复齿鼯鼠源贾第虫新亚型B15的基因鉴定

为了对复齿鼯鼠粪便中分离的贾第虫滋养体进行基因型鉴定,采用饱和蔗糖溶液漂浮法进行卵囊收集,然后提取虫卵的DNA,采用巢式PCR对贾第虫的β-giardin和tpi基因位点进行扩增、测序,建立了系统进化树并进行分析。结果显示,共检测到3株贾第虫分离株,其中HNSMX03分离株为新亚型,被命名为B15,HNSMX20分离株为蓝氏贾第虫的B14亚型和E型混合感染。HNSMX49分离株为蓝氏贾第虫A型。本研究是我国首次报道复齿鼯鼠感染贾第虫,新基因亚型B15的发现为进一步研究我国野生啮齿类动物的流行病学提供了一定的资料。     

四川省骆驼源隐孢子虫的分离与虫种鉴定

为调查四川省骆驼的隐孢子虫感染情况,采用蔗糖溶液漂浮法检测了成都动物园和雅安市碧峰峡野生动物园共6匹成年骆驼的新鲜粪便,通过巢式PCR扩增了阳性分离株的18SrRNA位点基因,并采用MLST方法测定了该分离株在MS1、MS2、MS3和MS16基因位点单元型;同时构建了系统发育树,鉴定了感染的隐孢子虫虫种及亚型类别。结果显示,2匹骆驼(CDBC01、SCBCO2)感染了隐孢子虫,18SrRNA序列与安氏隐孢子虫人源分离株(GenBank登录号KF271478)的相似率均为100%;经MLST分析,该2株亚型分别为A6、A5、A2、A1和A4、A4、A4、A1,与先前在骆驼与牛上的报道一致。本试验首次在四川省骆驼体内发现安氏隐孢子虫,并确定为2种隐孢子虫亚型。     

一株金丝猴源毕氏肠微孢子虫的基因鉴定

采用巢式PCR法鉴定1株来自成都动物园猴源毕氏肠微孢子虫分离株(CDR01)的基因型。通过饱和蔗糖溶液漂浮法收集孢子,提取DNA后经PCR扩增ITS、MS1、MS3、MS4和MS7基因,扩增产物经测序后进行同源性和系统发育分析。结果表明,CDR01分离株的ITS、MS1、MS3、MS4和MS7基因序列与人源分离株(Gen Bank登录号:AF101200)、K-88恒河猴源分离株(Gen Bank登录号:KF305606)、秦岭羚牛源分离株1-QY25(Gen Bank登录号:KR048567)、NY-22恒河猴源分离株(Gen Bank登录号:KF305616)、人源分离株6975(Gen Bank登录号:HQ615922)的同源性均为100%。基于ITS的种系发育结果显示,CDR01与参考序列KU194595位于同一分支,ITS基因型为D型。MS1、MS3、MS4和MS7基因形成了一个MLG基因型。本研究首次报道了四川省金丝猴感染微孢子虫D型,并且用MLST法确定了该分离株的基因亚型。     

广东首株犬源贾第虫的基因型鉴定

为了对广东首株犬源贾第虫进行分离鉴定,采用常规方法分离犬粪便中的贾第虫包囊,通过显微镜观察对其进行形态学鉴定,并以小亚基核糖体RNA(16SrRNA)基因和谷氨酸脱氢酶(gdh)基因作为遗传标记,采用PCR方法对其进行了扩增、克隆、序列测定和分析。将扩增序列与GenBank中登录的参考序列进行比对,并用DNAStar软件建立系统进化树,以确定该贾第虫的基因型。结果显示,显微镜观察的结果与所报道的蓝氏贾第虫的形态一致;PCR扩增产物经10g/L琼脂糖凝胶电泳检测,出现299和432bp的片段,与预期结果一致;16SrRNA基因的序列分析结果显示该犬源贾第虫的基因型为A型,对gdh基因序列的进一步分析显示该基因型为A1亚型。结果表明本次分离的犬源贾第虫属于蓝氏贾第虫人兽共患的基因型。关键词:犬;蓝氏贾第虫;基因型     

