联合应用线粒体SNP和线粒体DNA高变区测序排除同一母系鉴定1例

1 案 例 1.1 简要案情 因申报户口需要,养父母携养女来本所,要求对养父母与养女之间是否存在亲生血缘关系进行鉴定.鉴于养父母各有一个姐姐,还要求对养父母与养女是否来源于同一母系进行鉴定.     

应用HID Ion GeneStudioTM S5测序系统探讨毛干样本线粒体DNA异质性

目的应用HID Ion GeneStudio^TM S5测序系统对毛干样本线粒体全基因组分型结果的异质性进行探讨。方法采集8名无关个体的口腔拭子、血液及同一个体不同部位毛干样本,使用Precision ID mtDNA Whole Genome Panel对线粒体全基因组进行扩增,应用HID Ion GeneStudio^TM S5测序系统对线粒体全基因组进行分析检测。结果2名个体的颞部毛干样本线粒体DNA出现异质性,其余6名无关个体的口腔拭子、血液及不同部位毛干样本的线粒体全基因组分型结果均一致。8名无关个体共观察到119个碱基变异,个体的变异位点数目分别为29、40、38、35、13、36、40和35。结论应用HID Ion GeneStudio^TM S5测序系统可全面了解序列多态性。     

基于二代测序平台的微单倍型位点的分型研究

目的 建立基于二代测序平台的微单倍型分型方案,调查其在中国南方汉族人群中的多态性,探讨其法医学应用价值.方法 以20个微单倍型位点为研究对象,利用多重PCR构建靶向扩增子文库,以二代测序为检测手段,采用生物信息学方法 构建个体微单倍型,最后进行多态性分析.结果 总体测序量为2.12G,覆盖所有片段,平均覆盖深度为335...     

潍坊地区11个mtSNP位点单倍型频率调查

本研究采用Vallone等报道的用等位基因特异引物延伸技术建立的11个线粒体SNP位点（mtSNP）复合检测方法，对潍坊地区的11个mtSNP位点频率进行了调查。现报道如下。 1 材料与方法     

H19基因上游差异性甲基化区SNPs多态性研究

目的获得H19基因上游差异性甲基化区中SNPs的群体遗传学信息。方法采用PCR和测序技术,对105例中国北方汉族健康无关个体H19上游启动子区检测;使用Haploview 4.1和PowerStats V12软件进行统计学分析。选用甲基化敏感的限制内切酶(msRE)HpaⅡ,检测5个家系样本H19等位基因的亲代来源。结果测序结果显示,H19启动子区含有13个SNPs,组成5种单倍型,13种单倍型组合,其个体识别能力为0.856、多态性信息含量为0.67、非父排除率为0.498。经msRE HpaⅡ消化母源等位基因后,进行PCR及测序分析,检测出父源等位基因,排除1例和肯定4例家系的亲缘关系。结论 DNA甲基化标记和SNPs多态性检测,可同时进行多态性分型并确定等位基因的亲代来源,具有较高的法医学应用价值。     

微单倍型遗传标记在法医物证检验中的应用

目的 基于二代测序平台对生物检材的微单倍型遗传标记进行检验,并探讨微单倍型遗传标记在法医物证学中的应用价值。方法 使用MHseq Typer47微单倍型试剂制备文库,MiSeq FGx平台进行测序,MHTyper微单倍型数据分析软件进行数据分析。结果 47个微单倍型位点经二代测序全部检出,灵敏度达60 pg,1:19的混合样品可以准确拆分,法医物证检材的检验结果良好。结论 微单倍型遗传标记在法医物证检验中具有较高的应用价值。     

线粒体DNA编码区的多态性

目的研究线粒体DNA(mtDNA)编码区单核苷酸多态性,建立mtDNA编码区多态性在法庭科学中应用的理论基础。方法针对mtDNA编码区nt8162-8483以及nt13070-13299两段序列设计引物,应用直接测序技术研究其多态性。结果两对引物扩增片段长分别为322bp和230bp,共检测到21种变异,24种单倍型,基因多样性为0.7511,两个无关个体的偶合概率为0.2564。结论线粒体DNA编码区多态性位点作为线粒体DNA控制区多态性位点的补充,联合应用可以提高线粒体DNA在法医学应用中的个体识别能力。     

焦磷酸测序技术分析单核苷酸多态性在法医学中的应用

单核苷酸多态性（SNP）是新一代的法医学遗传标记,有望成为法医实践中解决高度降解检材及特殊案件DNA鉴定的重要工具。近年来涌现出许多高通量的SNP分析方法,如引物延伸结合时间飞行质谱分析法、微测序法、SNP lex以及焦磷酸测序法等。本文重点对焦磷酸测序技术的原理、步骤及其在法医学中的应用进展进行简要的综述。     

