北京鸭Ⅱ型干扰素基因分子克隆与序列分析

应用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术,从伴刀豆球蛋白A(ConA)刺激培养的北京鸭脾淋巴细胞提取的总RNA中扩增得到北京鸭Ⅱ型干扰素(1FN-γ)基因(DuIFN-γ2).序列分析表明,DuIFN-γ2基因长度与报道的鸭IFN-γ基因(AF087134)长度一致,为497个核苷酸,共编码145个氨基酸的成熟蛋白,推测其分子量约17 ku.两者核苷酸水平的同源性为99.6%,有2个位置发生非同义变异,其氨基酸序列的同源性为98.6%;与其他禽类的同源性为67.0%-68.0%,与人的同源性为34.4%.     

鸭传染性腔上囊病毒VP2基因的克隆与序列分析

应用RT PCR法对分离于当地典型发病鸭群的鸭传染性腔上囊病毒 (IBDV )YL997株进行了VP2基因的克隆与序列分析 ,并和相关毒株进行了比较。结果表明 ,YL997株与STC株的核苷酸和氨基酸同源性只有 92 .5 %和 91.8% ,与超强毒株UK6 6 1的核苷酸和氨基酸同源性均为97.6 % ,而与当地鸡群中分离的超强毒株HN94 2的核苷酸和氨基酸同源性则高达 98.1%和98.4 % ,该毒株的VP2基因序列完全具备了超强毒株的主要特征。     

鸡IL-2基因的克隆及序列测定

根据已发表的鸡白细胞介素２（ＩＬ２）基因序列设计引物,用ＲＴＰＣＲ方法从新城疫病毒感染的雏鸡脾淋巴细胞培养物中扩增出鸡的ＩＬ２基因ｃＤＮＡ,并进行序列测定,为进一步表达鸡ＩＬ２并深入研究其功能奠定了基础。     

广西10个地方优质品种鸡γ-干扰素基因的克隆与序列分析

根据基因库中鸡γ-干扰素的基因序列设计了1对特异性引物,应用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术,从ConA诱导培养的广西10个地方优质品种鸡外周血淋巴细胞RNA中扩增了γ-干扰素基因,结果。均得到了大小为520 bp的特异性片段。将扩增产物纯化并克隆到 pMD18-T载体上,获得重组质粒,经PCR和EcoR Ⅰ Sal Ⅰ双酶切鉴定后测序。序列分析结果表明,广西10个地方优质品种鸡γ-干扰素基因均编码145个氨基酸的成熟蛋白,分子质量约为16．8 ku,与哺乳动物和其他品种鸡的核苷酸序列同源性分别为38．8％～39．0％和99．2％～100％,氨基酸序列同源性分剐为23．6％～24．8％和97．6％～99．4％。     

口蹄疫病毒诱导的牛α -干扰素基因cDNA的克隆及序列分析

参照已发表的牛α 干扰素基因cDNA序列设计了 1对引物 ,用感染口蹄疫病毒的牛外周血为材料 ,提取总RNA。经RT PCR ,获得与预期大小相符的DNA片段。所获得的PCR产物长度是 6 0 4bp ,与参考序列的同源性是 99.7%。第 2 3位～ 91位的 6 9个碱基为信号肽序列 ,编码2 3个氨基酸。与参考序列比较 ,第 4 3位的碱基由C变为A ,即由TTC→TTA ,对应的氨基酸由苯丙氨酸 (F)变为亮氨酸 (L)。第 4 5位的碱基由G变为C ,即由CGA→CCA ,对应的氨基酸由精氨酸(R)变为脯氨酸 (P)。第 92～ 5 89位的 4 98个碱基为牛α 干扰素成熟蛋白基因序列 ,编码 16 6个氨基酸 ,与参考序列完全相同 ,即同源性为 10 0 %。第 5 90～ 5 92位的碱基为TGA终止子。整个牛α 干扰素前体蛋白基因共 5 70个碱基 ,编码 189个氨基酸     

新兴猪IFN-α成熟蛋白基因的克隆与序列分析

根据NCBI GenBank上登录的猪IFN-α基因序列设计了 1 对引物,应用 PCR技术直接从3周龄新兴猪肝细胞中扩增出了约 500 bp 的基因片段;将该片段克隆到 pMD 18-T 载体,经PCR、酶切及序列测定,该克隆片段由501个核苷酸组成,共编码 166 个氨基酸,与 NCBI GenBank上登录的 2 个猪 IFN-α基因序列(登录号为 M28623 和 X57191)比较,核苷酸的同源性分别为99.4%和99.2%。     

番鸭细小病毒弱毒株VP2基因的分子克隆与序列测定

将番鸭细小病毒(MDPV)强毒Q株经番鸭胚连续传代,获得致弱株MDPV-26.根据已发表的MDPV的全基因序列,设计了1对引物LHMP7/LHMP8,同时在这2条引物中分别加入2种限制性核酸内切酶SacⅡ和KpnⅠ的酶切位点.应用PCR技术扩增了MDPV-26株的VP2基因片段.将扩增后的基因片段重组到pMD18-T质粒载体上,并对插入片段进行序列测定.测序结果表明,弱毒株MDPV-26与强毒株MDPV-Q的VP2基因序列相同率达99.7%,与国外分离株的同源性为98.3%,说明强、弱毒株的VP2基因序列变化不大.     

