大鼠皮肤挫伤后NF-KB mRNA表达与损伤时间关系

目的 应用实时定量PCR技术检测大鼠皮肤挫伤后NF-～B mRNA时序性表达规律,分析其与损伤时间的关系.方法 制备大鼠皮肤挫伤模型,于伤后0.5,1,6,12,18,24,30h取材,一步法提取总RNA,检测其完整性和浓度,按照0.4μg总RNA量逆转录合成第一链cDNA,以rip32为内参基因进行荧光定量检测,采用JACt法比较其与正常皮肤组织NF-kB mRNA表达的倍数关系.结果 皮肤挫伤组织中NF-KB mRNA伤后0.5h表达显著增强(P<0.05),6h出现高峰,12h降至正常水平,随后略有回升.结论 大鼠皮肤挫伤组织NF-KB mRNA的表达,随着损伤经过时间的延长呈规律性变化.     

大鼠皮肤挫伤后NF-κB mRNA表达与损伤时间关系

目的应用实时定量PCR技术检测大鼠皮肤挫伤后NF-κB mRNA时序性表达规律，分析其与损伤时间的关系。方法制备大鼠皮肤挫伤模型，于伤后0．5，1，6，12，18，24，30h取材，一步法提取总RNA，检测其完整性和浓度，按照0．4μg总RNA量逆转录合成第一链cDNA，以rlp32为内参基因进行荧光定量检测，采用△Ct法比较其与正常皮肤组织NF-κB mRNA表达的倍数关系。结果皮肤挫伤组织中NF-κB mRNA伤后0．5h表达显著增强（P〈0．05），6h出现高峰，12h降至正常水平，随后略有回升。结论大鼠皮肤挫伤组织NF-κB mRNA的表达，随着损伤经过时间的延长呈规律性变化。     

用RT-PCR法区别生前与死后伤

12只SD大鼠随机分为生前伤、死后伤、麻醉伤和正常对照四组，损伤时间为15min，取创缘皮肤为检材；IL－6引物为寡聚核着酸引物（27hP），内对照引物为Tx基因（20hP），用TRIZOLTMTotalRNA提取试剂盒抽据总RNA，AMV逆转录酶使mRNA逆转录成cDNA，PCR扩增得出：在生前伤、麻醉伤以及正常皮肤中均能扩增出IL－6cDNA片段（590hp）和内对照Tx基因片段（188b），在死后伤组只能扩增出Tx基因片段；图像分析凝胶灰度扫描；生前损伤组与麻醉组无显著性差异，而二者与正常皮肤组有统计学差异。藉此，运用RT－PCR法可以准确区别大鼠实验性损伤的生前伤与死后伤。     

荧光定量PCR技术验证Sinofiler试剂盒的适宜模板量

目的探讨Sinofiler试剂盒适合扩增的模板DNA用量。方法选取经Sinofiler试剂盒基因分型且图谱完整、扩增均衡性好的DNA样本,进行荧光定量PCR检测。结果实验结果表明,在12.5μL体系中,1.29～1.51ng的模板DNA能够获得理想的分型结果。结论应用荧光定量PCR技术检测不同试剂盒适合扩增的模板DNA用量是一种准确、有效的方法。     

多重置换扩增技术用于法医学微量DNA检测效果

目的探讨多重置换扩增（MDA）技术对法医学微量DNA样品STR检测分型的效果。方法用MDA技术对不同模板量DNA进行全基因组扩增（WGA）．扩增产物用实时荧光定量PCR技术定量、用Prrfiler Plus^TM试剂盒检测基因型。结果该方法可对模板DNA增加10^4～10^6倍。1ng样品DNA的MDA产物可获得9个STR基因座和Amelogenin性别基因座的准确分型结果；低于0．1ng的样品DNA经MDA扩增后，基因座检出数增加。但可见等位基因不平衡或丢失现象。结论MDA技术可有效增加DNA模板量和提高微量DNA分型效果。但样品DNA量低于0．1ng时，MDA产物的STR分型结果判读须慎重。     