猫源蓝氏贾第虫HRM快速基因分型方法的建立

为建立一种蓝氏贾第虫的快速基因分型方法,选取β-贾第素(β-giardin)基因作为遗传标志,采用HRM技术对华南地区常见的猫源蓝氏贾第虫A型、F型进行基因分型。根据GenBank中登录的序列KJ027416.1(A型)和JX 275388(F型)设计了qPCR-HRM引物BGF和BGR,通过对反应温度和反应体系进行优化,建立了HRM基因分型方法,并对其稳定性、敏感性和准确性进行了检测。结果显示,HRM分型方法可对蓝氏贾第虫A型、F型以及混合感染情况进行检测;批内和批间重复性均良好;当样品质量浓度低至4.27×10-4 ng/μL时,HRM检测方法依然可以分辨出基因型;其准确性与测序结果完全一致。结果表明,建立的HRM基因分型方法具有快速、稳定、敏感和准确的特点,适用于猫源蓝氏贾第虫的临床检测和贾第虫病的分子流行病学调查。     

四川省圈养野猪源和小香猪源贾第虫及隐孢子虫的分离与鉴定

为调查四川省野猪源及小香猪源贾第虫和隐孢子虫感染情况,采集了326份圈养野猪和小香猪的新鲜粪便,提取基因组DNA,经巢式PCR扩增贾第虫β-giardin位点基因和隐孢子虫18S r RNA位点基因,鉴定阳性粪便贾第虫集聚体和隐孢子虫虫种。结果表明:11头野猪感染蓝氏贾第虫(10头感染集聚体E,1头感染集聚体A);2头小香猪感染蓝氏贾第虫集聚体E;3头野猪和3头小香猪均感染成猪隐孢子虫;未见贾第虫和隐孢子虫混合感染。本试验首次在国内报道了野猪和小香猪感染蓝氏贾第虫和隐孢子虫,并确定了2种蓝氏贾第虫集聚体和1种隐孢子虫虫种。     

十二指肠贾第虫γ贾第素和δ贾第素基因疫苗的构建及其免疫保护力的评价

为了评估贾第虫γ贾第素(γ-giardin)和δ贾第素(δ-giardin)的免疫原性及免疫保护力,构建了截短型真核表达质粒pcDNA3.1-γ-giardin、pcDNA3.1-δ-giardin和pcDNA3.1-γ-δ-giardin,并将这3种质粒肌肉注射到BALB/c小鼠体内,通过血清抗体测定、脾淋巴细胞增殖试验、淋巴细胞检测、细胞因子测定和攻虫试验评价疫苗的免疫保护力。结果显示,接种了这3种真核表达质粒的小鼠产生了特异性的体液和细胞反应,与对照组相比,Ig G和Ig G2a抗体水平显著提高,并且CD3~+CD4~+CD8~-和CD3~+CD8~+CD4~-T细胞百分比显著提高, pcDNA3.1-γ-giardin和pcDNA3.1-γ-δ-giardin免疫组的细胞因子IL-4和IFN-γ水平显著提高, pcDNA3.1-δ-giardin免疫组的IFN-γ水平显著提高。攻虫试验结果显示,接种pcDNA3.1-γ-giardin、pcDNA3.1-δ-giardin和pcDNA3.1-γ-δ-giardin基因疫苗的小鼠的减虫率分别为39.1%、26.1%和18.3%,单一DNA(γ-giardin或δ-giardin)质粒和多基因DNA(γ-δ-giardin)质粒均可以诱导小鼠产生一定的免疫保护力。     

十二指肠贾第虫γ贾第素基因的原核表达及其表达产物的亚细胞定位

为了对十二指肠贾第虫(简称贾第虫)γ贾第素(γ-giardin)进行原核表达及亚细胞定位,研究其生物学功能,提取贾第虫总RNA,反转录成cDNA,经PCR获得γ-giardin基因片段,克隆至原核表达载体pET-28a(+),构建重组表达质粒pET-28a-γ-giardin,再转化入大肠杆菌Rosseta(DE3)后,用IPTG诱导表达,表达蛋白经SDS-PAGE验证,并用切胶纯化法纯化。针对重组蛋白制备了多克隆抗体,并用ELISA测定其效价,Western-blot分析其免疫原性,并利用免疫荧光定位技术对γ-giardin进行定位。结果表明,成功构建了原核表达质粒pET-28a-γ-giardin。表达的重组蛋白的分子质量约为38 ku,且以包涵体形式存在,纯化后的重组蛋白的纯度高达90%以上。ELISA和Western-blot结果显示,γ-giardin抗体具有良好的抗原特异性与优异的抗原结合活性。免疫荧光定位结果表明γ-giardin主要位于贾第虫滋养体的腹吸盘。本研究为今后探讨贾第虫致病机制、临床诊断和治疗奠定了理论基础。     

