结核分枝杆菌与牛分枝杆菌PCR快速鉴别检测方法的建立

根据结核分枝杆菌与牛分枝杆菌基因组的比对分析结果,针对结核分枝杆菌与牛分枝杆菌153bp、RD10和TbD1的3处差异缺失区域设计引物,分别建立了结核分枝杆菌与牛分枝杆菌PCR快速鉴别检测方法.应用建立的3种方法分别对84株结核分枝杆菌、3株牛分枝杆菌、51株非结核分枝杆菌及9种其他常见菌株进行了检测.结果显示,用针对153 bp缺失片段建立的PCR方法分别在结核分枝杆菌及牛分枝杆菌中扩增出645 bp及492 bp的目的条带;用针对RD10、TbD1建立的PCR方法分别在结核分枝杆菌及牛分枝杆菌中扩增出478 bp及361 bp的目的条带、358 bp及524 bp的目的条带.这3种PCR检测方法的准确率和特异性均为100%.敏感性试验结果显示,这些检测方法对结核分枝杆菌和牛分枝杆菌基因组DNA的检测极限均为10 pg.表明,此方法可用于牛源或人源结核分枝杆菌及牛分枝杆菌的快速鉴别检测.     

贵州某猪场胸膜肺炎放线杆菌血清5型的分离鉴定

2020年11月贵州毕节某猪场一头经产母猪突然发病死亡,为鉴定导致其发病死亡的致病菌,试验无菌采取病死猪病变肺组织,通过细菌分离培养、染色镜检、生化试验、16S rRNA PCR扩增等方法进行鉴定,并对分离菌进行药敏试验、血清型鉴定、毒素基因鉴定、耐药基因检测及毒力试验。结果显示,从病变肺中分离到1株病原菌,分离菌的菌落形态、菌体形态、生化特征和16S rRNA基因序列均与胸膜肺炎放线杆菌相符,将其命名为APP GZBJ2020;药敏试验显示,APP GZBJ2020株对头孢曲松、头孢哌酮、青霉素等9种药物敏感,对头孢氨苄和米诺环素中度敏感,对庆大霉素、红霉素、新霉素等9种药物耐药;血清型鉴定结果显示其为血清5型胸膜肺炎放线杆菌;毒素鉴定结果显示APP GZBJ2020株含有ApxⅠ、ApxⅡ及ApxⅣ三种毒素基因;耐药基因检测结果显示,APP GZBJ2020株携带有tem、gyrB、parC和parE四种耐药基因;动物毒力试验结果显示,APP GZBJ2020株对小鼠有致病性。试验成功从病死经产母猪病变肺中分离到1株血清5型胸膜肺炎放线杆菌,试验结果可为该猪场治疗发病猪提供一定帮助,并为了解胸膜肺炎放线杆菌在贵州省的流行血清型提供数据支持。     

牛布氏杆菌和副结核分枝杆菌双重PCR检测方法的建立

为快速检测牛布氏杆菌和副结核分枝杆菌,根据GenBank中的布氏杆菌OMP31基因序列(JF918757)及副结核分枝杆菌ISMav2基因序列(AF286339)设计、合成2对特异性引物,通过对PCR条件的优化,建立了快速鉴别检测牛布氏杆菌和副结核分枝杆菌的双重PCR方法。经对建立的方法进行特异性和敏感性试验,结果表明,分别扩增出602、246bp的特异性牛布氏杆菌和副结核分枝杆菌DNA目的条带,作为对照的双芽巴贝斯虫、大肠杆菌、沙门氏菌、弓形虫、链球菌、牛放线菌的DNA及其混合物均未扩增出任何条带。牛布氏杆菌与副结核分枝杆菌的最低检测限分别为1.92和2.51pg;牛肉样品中人工污染的牛布氏杆菌和副结核分枝杆菌的检测敏感性分别为6×104和7×104 CFU/mL。该双病原检测体系的成功建立为牛布氏杆菌病及副结核病的检测、鉴定和流行病学调查提供了有力的技术支持。     

