青海省细粒棘球蚴线粒体cox1基因和nad1基因多态性的研究

分析了采自青海省7个县共19个细粒棘球蚴分离株样品的nad1基因和cox1基因核苷酸序列的多态性和单倍型。结果显示,18个细粒棘球蚴分离株属于G1型,1个分离株属于G3型。G1型分离株可根据nad1基因和cox1基因的核苷酸序列变异分为不同的单倍型,其中nad1基因的单倍型共有5种,变异位点只有5个,单倍型序列之间碱基差异1~4个,变异率达0.45%;而cox1基因的单倍型共有9种,涉及变异位点共27个,单倍型序列之间碱基差异1~11个,变异率达0.68%。突变碱基多位于密码子第3位碱基上,属于同义突变。cox1基因的多态性比nad1基因的多态性丰富。用于细粒棘球蚴G1型内分离株之间核苷酸多态性的分析则分辨率相对较高。上述研究结果为进一步开展棘球蚴病分子流行病学调查积累了数据。     

湖南省华支睾吸虫线粒体cox1和nad1基因的克隆及进化分析

为了研究湖南省华支睾吸虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅰ基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列构建华支睾吸虫与其他吸虫的种群遗传进化树。应用聚合酶链反应扩增华支睾吸虫虫株的pcox1和pnad1,应用ClustalX 1.81程序对序列进行比对,然后用Phylip3.67程序中的MP法和MEGA4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树。结果显示,所获得的pcox1和pnad1序列长度分别为1 100bp和790bp,种系发育进化表分析表明,25个华支睾吸虫分离株位于同一分枝。证实华支睾吸虫pcox1和pnad1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记,从而为华支睾吸虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定基础。     

绵羊夏柏特线虫和叶氏夏柏特线虫线粒体nad5基因和cytb基因的序列分析

本研究的目的是通过对绵羊夏柏特线虫和叶氏夏柏特线虫线粒体细胞色素b基因(cytb)部分序列(pcytb)和烟酰胺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位5基因(nad5)部分序列(pnad5)的克隆和遗传变异分析,首次为在分子水平上区分绵羊夏柏特线虫和叶氏夏柏特线虫提供理论依据。采用PCR方法分别克隆了6条绵羊夏柏特线虫陕西分离株和9条叶氏夏柏特线虫青海分离株的pcytb和pnad5。将测序结果应用ClustalX 1.81程序进行比对,然后用PAUP 4.0程序中的MP法将pcytb和pnad5串联后构建系统发育树。结果显示,获得的pnad5和pcytb序列的长度分别为388bp和659bp,其变异率在绵羊夏柏特线虫分离株中分别为0.3%~1.3%和0.2%~2.6%,在叶氏夏柏特线虫分离株中分别为0~1.8%和0.2%~1.2%,较为保守。但pnad5和pcytb序列在两种间差异率较大,分别为14.7%~16.0%和15.0%~17.3%。用pcytb和pnad5串联后的序列进行的种系发育分析表明,绵羊夏柏特线虫和叶氏夏柏特线虫分别位于2个分支,支持叶氏夏柏特线虫为独立种;pcytb和pnad5序列可作为夏柏特线虫种间鉴定的遗传标记。     

