DNA芯片技术检测HLA-DRB1和ABO基因型

用DNA芯片技术检测HLA-DRB1-ABO基因型。根据HLA和ABO不同基因亚型的独特序列设计探针,制成分型芯片;待检测样品经PCR反应标记上荧光之后,与探针在芯片上进行杂交,通过对杂交产生的荧光信号值进行分析,确定样品DRB1位点和ABO位点的基因亚型。将这一方法应用于111份样本的HLA-DRB1-ABO基因分型并将部分样品进行基因测序。检测结果证明本实验研制的HLA-DR-ABO基因分型芯片可准确分辨出DRB1位点30个等位基因、ABO位点6种基因型。该方法分辨率高、特异性强、重复性好、操作简便,对比常规的PCR-SSP方法,HLA-DR-ABO基因芯片方法更为直观,并具有集成化优势,可以在一张芯片上同时检测HLA和ABO位点,并实现一张芯片多人份,不仅适用于法医学亲子鉴定和个体识别,亦可应用于移植配型、HLA相关疾病及人类遗传学研究。     

HLA-DRB1基因分型芯片的法医物证学应用价值研究

目的对HLA-DRB1基因分型芯片在个体识别中的应用价值进行研究。方法根据HLA-DRB1基因座不同等位基因的独特序列设计探针,制成分型芯片。将待测样品DNA用末端标记了CY5的引物进行PCR扩增,产物与芯片进行杂交,根据杂交产生的荧光信号值确定样品在HLA-DRB1位点的基因型。将这一方法应用于561份样本的HLA-DRB1基因分型,根据基因型分布统计分析其法医学应用价值。同时,进行了家系调查和方法灵敏度分析,并应用于部分案例。结果利用微量检材,HLA-DRB1基因芯片可检测DRB1位点等位基因26个,基因型的分布符合Hardy-Weinberg平衡定律,该位点的观察杂合度(Ho)为0.888,期望杂合度(He)为0.902,多态信息含量(PIC)为0.893,平均非父排除率(PE)为0.801。家系调查和案例运用的结果表明,HLA-DRB1位点等位基因由亲代向子代的传递符合孟德尔遗传定律。结论HLA-DRB1为高度多态位点,其基因分型芯片可在亲子鉴定和个体识别中发挥重要作用。     

HLA-DRBl基因分型芯片的法医物证学应用价值研究

目的对HLA-DRBl基因分型芯片在个体识别中的应用价值进行研究。方法根据HLA-DRBl基因座不同等位基因的独特序列设计探针．制成分型芯片。将待测样品DNA用末端标记了CY5的引物进行PCR扩增，产物与芯片进行杂交．根据杂交产生的荧光信号值确定样品在HLA-DRB1位点的基因型。将这一方法应用于561份样本的HLA-DFIBl基因分型，根据基因型分布统计分析其法医学应用价值。同时．进行了家系调查和方法灵敏度分析，并应用于部分案例。结果利用微量检材．HLA-DRB1基因芯片可检测DRB1位点等位基因26个，基因型的分布符合Harely—Weinberg平衡定律．该位点的观察杂合度(Ho)为0．888，期望杂合度(He)为0．902，多态信息含量(PIC)为0．893，平均非父排除率(PE)为0．80l。家系调查和案例运用的结果表明，HLA-DRB1位点等位基因由亲代向子代的传递符合盂德尔遗传定律。结论HLA-DRB1为高度多态位点，其基因分型芯片可在亲子鉴定和个体识别中发挥重要作用。     

31个SNP位点多重PCR扩增和芯片分型技术的建立及其法医学应用

目的对SNP基因分型芯片在个体识别中的应用价值进行研究。方法根据SNP不同等位基因的序列设计探针,制成分型芯片。采用4个复合PCR体系,用末端标记了Cy5的引物进行复合PCR扩增,产物与寡核苷酸探针进行杂交,根据杂交产生的荧光信号值确定样品在各SNP位点的基因型。将这一方法应用于109份样本的分型,根据基因型分布统计分析31个SNP位点的法医学应用价值。同时,进行家系调查和方法灵敏度分析。结果方法的灵敏度为1ng;所检测的31个SNP位点的累积个体识别率为0.9999999999979(偶合率为2.13×10-12),二联体亲子鉴定中累积非父排除率为0.9609,三联体亲子鉴定中累积非父排除率为0.9970。家系调查的结果表明,这些位点等位基因由亲代向子代的传递符合孟德尔遗传定律。结论上述31个SNP位点为中高信息量位点,适用于法医学个体识别,可作为当前STR系统的补充。     

