新城疫病毒广西分离株F基因的克隆和序列分析

根据GenBank中登录的新城疫病毒(NDV)F基因序列设计了2 对引物,对从广西分离的10株NDV毒株的F基因进行了分段扩增和序列测定,其基因序列全长均为1 662 bp,编码553个氨基酸,均有6个潜在的糖基化位点。将其F基因的核苷酸序列及推导的氨基酸序列与已发表的10株NDV 参考株的F 基因序列进行了比较。结果表明,核苷酸序列的同源性为82.6% ~98.1%,氨基酸的同源性为87.7%~98.7%。这10株NDV广西分离株在裂解位点的氨基酸序列(112R R Q K/R R F117)与NDV强毒株特征相符合。系统发育树、酶切位点分析和基因分型结果表明,10 株NDV广西分离株中GX1/00、GX2/00、GX4/00、GX6/02、GX7/02、GX9/03、GX10/03和GX11/03为基因Ⅶd亚型,GX3/00和GX5/00为基因Ⅲ型。     

黑龙江省和河北省鸡新城疫病毒分离株的遗传变异分析

利用 RT PCR 技术扩增出了 4 株 NDV 分离株(HeB 4 99, HeB 5 99、HeB 6 02 和HLJ 10 02)F基因539 bp的片段,将该片段克隆到 pMD 18 T载体上。经酶切分析、质粒 PCR鉴定及核苷酸序列测定,成功获得了4株 NDV分离株 F基因部分片段的重组质粒。同源性分析显示,4株分离毒株的核苷酸序列具有 95.9%~100%的同源性,与 LaSota的核苷酸序列同源性为81.0%~81.8%,与F48E9的核苷酸序列同源性达85.8%~89.3%。推导氨基酸序列分析表明,4个毒株F蛋白的裂解位点氨基酸组成为112RRQKRF117,具有强毒株裂解位点氨基酸组成特点,与ICPI和MDT测定结果相吻合。73株NDV毒株的系统发育进化树分析表明,HeB 4 99、HeB 5 99、HeB 6 02和HLJ 10 02均归属于基因Ⅶ型。     

表达EGFP蛋白新型重组新城疫病毒疫苗载体的构建

为构建新型新城疫病毒(NDV)载体疫苗,前期我们将La Sota全长c DNA中的F基因编码区替换为基因Ⅶ型NDV的F基因编码区,并将其裂解位点突变为弱毒株的序列,构建获得了p NDFLSP-m F重组质粒。为探索p NDFLSP-m F是否能够作为载体有效地表达外源蛋白,在p NDFLSP-m F的P基因与M基因之间引入PmeⅠ酶切位点,并将EGFP基因编码区克隆至构建好的p NDFLSP-m F载体中,构建含有EGFP基因的重组质粒p NDFLSP-m F-EGFP。将p NDFLSP-m F-EGFP以及辅助质粒p CI-NP-K、p CI-P-K、p CI-LK共转染表达T7 RNA聚合酶的重组痘病毒预感染的BSR-T7/5细胞,拯救获得了重组病毒La Sota-m FEGFP。通过RT-PCR证明,被拯救的重组病毒中含有插入的外源基因EGFP。荧光观察和Western-blot分析结果表明,EGFP蛋白能在重组病毒中稳定表达。生物学特性测定结果显示,La Sota-m F-EGFP具有低毒力毒株特征,MDT为144 h,能够在鸡胚上有效地复制,EID50为1×108.75/0.1 m L。上述研究结果为研制和开发新型NDV载体疫苗奠定了基础。     

一株洞庭湖候鸟新城疫病毒的分离鉴定及基因组特征分析

为监测湖南省洞庭湖候鸟携带新城疫病毒的现状,本研究于2014年春季在湖南洞庭湖畔采集了150份候鸟粪便样品。经SPF鸡胚分离纯化和RT-PCR鉴定,获得1株新城疫病毒,命名为Swan/Hunan/123/2014(HuN,GenBank登录号:KT894018)。利用RT-PCR方法扩增了HuN株全基因组,并进行基因组序列测定。序列分析表明,HuN株基因组长度为15 186bp,编码的F蛋白裂解位点的氨基酸序列为112 GK-Q-G-R-L117,符合新城疫经典弱毒株的分子特征。F基因相似性分析显示,其核苷酸序列与Queensland V4疫苗株、La Sota疫苗株和ZJ1毒株的同源率分别为99.8%、90.4%、81.3%。对HuN株的F基因、HN基因和全基因组遗传进化分析结果均显示,此毒株与Queensland V4株聚为一类,属于副黏病毒血清1型中的ClassⅡ类基因Ⅰ型新城疫病毒。     

