华东汉族人群乙醇代谢酶相关SNP位点的多态性

目的对ADH2、ADH3、ALDH2和CYP2E1基因的40个SNP位点进行群体遗传学分析,得到多态性信息。方法利用PCR和质谱技术平台对SNP位点进行分型检测,通过对中国华东地区汉族人群199个无关个体的调查,统计分析40个SNP位点的等位基因分布频率。结果 40个SNP位点中,rs698、rs2241894（ADH3基因座）,rs13306164、rs671（ALDH2基因座）和rs28371746、rs2515641（CYP2E1基因座）的小等位基因分布频率（MAF）均大于1%,其它SNP位点的MAF均小于1%。结论 ADH2、ADH3、ALDH2和CYP2E1基因的40个SNP位点中,6个位点（rs698、rs2241894、rs13306164、rs671、rs28371746和rs2515641）在华东汉族人群中具有多态性。     

广东地区汉族人群VEGF基因5′端SNP位点遗传多态性

目的调查广东地区汉族人群VEGF基因5′端SNP位点的遗传多态性,为法医学应用及群体遗传学研究提供基础数据。方法 DNA微测序技术SNaPshot分析184例广东地区无关个体VEGF基因5′端4个SNP位点(rs699947、rs1570360、rs833061、rs2010963)的遗传多态性。应用PowerMarker v3.25软件进行统计分析。结果 184例广东地区汉族无关个体VEGF基因5′端4个SNP位点基因分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05),每个位点均检出3种基因型。rs833061和rs699947位点紧密连锁。共检出6种单倍型,其中C-G-T-C、C-G-T-G、A-A-C-G、A-G-C-G频率均10%,为主要单倍型。rs699947、rs833061、rs2010963位点的个人识别率为0.583~0.634,非父排除率为0.133~0.144;4个SNP构成单倍型的个人识别率为0.868,非父排除率为0.438。结论广东地区汉族人群VEGF基因5′端序列呈现出高度遗传多态性,可作为个人识别和亲权鉴定的遗传学指标,同时可用于相关疾病关联分析。     

中国北方汉族群体TPH2基因5′和3′端SNP位点遗传多态性

目的调查中国北方汉族群体TPH2基因5′和3′端SNP位点遗传多态性并探讨其法医学应用价值。方法测序分析244例中国北方健康无关个体TPH2基因5′端905 bp和3′端1 104 bp两个靶片段的序列特征和6个SNP位点(rs4570625、rs11178997、rs11178998、rs41317118、rs17110747和rs41317114)的遗传多态性,应用Haploview v4.2软件进行统计分析。结果 244例中国北方汉族个体6个SNP位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律,在92922位点检测到1例C/T变异,TPH2基因5′端3个SNP位点(rs4570625、rs11178997和rs11178998)和3′端3个SNP位点(rs41317118、rs17110747和rs41317114)分别显示出高度连锁不平衡,获得了TPH2基因6个SNP位点的群体遗传学参数。结论中国北方汉族群体TPH2基因5′和3′端序列呈现出高度遗传多态性,可作为相关疾病关联分析的遗传学指标,同时可用于个体识别和亲权鉴定。     

广东汉族人群H19基因上游差异甲基化区SNP

目的调查广东汉族人群中H19基因上游差异甲基化区(differentially methylated region,DMR)的单核苷酸多态性(SNP)及单倍型。方法应用PIA分型法,以限制性内切酶Mcr BC、HpaⅡ消化基因组DNA分别获得个体单亲源DNA模板链,经测序,分别获得个体H19基因上游DMR单亲源SNP等位基因、基因型及单倍型数据。结果共检出13个SNP(rs10840167、rs2525883、rs12417375、rs4930101、rs2525882、rs2735970、rs2735971、rs11042170、rs2735972、rs10732516、rs2071094、rs2107425、rs4930098)及1个突变点(g7351c)。所有位点经统计学分析均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P0.05)。除rs12417375位点DP值为0.279,其余12个SNP DP值在0.446~0.614;g7351c突变点DP值为0.013,提示为南方汉族民族特异性位点。共检出8种单倍型(命名为单倍型1~8),其中有3种为新发现的单倍型,其DP、PIC、PE及H分别为0.891、0.714、0.524和0.758。结论 PIA分型法获得的H19基因上游DMR SNP位点及其单倍型遗传标记系统具有较高的鉴别能力,在法医学鉴定中具有较好的实用价值。     