运用二重PCR和DNA芯片技术检测ABO基因型

目的以玻片为载体,用寡核苷酸探针杂交技术检测ABO基因型。方法根据ABO基因座外显子6和外显子7的3个SNP点的序列分布特征设计4条寡核苷酸探针,制成分型芯片。将待测样品DNA用末端标记了Cy5的引物进行二重PCR扩增,产物与芯片上的探针进行杂交,根据杂交产生的荧光信号确定样品的ABO基因型。结果利用ABO芯片,可对血斑、毛发等微量检材进行ABO基因型检测。对115名汉族无关个体的调查表明,ABO基因型的分布符合Hardy-Weinberg平衡,等位基因杂合度观察值和期望值分别为0.591、0.616,多态信息含量为0.544,二联体和三联体非父排除率分别为0.188、0.334,个体识别能力为0.777。结论通过DNA芯片检测ABO基因型的技术适用于法医学样本,可满足高通量的检测需求。     

TaqMan探针技术用于X-SNP位点的分型

目的建立一种基于TaqMan探针技术的快速、准确且经济的实时荧光PCR方法,用于检测X染色体上的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)。方法选择X染色体上的13个SNP位点(X-SNP),针对每个位点分别设计1对PCR引物和TaqMan探针,进行实时荧光PCR扩增,对X-SNP位点进行分型。结果13个位点均符合Hardy-Weinberg平衡;多态信息含量分布为0.3497～0.3750,杂合度为0.4537～0.5021。建立的方法能够用于X-SNP位点的基因分型,检测结果与DNA测序结果完全一致。结论基于TaqMan探针技术的等位基因特异的实时荧光PCR方法灵敏、简单、快速,可实现对X-SNP位点的分型检测;所选择的13个X-SNP位点具有高信息量,在法医遗传学中具有潜在的应用价值。     

HLA-DQ_α基因的PCR扩增分型技术在88例刑事案件物证检验中应用的回顾

自从PCR（聚合酶链反应）技术问世以来，已有许多基因位点的分型系统开始应用于法医物证的DNA分析[1]，其中应用最为广泛，技术最为成熟的则是HLA－DQ。基因分型系统。此系统应用PCR技术扩增HLA－DQα基因特异片段，结合等位基因特异性寡核着酸（ASO）探针杂交技术检测HLA－DQα位点的四个等位基因，具有特异性好、灵敏度高、结果稳定、准确可靠等优点。本文应用姜先华等人[2]报告的方法，对88例刑事案件的物证进行了HLA－DQα基因的PCR扩增与分型。现报告如下：材料和方法一、检材233份检材来自于全国十九个省市送检的88例刑…     

常染色体21个SNPs多态性分型方法研究

目的建立常染色体21个SNPs的多态性分型方法。方法采用荧光标记公用引物和等位基因特异性引物原理设计SNP复合扩增引物体系,对45个备选SNP位点筛选,选出21个及性别Amelogenin构成复合扩增体系。PCR产物经3130XL型电泳仪电泳分离,GeneMaperTM3.0数据分析软件分析结果。同时随机选取6份样品,使用测序方法对SNP分型并进行测序验证。结果应用本研究建立的复合扩增体系扩增样品,产物经毛细管电泳后,每个SNPs均可正确判定基因型。随机选取6份样品SNPs位点测序结果显示,荧光标记SNPs复合扩增分型与直接测序结果完全一致。结论本研究建立的荧光标记公有引物特异性片段常染色体21个SNPs复合扩增方法是SNP多态性分析的一种有效方法,并有助于解决SNP分型识别能力、效率、通量和高成本的问题。     

法医SNP复合检测体系的构建及应用

目的构建48-SNP位点复合检测体系,用于个体识别、性别鉴定、ABO基因分型。方法采集225份无关个体样本(血斑及口腔拭子),18份案例样本(不同组织及体液斑),选择43个常染色体位点、4个ABO基因位点和1个性别鉴定位点,根据单碱基延伸技术通过GenomeLabTMSNPstream基因分型系统进行SNP分型;并检测体系灵敏度、同一个体不同组织同一性及模拟腐败检材。结果 48-SNP体系分型结果与测序结果的一致性为100%,最小DNA检出量为0.25ng,不同组织来源样本检测同一性很好;利用该体系检测225名无关汉族个体,所有位点均符合Hardy-Weinberg平衡,整个系统的随机匹配概率为9.4×10-18,累积非父排除率(CEP)为0.999 788,累积个体识别率大于0.999 999 999 999 999 99。结论本文48-SNP体系能同时进行个体识别、ABO基因分型和性别鉴定,可以作为现有STR检验体系的补充。     

