机器学习技术结合Y染色体CpG位点推断男性年龄

目的 年龄推断作为个体特征描绘关键环节之一，在法医实践中的地位愈发重要，然而从混合斑中推断出个体年龄是一个尚未解决的难题。本研究通过筛选Y染色体上CpG位点并结合机器学习算法构建男性个体年龄推断模型。方法 从GEO数据库筛选男性血液甲基化数据，按照年龄变化趋势对Y染色体上的位点进行差异性分析。对Y染色体上的差异性CpG位点进行线性回归拟合并计算Spearman相关系数，基于年龄相关CpG位点构建支持向量机、梯度提升机、随机森林、多元线性回归、K最邻近等5种机器学习模型用于年龄推断模拟和验证。结果差异性分析得到26个CpG位点，通过线性拟合得到8个年龄相关CpG位点。五种机器学习训练模型推断年龄的平均绝对偏差（Mean Absolute Deviation,MAD）范围从5.19岁～7.68岁。在验证阶段的数据集中，支持向量机的年龄推断模型表现最佳，MAD为5.43岁。结论 本研究基于机器学习算法验证了Y染色体上的CpG位点对男性个体年龄推断的可行性，为法医实践提供有效依据。     

新疆维吾尔族群体22个Y-STR基因座的多态性分析

正短串联重复序列(STR)广泛存在于人类基因组中,其长度多态性使得其在法医物证学中有着十分重要的应用,无论在常染色体还是性染色体上,均可选取适当的位点进行扩增分型以达到个体识别和亲权鉴定的目的。与常染色体的遗传方式不同,男性特有的Y染色体呈父系遗传,若无突变发生,同一父系的男性个体均具有相同的Y-STR单倍型,这一特点使     

辽宁地区汉族人群DYS439,DYS460基因座的遗传多态性

人类Y染色体是男性独有的性染色体,可以完整地传给男性后代,因此Y染色体遗传标记在法医个人识别和亲子鉴定中具有独特的作用[1,2]。本研究应用复合扩增体系对辽宁地区汉族群体的DYS439和DYS460两个Y-STR基因座及单倍型的遗传多态性进行了调查,为法医学个人识别、亲子鉴定以及遗传学研究等提供基础数据。1材料与方法1.1材料实验样品采自124份辽宁汉族人群无血缘关系男性静脉血液。常规酚、氯仿提取法制备模板DNA。1.2引物序列参照文献[3]合成引物。DYS439序列为5′-TC-GAGTTGTTATGGTTTTAGGTCT-3;′5′-GTGGCTTG-GATTT…     

Y染色体Amelogenin基因变异1例

性别鉴定是法医物证学的一项重要检验,准确的性别鉴定能给案件侦破提供非常有价值的侦查线索。目前应用DNA检验技术进行性别鉴定最常用的是用一对X-Y同源引物,扩增Amelogenin片段,男性个体获得X染色体和Y染色体特异的2种产物片段,而女性仅有X染色体特异的1种产物片段,从而可以区分性别[1]。对于现场检材,一旦确定性别即为个体识别提供了50%的否定率[2]。但这种检验方法有时会因Amelogenin基因变异而出现误判,现报道1例。1案例资料某民宅内发生一宗入室抢劫杀人案,死者王某,男,68岁,孤寡老人。现场有明显搏斗痕迹,经法医鉴定王某系被人用…     

德州地区汉族人群27个Y-STR基因座多态性分析

<正>人类Y染色体的遗传方式不同于常染色体,其DNA在父亲遗传给儿子的过程中不发生重组,为单倍型遗传(父系遗传)~[1]。DE KNIJFF等~[2]认为Y染色体短串联重复序列(Y-STR)具有丰富的单倍型信息以及高度的多态性和父系遗传等特点,因此,在法医学检验实践中具有重要的应用价值,特别是在父系血缘关系鉴定和性侵案件的混合斑男性成分识别中被广     

Y染色体DYS622和DYS630基因座遗传多态性调查

Y染色体遗传标记具有男性特有、父系遗传及单倍型遗传的三大特征[1-3],Y染色体的独特性与STR位点分型检测的优越性相结合成为法医学个体识别和父权鉴定中的新工具。本研究选取了2个新的Y染色体STR基因座DYS622和DYS630,调查其在华东地区汉族群体中的遗传多态性,并对其在法医学中的应用作初步探讨。1材料与方法1.1样本87例无关男性个体EDTA抗凝血或颊粘膜试子采自江苏、浙江、上海等地。Chelex-100法[4]提取样本DNA。1.2引物在GDB查得两个基因座的引物序列,见表1。表1 DYS622和DYS630基因座信息特征基因座GenBank登录号重复序…     

