模板DNA用量对荧光STR复合扩增检测的影响

目的 探讨模板DNA用量对荧光STR复合扩增检测的影响,寻求荧光STR复合扩增检测的最适扩增模板DNA用量。方法 采用模板DNA(9947A)不同的扩增用量,对Profiler Plus试剂盒的基因座进行扩增,在3100型全自动遗传分析仪上作了检测。结果 3100型遗传分析仪检测的最适扩增模板DNA用量在0.31～2.5ng之间。结论 模板DNA量过高或过低均会影响荧光STR复合扩增检测结果的可靠性。     

荧光定量PCR技术验证Sinofiler试剂盒的适宜模板量

目的探讨Sinofiler试剂盒适合扩增的模板DNA用量。方法选取经Sinofiler试剂盒基因分型且图谱完整、扩增均衡性好的DNA样本,进行荧光定量PCR检测。结果实验结果表明,在12.5μL体系中,1.29～1.51ng的模板DNA能够获得理想的分型结果。结论应用荧光定量PCR技术检测不同试剂盒适合扩增的模板DNA用量是一种准确、有效的方法。     

RapidHIT~(TM) 200系统在法医学中的应用

目的验证Rapid HIT~(TM )200系统对四类法医学常见检材的检测效能,以及两次重复检测运行中模板、模板DNA和PCR产物的再利用效能。方法将口腔拭子经Rapid HIT~(TM )200系统先后进行两次检验,并针对系统中产生的模板DNA和PCR产物进行首次、再次检测。将四类法医学常见检材经Rapid HIT~(TM)200系统检测,并针对系统运行中产生的模板、模板DNA和PCR产物进行后续检测。结果口腔拭子经该系统首次运行后STR基因座可以完全检出,再次检测过程中部分STR基因座有丢失,再次检测峰值较首次明显降低;模板DNA和PCR产物再次检测的平均STR基因座检出率均小于50%,明显低于首次检测结果。该系统对组织与口腔拭子的检测效能优于血拭子和烟蒂,首次运行后的相应检材、模板DNA、PCR产物延续后续实验流程所获得的STR基因座检出率呈递减趋势。结论Rapid HIT~(TM )200系统对口腔拭子再检测效果好,但经该系统首次运行后的检材、模板DNA、PCR产物以及经该系统再次运行后的模板DNA与PCR产物不应直接用于法医学后续应用及研究。     

用磁珠法快速提取指甲DNA

<正>在日常检案过程中,一般采用Chelex-100法或苯酚/氯仿法提取指甲DNA。Chelex-100法提取的DNA模板有时存在着较多扩增抑制物,需进一步纯化。苯酚/氯仿法虽可以得到质量较好的DNA模板,但在提取过程中需要多步离心,有可能使DNA样品     

PCR扩增循环数与低拷贝模板DNA的STR分型

目的探讨PCR扩增循环数对低拷贝模板DNA的STR分型的影响。方法模板DNA(9947A)的不同扩增用量(含低拷贝模板量),采用ProfilerPlus试剂盒,扩增循环数分别为28、30、32、34、38次,3100型基因分析仪(ABI,美国)检测结果。结果循环数从28次增至38次,模板DNA量最低检出量可从0.25ng减少至0.0312ng;先循环28次后,每反应加0.3μlAmpliTaqGoldDNA聚合酶,再循环6次较1次34个循环的检测灵敏度高,相当于1次38个循环的效果。结论增加PCR扩增循环数,可能影响低拷贝模板DNA的STR分型。     

多重置换扩增技术用于法医学微量DNA检测效果

目的探讨多重置换扩增(MDA)技术对法医学微量DNA样品STR检测分型的效果。方法用MDA技术对不同模板量DNA进行全基因组扩增(WGA),扩增产物用实时荧光定量PCR技术定量、用Profiler PlusTM试剂盒检测基因型。结果该方法可对模板DNA增加104～106倍。1ng样品DNA的MDA产物可获得9个STR基因座和Amelogenin性别基因座的准确分型结果;低于0.1ng的样品DNA经MDA扩增后,基因座检出数增加,但可见等位基因不平衡或丢失现象。结论MDA技术可有效增加DNA模板量和提高微量DNA分型效果。但样品DNA量低于0.1ng时,MDA产物的STR分型结果判读须慎重。     

PCR扩增循环数增加对低拷贝模板STR分型的影响

低拷贝模板(low copy number,LCN)最初由Gill等[1]定义为低于100pg的DNA模板量.但Budowle等人[2]认为LCN定义为"正常分析随机阈值以下的任何结果的分析和解释"更为合适.应用低于试剂盒规定的最小DNA模板量进行STR扩增检验,并对结果加以分析解释,被定义为低拷贝模板STR分型[3].     