猕猴肠侵袭型大肠杆菌的分离鉴定及其毒力因子基因的检测

2010年5月从四川省某猕猴养殖场急性腹泻猕猴肠道内分离出4株致病性大肠杆菌,并对其进行了16SrDNA扩增、生化反应、血清型鉴定、药敏试验以及毒力因子基因的分子生物学检测。结果显示,该菌株血清型为O28;药敏试验证实该菌对多种抗生素具有抗性,并且呈现多重耐药性;攻毒试验证实该菌能够导致小白鼠大量死亡;多重PCR成功检测出侵袭性大肠杆菌的Einv毒力基因。确定该病原菌为肠侵袭型大肠杆菌,而且毒力很强。     

耐药基因cfr和optrA在猪源葡萄球菌的流行特征

为了解多重耐药基因cfr、optrA在猪源葡萄球菌中的流行分布,对来自广东省河源市和上海市3个猪场的280份鼻腔拭子样品,使用氟苯尼考(10μg/mL)甘露醇平板进行细菌分离,PCR检测cfr和optrA耐药基因,并通过gap基因进行菌种鉴定,采用琼脂稀释法对16种常用抗菌药物进行药敏试验。结果显示,本研究共分离获得38株葡萄球菌(分离率为13.57%),包括25株cfr阳性菌株(检出率为8.93%)和15株optrA阳性菌株(检出率为5.36%),其中2株葡萄球菌同时检出cfr及optrA基因。gap基因鉴定表明,15株optrA阳性葡萄球菌均为松鼠葡萄球菌,23株cfr阳性葡萄球菌成功分为4个不同葡萄球菌亚种,包括12株松鼠葡萄球菌、8株腐生葡萄球菌、2株马胃葡萄球菌及1株科氏葡萄球菌。药敏结果显示,38株cfr/optrA葡萄球菌均为多重耐药菌株,均对氟苯尼考、克林霉素和泰妙菌素耐药,且对部分药物表现出较高耐药率,如沃尼妙林(94.7%)、氨苄西林(92.0%)及四环素(89.5%),但所有菌株对万古霉素敏感。对比在不同生长阶段分离葡萄球菌中cfr及optrA的检出率,cfr和optrA基因主要流行于育肥猪。结果表明,3个猪场葡萄球菌cfr和optrA的检出率高,耐药情况严重,应加强抗菌药物在养殖过程中规范使用以减缓耐药性的产生和传播。     

河南省猪源耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的耐药性及分子分型研究

本研究旨在阐明河南省猪源耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的流行现状及耐药表型特征。从河南省3个规模化养猪场和1个生猪屠宰场共采集1 107份猪鼻腔拭子,采用选择性培养基分离金黄色葡萄球菌与MRSA疑似株,运用多重PCR(扩增16SrRNA、nuc和mecA)鉴定金黄色葡萄球菌和MRSA;以纸片扩散法检测MRSA分离株对19种抗菌药物的敏感性;运用脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点序列分型(MLST)和葡萄球菌蛋白A(spa)分型方法对MRSA分离株进行分子分型。结果显示,共检出358株金黄色葡萄球菌,分离率为32.3%,其中119株为MRSA,分离率为10.8%,金黄色葡萄球菌分离株中MRSA的阳性率为33.2%。有66.39%的MRSA分离株同时耐受15种抗菌药物,其中出现了喹奴普汀/达福普汀(1.7%)和利福平(0.8%)耐药株,但尚未出现万古霉素和利奈唑胺耐药株。PFGE结果显示,河南省猪群流行的MRSA遗传谱系较为复杂。MLST和spa分型结果显示,该地区猪群流行的MRSA主要为ST9-t899型。研究结果表明,河南省猪群MRSA广泛流行,多重耐药十分严重;流行的猪源MRSA主要为ST9-t899型,但遗传背景呈多样化。本研究结果为加强我国生猪养殖重点地区猪源MRSA的监测和流行传播机制研究奠定了基础。     

血清4型猪链球菌的分离鉴定及其致病性和药物敏感性分析

为了确定扬州市某猪场发病猪的病原,本研究从送检的病死猪肺组织中分离了1株细菌。经16S r DNA测序和gdh基因PCR扩增,证实分离的细菌为猪链球菌。用猪链球菌分型引物进行PCR扩增鉴定分离菌株的血清型,结果显示,该菌株为猪链球菌4型。生长曲线分析显示,在添加10%新生牛血清的TSB培养基中,分离菌株比猪链球菌2型SC19菌株生长迅速。小鼠感染试验结果显示,分离菌株具有高致病性。药敏试验结果显示,分离菌株对青霉素类和头孢类药物敏感。本研究为猪链球菌4型的防控提供了理论依据,也为后续猪链球菌4型的致病机制研究奠定了基础。     