中国北方汉族群体多巴胺受体D5基因4个SNP遗传多态性

目的调查多巴胺受体D5(dopamine receptor D5,DRD5)基因rs77434921、rs2076907、rs6283、rs1800762 4个SNP位点在中国北方汉族群体中的遗传多态性分布。方法采用PCR测序方法对中国北方汉族206例个体的4个SNP位点进行检测,应用Haploview v4.1软件进行统计分析。结果在中国北方汉族群体中rs77434921、rs2076907、rs6283、rs1800762位点的基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡。个体识别能力(DP)分别为0.145、0.532、0.602、0.159,非父排除率(PE)分别为0.004、0.079、0.196、0.007。4个SNP处于连锁不平衡状态,可以组成5种单倍型。结论中国北方汉族人群DRD5基因rs2076907与rs6283位点多态性分布较好,在法医学个体识别与亲子鉴定中具有一定的应用价值。     

藏族、白族18个面部相关SNPs位点多态性及群体差异性研究

目的获取18个面部相关SNPs位点在藏族人群和白族人群的遗传多态性,探索不同民族群体间遗传结构的差异性。方法采用SNa Pshot技术建立18-SNPs位点复合检测体系并检测192名藏族人群和159名白族人群18个SNPs位点的基因型。应用SPSS23.0软件进行统计学分析,R v3.3软件进行主成分分析。结果除了rs987525位点仅检测出一种等位基因G,其余位点的基因分型均具有很好的多态性,其中rs502393、rs7559271、rs920683、rs974448、rs6555969、rs13267109、rs2724626、rs1258763、rs1978860、rs2788888、rs934498 11个SNPs位点的等位基因频率在两个民族群体间差异有显著统计学意义(P0.01),rs502393、rs7559271、rs920683、rs974448、rs642961、rs13267109、rs2724626、rs1978860、rs2788888、rs934498 10个SNPs位点的基因型频率在两个民族群体间差异有显著统计学意义(P0.01),主成分分析(PCA)散点图中4个群体相互独立分布(云南傣族、北京汉族群体数据来自Ensembl千人数据库),群体间遗传结构差异明显。结论藏族、白族18个面部相关SNPs位点的基因分型具有很好的多态性,丰富了我国少数民族面部相关SNPs位点的数据库,其人群结构差异性在法医学应用具有重要的意义。     

MALDI-TOF-MS对Y染色体上66个二等位基因的检测

目的分析华东地区汉族人群Y染色体上66个二等位基因遗传标记的多态性,并评价其法医学应用价值。方法采用多重PCR联合基质辅助激光解吸/电离-飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS)技术对华东地区205名汉族男性无关个体Y染色体上66个二等位基因遗传标记进行分型研究,使用直接计数法统计待测位点的等位基因频率,用公式计算基因多样性和单倍型多样性,用Arlequin v3.5.2.2软件检测该体系的单倍型并且进行群体遗传学比较。结果其中60个二等位基因遗传标记在华东地区汉族男性人群中呈多态性分布,基因多样性为0.0385~0.501 9,共检测到85种单倍型,单倍型多样性为0.970 3。部分SNP位点的等位基因分布在华东地区汉族人群和新疆汉族人群、广东汉族人群差异具有统计学意义。结论 60个二等位基因遗传标记及其检测体系在亲权鉴定和个体识别中可补充提供遗传信息,MALDI-TOF-MS技术可以进行二等位基因遗传标记的分型检测。     

辽宁汉族、广西壮族人群LMP2、LMP7遗传多态性

<正>低分子量多肽(low molecular weight polypeptide,LMP)是MHC编码的非经典HLA类分子,包括LMP2和LMP7,二者均为免疫蛋白酶体20S的β亚单位。目前尚无LMP基因多态性法医学意义的研究报道。本文研究选择LMP2基因密码子60位和LMP7基因rs2071543两个SNP位点,调查其在辽宁汉族和广西壮族人群中的遗传多态性,希望能为相关研究和实践     