片形吸虫线粒体nad1基因的序列分析及种系发育

为阐明来自中国、尼日尔、法国和美国的片形吸虫分离株在线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位1基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并以pnad1序列进行种系发育研究,利用PCR扩增了中国、尼日尔、法国和美国片形吸虫分离株的pnad1序列并与GenBankTM中片形吸虫相应序列进行了比较,进行了种系发育分析.结果显示,所有片形吸虫样品的pnad1序列长度均为446 bp,中国、尼日尔、法国和美国肝片吸虫分离株与GenBankTM公布的肝片吸虫相应序列的种内变异为0.2%～0.7%,0.2%～0.9%,0.9%～2.0%,0.2%～0.9%;中国及尼日尔大片吸虫分离株与已报道的大片吸虫相应序列的种内变异为1.8%～2.7%,1.8%～3.4%;中国中间型虫株与中国及尼日尔大片吸虫分离株以及网上报道的大片吸虫的序列差异为5.6%～6.3%,5.6%～7.8%,5.7%～8.1%.中间型片形吸虫在遗传学上介于大片吸虫与肝片吸虫之间,但与大片吸虫的遗传关系更近.表明,片形吸虫pnad1序列可作为种间鉴定及种内遗传变异研究的标记;在中国的确存在中间型片形吸虫.     

多头带绦虫六钩蚴Tm45W基因的克隆表达与免疫原性分析

为分析多头带绦虫Tm45W重组蛋白的免疫原性,利用RT-PCR技术首次从激活的多头带绦虫六钩蚴中扩增出多头带绦虫Tm45W基因。将扩增产物重组于原核表达载体pET32a(+)中,构建pET32a-Tm45W表达载体,转化至大肠杆菌BL21(DE3)中,经IPTG诱导表达融合蛋白;表达产物进行SDS-PAGE和Western-blot分析后,将纯化的Tm45W重组蛋白免疫小鼠,用ELISA检测其血清抗体。结果显示,Tm45W基因全长为813bp,其开放阅读框为765bp,编码255个氨基酸,与多头带绦虫新疆株多头蚴45m基因(序列号:EU326106)的部分序列同源性为90.60%;表达的重组蛋白大小为45ku,与脑多头蚴病羊血清的免疫印迹分析呈阳性反应;小鼠免疫后第1周血清中即可检测到抗Tm45W蛋白的特异性抗体,并于免疫后第35天达到高峰。结果表明Tm45W重组蛋白具有较好的反应活性,能引起机体较强的体液免疫反应。     

多头带绦虫Tm16基因的克隆表达与免疫原性分析

为分析多头带绦虫Tm16重组蛋白的免疫原性,利用RT-PCR技术从激活的多头带绦虫六钩蚴中扩增Tm16基因,将扩增产物亚克隆入pET32a(+)载体中,构建pET32a-Tm16表达载体,转化至大肠杆菌BL21(DE3)中,经IPTG诱导表达融合蛋白;表达产物进行SDS-PAGE和Western-blot分析后,将纯化的Tm16重组蛋白免疫小鼠,用ELISA检测其血清抗体。结果显示,多头带绦虫Tm16基因序列长569bp,包括1个399bp的开放阅读框,与已报道的Tm16基因(序列号:EF672036)的序列同源性为99.8%。表达的重组蛋白大小约为30.69ku,与脑多头蚴病羊血清的免疫印迹分析呈阳性反应;小鼠免疫1周后血清中即可检测到抗Tm16蛋白的特异性抗体,并于免疫后第5周达到高峰。结果表明Tm16重组蛋白具有较好的免疫原性,可作为脑多头蚴病疫苗的候选抗原。     

多头带绦虫黏着蛋白TmAdh1基因的克隆及原核表达

为研究多头带绦虫黏着蛋白TmAdh1的功能,利用PCR分别以多头带绦虫基因组DNA和cDNA为模板扩增TmAdh1的基因组序列和cDNA序列,并利用生物信息学软件对该基因进行预测分析。将TmAdh1基因片段连接至原核表达载体pGEX4T-1进行原核表达,并利用Western-blot分析该蛋白的抗原性。结果显示,TmAdh1的基因组序列长1 848bp,由2个内含子和3个外显子组成,其开放阅读框的长度为402bp,编码133个氨基酸残基。预测分析表明,TmAdh1蛋白含有1个N端信号肽序列、1个纤连蛋白三型(FnⅢ)结构域、1个糖基化位点和8个线性B细胞抗原表位。在原核系统成功表达了约40ku的重组蛋白TmAdh1,用其免疫小鼠制备超免疫血清。Western-blot试验表明,重组蛋白TmAdh1可以与免疫小鼠血清反应。以上研究结果表明,多头带绦虫TmAdh1基因是带科绦虫宿主保护性抗原的同源基因,可作为脑多头蚴病疫苗的候选分子。     