猪源弓形虫的分离鉴定及基因型的研究

本研究的目的是分离鉴定江西省某猪场猪感染的弓形虫虫株并研究其多位点基因型。以江西省某猪场病死的后备母猪肺门淋巴结为材料,经触片、瑞氏染色,镜检可见弓形虫滋养体;将该阳性病料腹腔接种BALB/c小鼠,经连续传代分离得到弓形虫虫株(命名为TgPJX13),用基于B1基因的半巢式PCR方法对该分离虫株进行鉴定,得到弓形虫的特异条带。测序表明,TgPJX13株扩增片段序列与NCBI中的弓形虫B1基因序列完全一致。用PCR-RFLP方法在11个基因位点(其中SAG1、SAG2、SAG3、5′+3′SAG2、BTUB、GRA6、c22-8、c29-2、L358和PK1为核基因位点,Apico为顶质体基因位点)对TgPJX13虫株进行基因型鉴定,确定该虫株的基因型为ToxoDB#9。弓形虫TgPJX13株的成功分离和鉴定为进一步研究其毒力及生物学特性奠定了基础。     

山羊关节炎-脑炎病毒陕西分离株全基因组的克隆和序列分析

为了解山羊关节炎-脑炎病毒(CAEV)陕西分离株全基因组的特点及基因演化变化,根据Gen-Bank中登录的CAEV CO株的全基因组序列,设计合成了5对引物,对CAEV陕西株的全基因组进行了PCR扩增,并对扩增产物进行了克隆和测序。结果显示,CAEV陕西株的基因组全长为9 065nt,获得的GenBank登录号为GU120138,包括两端的长末端重复序列,结构蛋白编码基因gag、pol、env和调节蛋白编码基因tat和rev,以及辅助蛋白编码基因vif。核苷酸序列比对表明,CAEV陕西株和CAEV甘肃株的同源性为99.6%,与CAEV CO株的同源性为92.4%,根据全基因组序列和gag基因序列构建的遗传进化分析结果显示,CAEV陕西分离株属于SRLV B2亚型。     

新城疫病毒广西分离株F基因的克隆和序列分析

根据GenBank中登录的新城疫病毒(NDV)F基因序列设计了2 对引物,对从广西分离的10株NDV毒株的F基因进行了分段扩增和序列测定,其基因序列全长均为1 662 bp,编码553个氨基酸,均有6个潜在的糖基化位点。将其F基因的核苷酸序列及推导的氨基酸序列与已发表的10株NDV 参考株的F 基因序列进行了比较。结果表明,核苷酸序列的同源性为82.6% ~98.1%,氨基酸的同源性为87.7%~98.7%。这10株NDV广西分离株在裂解位点的氨基酸序列(112R R Q K/R R F117)与NDV强毒株特征相符合。系统发育树、酶切位点分析和基因分型结果表明,10 株NDV广西分离株中GX1/00、GX2/00、GX4/00、GX6/02、GX7/02、GX9/03、GX10/03和GX11/03为基因Ⅶd亚型,GX3/00和GX5/00为基因Ⅲ型。     

华南地区黑冠松鼠猴(Saimiri vanzolinii)弓形虫虫株的分离鉴定

采用基于弓形虫虫株529 bp重复序列的PCR方法对采集的病料进行弓形虫分子鉴定。将该弓形虫阳性病料匀浆接种于BALB/c小鼠腹腔,经连续传代分离获得弓形虫速殖子。同时,根据弓形虫B1基因的PCR方法对该分离虫株进行鉴定,扩增出弓形虫B1基因特异条带。测序结果表明,此虫株扩增片段基因序列与GenBank中的弓形虫B1(AF179871)基因序列完全一致。通过PCR-RFLP分型鉴定,所分离的SS弓形虫虫株与传统Ⅰ型RH株、Ⅱ型PRU株和Ⅲ型VEG株的酶切谱系均有所不同,同时与Chinese#1型也有所不同,其被判定为国内另一种独特基因型弓形虫虫株,这为国内乃至华南地区弓形虫基因库的建立收集了样本,也为下一步野生动物弓形虫检测和防控提供了依据。     