D18S51及其侧翼区3个SNP组成的SNP-STR在亲子鉴定中的应用

目的将一个单倍型区块内的遗传标记单核苷酸多态性(SNP)和短串联重复序列(STR)组成SNPSTR单倍型,调查其在成都汉族人群中的分布,并探讨其在特殊亲子鉴定案例中的应用价值。方法选取DNA联合索引系统(combined DNA index system,CODIS)中突变率较高的基因座D18S51,与其侧翼区的3个SNP位点(rs8089331、rs8094489、rs7236090)组成SNP-STR,通过巢式等位基因特异性PCR的方法获得SNP-STR单倍型,调查该单倍型在75名成都汉族人群中的分布,并应用于两例D18S51基因座不符合遗传规律的二联体亲子鉴定案件。结果成功建立SNP-STR分型方法,在成都汉族人群中共发现43种单倍型,多态性为0.948 6,并成功解决了两例二联体亲子鉴定案件。结论 SNP-STR具有良好的多态性,有望应用于特殊的亲缘关系鉴定。     

中国汉族人群不明原因猝死与NOS1AP基因多态性的相关性

目的研究日常活动中不明原因猝死(sudden unexpected death,SUD)者NOS1AP基因的单核苷酸多态性。方法收集60例一般日常活动中SUD病例心血样本作为SUD组,另外随机抽取80例无关个体的外周血样本作为对照组,提取基因组DNA,用特异性引物对NOS1AP部分SNP位点(rs10494366、rs10918859、rs12143842、rs12742393、rs3751284、rs348624)进行PCR扩增和直接测序,计算等位基因频率和基因型频率,并分析各SNP位点在SUD组与对照组之间的差异性。结果 NOS1AP第6外显子区域的rs3751284位点的等位基因频率和基因型频率在两组人群中的差异均有统计学意义(P0.05)。rs3751284位点的最小等位基因的频率在SUD组为0.325,在对照组为0.475。结论 rs3751284位点可能是SUD的易感基因位点。     

中国4个群体VDR基因2号外显子的SNP基因座遗传多态性

目的 调查中国北方汉族、维吾尔族、藏族和哈萨克族群体维生素D受体基因2号外显子SNP基因座的遗传多态性和群体差别。方法 应用PCR-RFLPs和DNA序列分析技术对271例个体的DNA样品进行分型。结果等位基因ACG的频率最高,分布在0.57～0.72之间。藏族与维吾尔族基因型ACG/ATG的频率超过0.5,汉族基因型ACG/ATG与ACG/ACG的频率均为0.3976;哈萨克族基因型ACG/ACG的频率达到0.5769。DP值与EPP值在4个群体中均超过0.56和0.16。基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡,并在4个群体间有一定程度差异。结论 维生素D受体基因2号外显子SNP基因座具有较高的多态性,并具有一定的群体差别。     

西安汉族HLA-Cw基因座遗传多态性研究

目的研究西安汉族HLA-Cw基因座遗传多态性,建立西安汉族HLA-Cw基因座基因频率数据库。方法采用序列特异性寡核苷酸探针杂交技术(PCR-SSOP)对130位西安汉族无关个体HLA-Cw基因座进行基因分型。结果共检出16种等位基因,基因频率分布在0.0077～0.1588,其中HLA-Cw*01、03、07基因频率较高,PCR-SSOP分型技术使西安汉族HLA-Cw空白频率降至0.0182。结论西安汉族HLA-Cw基因座基因型分布符合Handy-Weinberg平衡定律,所得到的基因频率数据可为临床器官移植配型、人类学、法医学提供重要的群体遗传学资料。     

Analysis of 50 SNPs in CYP2D6, CYP2C19, CYP2C9, CYP3A4 and CYP1A2 by MALDI-TOF mass spectrometry in Chinese Han population