多头带绦虫铜锌超氧化物歧化酶基因的原核表达及其表达产物的酶学活性分析

为探讨多头带绦虫铜锌超氧化物歧化酶(C u/Zn-SO D)基因的特征及该酶在多头带绦虫上的抗氧化作用,采用RT-PCR技术扩增脑多头蚴C u/Zn-SO D基因,构建原核表达载体p ET-32a-C u/Zn-SO D;然后将其转化到大肠杆菌BL21(DE3)中进行诱导表达;对表达产物进行W estern-blot检测,并进行酶比活性分析。结果显示,多头带绦虫C u/Zn-SO D基因编码蛋白的氨基酸序列与猪带绦虫和肥头绦虫C u/Zn-SO D基因编码蛋白的氨基酸序列的相似性分别为98%和92%;纯化后的多头带绦虫重组Cu/Zn-SOD蛋白的浓度为1.587 m g/m L;用羟胺法测得该重组蛋白的酶比活性为3 125.64 U/mg±76.82 U/mg;H2O2、SDS和EDTA对重组的多头带绦虫Cu/Zn-SOD的酶活性具有较强的抑制作用,而氯仿-乙醇和脲素则对多头带绦虫Cu/Zn-SOD的酶活性并无影响。上述结果为进一步研究多头带绦虫C u/Zn-SO D基因的生物学功能奠定了基础。     

4种终末宿主土耳其斯坦东毕吸虫cox1和nad1基因的序列分析

收集黑龙江省大庆地区牛源、绵羊源、绒山羊源和山羊源土耳其斯坦东毕吸虫,以SDS-蛋白酶K法抽提其基因组DNA,用特异性引物通过PCR扩增土耳其斯坦东毕吸虫成虫细胞色素C氧化酶亚基1基因(cox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚基1基因(nad1)并进行测序,应用Chromas和DNAStar软件分析扩增产物的变异情况.结果表明,大庆地区4种终末宿主土耳其斯坦东毕吸虫cox1基因均为1 125 bp,nad1基因均为518 bp;且其线粒体基因存在差异,cox1的同源性为99.0%～99.7%,nad1的同源性为98.3%～99.4%.     

应用TmAdh3重组蛋白建立绵羊脑多头蚴病间接ELISA诊断方法的研究

为评价多头带绦虫TmAdh3重组蛋白作为脑多头蚴病诊断抗原的潜力,根据多头带绦虫TmAdh3基因组序列,人工优化合成TmAdh3基因ORF序列并连接至表达载体pGEX-4T-1,转化至大肠杆菌BL21中诱导表达,利用Western-blot分析纯化的重组蛋白的反应原性,优化检测条件,建立脑多头蚴病间接ELISA诊断方法并进行评价。结果显示,成功表达了分子质量大小为39.0 ku的重组蛋白rTmAdh3。间接ELISA检测的最适反应条件为：5.00μg/m L重组蛋白rTmAdh3在4℃包被过夜;1∶100稀释血清在37℃孵育30min;1∶10 000稀释的HRP标记的酶标二抗在37℃孵育45 min,底物避光显色10 min。应用建立的方法可检测到人工感染脑多头蚴后第3～8周的绵羊血清;对40份自然感染脑多头蚴的绵羊（剖检确认脑部有包囊）血清的阳性检出率为22.5%(9/40)。与细粒棘球蚴感染绵羊血清和细粒棘球蚴Eg95免疫绵羊血清交叉反应率为5%(4/80)。结果表明,本研究建立的以TmAdh3重组蛋白作为检测抗原的间接ELISA诊断方法可用于绵羊脑多头蚴感染早期的筛选。     