Chelex-100提取生物检材DNA实时PCR定量研究

目的研究Chelex-100法提取的生物检材DNA用量与复合STR分型成功率的关系。方法113份各种生物检材采用Chelex-100法提取DNA，应用Quantifiler人类DNA定量试剂盒在ABI 7500荧光定量PCR仪上进行实时PCR定量，同时用Identifiler复合扩增系统在ABI 3100遗传分析仪上对这些DNA样品进行STR分型。结果各种生物检材提取的DNA浓度分别为：37份滤纸、纱布血痕0．042～5．28ng／μl，16份口腔拭子1．15—4．21ng／μl，18份烟头0．016～1．46ng／μl，10份肋软骨0．531—14．40ng／μl，8份肌肉5．75—24．80ng／μl，7份指甲0．788—11．50ng／μl，17份精斑0．79～99．50ng／μl。在建立的8μl扩增体系中，根据上述结果，调整用于复合STR扩增的DNA模板量在0．5—3ng之间，大部分样品可获得完全的STR分型。结论Chelex-100法提取的检材DNA模板用量在0．5—3ng之间可得到有效STR扩增，浓度为0．5ng／μl以上的DNA样品，用小体积模板（1μl）比大体积（3μl）模板扩增效果好。     

多重置换扩增技术用于法医学微量DNA检测效果

目的探讨多重置换扩增(MDA)技术对法医学微量DNA样品STR检测分型的效果。方法用MDA技术对不同模板量DNA进行全基因组扩增(WGA),扩增产物用实时荧光定量PCR技术定量、用Profiler PlusTM试剂盒检测基因型。结果该方法可对模板DNA增加104～106倍。1ng样品DNA的MDA产物可获得9个STR基因座和Amelogenin性别基因座的准确分型结果;低于0.1ng的样品DNA经MDA扩增后,基因座检出数增加,但可见等位基因不平衡或丢失现象。结论MDA技术可有效增加DNA模板量和提高微量DNA分型效果。但样品DNA量低于0.1ng时,MDA产物的STR分型结果判读须慎重。     

实时荧光定量PCR检测硅藻UPA基因在溺死诊断中的研究

目的建立硅藻UPA条形码基因的实时荧光定量PCR检测方法,探讨其在溺死诊断中的应用价值。方法对Gene Bank中登录的硅藻UPA基因序列进行比对获得同源序列,据其设计硅藻门通用引物。对2种人体常见共生菌(大肠杆菌、双歧杆菌)、3种浮游细菌、15种浮游藻类、32具尸体(其中生前溺水死亡28例,死后抛尸1例,陆地死亡3例)的组织样本(肺、肝、肾)及尸体发现地水样提取DNA,采用设计的引物进行特异性、灵敏度、重复性试验,分析检材中硅藻检出情况,统计硅藻阳性率,以上述组织样本的微波消解-真空抽滤-自动扫描电镜法检测结果对建立的q PCR检测方法进行比较评估,比较该方法与PCR-毛细管电泳检测法的灵敏度。结果引物UPA99仅对硅藻标准株(针杆藻、舟形藻、直链藻、小环藻、菱形藻)DNA具有扩增,扩增产物熔解曲线平稳,峰尖且窄,熔解温度为(87±1)℃。以p MD18-T重组质粒为标准品,检测区间为1.56×10~2-1.56×10^-5ng/μL,建立实时q PCR方法的灵敏度为1.56×10^-5ng/μL,而PCR-CE方法的灵敏度为1.56×10-3ng/μL。批间及批内变异系数均低于2%,具有较高的重复性和稳定性。对于生前溺水尸体肺、肝、肾的检出率依次为89.3%,71.4%,64.3%。结论基于硅藻UPA基因设计通用引物,建立的q PCR硅藻检验法特异性高、灵敏度高、重复性好,应用于溺死诊断具有较好的应用前景。     