One of the major challenges in the near future is the identification of genes that affect the metabolism of different drugs. Large scale association studies that utilise single nucleotide polymorphisms (SNPs) have been considered a valuable tool for this purpose. CYP2D6, CYP2C19, CYP2C9, CYP3A4 and CYP1A2 were found to be involved in the majority of hepatically cleared drugs. To determine the allele frequencies of some SNPs that may have great potential value in forensic science, we screened 50 SNPs in these 5 CYP genes in Chinese Han people using an accurate, high-throughput, cost-effective method. Primers were designed using the MassARRAY Assay Design software. Genomic DNA was prepared from blood samples obtained from individuals of Chinese Han origin. Multiplex PCR was performed to amplify the relevant gene fragments, and the polymorphisms were analysed by allele-specific primer extension followed by matrix-assisted laser desorption/ionisation time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS). A panel of genomic DNA samples previously genotyped by other methods were analysed simultaneously for quality control, and the results demonstrated that this assay was 100% accurate. A total of 17 of the analysed SNPs were polymorphic. Of these 17 SNPs, 8 (rs16947, rs28371725, rs1800754, rs4244285, rs4986893, rs12248560, rs3758580, rs2242480) had an allele frequency that was significantly different between this Chinese Han population and Caucasians (p<0.01). In addition, the frequencies of two of these SNPs (rs1800754, rs3758581) in our Chinese Han population differed significantly from the existing Chinese frequency data (p<0.01). The described method thus provides reliable results and enables the genotyping of up to thousands of samples by taking advantage of the high-throughput MALDI-TOF technology. The results herein are now included as a supplement to the P450 database.     

中国5个群体D20S85基因座的遗传多态性

目的 了解中国5个群体D20S85基因座的群体遗传学数据,比较它们之间的遗传学差异,探讨其在法医学应用中的意义。方法 分别收集5个群体622名无关个体的血样,Chelex-100快速抽提法或饱和酚/氯仿法抽提DNA;扩增后经PAGE垂直板电泳、银染,进行D20S85基因座分型。结果 在5个群体622名无关个体中,共检出9个等位基因,并首次在广东汉族和广西壮族群体中检出等位基因14;每个群体基因频率大于0.05的均为6个,D20S85*6为最常见等位基因。5个群体共观察到35种基因型,群体内基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg氏平衡,各群体间基因型构成比无显著性差异。观察140次减数分裂未发现突变。各群体的期望杂合度为0.7720～0.7912;非父排除率,在三联体为0.7538～0.7594,二联体为0.3988～0.4297;个人识别率为0.9175～0,9272;多态信息含量为0.7442～0.7656。应用于亲子鉴定和个人识别案例,效果满意。结论 D20S85基因座是法医学应用价值较高的遗传标记系统。     

中国南方两汉族群体的19个STR基因座的特征分析

目的获得南方汉族群体的基因多态性信息,分析16个东亚各人群的族源关系。方法 2018年3~7月收集贵州省和江西省汉族群体中健康且无亲缘关系的720份个体血液样本,其中贵州省407份,江西省313份。使用短串联重复序列(STR)试剂盒扩增检测样本,获得法医学参数;通过文献获取湖北汉族,湖南汉族,四川汉族,重庆汉族,贵州布依族、侗族和苗族,云南白族、彝族、哈尼族和纳西族,广西壮族以及日本和韩国共14个人群的法医学参数,采用Arlequin v3.5遗传软件计算16个东亚人群(本研究的贵州汉族、江西汉族以及文献获得的14个人群)之间的相对遗传距离(Fst),采用SPSS 21.0统计学软件进行多维尺度分析(MDS)和主成分分析(PCA),MEGA6软件绘制系统进化树。结果在贵州汉族人群中,累积个人识别率为1-3.3080×10-23,累积非父排除率为1-3.1792×10-8。在江西汉族人群中,累积个人识别率为1-5.4721×10-23,累积非父排除率为1-1.6544×10-8。少数民族(贵州布依族、贵州侗族、贵州苗族、广西壮族、云南哈尼族和云南纳西族)与汉族群体间存在明显的遗传距离。日本人群与汉族群体的遗传距离最大,韩国人群与汉族群体具有较近的遗传距离。进化树结果表明贵州汉族、江西汉族群体与其他汉族群体聚集在一起,未见明显区别。结论 14个基因座在贵州、广西人群中遗传多态性较好,少数民族与汉族之间、日本与汉族之间的遗传差异明显,而汉族人群内部遗传差异不明显。     