细粒棘球绦虫TPx基因的克隆及序列分析

从自然感染病羊肝内收集细粒棘球绦虫(Eg)原头蚴,分别提取总RNA和基因组DNA.根据GenBank数据库中的细粒棘球绦虫硫氧还蛋白过氧化物酶(EgTPx)基因序列设计1对引物,以总RNA为模板,采用RT-PCR技术扩增出EgTPx基因片段,同时以基因组DNA为模板扩增出对应的基因组序列.PCR产物经纯化后连接到pMDl8-T载体,转化至大肠杆菌DH5a后,进行序列测定和生物信息学分析.结果表明,成功扩增到中国青海株细粒棘球绦虫EgTPx基因片段,其开放阅读框为582 bp,编码193个氨基酸,与已知的EgTPx基因核苷酸序列及其编码蛋白氨基酸序列的同源性均为99%,有3个碱基发生变异,分别在245,306,318位由C变为T;引起1个氨基酸变异,由Ala82变为Val82.EgTPx具有典型的2-Cys型过氧化物氧还蛋白催化性位点Cys48和Cys169,以及周围保守的FVCP和VCPA序列.EgTPx基因的开放阅读框对应的基因组序列包含2个外显子和1个69 bp的内含子.     

鹅副黏病毒QY分离株F基因和HN基因的克隆与序列分析

根据已发表的鹅副黏病毒基因组序列,设计并合成了扩增F基因和HN基因的5对引物,利用RT-PCR的特异性扩增出了广东省清远分离株(QY株)的F基因和HN基因。然后将其克隆入pMD 18-T载体,经鉴定、测序及拼接,QY株的F基因和HN基因全序列长度分别为1 662bp和1 716 bp,分别编码553个和571个氨基酸。经与GenBank登录的几株参考毒株F基因和HN基因编码区的核苷酸序列进行比较;结果,QY株与参考毒株SF02株和LaSota株F基因的核苷酸序列同源性分别为98.3%和82.4%,HN基因的核苷酸序列同源性分别为97.2%和75.9%。     

多头带绦虫TPx基因片段的克隆及原核表达

从自然感染的病羊脑内采集多头蚴原头节,提取总RNA,采用RT-PCR技术扩增多头带绦虫硫氧还蛋白过氧化物酶(TmTPx)基因片段,PCR产物连接到pMD18-T载体,转化至大肠杆菌DH5α后测序,发现克隆到的TmTPx基因片段开放阅读框为453 bp,编码150个氨基酸.对TmTPx基因片段进行限制性酶切后连接到表达载体pGEx-4T-1,构建重组表达质粒pGEX-4T-TmTPx,转化大肠杆菌DH5a后筛选阳性克隆,经限制性酶切分析、PCR及测序鉴定后,转化大肠杆菌BL21,以IPTG进行诱导表达,用SDS-PAGE分析表达产物.结果显示,成功表达了大小约为43 ku的融合蛋白.对表达产物纯化后免疫家兔,采集血清用ELISA测定抗体效价,发现兔抗TmTPx重组蛋白的抗体能够与多头蚴原头节抗原发生特异性反应,说明该重组蛋白具有较好的免疫原性.     