改良IPEP法用于痕量DNA检测的实验研究

目的探讨改良扩增前引物延伸(IPEP)法对痕量DNA样本STR检测分型的效果。方法用改良IPEP法对痕量样品DNA进行全基因组扩增(WGA),扩增产物用实时荧光定量PCR技术定量、用AmpFLSTR~ Indentifiler~试剂盒作基因型检测。结果该方法可增加模板DNA约200~1100倍。基因组DNA不低于0.025ng时,可获得15个STR基因座和Amelogenin性别基因座的分型结果。基因组DNA0.01~0.025ng时,可获得9个以上基因座的分型结果。结论改良IPEP法可有效提高痕量DNA样本STR分型检验的灵敏度,有较好的实用价值。     

DYS385检测方法的改进

目的建立检测DYS385的新方法。方法比较基因数据库(GDB)中推荐的引物和Schneider所设计的引物扩增DYS385的效果;在此基础上,以GDB推荐的引物作为外引物,Schneider所设计的引物作为内引物,通过调整内、外引物的浓度,优化扩增条件,建立DYS385的半巢式PCR体系。结果与常规方法相比,采用Schneider所设计的引物扩增DYS385,扩增片段缩短112bp,电泳分离的效果好,灵敏度提高2倍,达500pg;建立的半巢式扩增方法,能特异性扩增短片段,灵敏度提高20倍,达50pg。结论建立的DYS385半巢式扩增方法具有更高的特异性和灵敏度,适合法医学应用。     

大鼠皮肤和肌肉挫伤后细胞间黏附分子-1mRNA表达变化

目的应用实时荧光定量PCR技术检测大鼠皮肤和肌肉挫伤后组织中细胞间黏附分子－1（intercellular adhesion molecular－1，ICAM－1）mRNA的表达．分析其与损伤时间的关系。方法制备大鼠挫伤模型，于伤后0．5、l、6、12、18、24和30h取材，一步法提取总RNA，检测其完整性和质量浓度，逆转录合成第一链cDNA，以rpl32为内参基因进行荧光定量检测，采用△△Ct法比较其与正常皮肤、肌肉组织中ICAM－1mRNA表达的倍数关系。结果皮肤挫伤后ICAM－1mRNA的表达0．5h达到峰值，24h下降至正常对照组的7倍．随后再次升高：在肌肉组织中于损伤后0．5h表达显著增强，6h达到峰值，18h降至最低后再次升高。结论大鼠皮肤、肌肉挫伤后ICAM－1mRNA表达随损伤时间呈规律性变化，可望用于早期损伤时间推断。     

大鼠皮肤挫裂创细胞间粘附分子-1的表达

目的 观察大鼠皮肤钝器伤后细胞间粘附分子-1(ICAM-1)表达的变化规律。方法 应用免疫组化方法,观察大鼠皮肤钝器伤后1h、3h、6h、12h、1d、3d、5d、7d、9d ICAM-1的表达情况,并用MIAS图像分析系统进行图像分析。结果 正常对照组大鼠皮肤有低水平ICAM-1表达,钝器伤后ICAM-1表达增加,伤后7d达峰值,伤后9d开始下降。结论 皮肤钝器伤可诱导ICAM-1表达增加,其时序性变化可望作为一种客观指标用于法医学损伤时间的推断。     

Real-time PCR designs to estimate nuclear and mitochondrial DNA copy number in forensic and ancient DNA studies