H9N2亚型猪流感病毒A/Swine/Shandong/1/02 分离株的基因序列分析

从有肺炎症状的病猪中分离到1株H9N2亚型猪流感病毒(SIV)A/Swine/Shndong/1/02,对其进行了全病毒基因序列分析.结果表明,该毒株8个基因片段的核苷酸序列均来自禽流感病毒(AIV),与我国目前家禽中流行的H9N2亚型AIV毒株具有很高的同源性,与A/Duck/Hong Kong/Y280/97(H9N2)的同源性为94.1%～98.9%,与A/Chicken/Beijing/1/94(H9N2)的同源性为94.5%～98.2%;推导的其血凝素(HA)裂解位点处的氨基酸序列为P-A-R-S-S-R,完全符合H9亚型AIV欧亚分支中的类A/Chicken/Beijing/1/94亚分支的特征;基因分析结果表明,该分离株的所有基因片段均来源于H9N2亚型AIV,它可直接感染猪,并导致发病,但它并未在猪体内发生重组.     

三株牛瑟氏泰勒虫P32表面蛋白基因的克隆与序列分析

为分析我国分离的3株牛瑟氏泰勒虫P32基因序列,根据GenBank上登录的牛瑟氏泰勒虫P32表面蛋白基因序列设计合成1对引物,用PCR方法分别扩增出牛瑟氏泰勒虫辽阳株、宁县株和汶川株的P32基因片段,并成功地将该基因纯化后克隆到pGEM-T Easy载体上,将经PCR鉴定和EcoR Ⅰ酶切鉴定为阳性的重组质粒进行测序.结果表明,克隆的这3株牛瑟氏泰勒虫P32基因片段长度均为875 bp,编码283个氨基酸.核苷酸同源性分析表明,该基因辽阳株与宁县株的同源性最高,为99.4%,汶川株与这2株的同源性分别是92.1%和91.9%,而我国辽阳株与日本株(AB016280)、俄罗斯株(AB016279)的同源性较高,分别为99.8%和99.6%.     

H9亚型禽流感病毒分离株A/Chick/Shandong/6/96的基因序列分析

对1株H9N2亚型禽流感病毒(AIV)A/Chick/Shndong/6/96(H9N2)进行了全病毒基因序列分析.结果表明,该毒株8个基因的核苷酸序列皆与1994年分离株A/Chicken/Beijing/l/94(H9N2)具有很高的同源性(96.0%-98.6%);推导其血凝素(HA)裂解位点处的氨基酸序列为A-R-S-S-R,完全符合H9 AIV欧亚分支中的类A/chicken/Beijing/1/94亚分支的特征;虽然其神经氨酸酶(NA)基因与A/Chicken/Beijing/l/94(H9N2)相比,出现了9个核苷酸的缺失,然而其同源性仍然较高,为97.3%;而与欧亚分支中的类A/Chicken/Korea/323/96和类A/Quail/HongKong/G1/97亚分支的同源性却相对较低,分别为92.0%和84.2%;其它基因的比较情况也大体相近.提示该毒株是由1994年分离株进化而来,在遗传演化上属于H9亚型流感病毒欧亚分支中的类A/Chicken/Beiing/l/94(H9N2)亚分支.     

猫源贾第虫16S rRNA与β-贾第素基因双位点的基因型鉴定

为了对流浪猫粪便中分离的贾第虫滋养体进行基因型鉴定,提取虫体基因组DNA,以16SrRNA和β-贾第素基因为遗传标记,通过PCR扩增、克隆、测序、NCBI比对以及相关软件分析,建立系统进化树,确定了其基因型。结果显示,成功扩增出291bp的16SrRNA和511bp的β-贾第素基因片段,测定了2个基因片段的序列,并经NCBI比对以及DNAStar中MegAlign软件分析确定该株贾第虫为十二指肠贾第虫F型。本研究首次对我国猫源贾第虫进行了基因型鉴定,为猫源贾第虫分子生物学和分子流行病学研究奠定了基础。     