牛传染性鼻气管炎病毒的分离鉴定及其遗传进化分析

采集内蒙古地区疑似发生牛传染性鼻气管炎的发病牛的鼻拭子液,经MDBK细胞连续传代培养,分离获得1株病毒,该病毒在MDBK细胞上增殖致细胞病变。经PCR鉴定、间接免疫荧光试验和动物回归试验,证明该分离株为牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV),对牛具有较强的致病性,将其命名为IBRV NM8株。通过PCR扩增分别获得gB和gE全基因序列,遗传进化分析表明,IBRV NM8株g B和g E基因与BHV-1型参考毒株的同源性较高,位于同一进化分支,而与BHV-5型参考毒株位于不同的进化分支。NM8株gB基因与Cooper株、MN12株、Los Angeles株和NM06株等的亲缘关系相对较近,而g E基因与瑞典的Salwa株的亲缘关系较近,位于同一分支。上述研究结果将为我国IBRV流行病学研究提供新的数据,并为相关后续研究奠定基础。     

四种血清型胸膜肺炎放线杆菌多重PCR检测方法的建立

根据胸膜肺炎放线杆菌(APP)外膜蛋白OmlA序列设计种特异性引物,根据血清型1、2、6、7荚膜多糖(CPS)序列分别设计型特异性引物,通过优化PCR扩增条件,分别扩增出OmlA(952 bp)、CPS1(630bp)、CPS2(504 bp)、CPS6(720 bp)、CPS7(389 bp)特异性片段,建立了既可对APP进行定性检测又可对APP 1、2、6、7进行定型检测的多重PCR.特异性试验表明,此多重PCR能从APP 1～4、6～10标准株中扩增出与引物相应的特异性片段;对猪副嗜血杆菌、猪肺炎霉形体、多杀性巴氏杆菌、肠炎沙门菌、猪链球菌、大肠杆菌和猪丹毒杆菌进行扩增,均未扩增出片段.敏感性试验表明,此多重PCR能够检测到DNA的量为10 pg.45头疑似病猪病料的细菌分离鉴定结果与此多重PCR的鉴定结果一致.上述结果表明,建立的多重PCR适合于APP 1、2、6、7的鉴别诊断及流行病学调查.     

猪胸膜肺炎放线杆菌的分离鉴定及其生物学特性的研究

为了对疑似猪接触传染性胸膜肺炎的病死猪肺脏进行胸膜肺炎放线杆菌(APP)的分离鉴定,并研究其生物学特性,通过形态学及培养特性观察、生化试验、PCR方法对分离菌株进行了鉴定,并对APP分离株进行了NAD依赖试验生物学分型、PCR方法血清学分型、PFGE基因分型以及K-B纸片法药敏试验。结果显示,共分离到16株APP,源自两省三地的APP分离株具有一致的形态学特征和相似的生化特性。9株福建分离菌均为生物Ⅱ型,其PFGE基因型均为Pa4;7株安徽分离菌均为生物I型,其中6株为血清型12型,菌株FD1402的PFGE基因型为Pa2,其余5株APP菌株的PFGE基因型为Pa1,剩余1株为血清型3型,其PFGE基因型为Pa3。药敏试验结果显示,对18种常用抗菌药中的环丙沙星、诺氟沙星、氟苯尼考,安徽株均100%敏感,福建株依次为88.9%、77.8%和66.7%敏感;所有分离株对其他15种药物均表现出不同程度的耐药。上述结果表明,不同来源APP菌株的生物学特性较为一致。血清型12型是安徽省APP的主要流行血清型之一。APP分离株的PFGE基因型与血清型、生物型之间无明显的相关性。     