野鸭源H3N8亚型禽流感病毒的系统进化和分子遗传特征分析

为了解在江苏某湿地野生水禽中分离到的1株禽流感病毒的来源、流行特点、进化和分子遗传特征,将采集的野生水禽粪便经处理后,使用A型禽流感通用荧光RT-PCR检测,阳性样品接种10日龄SPF鸡胚,收取接种后第24~96小时的尿囊液,进行血凝试验,随后对其进行全基因测序和遗传进化分析。结果显示,该毒株为H3N8亚型禽流感病毒,命名为A/Mallard/Xuyi/14/2015(H3N8)。HA蛋白的裂解位点氨基酸序列为PEKQTR↓GLF,无连续碱性氨基酸插入,符合典型低致病性禽流感病毒的特征;HA与NA的糖基化位点没有发生突变;NA耐药性氨基酸位点出现突变位点;PB2蛋白第627和701位氨基酸分别为谷氨酸(Glu)和天冬氨酸(Asn),是禽源流感病毒的特征性氨基酸。在Gen Bank中对该毒株进行序列比对分析,结果显示,与所测基因片段同源性最高的10株毒株基本位于我国东部候鸟迁徙路线上。结果表明,A/Mallard/Xuyi/14/2015(H3N8)株为从江苏分离的低致病性禽流感病毒,基因主要来源于我国东部候鸟迁徙路线上的禽流感病毒。     

免疫鸽群中2株新城疫病毒的分离鉴定及遗传进化分析

为了研究目前免疫鸽群中新城疫病毒(NDV)感染发病的原因,对2011年从江苏省和湖南省2个免疫过的发病鸽场分离到的2株鸽源NDV进行了生物学特性的测定以及遗传进化分析,并将其与疫苗株La Sota进行交叉中和试验。结果显示,NT-10株为强毒株,HuN株为中等毒力。对其F基因的遗传进化分析表明,二者均为Ⅵb亚型NDV,均为强毒裂解位点,F蛋白上有3个区别于其他基因型的特征性氨基酸位点,即132S,259H,380N。中和试验结果表明,2个NDV分离株与La Sota的抗原性差异很大。结果表明,Ⅵb亚型仍然是鸽群中新城疫病毒的主要流行株,该亚型具有明显的宿主感染特异性;鸽源Ⅵb亚型NDV分离株与La Sota的抗原性差异较大,这可能是免疫鸽群中发生NDV感染的重要原因之一,有必要研制用于预防鸽群中Ⅵb亚型NDV感染的新型疫苗。     

基因Ⅶ型新城疫病毒HN蛋白茎区居间序列突变株的拯救及其生物学特性的分析

为了探究新城疫病毒(NDV)HN蛋白茎区居间序列氨基酸突变对其蛋白及病毒生物学特性的影响,利用overlapping PCR分别扩增包含E91A和S92A突变的HN基因,并将突变引入真核表达质粒pCAGGS及NDV全长cDNA中。通过红细胞吸附试验、神经氨酸酶试验等分析突变对蛋白功能的影响;并通过反向遗传操作技术拯救突变病毒,分析突变对病毒生物学特性的影响。结果显示,E91A突变能显著增强HN蛋白的红细胞吸附活性,同时显著降低神经氨酸酶活性;而S92A突变则导致蛋白的红细胞吸附活性及促融合功能显著下降;并且2个突变均会显著削弱病毒的复制能力,在一定程度上降低病毒毒力,影响其组织嗜性。研究结果表明,HN茎区居间序列的E91和S92氨基酸突变对蛋白及病毒的生物学特性具有重要影响,可作为减毒疫苗株改造及小分子药物设计的靶标位点。     