传染性腔上囊病病毒HN01超强毒株VP2基因的克隆和序列分析

根据GenBank中登录的传染性腔上囊病病毒(IBDV)标准强毒株52-70株基因组序列,设计并合成了1对扩增IBDV VP2基因的特异性引物.以IBDV超强毒分离株HN01感染发病鸡腔上囊组织中提取的病毒RNA为模板,用RT-PCR扩增出了1.45 kb的cDNA产物,将扩增的IBDV HN01株VP2基因克隆于pMD 18-T载体上,获得了pMD 18-T-VP2重组质粒.将IBDV HN01株 VP2基因序列测定结果与已发表的其他IBDV毒株VP2基因序列进行分析比较,绘出系统进化树.结果表明,HN01株与欧洲超强毒株UK661、日本超强毒株OKYM、香港超强毒株HK46等非常相似,而与经典强毒株、弱毒株和变异株相差较大.     

广东鸽源禽Ⅰ型副黏病毒的分子生物学特征

为了解广东地区鸽源禽Ⅰ型副黏病毒的分子生物学特征,选择从该地区分离到的4株鸽源禽Ⅰ型副黏病毒(SD-55株、JM-11株、SZ-14株、ZQ-17株)进行了F基因的扩增及序列测定。结果表明,这4株病毒的F蛋白裂解位点均符合禽Ⅰ型副黏病毒强毒株裂解位点氨基酸序列的分子特征,与中国大陆鸽源APMV-1分离株Pigeon/YN-P1相比,相似率在95%以上。将其与GenBank中的18株鸽源禽Ⅰ型副黏病毒的相应序列进行比较分析,并绘制系统进化树,发现分离株SD-55株、JM-11株、SZ-14株位于以意大利分离株Pigeon/Italy/1166/00为代表的欧洲进化分支,而ZQ-17株位于以美国分离株Pigeon/U.S.(TX)/98为代表的美洲进化分支,经鉴定以上4株病毒均为基因Ⅵb1型禽Ⅰ型副黏病毒。     

黑龙江尚志地区莱姆病伯氏疏螺旋体的鉴定与遗传进化分析

自我国黑龙江省尚志市野外采集的蜱体内分离出1株莱姆病伯氏疏螺旋体,并对其进行了形态观察及分子生物学分析。利用BSK H分离培养法,经暗视野显微镜和姬姆萨染色观察,菌体呈螺旋状。根据已报道的伯氏疏螺旋体16S rRNA基因序列设计引物,结合参考文献设计的外膜蛋白A(OspA)基因引物经PCR扩增并测序,与GenBank中的各种伯氏疏螺旋体基因型建立系统发生树并进行同源性分析。结果表明,16S rRNA基因核苷酸序列与GenBank中的伽氏疏螺旋体(Borrelia garinii)DK27(X85193)具有较高的同源性,可达99.5%;OspA基因核苷酸序列与报道的Borrelia gariniiKhab(AY502600)有较高的同源性,为93.6%。根据序列分析结果,认为该分离株属于Borrelia garinii基因型,命名为SZ,该菌株16SrRNA基因和OspA基因核酸序列已提交到GenBank(登录号分别为HM007279和HM007278)。     

H7N2禽流感病毒分离株血凝素蛋白全基因的序列分析

为进一步分析H7N2禽流感病毒(AIV)分离株血凝素(HA)基因的特性,参照已发表序列设计了1对引物,采用RT-PCR获得了1条约1.7 kb的DNA片段,测序后进行了同源性比较、HA基因系统发育进化树分析和氨基酸编码分析。结果表明,所测的2个分离株的HA基因全长1 664 bp,编码除信号肽以外的HA蛋白的全部544个氨基酸,其中包括HA1的323个氨基酸,HA2的221个氨基酸。2个分离株HA基因核苷酸序列的同源性为99.4%;与GenBank中AIV标准株A/Afri.Star./Eng-Q/983/79(H7N1)的同源性最高,分别为99.4%和99.0%;与美国A/Chicken/NewYork/13142-5/94(H7N2)株同源性很低(仅65.0%),而与以色列、意大利H7N2AIV的同源性较高(为96%~97%);2个分离株在HA基因进化树中均处于H7亚型AIV的欧亚群系分支内。推导氨基酸的序列分析表明,其HA蛋白裂解位点的氨基酸序列为-GR-GLF-,仅包含1个碱性氨基酸(R-)残基,符合低致病力AIV的基因特征。