鸭肝炎病毒Ⅰ型VP3基因的克隆及原核表达

参照鸭肝炎病毒Ⅰ型(DHV-Ⅰ)的基因组序列设计并合成了1对引物.通过RT-PCR方法扩增获得了DHV-Ⅰ病毒161/79/Ⅴ结构蛋白VP3基因,并将VP3基因片段插入pGEX-6p-1表达载体,转化E.coli Rosetta-gami(DE3)pLysS.SDS-PAGE分析表明,经用0.1 mmol/L IPTG于16℃诱导表达后,菌体裂解产物有特异的、分子质量约52 ku的目的蛋白条带.Western-blotting检测表明,表达产物与DHV-Ⅰ阳性血清发生特异性反应,具有良好的反应原性.     

Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒RT-PCR检测方法的建立

根据获得的Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒(DHVⅠ)RNA聚合酶基因序列,应用Primer Premier 5.0软件设计了1对引物,建立了检测DHVⅠ的RT-PCR方法。该法能从DHVⅠ中扩增到440 bp的条带,而对正常鸭胚尿囊液、健康鸭肝、鸭瘟病毒、番鸭细小病毒、鹅细小病毒、雏鹅新型病毒性肠炎病毒、禽流感病毒(H5N2亚型)、鸭病毒性肿头出血症病毒、鸭源多杀性巴氏杆菌(5∶A)的扩增结果均为阴性。该法最低可以检测到30 pg的DHVⅠ核酸模板。RT-PCR对DHVⅠ强毒CHV-1株人工感染发病死亡鸭肝的检测结果与病毒分离和Dot-ELISA检测结果的阳性检出率均为100%,对脾、肺、脑病料的检出率显著(P≤0.01)高于病毒分离和Dot-ELISA。RT-PCR、病毒分离和Dot-ELISA对1987~2005年采集且保存于-20℃的经病毒分离已确诊为鸭肝炎的临床送检肝病料的检出率分别为100%(19/19)、36.84%(7/19)和57.98%(11/19),对2000~2005年采集且于-20℃保存的来源于中国18个省份发病鸭群的48份肝病料的检出率分别为100%(48/48)、56.25%(27/48)和75.00%(36/48)。结果表明,建立的RT-PCR方法具有良好的特异性和敏感性,可用于DHVⅠ的分离鉴定、临床病料的检测和分子流行病学调查。     

藏猪γ-干扰素基因cDNA的克隆及序列分析

将藏猪外周血淋巴细胞进行体外培养 ,在ConA的刺激下培养 70h后 ,提取培养的淋巴细胞总RNA ,应用RT PCR技术扩增藏猪淋巴细胞γ 干扰素cDNA(TPγ INF) ,并克隆到 pMD T载体上 ,进行测序。结果显示 :克隆的TPγ INFcDNA全长为 5 45个碱基 ,ORF为 5 0 1个碱基 ,编码 16 6个氨基酸 ,分子量为 19.4ku ,等电点为 10 .2 9。此cDNA与牛、马的γ INF同源性分别为86 %和 81% ,与猪的γ INF同源性为 10 0 % ,证明克隆到了藏猪的γ 干扰素cDNA。     

番鸭呼肠孤病毒ZJ99株σC蛋白基因的克隆与序列分析

参考已发表的番鸭呼肠孤病毒(mDRV)的S4序列设计了1对扩增σC蛋白基因的引物,对mDRVZJ99株的RNA抽提物进行RTPCR扩增,获得了特异性的扩增片段。将PCR产物克隆测序,序列经同源性比较,发现mDRVZJ99株σC蛋白基因序列与福建MW9710株对应基因的同源性为99.5%,与法国89026株对应基因的同源性为94.2%,与法国89330株对应基因的同源性为95.0%;相应的氨基酸序列同源性分别为98.9%、94.1%、93.7%。基于σC基因及其推导氨基酸序列的蛋白质结构及物理化学性质预测结果,与国外学者对mDRVσC蛋白的报道相似。     

两株不同来源的猪圆环病毒1型ORF2基因的克隆与序列分析

根据GenBank中猪圆环病毒1型(PCV1)ORF2基因序列,设计了1对引物,应用PCR方法从PK-15细胞和疑似患断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)的仔猪组织病料中分别扩增出了PCV1 ORF2全基因(702bp)。将此基因片段克隆入pMD 18-T载体,筛选获得了重组质粒pMD-PCV1-ORF2,并对其进行了测序与分析。结果表明:所克隆的PK-15来源和组织病料来源的ORF2基因的同源性为99.4%,二者与GenBank中登录的PCV1 ORF2基因的同源性为97.3%~99.9%,与PCV2 ORF2基因的同源性为67.9%~68.4%,二者编码的蛋白在几个功能区比较保守。抗原表位预测表明,PCV1 ORF2编码的蛋白具有良好的免疫原性。     