赛鸽新城疫病毒南京分离株的生物学特性及其F和HN基因的分析

从南京市某赛鸽公棚发病鸽脑组织中分离到1株鸽新城疫病毒,命名为Pi/NJ/CH/4416/2016(简称ND4416)。各项生物学特性试验结果表明,该分离株为鸽新城疫强毒,对鸽具有高致病性,对鸡的致病性相对较低。经RT-PCR扩增、测序得到分离株的F基因和HN基因序列。F基因分析表明,其裂解位点的氨基酸序列为~(112)R-R-Q-K-R-F117,是典型的强毒株共有序列。F、HN基因遗传进化分析发现,本次分离株的基因型为Class II,VIb亚型,且与目前国内流行株属于同一遗传分支,这些毒株与比利时流行株PPMV-1/Belgium/11-09620/2011(JX901124.1)的亲缘关系相近,推测近年国内流行毒株可能来源于比利时。本次分离毒株与弱毒疫苗株La Sota(AF077761.1)的遗传距离较远。生物信息学分析显示,该鸽源分离株HN蛋白第491~500位的一个线性抗原表位发生了改变,血清学试验也显示本毒株与La Sota疫苗株的抗原性差异明显,在一定程度上说明该鸽源毒株已经发生了抗原性变异。     

猪伪狂犬病病毒流行毒株gC基因的分子特征及其对小鼠的毒力试验

为了阐明猪伪狂犬病病毒(PRV)流行毒株gC基因的分子特征及其对小鼠的毒力,对来自不同年代分离的6株PRV流行毒株进行了gC基因分子变异特征分析,通过接种BALB/c小鼠检验毒株的毒力。对临床病例分离的6株PRV和30个Gen Bank下载的gC基因序列进行分析表明,这6株PRV与2012年以后流行的毒力增强的变异毒株处于同一分支;这些毒株的氨基酸同源性为98.7%~100%,而与经典的PRV-SC毒株的氨基酸同源性仅为93.2%~94.0%。PRV毒株g C蛋白第52~70位氨基酸为高变区,尤其第64~70位出现7个氨基酸(AAASTPA)插入。对gC蛋白糖基化位点分析表明,PRV变异毒株较经典毒株增加了6个O-连接糖基化位点,且gC蛋白B细胞表位出现3处突变,分别为P69R、P80Q和N83G。gC蛋白上硫酸乙酰肝素结合域(HBD)出现2处突变,分别为HBD1第5位氨基酸由经典毒株的P突变为Q,HBD3的第3位氨基酸由Y突变为C。用分离的6株PRV接种BALB/c小鼠试验显示,PRV-HRB和PRV-SH毒株半数致死量(LD50)均为1×10~(3.21)/mL,PRV-DL、PRV-JL及PRV-GZL的LD50为1×10~(3.75)/mL,PRV-JF的LD50为1×10~(4.32)/mL。上述结果阐明了PRV流行毒株g C基因的分子特征及其对小鼠的毒力,为该病毒的致病机制研究提供了科学依据。     

一株鸵鸟源新城疫病毒的分离及其分子生物学特性

从2005年山东省某鸵鸟饲养场发病鸵鸟分离出1株新城疫病毒,命名为SD01,采用一步法RT-PCR扩增了该分离株F基因的重要功能区片段(535 bp),并将其克隆到pMD18-T载体中,进行序列测定,研究了其分子生物学特性。序列分析结果表明,该分离株F基因裂解位点的氨基酸组成与NDV强毒株的特征性结构一致(112R-R-Q-K-R-F117);遗传进化分析表明,该分离株在分类地位上属于基因Ⅶd型,与目前报道的鸵鸟源和其他禽类NDV毒株基因型一样,说明目前我国流行的仍然是NDV基因Ⅶ型。提示,对于鸵鸟新城疫的防治,除进行疫苗免疫之外,采取生物安全措施也是非常重要的。     

广东鸽源禽Ⅰ型副黏病毒的分子生物学特征

为了解广东地区鸽源禽Ⅰ型副黏病毒的分子生物学特征,选择从该地区分离到的4株鸽源禽Ⅰ型副黏病毒(SD-55株、JM-11株、SZ-14株、ZQ-17株)进行了F基因的扩增及序列测定。结果表明,这4株病毒的F蛋白裂解位点均符合禽Ⅰ型副黏病毒强毒株裂解位点氨基酸序列的分子特征,与中国大陆鸽源APMV-1分离株Pigeon/YN-P1相比,相似率在95%以上。将其与GenBank中的18株鸽源禽Ⅰ型副黏病毒的相应序列进行比较分析,并绘制系统进化树,发现分离株SD-55株、JM-11株、SZ-14株位于以意大利分离株Pigeon/Italy/1166/00为代表的欧洲进化分支,而ZQ-17株位于以美国分离株Pigeon/U.S.(TX)/98为代表的美洲进化分支,经鉴定以上4株病毒均为基因Ⅵb1型禽Ⅰ型副黏病毒。     