叶尔羌河流域鲁道夫对盲囊线虫的分子鉴定及遗传多样性分析

为评估叶尔羌河流域塔里木裂腹鱼体内寄生的鲁道夫对盲囊线虫（Contracaecum rudolphii）群体遗传多样性水平,本研究采用PCR方法测定叶尔羌河、塔什库尔干河、下坂地水库3个地区52条对盲囊线虫的ITS-1和COⅠ基因序列,对其基因序列及遗传结构进行鉴别分析。结果显示,基于ITS-1序列叶尔羌河流域塔里木裂腹鱼体内对盲囊线虫被鉴定为鲁道夫对盲囊线虫B种（C. rudolphii B）,利用COⅠ序列共检测出30个单倍型,其中共享单倍型1种。多样性分析显示,3个群体的整体单倍型多样性（Hd）和核苷酸多样性（Pi）分别为0.931和0.009 67。系统进化树和单倍型网络结构表明,3个群体间单倍型随机地聚集在一起,没有形成明显的空间地理格局。群体遗传结构和分子方差分析表明,3个群体间遗传距离较小且呈弱分化水平,鲁道夫对盲囊线虫B种的分化主要来自于群体内部。研究结果表明,叶尔羌河流域3个不同地理群体的鲁道夫对盲囊线虫B种均属高遗传多样性群体,各群体间基因交流频繁,没有形成特定的地理遗传结构,正处于稳定扩增状态,本研究旨在为保护其宿主塔里木裂腹鱼种质资源提供理论依据。     

猪伪狂犬病病毒SL株gK基因的生物信息学分析

对猪伪狂犬病病毒(PRV)四川分离株(SL株)gK基因进行分子克隆,并利用生物信息学软件对gK基因进行了同源性、遗传进化树、密码子偏向性、蛋白质二级结构预测及抗原表位分析。结果显示,成功克隆了PRVSL株gK全基因,其编码区长939bp,编码313个氨基酸残基,与其他PRV分离株核苷酸序列同源性为97.6%～99.9%,与国外分离株的同源性略高于国内分离株。gK基因存在4个跨膜区及1个明显的CpG岛。表明成功克隆了PRVSL株gK基因,该基因具有潜在的抗原性。     

猪流行性腹泻病毒青海株M蛋白基因的克隆与功能位点分析

克隆了猪流行性腹泻病毒(PEDV)青海株(PEDV-QH)的M基因。经序列分析,PEDV-QH株编码膜蛋白M的开放阅读框(ORF)全长为681 bp,包含154A(22.61%),160G23.49%),217T(31.86%),150C(22.03%),编码226 aa,分子质量约为25 ku。PEDV-QH株的M基因与CV777、JMe2、Br1/87、JS-2004-2、KPEDV-9株核苷酸序列的同源性分别为98.5%、98.4%、98.4%9、8.2%和97.9%,推导的氨基酸序列同源性分别为99.1%、99.1%、98.7%、98.2%、97.8%;M基因推导的氨基酸序列分析显示,M蛋白3次跨膜,有1个潜在的原核膜脂蛋白脂结合位点,3个潜在的N-糖基化位点,4个潜在的丝氨酸或苏氨酸连接的蛋白激酶C或酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点。与CV777及Br1/87核苷酸序列以及氨基酸遗传衍化关系分析显示,PEDV-QH株M基因的变异主要属于同义突变。     

14株基因C型鸭甲肝病毒分离株的VP1基因变异及其编码蛋白的抗原表位分析

对14株分离自四川不同地区的基因C型鸭甲肝病毒(DHAV-C)VP1基因进行了PCR扩增、测序、序列比对分析以及抗原表位分析。结果显示,14株DHAV-C VP1基因核苷酸序列的同源性为92.2%～100%,推导氨基酸序列的同源性为85.8%～100%,与GenBank中的24株DHAV-C VP1基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为87.9%～99.3%和80.8%～100%。聚类分析显示,四川华阳地区分离的6株DHAV-C的VP1基因与黑龙江分离株Du/CH/LJS/090905同属一支,3株四川邛崃地区分离株与北京分离株C-GY及福建分离株FJ01同属一支,4株四川郫县分离株与1株四川邛崃分离株处于独立的小分支,它们与其他毒株之间存在一定的遗传距离。DHAV-C VP1蛋白由240个氨基酸组成,是由α螺旋、β折叠和无规则卷曲共同组成的混合型蛋白,VP1蛋白氨基酸序列的亲水性、抗原指数和表面可及性均较高,其中212～222位氨基酸区域的亲水性、抗原指数和表面可及性最高,可能是DHAV-C VP1蛋白上的B细胞表位优势区域,为DHAV-C表位疫苗的研究提供了理论依据。结果表明,四川分离株可能由于引种等原因从全国不同地区进入四川境内。     