鸭源致病性大肠杆菌的分离鉴定及系统发育分析

为确定江苏省徐州市某养鸭场病死鸭的病原菌,从发病鸭的肝中分离到1株细菌并命名为JSE 4,根据形态特征、培养特性、生化试验、16S r R N A分子鉴定结果可确定该菌为大肠杆菌(E.coli)。对该分离菌进行致病型快速鉴定、动物致病试验、毒力基因检测、药敏试验、系统发育分析,结果显示,该分离株为禽致病性大肠杆菌(APEC),可引起试验组SPF雏鸭死亡,死亡率为16.7%。分离株含有14种毒力基因中的12种,29种常用抗菌药物中,该分离株仅对链霉素、呋喃妥因、亚胺培南、呋喃唑酮、头孢他啶、氨曲南这6种药物具有敏感性。该分离株与源自比利时水源、瑞士禽肉源和中国鸭源分离株的亲缘关系最近,与比利时水源、瑞士禽肉源分离株的同源性高达99.7%。研究表明,从江苏徐州周边养鸭场病死鸭中分离到1株多重耐药的禽致病性大肠杆菌。     

马链球菌马亚种新疆分离株的分离及耐药性和进化分析

为了解新疆马链球菌马亚种流行株的分子特性和遗传变异情况,对2017年采集的病马淋巴组织进行病原分离培养、生化鉴定和药敏试验,并对该分离菌株的SeM基因进行了PCR扩增和测序分析。同时,将该分离株与本实验室2013—2017年分离的10个分离株的SeM基因与国外分离株构建系统进化树。结果表明,成功分离鉴定了马链球菌马亚种ZZM17-1株,该菌株对阿莫西林、环丙沙星、克林霉素、多西环素、庆大霉素、左氧氟沙星、四环素、磺胺甲恶唑、利福平、诺氟沙星、土霉素、头孢噻呋、磺胺嘧啶钠和恩诺沙星等14种药物敏感,对青霉素和氨苄西林表现明显的耐药。基于SeM的系统进化树表明新疆地区马链球菌马亚种分离株分别属于Ⅰ群和Ⅳ群。该结果丰富了国内马链球菌马亚种的基因数据,为本地区开展马腺疫的防治提供了理论依据。     

貂源肺炎克雷伯氏菌的分离及毒力和耐药性的分析

为探讨采自山东省部分地区的10株貂源肺炎克雷伯氏菌(Kp)的毒力和耐药性,本研究从疑似肺炎发病水貂的肺中分离出10株革兰阴性菌,经PCR及Vitek全自动细菌鉴定仪鉴定为肺炎克雷伯氏菌。对10株肺炎克雷伯氏菌进行人工感染及毒力试验、药敏试验、耐药基因检测及接合转移试验。结果显示,10株肺炎克雷伯氏菌攻毒后小鼠全部死亡,肺、肝、脾和肾均有不同程度的出血。分离株中大部分肺炎克雷伯氏菌对临床常用药物表现出多重耐药,其中对氨基糖苷类、青霉素类、三代头孢菌素类、喹诺酮类及磺胺类抗生素的耐药性较高,但对阿莫西林/克拉维酸、亚胺培南及多黏菌素等抗生素敏感。耐药基因TEM、SHV和CTX-M的检出率分别为100%、70%和80%,以TEM基因检出率最高。     

不同动物源性大肠杆菌多重耐药调控基因rob的同源性分析

为研究大肠杆菌多重耐药调控基因rob与不同动物源性及多重耐药水平之间的关系,选取临床分离的不同动物源性大肠杆菌5株及大肠杆菌药敏质控株ATCC25922,在对其进行主要治疗药物耐药性检测的基础上,分别以其染色体DNA为模板,通过PCR反应扩增出大肠杆菌多重耐药调控基因rob,将该基因分别与克隆载体pMD18-T连接,连接产物转化至大肠杆菌JM109感受态细胞中,对经酶切与PCR反应鉴定为阳性的克隆质粒进行了核苷酸序列测定。测序结果表明:不同动物源性大肠杆菌的rob基因与Gen-Bank中该基因的核苷酸序列及所推导的氨基酸序列的同源性较高。不同源性大肠杆菌的rob基因的核苷酸序列与其动物源性有关,该基因的核苷酸序列的个别突变位点可能影响AcrAB外输泵的表达水平,进而影响其多重耐药水平。     

牛分枝杆菌Ag85A基因的克隆及序列分析

以牛分枝杆菌Vallee111染色体DNA为模板 ,以Ag85A成熟蛋白基因特异性引物进行PCR扩增 ,获得了 90 0bp的DNA片段。通过T A克隆技术 ,将PCR产物克隆至pGEM T载体。经鉴定 ,成功地构建出了克隆载体pGEM T 85A。     