改良硅珠法提取DNA的灵敏性及稳定性评价初探

目的通过比较对改良硅珠法提取DNA的灵敏性和稳定性进行评价。方法样本模板使用9947A(0.1ng/μL),以30pg为等差,配置10~700pg共24种不同浓度的DNA模板,分别采用常规硅珠法与改良硅珠法提取并纯化模板DNA,在Gene Amp PCR System 9700上进行PCR扩增,ABI 3500XL型荧光分析仪进行电泳检测。结果与9947A标准品阳性对照比较,采用常规硅珠法检验,24份样本均未获得成功分型;采用改良硅珠法检验,当模板量达到550pg时,即可得到所有基因座的成功分型;模板量达到580pg及以上时,16个基因座图谱峰值均可超过200RFU,分型稳定准确。结论改良硅珠法提取DNA易于操作,稳定性较好,灵敏度优于常规硅珠法,可在法医微量物证DNA检验中应用。     

降解检材STR分型Ladder-Like条带形成原因的探讨

目的探讨降解DNA短串联重复序列PCR扩增产物在PAGE中Ladder-L ike条带的形成原因。方法用一组人工合成的不同长度的D8S1179DNA单链,模拟降解检材中的断裂DNA;利用John M设计的D8S1179引物对模拟模板的DNA单链进行PCR扩增,PAGE分离。结果不同模拟模板的DNA单链的组合可以扩增出不同的Lad-der-L ike条带。结论短串联重复序列Ladder-like条带是PCR过程中降解DNA多态区互补扩增的产物。     

多重置换扩增技术用于法医学微量DNA检测效果

目的探讨多重置换扩增（MDA）技术对法医学微量DNA样品STR检测分型的效果。方法用MDA技术对不同模板量DNA进行全基因组扩增（WGA）．扩增产物用实时荧光定量PCR技术定量、用Prrfiler Plus^TM试剂盒检测基因型。结果该方法可对模板DNA增加10^4～10^6倍。1ng样品DNA的MDA产物可获得9个STR基因座和Amelogenin性别基因座的准确分型结果；低于0．1ng的样品DNA经MDA扩增后，基因座检出数增加。但可见等位基因不平衡或丢失现象。结论MDA技术可有效增加DNA模板量和提高微量DNA分型效果。但样品DNA量低于0．1ng时，MDA产物的STR分型结果判读须慎重。     

用二步消化法提取指甲DNA

<正>在日常检案工作中，对腐败尸体的指甲进行DNA检验，扩增效果有时不稳定，特别是埋于泥土、弃于粪坑、污水等环境中的指甲检材，常需多次反复处理才能得到满意DNA检测结果。究其原因，可能与没有得到有效的DNA模板有关。作者采用“二步消化法”，可以去除表层降解DNA，减少PCR抑制物，从而可有效地提高了DNA模板质量，提高了指甲DNA的检验成功率。     

低拷贝DNA模板检验方法探讨

目的探讨扩增及检测方法对低拷贝DNA模板分型检测灵敏度的影响。方法Control DNA 9947A按比例稀释,采用IdentifilerTM和DNATyper15TM试剂扩增,循环参数设置为28和28+6个循环,平行扩增3次,分别单独检测及3次合并检测,使用310及3130分析仪检测。结果28+6个循环的基因座检出率高于28个循环;等位基因不平衡及丢失与基因座没有特异性的关联,随着DNA模板量的减少,等位基因不平衡及丢失增多;将3次扩增产物混合后检测,等位基因不平衡及丢失情况减少,分型正确率增高。结论模板DNA分3次扩增后混合检测、循环数为28+6,可提高低拷贝模板基因座的检出率。     

低拷贝模板DNA分析技术研究进展

近年来,低拷贝（LCN）模板类生物物证在法医DNA分析中占有了越来越重要的地位。用于低拷贝模板DNA的检测方法也得到飞速发展。本文通过对各种LCN-DNA分析技术如增加扩增循环数、纯化扩增产物、全基因组扩增、激光捕获显微切割等检测方法的综述,以及对LCN—DNA检测结果的分析评价,全面介绍LCN分析技术在法庭科学应用的最新进展及存在问题。最大限度地拓展低拷贝模板类生物物证在刑事司法领域的应用。     

全基因组扩增技术的法医学应用价值及其结果评价

微量模板DNA的分析,一直是法医学特别关注和急需解决的难题之一,近年发展起来的一系列技术为解决这一问题提供了新的可能途径,本文即对微量模板DNA分析技术的进展和目前逐步发展的全基因组扩增技术的法医学应用价值、结果评价进行浅议。     