甘肃东乡族人群15个STR基因座遗传多态性

正采用AmpFlSTRSinofiler PCR扩增试剂盒,对164例甘肃省临夏市东乡族无关个体进行15个STR基因座的遗传多态性调查,获取了相关的群体遗传学信息,为该地区东乡族人群法医学个体识别和亲权鉴定提供基础数据。1材料与方法164例甘肃省临夏市东乡族无关个体FTA卡血样,其中男性135例,女性29例,全部来自日常案件。采用AmpFlSTRSinofiler PCR扩增试剂盒(美国AB     

16个线粒体DNASNP复合检测体系的建立

目的建立一种复合检测线粒体DNA（mtDNA）单核苷酸多态性（SNP）分型的方法。方法通过设计等位基因特异性引物并结合毛细管电泳分型技术平台,建立包含16个mtDNASNP位点的复合扩增检测体系。对50名汉族无关个体血样进行mtDNASNP检测,并通过直接测序法对其分型结果进行验证。结果50个样本经本检测体系复合扩增后,均得到清晰的SNP分型结果,当模板量在0．5～10pg时能得到较理想的分型图谱。样本的复合检测结果与直接测序法结果完全一致。结论建立的复合检测体系检测mtDNASNP方法灵敏度高、操作简便、分型准确,为针对mtDNA进行简便、有效的中高通量多态性分型提供了一种新方法。     

5个miniSTR基因座遗传多态性及其在降解检材中的应用

STR遗传标记已广泛运用于法医学领域的个人识别及亲子鉴定.常规STR分型试剂盒主要适用于片段长度为100～450bp长度的DNA,对于DNA大部分已经断裂的严重降解的样品,常常不能得到理想的分型结果.     

AS-PCR技术检测20个mtDNA SNP位点及单倍型频率

目的基于等位基因特异性PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)技术,建立一种三色荧光标记复合扩增检测线粒体DNA(mtDNA)SNP的方法。方法基于AS-PCR原理,选择20个mtDNA编码区SNP位点,分为两组,分别标记FAM和HEX荧光,每个位点设计具有长度差异的两条上游(下游)等位基因特异性引物以及一条下游(上游)通用引物。结合AS-PCR技术和毛细管电泳,检测200份无关个体血样。各位点随机选取至少3个样本进行直接测序验证,并进行单倍型频率调查。结果 200份血样均得到清晰分型,各位点的检测结果与直接测序结果完全一致。10μL体系下,DNA最低检测浓度为0.2pg,当模板量为0.5~5 pg时能得到较为理想的分型图谱。在200名无关个体中,共分出15种单倍型,单倍型多样性为0.906 0。结论 AS-PCR技术是一种简单、快速且有效的mtDNA SNP分型方法,适用于法庭科学检验的需求。     

济南汉族群体5个Y-SNP位点的多态性分析

目的 探讨济南汉族群体5个Y-SNP位点的多态性并评价其在法医学中的应用.方法 采用片段长度差异等位基因特异性PCR(fragment length difference allele specific PCR,FLDAS-PCR)对济南汉族群体共103名男性无关个体5个Y-SNP标记(M89、M9、M122、M134...     

人类酪氨酸羟化酶基因SNP多态性与精神疾病的相关性

目的通过调查人类酪氨酸羟化酶（tyrosine hydroxylase,TH）基因的部分SNP在正常及疾病群体中的分布,探讨TH基因与精神疾病的相关性。方法采用DNA测序和实时荧光定量PCR技术,选择正常人、精神分裂症患者、抑郁症患者群体及部分精神分裂症患者家系的DNA为样本,对TH基因外显子3中的G334A和内含子9中的C5162G两个SNP位点进行分析。结果（1）G334A位点G和A的等位基因频率分布分别为：正常人群0.214和0.786;精神分裂症群体0.133和0.867;抑郁症群体0.116和0.884。（2）C5162G位点C和G的等位基因频率分布分别为：正常人群0.961和0.039;精神分裂症群体0.962和0.038;抑郁症群体0.959和0.041。结论G334A基因频率的分布在正常人群与精神分裂症和忧郁症群体之间的差别均有统计学意义,而C5162G基因频率的分布无统计学意义。     

