应用RAPD技术分析禽多杀性巴氏杆菌广西分离株的DNA多态性

应用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术 ,以随机引物单条或成对组合的方式对 9株禽巴氏杆菌 (PM )广西分离株和 3个参考株的DNA进行了多态性分析。结果显示 ,在选用的 2 0个引物中 ,有 4对引物 (4条引物成对组合 )扩增的条带为 1～ 16条 ,其长度在 90～ 2 6 0 0bp。相似指数分析显示 ,PM广西分离株GX2与GX4的相似指数最高 ,为 0 .97;GX7与B2 6T12 0 0的相似指数最低 ,为 0 .2 1,C4 8 1标准强毒株与PM广西分离株间的相似指数为 0 .33～ 0 .6 4。表明广西当地的流行株呈现多样性 ,与PM标准强毒株存在差异。     

用RAPD技术分析鸡毒霉形体广西分离株的DNA多态性的研究

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术 ,以随机引物成对组合的方式对鸡毒霉形体(MG) 5株广西分离株和 3株标准株DNA进行了多态性分析。结果显示 ,所选用的 2 0条引物中 ,有 3对 (6条 )引物扩增的条带为 2～ 10条 ,大小在 2 0 0～ 30 0 0bp。相似指数分析显示 ,广西MG分离株Y2与WL、CH与Y3的相似指数最高 ,分别为 0 .92和 0 .86 ,其与H2的相似指数为 0 .36～ 0 .6 2。 3株MG标准毒株S6、K2 2 2 1、K15 0 1与广西分离株间的相似指数为 0 .17～ 0 .5 7。表明广西流行的MG与MG标准株存在差异 ,当地的流行株也呈现多样性     

猪巨细胞病毒SC株DNA聚合酶基因的克隆及生物信息学分析

为克隆出猪巨细胞病毒SC株DNA聚合酶(DPOL)基因并对其进行分析,根据GenBank中的DPOL基因序列(AF268040)设计了1对引物,用PCR法扩增出猪巨细胞病毒SC株DPOL基因,将其克隆到T载体,测序并进行生物信息学分析。测序结果表明,猪巨细胞病毒DPOL基因全长3 024bp,为一个完整ORF,共编码1 008个氨基酸;与参考毒株的核苷酸同源性为98%,系统进化树表明猪巨细胞病毒与人疱疹病毒6型和7型关系最近;运用生物信息学软件推导出该蛋白的基本性质,并预测出高级结构。成功地进行了猪巨细胞病毒SC株DPOL基因的克隆和生物信息学分析,为今后此基因生物学功能和猪巨细胞病毒复制机理的研究以及病毒系统分类工作提供了参考。     

青海省喜马拉雅旱獭种群的遗传多态性分析

为了研究青藏高原喜马拉雅旱獭(Marmota himalayana)种群的遗传特征,以青海省同仁、乌兰、玉树县的喜马拉雅旱獭种群作为研究对象,利用13个微卫星DNA标记对其遗传变异情况及其种群结构进行了分析。通过有效等位基因数、基因多样性、Shannon指数、多态信息含量等参数对喜马拉雅旱獭不同种群内的遗传多态性进行了初步研究;采用除权配对法聚类分析绘制了旱獭的系统发育树,观察了各种群间亲缘关系。结果显示,青海省喜马拉雅旱獭种群均有高度的遗传多态性;它们可被分为两支:乌兰县和同仁县旱獭为一支,玉树县旱獭为另一支,这种种群特征与这3个县的地貌特点基本一致。研究结果为青藏高原喜马拉雅旱獭遗传资源的保护和利用提供了重要信息。     

利用AP-PCR对柔嫩艾美球虫不同地理株及其杂交株多态性的研究

用随机引物PCR(AP PCR)技术对鸡柔嫩艾美球虫(Eimeria tenella)黑龙江株(H)、山东株(S)及黑龙江株与山东株的杂交株(F1)进行了研究,同时对 2 个不同地理株的子代株与亲代株和F1 株的亲缘关系进行了分析。结果,鸡柔嫩艾美球虫不同地理株之间以及同一地理株的亲代与子代之间存在DNA多态性;并且不同地理株间的种内变异程度较大(Si=0.642 3~0.637 0);同一地理株亲代与子代之间的亲缘关系也稍有改变,但其变异程度不大(Si=0.983 0~0.981 1)。对F1 株的AP PCR分析发现,F1 株与H株、S株的相似值分别为0.692 9、0.682 5,介于H株与S株相似值和传代株间的相似值之间。结果表明,F 株既具有两亲本株的遗传性状,又发生了变异。     

我国旋毛虫地理株基因组DNA多态性的RAPD分析

以旋毛虫(Trichinella spiralis,T1)、乡土旋毛虫(T.nativa,T2)、布氏旋毛虫(T.britovi,T3)、伪旋毛虫(T.pseudospiralis,T4)、纳氏旋毛虫(T.nelsoni,T7)的国际参考株作为对照,应用随机扩增多态性DNA技术对我国7个旋毛虫地理株(河南、湖北、云南、陕西西安、天津、黑龙江同江及哈尔滨株)基因组DNA进行了PCR扩增,根据扩增产物的电泳条带进行MEGA分析,计算遗传距离并构建进化树.结果显示,T1与我国7个旋毛虫地理株之间的遗传距离均小于0.365 9,其中哈尔滨株与云南株、河南株与西安株的遗传距离小于0.166 7,其遗传相似性分别为83.33%与86.35%;天津株与哈尔滨株及云南株的遗传距离小于0.250 0;同江株与其他6个地理株的遗传距离均大于0.284 1,与T1的遗传距离小于0.263 3;湖北株与其他6个地理株及T1的遗传距离大于0.301 3.T2、T3、T4、T7与我国7个地理株之间的遗传距离均大于0.589 8.我国7个旋毛虫地理株均为T1,其中哈尔滨株、云南株及天津株归为一类,河南株与西安株归为一类,同江株与湖北株各单独归为一类.     

片形吸虫第一内转录间隔区DNA多态性的研究

以不同地区的片形吸虫虫株为研究对象 ,经PCR扩增出了ITS 1部分基因片段 ,采用单链构象多态性 (SSCP)方法 ,并结合序列分析研究了不同地区片形吸虫ITS 1DNA的多态性。不同地区的样品经SSCP分析 ,显示 3种带型 ,第 1种为大片形吸虫的带型 ,第 2种为肝片形吸虫的带型 ,第 3种为 2种带形的混合带型。广西区样品和大部分贵州省样品属于大片形吸虫带型 ;四川省、黑龙江省和部分贵州省样品为混合带型 ;南京市和甘肃省样品为肝片形吸虫带型或混合带型。测序结果表明 ,根据ITS 1基因的序列变异位点可区分 2种片形吸虫 ;表现为混合带型的样品在变异位点具有多态性。本研究结果显示 ,ITS 1片段可作为遗传标记用以区分大片形吸虫和肝片形吸虫 ,同时也证实 ,在我国除了这 2种片形吸虫外 ,还可能存在着“中间型”的片形吸虫