牛源非脱羧勒克菌的分离鉴定及其耐药基因的检测

为诊断导致乳牛死亡的病原菌,于病死牛腹腔积液中分离得到1株具有致病性的优势菌株。经16S r DNA检测鉴定为非脱羧勒克菌。动物回归试验中,病牛肺、心外膜、喉头病理变化明显。以15种抗生素进行药敏试验,该非脱羧勒克菌对大环内酯和氨基糖苷类药物均呈显著耐药。耐药基因检测中大环内酯类耐药基因与氨基糖苷耐药基因均呈显性表达。     

绵羊溶血性曼氏杆菌的分离鉴定

本研究对疑似患有溶血性曼氏杆菌的病羊肺组织进行病原分离,并对分离菌株进行生化反应、动物致病性试验、PCR鉴定和药敏试验。结果表示,分离菌株为革兰阴性短杆菌且具有较强的致病性,经生化试验和PCR鉴定为溶血性曼氏杆菌,该分离菌株对大部分抗菌药物敏感,对红霉素和庆大霉素、磺胺间甲氧嘧啶耐药。本研究为溶血性曼氏杆菌病选择合理、正确的抗菌药物提供了一定的科学依据,并为进一步研究其耐药机制奠定了基础。     

多重耐药基因cfr在食品动物源大肠杆菌中流行特点的调查

为调查多重耐药基因cfr在我国多个地区食品动物源大肠杆菌中的流行情况及耐药现状,对2014年从广东、山东、江苏等11个省份分离得到的4 702株大肠杆菌,采用PCR和测序方法验证cfr阳性菌株,并通过临床常用药物敏感性测定、脉冲场凝胶电泳分型(PFG E)和Southern杂交定位等方法,确定分离株的耐药表型和cfr基因在大肠杆菌中的传播方式。结果显示,共检出cfr阳性菌株9株,检出率为0.19%。药敏试验结果显示,9株cfr阳性菌株对氯霉素、氟苯尼考、氨苄西林、四环素、多西环素均耐药,对亚胺培南均表现为敏感,对庆大霉素、新霉素耐药率在60%以上,对其他药物耐药率介于10%~50%之间。PFGE结果显示,有2株来自同一养殖场的菌株谱型相似,表明存在克隆传播。Southern杂交结果显示,cfr基因定位于大小为70~400 kb之间的质粒上。上述调查结果表明,多重耐药基因cfr在食品动物源源大肠杆菌中的检出率较低,但在广东地区较为流行。     

粤西地区两株鹅源鸭疫里氏杆菌的分离鉴定

从疑似患有鸭疫里氏杆菌病的病死雏鹅分离病原菌并对分离到的菌株进行了形态学观察、生化试验、血清型鉴定、PCR鉴定、药敏试验及16SrRNA基因序列分析。结果显示,2个分离菌株为Ⅰ型鸭疫里氏杆菌;它们均对22种常用抗生素表现出耐药。这2株鹅源分离株与鸭源鸭疫里氏杆菌处于同一进化支上,与同属rRNA总科Ⅴ的伯杰氏菌属、金黄杆菌属、黄杆菌属的进化关系较近,与大肠杆菌、沙门菌、多杀性巴氏杆菌的进化关系较远。     

链球菌猪主要致病种和型多重PCR检测方法的建立

根据GenBank中登录的链球菌属保守基因(EF-TU)、猪链球菌种保守基因(GDH)、C群马链球菌兽疫亚种保守基因(M-like)、猪链球菌型特异性基因(SS1型CPS1I、SS2型CPS2J、SS7型CPS7H和SS9型CPS9H)的序列设计合成7对引物,建立了一次性在属、种、型3个水平上检测链球菌猪主要致病种和型(C群马链球菌兽疫亚种和猪链球菌1、2、7、9型)的多重PCR方法。结果显示,该多重PCR在退火温度为61℃时可一次性扩增出7条符合预期大小、序列正确的基因条带;特异性试验和准确性试验结果均符合预期,无非特异性、交叉反应、假阳性、假阴性条带出现;对16株临床分离鉴定链球菌的检测结果与细菌学鉴定及单纯PCR鉴定的符合率均为100%;敏感性为0.08ng/μL;5次重复试验的结果也完全一致。结果表明,建立的多重PCR方法具有高度特异性、准确性、敏感性和稳定性,适用于猪场链球菌病的监控和流行病学快速诊断。