荧光定量PCR技术研究线粒体DNA nt16519单核苷酸多态性

目的应用荧光定量PCR技术,建立mtDNA nt16519位点的PCR分型方法。方法应用Primer Express3．0软件,设计1对Taqman MGB探针和1埘扩增引物,在探针的5’端分别标记FAM和VIC报告荧光,应用7500荧光定量PCR和直接测序两种方法,分别榆测62份血样和18份毛发样本的mtDNA nt16519单核苷酸多态性,比较二种方法结果的一致性。结果62份血样和18份毛发样本均得到了可靠的mtDNA nt16519分型结果。结论建立的荧光定量PCR的分型方法操作简单、结果准确,适用于法医DNA检案。     

荧光标记的ASP-PCR法对ABO基因分型的研究

目的建立一种方便准确的ABO基因分型检验方法。方法选取ABO基因外显子6和7上的3个位点nt261、nt297和nt803,分别对第6和7外显子进行扩增,并对扩增产物进行测序得出样本的基因型;然后用荧光标记的等位基因特异性引物对已知基因型的样本进行扩增,并用3130遗传分析仪进行电泳分析。结果该方法检出的基因型与测序得出的基因型完全一致。结论等位基因特异性引物法分型结果准确,特异性高,可用于法医学中对犯罪嫌疑人的筛查。     

中国汉族人群中Dia抗原和Dib抗原的分子遗传分析

目的研究中国汉族人群Diego血型系统中Dia和Dib抗原表达的分子遗传背景。方法采用血型血清学方法对2990例非血缘关系的捐血者进行Diego血型鉴定,从中随机选择20例表现型为Di(a-b )的样本,以及筛选到的所有Di(a b-)稀有血型样本,采用PCR-SSP、DNA直接测序方法分析Diego血型基因的分子遗传背景。结果2990例捐血者中,发现Di(a b-)表现型2例,Di(a b )167例,Di(a-b )2821例。随机选择的20例表现型为Di(a-b )的DNA样本,经PCR-SSP法检测的基因型为DI2DI2,对DI基因第19外显子直接测序,2561位上碱基为C。2例稀有血型Di(a b-)的DNA序列在19外显子2561位上碱基为T,基因型为DI1DI1。结论中国汉族人群Dia和Dib抗原表达的分子遗传基础是DI基因第19外显子2561位上碱基T-C的置换,引起第854位氨基酸的改变。     

SNRPN基因rs220030位点的分型及甲基化亲缘相关性

目的建立变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)技术与焦磷酸测序技术对小核核糖核蛋白多肽N(small nuclear ribonucleoprotein polypeptide N,SNRPN)基因rs220030位点的分型方法。建立应用焦磷酸测序技术分析CpG甲基化状态的方法,探讨rs220030位点用于亲缘等位基因判定的可行性。方法应用DGGE技术对97例上海地区汉族家系血样rs220030位点进行分型,同时应用焦磷酸测序技术对其中25例血液来源的家系样本的rs220030位点分型,并对两种方法在SNP分型结果上进行比较。通过重亚硫酸盐修饰联合焦磷酸测序技术分析随机2组家系样本rs220030位点上游CpG甲基化状态,判断甲基化是否有亲缘相关性。结果经DGGE检测97例家系血样rs220030位点分型结果为C纯合子20例,T纯合子29例,C/T杂合子48例。经焦磷酸测序检测25例血液来源的家系样本结果与DGGE检测结果一致。经重亚硫酸盐修饰联合焦磷酸测序技术分析,2组血液来源的家系子代的rs220030位点上游CpG甲基化状态均与母亲较相似。结论相比DGGE技术,焦磷酸测序技术更精确、方便,适合大样本、高通量SNP分型。重亚硫酸盐修饰联合焦磷酸测序技术可以精确分析CpG甲基化状态。rs220030位点可用于亲缘等位基因判定。     