We explore different designs to estimate both nuclear and mitochondrial human DNA (mtDNA) content based on the detection of the 5' nuclease activity of the Taq DNA polymerase using fluorogenic probes and a real-time quantitative PCR detection system. Human mtDNA quantification was accomplished by monitoring the real-time progress of the PCR-amplification of two different fragment sizes (113 and 287 bp) within the hypervariable region I (HV1) of the mtDNA control region, using two fluorogenic probes to specifically determine the mtDNA copy of each fragment size category. This mtDNA real-time PCR design has been used to assess the mtDNA preservation (copy number and degradation state) of DNA samples retrieved from 500 to 1500 years old human remains that showed low copy number and highly degraded mtDNA. The quantification of nuclear DNA was achieved by real-time PCR of a segment of the X-Y homologous amelogenin (AMG) gene that allowed the simultaneous estimation of a Y-specific fragment (AMGY: 112 bp) and a X-specific fragment (AMGX: 106 bp) making possible not only haploid or diploid DNA quantitation but also sex determination. The AMG real-time PCR design has been used to quantify a set of 57 DNA samples from 4-5 years old forensic bone remains with improved sensitivity compared with the slot-blot hybridization method. The potential utility of this technology to improve the quality of some PCR-based forensic and ancient DNA studies (microsatellite typing and mtDNA sequencing) is discussed.     

兔皮肤钝器伤IL-1β、COX-2和MCP-1 mRNA表达与法医学应用

目的应用荧光定量PCR技术检测兔皮肤钝器伤后IL-1β、COX-2和MCP-1mRNA的时序性表达规律,分析其与损伤时间的关系。方法分别在兔耳皮肤钝器伤后<0.5h,0.5h,1h,2h,3h,4h,5h,6h,8h,12h,24h,1d,3d,7d和死后10min,0.5h,1h取材,一步法提取组织总RNA,逆转录合成cDNA第一条链,荧光定量PCR检测IL-1β、COX-2和MCP-1mRNA逆转录合成第一条cDNA链的拷贝数,作统计学分析。结果IL-1βmRNA在钝器伤后<0.5h表达显著增强(P<0.001),0.5h达到峰值,至第2d降至基本水平;COX-2mRNA于创伤后0.5h表达显著增强(P<0.05)并持续强表达至24h开始下降,第2d降至正常;MCP-1 mRNA在钝器伤后于1h表达显著增强(P<0.05),于3h出现表达峰,至第3d降至正常;3个指标在死后各时间组与正常对照无明显表达差异。结论检测皮肤IL-1β、COX-2和MCP-1mRNA可对早期损伤时间的推断提供帮助,并且这三个指标都可以鉴别生前伤和死后伤。     

运用酚-氯仿法结合磁珠法提取蝇蛆体内人类DNA

目的建立运用酚-氯仿法结合磁珠法从蝇蛆嗉囊内提取人类DNA的方法,从而提高STR分型检验的灵敏度。方法采用酚-氯仿法对蝇蛆嗉囊内容物中的人类DNA进行提取,提取产物经磁珠法纯化浓缩后用QuantifilerTM人类DNA定量试剂盒在7500型实时荧光定量PCR仪上进行PCR定量,再用AmpF■STR IndentifilerTM试剂盒在3130XL-Avant遗传分析仪上对这些DNA样本进行STR分型。结果本研究建立的方法可增加模板DNA浓度约为单独使用酚-氯仿法的2倍。用此方法提取到的DNA浓度[（0.218±0.041）ng/μL]可获得全部16个STR分型结果。结论酚-氯仿法结合磁珠法可以有效地提高提取到的人类DNA样本STR分型检验的灵敏度,对于从事法医昆虫学方面研究的工作者有较好的实用价值。     