辽南地区汉族人群19个Y-STR基因座的遗传多态性

正Y染色体具有男性特有、父系遗传的特征,在法医DNA分析的实际检案中有着独特作用。本研究调查辽南地区1313名汉族男性无关个体19个Y-STR基因座的遗传多态性,对其在法医学中的应用价值进行探讨。1材料与方法 1 313份辽南地区(大连、营口地区)汉族男性无关个体血样。采用GoldeneyeTMDNA 20Y身份鉴定系统[基点认知技术(北京)有限公司],扩增程序操作按     

中国新疆维吾尔族群体DYS389Ⅰ/Ⅱ、DYS390 基因座及单倍型遗传多态性分析

在法医检验实践中 ,Ｙ染色体一直被用作性别鉴定。ＤＹＳ390、ＤＹＳ389Ⅰ /Ⅱ基因座是Ｙ染色体上分别以ＣＴＧＴ/ＣＴＡＴ为核心序列重复单位的微卫星。本文作者对中国新疆维吾尔族男性 3个Ｙ ＳＴＲ (Ｙｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓｐｅｃｉｆｉｃｓｈｏｒｔｔａｎｄｅｍｒｅｐｅａｔ ,简称Ｙ ＳＴＲ)基因座基因型及单倍型构成进行了研究 ,并分析其遗传多态性。1　材料与方法1 1　样本ＤＮＡ56份静脉抗凝血随机采自中国新疆乌鲁木齐市无血缘关系健康维吾尔族男性个体。Ｃｈｅｌｅｘ法提取ＤＮＡ。1 2　引物序列[1] (Ｃｙｂｅｒｓｙｎ公司合成 )…     

山东日照地区汉族人群37个Y-STR基因座的遗传多态性

<正>Y染色体为男性特有的性染色体,在男性性状发育中扮演着关键角色。Y染色体两端各有一小部分区域为拟常染色体区,约占Y染色体的5%,可与X染色体同源区段进行基因交换和重组,其余部分为非重组区（non-recombining region,NRY）[1],具有高度的种群特异性,在人类迁徙、考古和种族家系鉴定等研究领域具有重要的借鉴意义[2]。日照市位于山东黄海之滨,下辖两区两县（东港区、岚山区、莒县、五莲县）。     

苏北地区汉族人群19个Y—STR基因座的遗传多态性

Y染色体短串联重复序列（Y—STR）作为常用的Y染色体特异遗传标记，在法医学个体识别、亲子鉴定、混合斑中男性成分检测、追溯父系迁移历史f1J等方面都具有独特的应用价值，是常染色体及mtDNA的重要补充。本研究调查了苏北地区642名汉族无关男性个体的19个Y—STR基因座的遗传多态性，以期为该群体的DNA检验鉴定提供基础数据。     

7个Y—STR基因座在河南汉族人群中的遗传多态性

Y染色体在父权鉴定、同胞兄弟鉴定、男性旁系鉴定中有重要意义.我们选取了DYS19、DYS385、DYS389 I/Ⅱ等7个分布于拟常染色质区外的Y-STR位点,调查其在河南汉族人群中的遗传多态性,旨在对其在法医学、亲权鉴定中的应用价值进行初步的探讨,并为建立河南省汉族人群Y染色体STR数据库提供分析资料.     

人类Y-染色体STR研究进展

人类Y -染色体STR(shorttandemrepeat)是指存在于Y -染色体上特异碱基短串联重复片段 ,又称微卫星DNA(microsatelliteDNA)。人类Y -染色体约有 5 0Mb个核苷酸 ,其中包括STR在内的重复序列约占 40 % ,不同个体的重复次数不同 ,具有个体差异性。 1976年CookeH等[1 ] 首先报道了存在于人类Y -染色体上的串联重复序列 ,为人类遗传学和法医学的研究开辟了一条新途径。继而 ,学者们[2～ 7] 对其重复序列进行了进一步的研究 ,并应用于实际工作中。WolfU等[8] 还对其分子生物学特征进行了研究。研究表明Y -染色体的串联重复序列 ,尤其是ST…     