低拷贝模板STR分型及其存在的问题

微量、超微量生物学检材的STR分型常常是案件调查中进行DNA分析的难点。多年来 ,法医DNA分析工作者一直努力探索对微量DNA进行分析的方法。应用少于试剂盒规定的最小DNA模板量进行STR扩增检验 ,并对结果加以分析解释 ,被定义为低拷贝模板 (lowcopynumber ,LCN )STR分型[1、2 ] 。LCN STR分型不同于标准的STR分型 ,在实际应用中也存在许多问题需要引起注意[1～ 5] 。为了避免在LCN STR分型中出现误判 ,本文对如何正确地使用LCN STR分型技术加以介绍。1　LCN STR分型根据生产厂家的推荐 ,标准STR分型方法使用最低的模板…     

PCR扩增3因素对低拷贝模板STR分型的影响研究

目的探讨低拷贝模板(low copy number,LCN)STR扩增方法,提高LCN检材的检验成功率。方法采用Profiler P lusTM试剂盒与9947A对照DNA,改变Taq酶量、体系、循环次数3个因素进行扩增检验,了解各变量对扩增检测的影响。结果对低拷贝模板DNA,单纯增加Taq酶量或反应体系,扩增效率改善不明显;增加循环数,显著提高检验灵敏度;低于0.01ng的模板DNA,同时增加扩增体系、Taq酶量、循环数在一定程度上提高扩增效率。结论对于影响扩增的Taq酶量、体系、循环次数3个因素中,循环数影响最大,但应慎用34次及以上循环数;三者同时增加,对于低于0.01ng模板DNA的扩增可有效改善。     

口腔拭子DNA检验的实时定量研究

目的寻求提高口腔拭子的DNA检验效率的方法。方法对来源于不同个体或同一个体不同擦拭次数的口腔拭子用Chelex-100或磁珠法提取的DNA用实时定量PCR技术进行定量,同时用Identifiler复合扩增系统在ABI3100遗传分析仪上对这些DNA样品进行STR分型。结果在建立的Identifiler系统8μl扩增体系中,3个月内的口腔拭子用Chelex-100法提取的DNA模板1μl量较3μl量扩增效果好,磁珠法提取的DNA模板用量大小对复合扩增检测影响较小。结论用棉签擦拭颊粘膜5次制备口腔拭子,取其头部的约1/4用200μlChelex-100法提取DNA,然后用1μl模板进行复合扩增,是提高口腔拭子的DNA检验效率的简便可行的方法,但陈旧口腔拭子用磁珠法提取更能保证复合扩增分型成功。     

微量DNA的短串联重复序列分型可行性

目的了解微量DNA分型的法医学应用的可行性。方法一系列浓度的DNA模板用PowerPlexTM16System试剂盒扩增,并用ABI377DNA测序仪进行短串联重复序列(STR)的分型。结果当模板量小于250pg时,部分位点发生了等位基因漏扩,并出现非特异带、杂合子扩增不平衡等干扰分型的杂峰。结论上述这些不正常的现象可能会导致分型错误。在对微量检材的DNA检验结果进行判型时一定要小心谨慎,全面考虑。     

STR滑脱模型的构建及其影响因素

目的探索建立体外STR滑脱模型,研究STR滑脱产生的影响因素,探讨STR的发生机制。方法首先通过全基因组扩增技术—简并寡核苷酸引物PCR(Degenerateoligonucleotide-primedPCR,DOP)对模板DNA样本进行扩增放大,然后以其产物作为后续STR分析的模板,对以上实验过程中的一系列实验条件进行控制,观察滑脱现象的产生情况。结果初步建立了STR的滑脱模型,观察到了STR滑脱现象的发生。结论STR的发生是一系列综合因素作用的结果,DNA模板用量、MgCl2的浓度、DNA聚合酶的性质、样本以及STR的基序组成等因素均可能参与了这一过程。     

山羊10个STR基因座遗传多态性

随着我国法制建设的发展,涉及动物个体识别的案件逐年增多,山羊是我国农牧地区常见的家畜,相关案件的审理可能需要个体识别或亲缘鉴定结论作为依据.本文对山羊的10个STR基因座遗传多态性进行初步调查,旨在为法医遗传学鉴定和相关研究及实践提供基础数据. 1材料与方法 1.1样本来源和DNA提取 123只山羊血液样本采自山东青岛市和莱芜市.采用QIAGEN公司的M48 DNA试剂盒,参照说明书提取样本模板DNA,应用荧光光度计检测模板DNA浓度与质量后备检.