大鼠皮肤切创愈合过程中ICAM-1及P选择素的表达

目的　探讨细胞间粘附分子 1(ICAM 1)及P选择素的表达变化与损伤时间的关系。方法　应用免疫组织化学技术 ,对实验大鼠不同损伤时间的生前伤 ( 5min～ 7d)及死后伤 ( 5～ 3 0min)皮肤组织中ICAM 1及P选择素的表达变化进行观察。结果　在生前损伤组中 ,ICAM 1最早在伤后 1h ,最迟至伤后 3d在表皮层中呈阳性表达 ;P选择素最早在伤后 10min ,最迟至伤后 5h即在血管内皮细胞中呈阳性表达。此外 ,ICAM 1还在炎症细胞及纤维母细胞中表达 ,且随损伤时间变化而呈规律性变化。在时间段分组 ,ICAM 1在第Ⅰ组 ( 5min～ 1h)中阳性细胞率极低( 0 41± 0 73 % ) ,第Ⅱ组 ( 3h～ 7h)及第Ⅲ组 ( 9h～ 12h)均呈显著性增高 ( 9 79± 3 74% ,2 3 3 3± 1 10 % ) ,至第Ⅳ组 ( 1d)达高峰 ( 3 0 5 8± 2 65 % ) ,其后逐渐减少。ICAM 1及P选择素在死后伤中均呈阴性表达。结论　ICAM 1及P选择素可作为法医学损伤时间判定的有效指标。     

DNA数据库建设中批量样品不同DNA提取方法的比较

目的比较和选择自动化工作平台提取DNA的方法,并用于DNA数据库建设。方法用手工Chelex-100法、Biomek3000自动化工作平台结合Chelex-100法及DNA-IQTM磁珠法对实验室收集的建库滤纸血样进行DNA提取,荧光定量技术对上述3种方法提取的模板DNA进行测定;扩增产物用3100基因分析仪检测并用基因分析软件分析。结果手工Chelex-100法、自动化Chelex-100法及DNA-IQTM磁珠法提取的DNA模板浓度分别为0.593ng±0.131ng/μl、0.579ng±0.096ng/μl、0.447ng±0.056ng/μl;成功率分别为100%、98.9%、99.5%。结论本文建立的自动化Chelex-100法可用于大规模DNA数据库建设。     

Simplified Direct PCR Method for Reference Buccal Samples Using a Non-FTA Card by Omitting the Pretreatment Step

When using non-FTA cards in commercial multiplex STR kits for direct PCR, pretreatment steps with specific buffers are recommended. Here, we designed a rapid direct PCR method utilizing a non-FTA card, Oral Cell Sampling Kit, by omitting the pretreatment step involving Prep-n-Go™ Buffer, and it showed compatibility with the GlobalFiler™ Express PCR Amplification Kit, GlobalFiler™ PCR Amplification Kit, and PowerPlex^® Fusion system. To optimize the PCR conditions, we tested the method with different final PCR volumes and cycles. Finally, we conducted a performance test using 50 Korean buccal samples and confirmed the high performance of the method, detecting more than 90% of the samples with full profiles when using GlobalFiler™ PCR Amplification Kit and PowerPlex^® Fusion system at 29 cycles in a 10 μL final PCR volume. Thus, we report a simple direct PCR set-up to analyze reference samples collected using a non-FTA card manufactured in Korea.     

大鼠皮肤切创愈合过程中Cygb及HIF-1α mRNA的表达

目的探讨皮肤切创愈合过程中Cygb及HIF-1αmRNA表达的相关性及时间变化规律。方法 60只健康雄性SD大鼠随机分为9个实验组和1个正常对照组,建立大鼠皮肤全层切创模型,实验组分别于术后0、1、3、6、12、24、48、72、96h脱颈处死大鼠,提取创周皮肤总RNA,采用实时荧光定量PCR技术检测Cygb及HIF-1αmRNA的表达,实验组与对照组及各组间进行比较分析。结果 Cygb与HIF-1αmRNA创伤后表达的总体变化趋势基本一致,均于伤后12h首次达峰,分别为对照组的1.6倍和5.4倍(P<0.05);随后下降,并分别于伤后48h、72h再次升高,至96h达对照组的2.8倍和5.6倍(P<0.05)。结论大鼠皮肤切创愈合过程中Cygb与HIF-1 mRNA的表达呈现时序性变化且有一定的相关性,可作为皮肤损伤时间推断的指标。