新城疫病毒广东分离株HN基因的克隆与序列分析

用RT PCR方法从6个新城疫病毒(NDV)广东分离株中扩增HN基因cDNA片段,并将其克隆至pGEM T Easy载体进行核苷酸序列测定。结果表明,6个NDV分离株 HN基因片段长度均为1 704 bp,编码568个氨基酸;彼此间核苷酸和氨基酸同源性分别为 96.0%~99.8%和98.6%~100%,与其他基因Ⅶ型毒株的氨基酸序列同源性为 96.8%~98.4%;但与其他基因型毒株如D26、Ulster/67、B1、LaSota以及GB Texas的氨基酸同源性较低,为88.2%~91.0%。     

H9N2亚型禽流感病毒华东分离株的生物学特性及遗传进化分析

对从华东地区分离的6株鸡源H9N2亚型禽流感病毒进行了生物学特性及血凝素(HA)基因和神经氨酸酶(NA)基因的分子遗传进化分析.发现这6株病毒对SPF鸡无致病性,IVPI均为0,可被单克隆抗体4E7分为2个亚群.序列分析表明,这6株病毒的HA基因裂解位点处的氨基酸序列均为RSSR↓GLF,Ck/HD/16/07和Ck/HD/112/05的潜在糖基化位点与其他4株不一致;NA基因为N2亚型,其中4个毒株的茎部缺失3个氨基酸,而另2个毒株无缺失.     

一株新的鸽源基因Ⅵ型新城疫病毒的分离鉴定

从进口鸽中分离到1株鸽Ⅰ型副黏病毒,经测定,其鸡胚平均死亡时间(MDT)为59．2 h,鸡脑内接种致病指数(ICPI)为1．92,属于速发型新城疫病毒。通过RT-PCR,扩增出了该分离毒株F基因的重要功能区片段,经测序分析,其裂解位点的氨基酸序列为112RRQKR117F,符合新城疫强毒裂解位点特征。用blastn和blastx分别搜索GenBank的核酸和蛋白数据库,发现它与2株鸽Ⅰ型副黏病毒具有99％的同源性,系统发育进化树分析为基因Ⅵ型。表明,该病毒为1株新的强毒力鸽源基因Ⅵ型新城疫病毒。     

ClassⅠ新城疫病毒强毒株主要结构蛋白特异性抗体的研制

以新城疫病毒(NDV)ClassⅠ强毒分离株9a5b尿囊液、原核表达的NP、P、M、HN、F五种蛋白为免疫原,接种6周龄BALB/c小鼠制备抗体,用血凝抑制试验(HI)、间接免疫荧光试验(IFA)、细胞中和试验、酶联免疫吸附试验(ELISA)和Western-blot方法共同检测所获得的各类抗体。结果显示,成功制备获得了NDV各结构蛋白多抗及12株NDV特异性单抗。免疫特性鉴定结果表明,在获得的12株单抗中,3H7和3H9株单抗为抗ClassⅠHN特异性单抗,仅具有IFA和HI效价,而2A8株单抗却无HI效价;其他单抗均与ClassⅡ毒株存在交叉反应。     

旋毛虫半胱氨酸蛋白酶基因TsCP1的克隆与序列分析

为了研究旋毛虫半胱氨酸蛋白酶的功能,根据GenBank中旋毛虫EST数据库的半胱氨酸蛋白酶基因部分cDNA序列设计引物,以旋毛虫肌幼虫总RNA为模板,进行RT-PCR,克隆到旋毛虫半胱氨酸蛋白酶基因(TsCP1)的完整开放阅读框序列,利用生物信息学软件对其进行预测分析。结果表明,TsCP1cD-NA序列含有一个由1 101个核苷酸组成的开放阅读框,编码由366个氨基酸残基组成的多肽,蛋白质的分子质量理论值为41.9ku,理论等电点为7.46。TsCP1二级结构中α螺旋占31.4%,β折叠占15.3%。TsCP1第1～19位氨基酸残基为信号肽序列,具有3处N-糖基化位点,而且具有半胱氨酸蛋白酶的保守活性位点Cys173,His309及Asn333残基,另外在酶前体序列中有与组织蛋白酶F特征基序ERFNAQ相似的LKFNAQ序列,表明该蛋白属于半胱氨酸蛋白酶家族的组织蛋白酶F亚类。同源性分析表明与其他寄生性蠕虫组织蛋白酶F的一致性在40%以上,系统进化分析表明与吸虫的组织蛋白酶F属于不同的进化分支。     