窖蛋白基因变异及多态性与不明原因猝死的相关性CSCD

目的寻求窖蛋白(caveolin,CAV)基因变异位点,探讨其与不明原因猝死(sudden unexplained death,SUD)的相关性。方法收集SUD组(71例)、冠状动脉疾病(coronary artery disease,CAD)组(62例)和对照组(60例)血样,分别提取基因组DNA,采用PCR方法扩增CAV1与CAV3基因编码区及外显子-内含子拼接区,进行直接测序,以明确CAV基因的遗传变异类型,并进行统计学分析。结果在SUD组中共检测到4个可能有意义的变异位点,其中2个为新发现的突变位点,分别为CAV1:c.45C>T(T15T)和CAV1:c.512G>A(R171H);2个为SNP位点,分别为CAV1:c.246C>T(rs35242077)和CAV3:c.99C>T(rs1008642),且这两个SNP位点的基因型频率和等位基因频率在SUD组与对照组中差异具有统计学意义(P<0.05),在CAD组中均未发现上述变异位点。结论部分SUD可能与CAV1和CAV3基因变异存在一定相关性。     

荧光定量PCR技术研究线粒体DNA nt16519单核苷酸多态性

目的应用荧光定量PCR技术,建立mtDNA nt16519位点的PCR分型方法。方法应用Primer Express3．0软件,设计1对Taqman MGB探针和1埘扩增引物,在探针的5’端分别标记FAM和VIC报告荧光,应用7500荧光定量PCR和直接测序两种方法,分别榆测62份血样和18份毛发样本的mtDNA nt16519单核苷酸多态性,比较二种方法结果的一致性。结果62份血样和18份毛发样本均得到了可靠的mtDNA nt16519分型结果。结论建立的荧光定量PCR的分型方法操作简单、结果准确,适用于法医DNA检案。     

中国回族人群SNP rs445251和rs1523537遗传多态性

由于单核苷酸（single nucleotide polymorphisms,SNP）具有广泛存在于基因组中,突变率低及扩增产物长度可小于100bp等优点,是法医实践中亲子鉴定和个人识别的重要遗传标记,也适合于高度降解检材的检测。     

中国北方汉族群体TPH2基因5′和3′端SNP位点遗传多态性

目的调查中国北方汉族群体TPH2基因5′和3′端SNP位点遗传多态性并探讨其法医学应用价值。方法测序分析244例中国北方健康无关个体TPH2基因5′端905 bp和3′端1 104 bp两个靶片段的序列特征和6个SNP位点(rs4570625、rs11178997、rs11178998、rs41317118、rs17110747和rs41317114)的遗传多态性,应用Haploview v4.2软件进行统计分析。结果 244例中国北方汉族个体6个SNP位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律,在92922位点检测到1例C/T变异,TPH2基因5′端3个SNP位点(rs4570625、rs11178997和rs11178998)和3′端3个SNP位点(rs41317118、rs17110747和rs41317114)分别显示出高度连锁不平衡,获得了TPH2基因6个SNP位点的群体遗传学参数。结论中国北方汉族群体TPH2基因5′和3′端序列呈现出高度遗传多态性,可作为相关疾病关联分析的遗传学指标,同时可用于个体识别和亲权鉴定。     

广东地区汉族人群VEGF基因5′端SNP位点遗传多态性

目的调查广东地区汉族人群VEGF基因5′端SNP位点的遗传多态性,为法医学应用及群体遗传学研究提供基础数据。方法 DNA微测序技术SNaPshot分析184例广东地区无关个体VEGF基因5′端4个SNP位点(rs699947、rs1570360、rs833061、rs2010963)的遗传多态性。应用PowerMarker v3.25软件进行统计分析。结果 184例广东地区汉族无关个体VEGF基因5′端4个SNP位点基因分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05),每个位点均检出3种基因型。rs833061和rs699947位点紧密连锁。共检出6种单倍型,其中C-G-T-C、C-G-T-G、A-A-C-G、A-G-C-G频率均10%,为主要单倍型。rs699947、rs833061、rs2010963位点的个人识别率为0.583~0.634,非父排除率为0.133~0.144;4个SNP构成单倍型的个人识别率为0.868,非父排除率为0.438。结论广东地区汉族人群VEGF基因5′端序列呈现出高度遗传多态性,可作为个人识别和亲权鉴定的遗传学指标,同时可用于相关疾病关联分析。     

河南汉族人群16个 Y-SNP 位点遗传多态性

Y 染色体呈父系遗传,不易受重组和回复突变的影响,在涉及性犯罪、追溯父系同代、隔代亲权鉴定等方面具有应用价值。本研究对河南汉族人群16个 Y－SNP 位点的多态性进行调查,旨在为法医学应用和群体进化研究提供基础数据。