法具有快速、灵敏、特异的优点,可用于鸭疫里默氏杆菌感染的检测、分子流行病学调查和分离菌株的快速鉴定.     

牛源支气管败血波氏杆菌的分离与鉴定

从2008年黑龙江省某奶牛场犊牛中暴发的一种以呼吸道病变为主疾病的患病牛中分离出3株细菌,根据其形态特征、培养特性、生化特性等将分离菌鉴定为支气管败血波氏杆菌.对分离菌进行药敏试验、皮肤坏死试验及16 S rRNA基因的克隆和序列分析.结果显示,该菌对氟哌酸、丁胺卡那霉素、庆大霉素、氯霉素敏感,可导致豚鼠皮肤坏死;其16 S rRNA基因序列与GenBank中收录的标准菌株Bb RB50株(BX640449)同源性为100%.证实,引起该病的病原是支气管败血波氏杆菌.     

牦牛肠道与粪便乳酸菌的分离鉴定及PCR-16 S rDNA鉴定

以取自四川省不同地区的牦牛粪便、肠道内容物为材料,用MRS琼脂双层培养基进行厌氧培养,分离到50株乳酸菌,经生化鉴定为嗜热链球菌(2株)、乳酸乳球菌(1株)、保加利亚乳杆菌(5株)、嗜粪乳杆菌(10株)、嗜酸乳杆菌(8株)、乳酸乳杆菌(9株)、肠乳杆菌(10株)、弯曲乳杆菌(5株)。采用乳酸菌16 S rDNA通用引物,对分离的8种菌的16 S rDNA一段可变区序列进行扩增,均得到大小约470 bp的产物;扩增产物经纯化、测序后与GenBank中标准菌株的核甘酸序列比较,同源性均大于97．5％,同源性分析与生化试验的结果是一致的。证实,牦牛肠道和粪便的乳酸菌较为丰富,且乳杆菌的数量较多,这可能与牦牛复杂的生长环境有关。     

用于检测仔猪致病菌的23S rRNA基因芯片的研制

以副猪嗜血杆菌、胸膜肺炎放线杆菌、多杀性巴氏杆菌、大肠杆菌、肠道沙门氏菌、猪链球菌等12种仔猪致病菌为目标细菌,23SrRNA基因为靶基因,从GenBank中下载其23SrDNA全序列,在其变异区设计特异性探针,在保守区设计通用引物。通过序列分析、PCR靶标与探针杂交试验,建立了有13条寡核苷酸探针和2对通用引物的仔猪常见致病菌基因芯片检测方法。以参考菌株粗提基因组DNA的10倍系列稀释模板做PCR,扩增产物与探针杂交,检出芯片的灵敏度为100fg。对33个参考菌株用芯片检测,结果有1例不正确,只鉴定到属;在61个野外分离株中,55株的芯片检测结果与生化或测序结果一致,有6例不一致,符合率为90%。初步研究证明,该检测方法能快速、有效地鉴定多种仔猪常见致病菌,但要区分某些细菌的致病株与非致病株,还要检测毒力/毒素基因。     

猪三毛滴虫长春株的形态观察及其5.8 S rRNA基因分析

对从长春地区腹泻仔猪结肠中分离到的1株毛滴虫进行了形态观察,并采用PCR扩增该毛滴虫的5.8SrRNA基因,测序后与国外已报道的三毛滴虫进行核酸同源性分析,并应用DNAStar软件绘制系统发育进化树。形态观察表明分离的毛滴虫为猪三毛滴虫。猪三毛滴虫长春分离株5.8SrRNA序列与国外已报道的三毛滴虫高度同源。系统发育进化树表明该序列与已报道的猪三毛滴虫5.8SrRNA(序列号U85966.1),牛胎儿三毛滴虫5.8SrRNA(序列号U85967.1,AF339736.1,AF466749.1,AF466750.1,AF466751.1)和T.mobiliensis5.8SrRNA(序列号U86612.1)同属于一个亚群,但与另1株猪三毛滴虫5.8SrRNA(序列号AY349190.1)亲缘关系较远。形态观察和5.8SrRNA基因分析表明,从长春地区分离的猪毛滴虫为猪三毛滴虫。     

一株致猪胃溃疡大肠杆菌的分离鉴定

四川某猪场暴发保育猪与育肥猪水样腹泻,病理剖解可见胃黏膜大面积脱落、胃溃疡等症状,采集病死猪扁桃体与肠系膜淋巴结进行病毒检测;以肠内容物做寄生虫卵检测;选取其中一代表病例做细菌分离,经小鼠致死试验、仔猪回归试验确定病原菌,并对病原菌进行了形态学观察、生化鉴定、16SrDNA序列分析及药敏试验。结果显示,猪瘟病毒、伪狂犬病病毒等的检测结果为阴性;无寄生虫感染;从十二指肠内容物中分离到1株疑似致病性大肠杆菌,并命名为SCDC-1。用SCDC-1株人工感染健康仔猪成功复制出水样腹泻、胃溃疡病例。对SCDC-1株进行16SrDNA克隆测序,并与GenBank中的8株肠杆菌科和4株巴氏杆菌科菌株的16S基因进行同源性分析,发现SCDC-1株与大肠杆菌16S基因的相似性高达99.5%～99.9%。药敏试验结果显示,该病原菌仅对头孢曲松钠、头孢吡肟、丁胺卡那霉素敏感。试验结果证实,引起此次保育猪与育肥猪胃溃疡的主要病原为致病性大肠杆菌。