鸡传染性支气管炎病毒SY毒株生物学特性及其S1基因分子遗传变异分析

通过生物学特性研究 ,验证了分离自沈阳地区的SY毒株确实为 1株鸡传染性支气管炎病毒。病毒中和试验表明 ,SY血清型不同于参考毒株T、H52 、M41及国内其他流行株如HD、XB、DB等 ;S1基因序列分析表明 ,SY核苷酸序列及推导的氨基酸序列与参考毒株Beau、M41、H12 0 、N1 62、Gray、6/ 82和Ark99等毒株的同源率都低于 80 % ,进化关系与各参考毒株也相距甚远 ,糖基化位点出现 3个新位点 ,氨基酸疏水性区域也存在差异。     

四株广东鸽源新城疫病毒的生物学特性

采用RT-PCR方法从广东省分离的4株鸽新城疫病毒中扩增出F和HN基因片段,并对其进行克隆及序列分析,另外对该4株分离株进行了致病指数的测定。结果发现,分离株NDV/GD-1的静脉接种致病指数为1.84,脑内接种致病指数为1.287 5,鸡胚平均死亡时间为78h;NDV/GD-2的静脉接种致病指数为1.55,脑内接种致病指数为1.162 5,鸡胚平均死亡时间为138h;NDV/GD-3的静脉接种致病指数为0.44,脑内接种致病指数为1.35,鸡胚平均死亡时间为126h;NDV/GD-4的静脉接种致病指数为2.51,脑内接种致病指数为1.35,鸡胚平均死亡时间为84h;分离株NDV/GD-2属于基因Ⅱ型;NDV/GD-4属于基因Ⅶd型,与广西株Gxp40亲缘关系最近;NDV/GD-1、NDV/GD-3均属于基因Ⅵ型,与云南分离株Pigeon/China/YN亲缘关系最近;比较分离株与流行的新城疫基因Ⅶ型毒株的F全基因序列以及分离株与常用疫苗株的F、HN全基因序列,发现核苷酸和氨基酸差异较大,证实这4株分离株的生物学特性均有不同程度的差异。     

新城疫病毒分子结构与致病性关系的研究进展

新城疫病毒(NDV)自Doylc(1927)发现以来,全世界已分离到致病性不同的NDV株达数十种之多。但由于该病毒不存在先天性控制病毒致病性基因,而且各种致病性(强毒、中等毒力和弱毒株)的NDV都含有同一的基因组(单股负链RNA)和相同的结构蛋白组份。近年来,国外对NDV分子结构与NDV致病性关系的研究,揭示了不同致病性株在分子结构上的差异,特别是对F糖蛋白的裂解活化性的差异与致病性关系的认识,使人们对不同致病性NDV的结构基础有了本质的认识。并为不同致病性NDV株的鉴定技术及新型疫苗的研制奠定了基础。     

新城疫病毒强弱毒株LAMP鉴别检测方法的建立

根据新城疫病毒(NDV)融合基因(F基因)的8个区域设计能区分强、弱毒株的3套特异性引物,以样品的cDNA为模板,利用Bst DNA聚合酶,在62℃恒温下进行扩增,扩增产物中加入SYBR GreenⅠ染料直接或在紫外光下观察判定结果,建立了能鉴别检测NDV强、弱毒株的环介导等温扩增方法。该方法可区别不同基因型的NDV强、弱毒株,而对常见鸡源病毒均无扩增反应。该方法对NDV RNA的最小检测限为0.01pg,灵敏度是常规RT-PCR方法的100倍。该方法无需特殊仪器,只需在常规水浴锅中进行,是一种适于基层的简便、灵敏、快速的NDV强、弱毒株鉴别检测方法。