鸭瘟病毒的PCR鉴定及相关序列分析

设计、合成了 2对鸭瘟病毒引物 ,对云南省发现的 1例鸭瘟可疑病例 (YN DPV0 1)进行PCR鉴定 ,并对其扩增产物进行测序。结果显示 ,引物对被检测病料的扩增正确 ;所扩增的片段经序列测定与参考毒株 p4 81的同源性为 99.5 %。     

猪三种细胞因子基因的克隆与序列测定

利用RTPCR技术,从植物凝集素(PHA)、脂多糖(LPS)诱导的猪外周血淋巴细胞(PBMC)中成功地克隆了IL2、IL4、IFNα1基因,诱导后第6～24h细胞因子转录基因量最丰富;诱导剂LPS和PHA联合使用的效果优于LPS或PHA单独使用的诱导效果。序列测定与分析表明,克隆的IL2、IL4和IFNα1基因与相应的参考序列的同源性分别是98.5%、99.0%和97.6%。     

鸭瘟病毒gC基因的克隆及其分子特性分析

对已构建的鸭瘟病毒(DPV)DNA文库重组质粒测序后,运用ORF Finder、BLASTN等工具进行全面生物信息学分析,根据分析结果设计引物,以DPV DNA为模板进行PCR扩增和T克隆,获得完整基因,经测序和探针核酸斑点杂交进行验证。结果证实,获得的完整ORF片段(ORF1296)为DPV的gC基因(GenBank登录号EU076811),全长1 296 bp,与已报道的其他疱疹病毒gC基因具有较高的同源性,它编码432个氨基酸,蛋白分子质量为45 ku、等电点(PI)为5.292,具有疱疹病毒典型I型膜蛋白结构特征。gC基因进化树分析表明,DPV与α-疱疹病毒亚科的鸟源疱疹病毒亲缘关系最近,编码的gC蛋白多为柔性区域,富含无规卷曲,含少量α-螺旋和β-折叠,氨基酸序列的第21～24、50～58、67～70、161～171、273～281、387～393位最有可能为抗原表位。此结果为进一步开展DPV gC基因及其编码蛋白的深入研究提供了有用数据。     

番鸭呼肠孤病毒S基因组的克隆与序列分析

对番鸭呼肠孤病毒S12和S14毒株S基因组(S1-4)中σA、σB、σNS和σC蛋白基因进行了克隆和测序。序列分析表明:鸭呼肠孤病毒(DRV)与禽呼肠孤病毒(ARV)的σA和σNS基因的核苷酸同源性分别为76.0%~77.1%和78.4%~79.6%,氨基酸同源性分别为89.5%~91.2%和91.6%~92.7%;而具有诱导群特异性和型特异性中和抗体的σB和σC基因的核苷酸同源性分别为60.3%~64.4%和2.7%~9.9%,氨基酸同源性分别为61.4%~62.0%和22.6%~26.7%;DRV和ARV抗原性存在差异。而DRV S12/S14与法国89026株σA、σB、σNS和σC基因的核苷酸同源性分别为90.0%、93.6%、87.9%~88.0%和93.1%,氨基酸同源性分别为97.1%、94.3%、95.7%~95.9%和93.7%。进化树分析表明,DRV与ARV形成不同的分支,DRV是正呼肠孤病毒属中不同于ARV的一种新的呼肠孤病毒。     

新兴猪IL-18成熟蛋白基因的克隆与序列分析

根据GenBank上登录的猪白细胞介素18(pIL 18)基因序列,设计了1对特异引物。利用RT PCR对从3周龄新兴仔猪脾细胞中提取的总RNA进行了扩增,获得了约500bp的片段。将该片段克隆、鉴定、测序,证实已获得了新兴猪IL 18成熟蛋白基因片段,其大小为474bp,编码157个氨基酸,与GenBank上登录的猪IL 18成熟蛋白基因序列完全一致。     

鸭瘟病毒TK基因的克隆及其分子特性分析

通过测定动物疫病与人类健康四川省重点实验室构建的鸭瘟病毒(duck plaque virus,DPV)DNA基因文库中重组质粒的DNA序列,得到了该病毒胸苷激酶(TK)基因的ORF.采用PCR扩增出了DPV TK基因并将其克隆到pMD18-T载体上,之后对重组质粒进行了PCR和双酶切(BamH Ⅰ Hind Ⅲ)鉴定,并利用生物信息学软件Genscan、ProtScale、SignalP2.0、Scansite、TMpred、Prosite、DNAStar以及在线Predictprotein等分析了TK基因的分子特性.结果显示,DPV TK具有疱疹病毒的典型特征,含有ATP结合结构域和核苷酸结合结构域2个功能结构域,且具有与功能相关的磷酸化位点和氨酰化位点;编码的多肽链中亲水区域大于疏水区域,是一种膜外蛋白.DPV TK基因与禽类疱疹病毒(α-疱疹病毒)的进化关系最近.