基于线粒体cox2基因的33株细颈囊尾蚴分离株种系发育关系分析

采用PCR方法从细颈囊尾蚴四川和云南两省的分离株中扩增出了线粒体细胞色素氧化酶Ⅱ亚基(COⅡ)的基因片段(pcox2),并结合GenBank中其他6种带属绦虫的同源序列进行了分析,探讨了细颈囊尾蚴与其他带属绦虫的亲缘关系。序列分析结果显示,分离自猪、山羊和绵羊的33株细颈囊尾蚴的pcox2长度均为523bp,序列间无插入、缺失,A、T、C、G碱基的平均含量分别为27.9%、41.4%、10.5%、20.1%,其中A+T含量(69.3%)明显高于G+C含量(30.6%),碱基组成存在明显偏倚。测定的33个细颈囊尾蚴分离株pcox2序列相似性较高(97.3%～100%);而与带科带属其他6种绦虫分离株的相似性均在90%以下。在构建的NJ树中,分布于我国四川和云南两省7个不同地理区域的细颈囊尾蚴聚为一支,且与地理区域、宿主没有直接的相关性。表明细颈囊尾蚴pcox2序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记,从而为细颈囊尾蚴的种群遗传学研究和其相关疾病的诊断奠定基础。     

2017—2019年猪流行性腹泻病毒广西流行毒株遗传多样性分析

为掌握广西猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行毒株的遗传变异情况,本研究对2017-2019年从广西各地采集的腹泻样品,应用RT-PCR方法进行检测,并随机选取部分PEDV阳性样品进行S、M、N基因的扩增、测序和分析。结果显示,共获得PEDV S基因序列23株、M基因和N基因序列各25株。同源性分析显示,广西流行毒株间核苷酸和氨基酸序列同源性在S基因为90.6%~100%和89.6%~100%,在M基因为97.0%~100%和96.9%~100%,在N基因为95.9%~100%和95.9%~100%。序列比对显示,广西流行毒株S1基因的氨基酸序列存在缺失、突变和插入现象,且各毒株之间存在差异。基于S、M、N基因绘制遗传进化树,获得相似的拓扑结构图,广西流行毒株主要分布在S基因的GⅠb、GⅡa亚群,M基因的GⅡa、GⅡb亚群,N基因的GⅢ亚群。遗传进化速率测算显示,广西流行毒株及国内外参考毒株S、M、N基因的平均进化速率分别为7.39×10-4、1.43×10-4和2.96×10-4substitutions/site/year,S基因的变异速度最快。表明PEDV广西流行毒株存在遗传多样性,应加强病原监测和流行病学调查,为有效防控PED提供基础数据。     

细粒棘球绦虫六钩蚴EG95抗原基因的克隆及原核表达

利用RT PCR从激活的细粒棘球绦虫六钩蚴中扩增了EG95 cDNA,并亚克隆至原核表达载体pGEX 4T 1上,转化至大肠埃希氏菌BL21,用IPTG诱导重组菌株表达了融合蛋白质。结果表明,从六钩蚴中克隆到了EG95 cDNA,序列长度为481 bp,包括471 bp的开放阅读框,与新西兰株EG95抗原基因序列完全一致;SDS PAGE电泳结果显示,重组表达质粒产生了约42 ku的目的带,其中EG95蛋白质的分子质量约为15.2 ku,与预期结果一致;Western blotting试验检测表明,融合表达产物可与囊性包虫病人血清发生反应。试验结果提示,EG95 基因高度保守,所表达的EG95蛋白作为抗原疫苗具有广泛的适用性。