常染色体STR和X染色体STR联合应用于姑侄和叔侄关系鉴定

目的通过对常染色体STR和X染色体STR基因座进行分型检验,探讨姑侄、叔侄关系的鉴定策略。方法提取案例中被检女孩和另外3名个体（女性2名,疑为被检女孩的姑姑;男性1名,疑为被检女孩的叔父）的血样DNA,采用Goldeneye 20A系统和AGCU 21＋1系统分别进行常染色体STR基因座的复合PCR扩增,用Mentype○RArgus X-12试剂盒和本室自主研制的16重X染色体STR扩增体系分别进行X染色体STR基因座的复合PCR扩增,用3130 XL遗传分析仪进行毛细管电泳和基因型分析。结果依据常染色体STR基因型结果及姑侄、叔侄关系指数计算结果,不排除2名被检姑姑和与被检女性存在姑侄关系;不排除被检叔叔和与被检女性存在叔侄关系,X染色体STR分型结果支持此鉴定意见。结论对于姑侄、叔侄关系鉴定案例,X染色体STR基因座是常染色体STR基因座的良好补充,两者联合运用可获得可靠的鉴定意见。     

签字笔上附着的脱落上皮细胞STR分型

目的 探讨遗留在签字笔上微量脱落细胞DNA分型的可行性以及保存时间对分型的影响.方法 17名志愿者每人使用7支签字笔,每支笔每天使用20 min,为期1个月,分别保存1、3、5、7、14、21和28 d,运用硅珠法提取签字笔上微量脱落细胞中的DNA,应用荧光标记PCR-STR技术进行DNA分型,同时采集上述17名志愿者口腔拭子作为对照,分析签字笔作为检材进行DNA分型的可行性以及保存时间对DNA分型的影响. 结果以基因座检出个数为指标,签字笔脱落细胞和口腔拭子的DNA分型结果随保存时间变化而产生的差异具有统计学意义(P＜0.01).签字笔保存1、3、5、7、14、21和28 d后进行DNA分型检出的基因座个数与对应的口腔拭子DNA分型检出的基因座个数相比差异均有统计学意义(P＜0.01).签字笔使用后保存1 d进行DNA分型.可明确判读12个以上基因座的占41.2%. 结论签字笔上附着的微量手指脱落细胞可作为一种法庭生物检材进行DNA分型,但其保存时间会影响DNA分型.     

单管实时PCR快速检验ABO基因型

目的建立快捷特异的ABO基因分型检测方法。方法根据ABO基因结构特点,设计特异性引物和四色双链探针,采用单管实时PCR方法检测ABO基因,结果与传统免疫学方法相对比。结果该方法可检出常见的3个等位基因,区分常见的6种基因型,全部检测过程可在100min内完成。110例中国人的随机个体定型结果与传统免疫学方法一致。结论实时PCR法进行ABO基因分型,简便快捷,灵敏度高,可以有效地为侦查破案服务。     

显微操作法提取混合斑中精子细胞方法的探讨

目的尝试建立一种提取混合斑中精子细胞的检测方法。方法在人为控制条件下,制备精液—阴道液混合斑,分别使用显微操作法与差异裂解法分离精子细胞,提取DNA,进行STR基因型检测。结果采用显微操作法检测成功率11/12,差异裂解法成功率1/12,两者有显著性差异。结论显微操作法可有效获取精子细胞,排除女性物质和其它杂质的干扰,STR分型成功率优于差异裂解法。     

PALM结合低体积扩增技术在混合斑检验中的应用

目的PALM系统联合应用低体积扩增技术,建立一种提取混合斑中精子DNA的分型方法。方法利用PALM切割捕获理想检材的精子细胞,将捕获的细胞直接放置到低体积扩增玻片的反应位点上,裂解细胞之后进行PCR扩增。结果20个精子细胞8次分型中,7次分型结果完全正确。10个精子细胞8次分型中,4次分型结果完全正确。1个精子细胞8次分型中,出现位点的基因座均在10个以上。将该方法应用于两例实际案例的混合斑检材,取得了满意效果。结论联合运用PALM系统和低体积扩增技术对混合斑检材中的精子细胞检验具有重要意义。     

荧光定量PCR技术验证Sinofiler试剂盒的适宜模板量

目的探讨Sinofiler试剂盒适合扩增的模板DNA用量。方法选取经Sinofiler试剂盒基因分型且图谱完整、扩增均衡性好的DNA样本,进行荧光定量PCR检测。结果实验结果表明,在12.5μL体系中,1.29～1.51ng的模板DNA能够获得理想的分型结果。结论应用荧光定量PCR技术检测不同试剂盒适合扩增的模板DNA用量是一种准确、有效的方法。