荧光原位杂交技术在法庭科学DNA检验中的应用

目的运用荧光原位杂交技术结合激光显微切割技术,分离法医物证男女混合样本中的男性细胞和女性细胞,并进行DNA分型。方法通过双色荧光原位杂交,Y染色体标记上绿色信号,X染色体标记上红色信号,在荧光显微镜下识别男性细胞和女性细胞,并通过激光显微切割技术分别获得男性细胞和女性细胞进行DNA分型。结果运用荧光原位杂交技术,能够分别标记法医物证男女混合样本中的男性细胞和女性细胞,并通过激光显微切割技术获得各自的DNA分型。结论荧光原位杂交技术结合激光显微切割技术,可应用于法医物证男女混合样本的检验,提高个体识别能力。     

中国朝鲜族2个Y-STR基因座遗传多态性

Y染色体为男性特有,位于Y染色体上的STR基因座具有非重组父系遗传特性,故广泛应用于父系关系鉴定和群体父系遗传学研究[1-2]。本文调查中国朝鲜族男性个体DYS447和DYs448基因座单倍型遗传多态性,为相关数据库补充基础数据。     

二代测序技术在Y染色体遗传标记分型中的法医学应用

法医遗传学领域常利用Y染色体的父系遗传特点,对非重组区遗传标记进行检测并用于亲缘关系鉴定、混合斑检测、家系排查以及种族推断等研究.目前毛细管电泳仍是应用最为广泛的检测技术,基于该技术的商业化检测试剂盒及数据分析处理系统十分成熟.随着生物信息量的增长,传统检测技术通量低的弊端逐渐显现,推动了法医DNA分型技术的革新.近年...     

湖南汉族人群16个Y—STR基因座遗传多态性

Y染色体短串联重复序列（Y—STR）被广泛应用于父权鉴定、个体识别、人类学和遗传学研究,这些基因座基因频率分布调查是必要的。本文调查了湖南汉族人群174例无关男性个体16个Y—STR基因座的基因频率分布情况,以期为相关实践提供参考数据。     

AMELY无效扩增个体Yp11.2区域STS位点检测

目的 通过Y-STR复合扩增技术检测AMELY缺失的男性个体Y染色体的完整性,并对数据库中的STS位点进行筛选并设计引物,检测Y染色体AMEL区域的STS位点缺失情况,为进一步研究中国人口中AMELY的缺失提供数据和理论依据.方法 应用Goldeneye 20A PCR扩增试剂盒、华夏TM白金PCR扩增试剂、Y fil...     

山东汉族人群37个Y-STR基因座多态性与突变调查

<正>Y染色体具有男性特有、父系遗传的特点,相比常染色体遗传标记有其独特的优点。Y-STR具有非重组、单倍型父系遗传的特征,近年被广泛应用于家系排查、混合斑男性成分检测检验中,已成为公安机关侦破案件的重要手段之一^[1]。Y染色体分为拟常染色体区和非重组区,拟常染色区常与X染色体发生重组,     

常染色体及 Y染色体 STR分型技术在检案中的应用

荧光标记 STR分型技术所需检材量少，对陈旧、腐败检材适用性强，结果准确、灵敏度高，而 Y染色体 STR分型技术为男性特有，且 Y染色体 STR基因座不与其他染色体发生交换，在一些特殊案件的侦破中，联合应用常染色体及 Y染色体 STR分型技术往往可以起到关键性的作用。本文结合一典型系列案例进行分析，对案件检材提取、检验结果及应用价值等进行分析讨论，旨在提高 DNA检验技术在同类案件中的应用价值。 1 案 情 　　某年 6月至 11月，某市发生女青年搭乘摩托车到郊区偏僻地点被车手抢劫、强奸的系列案件共 21宗，送检的被害人内裤…     

复合扩增STR位点片段长度多态性的研究

本文介绍了以三个短串联重复序列（STR）位点为基础的复合扩增进行个体识别的技术。其特点是在同一扩增体系内对彼此独立的三个STR位点，即HUMTH01[AATG]nHUMFABP[AAT]nHUMARA[AGC]n进行复会扩增，扩增产物用聚丙烯酰胺凝胶电泳分离。经研究发现这三个STR位点具有高度多态性，扩增产物分子量在190～310bP之间，各位点等位基因数分别为6、9、16个，杂合度78．2％、85，0％、89．0％，个体识别率0．918、0．960、0．905，其累积的个体识别率达0．9997，高于pMCT118等位点，且扩增时间短，操作简便，为法医物证检验提供了一种高效的个体识别手段。