广东广西地区5个群体9个STR基因座的频率调查

目的 调查广东汉族、广西汉族、广西侗族、广西壮族、广西苗族5个群体9个STR基因座多态性,探讨其在法医学检验中的应用价值。方法 应用AmpFISTR Profiler PlusTM荧光标记复合扩增系统,对广东广西5个群体4个民族的1191个无关个体的血样DNA进行9个STR基因座的复合扩增;用ABI 3100遗传分析仪对扩增产物进行分型,统计9个STR基因座的群体遗传学参数。结果 9个STR基因座在广东广西地区5个群体中的累积偶合率为1.51×10-11～8.08×10-11,累积非父排除率为0.99981—0.99990。,结论 该9个STR基因座可满足汉族、壮族、侗族、苗族群体法医学的个体识别及亲权鉴定的需要。     

Genetic Variants in KCNE1, KCNQ1, and NOS1AP in Sudden Unexplained Death During Daily Activities in Chinese Han Population

Fifty‐six sudden unexplained death (SUD) cases were collected from Chinese Han population, which occurred during daily activities and were autopsy negative in comprehensive postmortem autopsy. The coding exons of potassium channel genes KCNE1, KCNQ1, and nitric oxide synthase gene NOS1AP were sequenced. A synonymous mutation, KCNE1 F54F T>C was identified in 2 SUD cases, which was absent in the control subjects. Neither genotype nor allele frequencies of KCNE1 and KCNQ1 exhibited a significant difference between the SUD and control group. In contrast, the allele frequency (p = 2.7 × 10⁻¹⁰) and genotype frequency (p = 5.9 × 10⁻⁷) of rs3751284, and the genotype frequency (p = 2.9 × 10⁻²) of rs348624 in NOS1AP of SUD were significantly different from that of controls (p < 0.05). Our study suggested that rs3751284 and rs348624 might be susceptibility loci for SUD during daily activities. Larger sample sizes and further molecular studies are needed to confirm or exclude an effect of the NOS1AP SNPs on SUD risk.     

中国汉族人群不明原因猝死与NOSlAP基因多态性的相关性

目的研究日常活动中不明原因猝死（suddenunexpecteddeath,SUD）者NOSlAP基因的单核苷酸多态性。方法收集60例一般日常活动中SUD病例心血样本作为SUD组,另外随机抽取80例无关个体的外周血样本作为对照组,提取基因组DNA,用特异性引物对NOSlAP部分SNP位点（rsl0494366、rsl0918859、FSl2143842、rsl2742393、rs3751284、rs348624）进行PCR扩增和直接测序,计算等位基因频率和基因型频率．并分析各SNP位点在SUD组与对照组之间的差异性。结果NOSlAP第6外显子区域的rs3751284位点的等位基因频率和基因型频率在两组人群中的差异均有统计学意义（P〈0．05）。rs3751284位点的最小等位基因的频率在SUD组为0．325,在对照组为0．475。结论rs3751284位点可能是SUD的易感基因位点。     

云南汉族CRHBP基因多态性与暴力攻击行为的相关性

目的探讨云南汉族人群促肾上腺皮质激素释放激素结合蛋白(corticotropin releasing hormone-binding protein, CRHBP)基因多态性与暴力攻击行为的相关性。方法对云南汉族111例有攻击行为的服刑人员(包含53例抢劫,58例故意伤害)和189例健康对照样本采用改良的多重高温连接酶检测反应技术(improve Multiplex ligase detection reaction, iMLDR)检测CRHBP基因的4个Tag SNPs(rs10062367, rs32897, rs7718461, rs7721799)的基因型,应用SPSS 20.0和SHEsis软件对结果进行统计分析。结果 rs32897、rs7718461、rs7721799的等位基因和基因型分布在暴力组、抢劫亚组、故意伤害亚组和对照组中均无显著差异(P>0.05),rs10062367等位基因和基因型分布在暴力组、抢劫亚组和对照组中也无显著差异(P>0.05),但在故意伤害亚组与对照组中具有显著差异(P<0.05)。单倍型ATGA可使暴力的相对风险显著增高(P<0.05),单倍型GCAA可使指向他人暴力的相对风险显著增高(P<0.05)。结论 CRHBP基因rs10062367位点多态性可能与云南汉族人群针对他人的攻击行为有关,单倍型ATGA是暴力行为的风险因子,个体携带单倍型GCAA会使指向他人的躯体攻击行为风险增加。