禽呼肠孤病毒σNS非结构蛋白基因的克隆和表达

采用RT-PCR技术扩增了禽呼肠孤病毒(ARV)S1133株与广西分离株R2σNS非结构蛋白基因,将σNS基因克隆到质粒表达载体pGEX-4T-1上,获得的重组质粒经PCR、酶切鉴定以及测序分析,σNS基因的插入位置、大小和阅读框均正确,将阳性克隆命名为pGEX-S1133-σNS和pGEX-R2-σNS。构建好的重组质粒经37℃1 mmol/L IPTG诱导、SDS-PAGE分析超声裂解后的上清和沉淀,显示目的蛋白以包涵体方式表达,其蛋白质分子质量约为66.2 ku,约占菌体总量的31.5%~34.8%。Western-blotting分析表明,目的蛋白能够与ARV阳性血清发生特异性反应,表明该重组蛋白具有较好的抗原性。     

番鸭呼肠孤病毒S基因组的克隆与序列分析

对番鸭呼肠孤病毒S12和S14毒株S基因组(S1-4)中σA、σB、σNS和σC蛋白基因进行了克隆和测序。序列分析表明:鸭呼肠孤病毒(DRV)与禽呼肠孤病毒(ARV)的σA和σNS基因的核苷酸同源性分别为76.0%~77.1%和78.4%~79.6%,氨基酸同源性分别为89.5%~91.2%和91.6%~92.7%;而具有诱导群特异性和型特异性中和抗体的σB和σC基因的核苷酸同源性分别为60.3%~64.4%和2.7%~9.9%,氨基酸同源性分别为61.4%~62.0%和22.6%~26.7%;DRV和ARV抗原性存在差异。而DRV S12/S14与法国89026株σA、σB、σNS和σC基因的核苷酸同源性分别为90.0%、93.6%、87.9%~88.0%和93.1%,氨基酸同源性分别为97.1%、94.3%、95.7%~95.9%和93.7%。进化树分析表明,DRV与ARV形成不同的分支,DRV是正呼肠孤病毒属中不同于ARV的一种新的呼肠孤病毒。     

H5N1亚型高致病性禽流感病毒NS基因的克隆及序列分析

采用RT PCR技术对4株H5N1亚型高致病性禽流感病毒的NS基因进行了扩增,将获得的PCR产物分别与T载体连接,获得了4个毒株的NS基因阳性克隆。序列分析结果显示,分离毒株间的核苷酸同源率为90.2%～98.7%,氨基酸同源率为82.6%～97.8%。与其他毒株比较A Goose HLJ P46 2003(H5N1)和A Goose HLJ G2 2003(H5N1)株NS基因在第264～278位处发生了15个核苷酸缺失;A Goose Jilin W2 2004(H5N1)株NS1基因蛋白编码区的第652位碱基发生T C突变,成为终止密码子,造成NS1蛋白的C末端有13个氨基酸缺失。证实不同基因型的H5N1亚型禽流感病毒在我国家禽中同时存在;H9与H5亚型流感病毒基因间存在着广泛的遗传交换。     

禽呼肠孤病毒99G株σB编码基因的克隆及其在大肠杆菌中的高效表达

采用RT-PCR方法扩增禽呼肠孤病毒(ARV)99G株σB编码基因,序列分析表明,99G株σB编码基因与其他禽呼肠孤病毒的同源性为90%～99 9%,而与我国番鸭呼肠孤病毒S12株的同源性仅有60%;用BarnH Ⅰ和Xho Ⅰ酶将σB编码基因切下并克隆到表达载体pGEX-6p-1中,构建了重组表达质粒pGEX-σB;鉴定后转化至大肠杆菌BL21(DE3)中,经IPTG诱导,σB基因在大肠杆菌中得到了高效表达,表达的融合蛋白占总蛋白的41.46%,融合蛋白的分子质量为66 ku,主要以包涵体形式存在;Western-blot结果显示,该融合蛋白能与抗ARV阳性血清发生特异性反应,表明重组蛋白具有良好的反应原性,可用于禽呼肠孤病毒病诊断试剂盒和基因工程疫苗的研制.     

禽呼肠孤病毒σC蛋白的真核表达及亚细胞定位的初步分析

本研究根据GenBenk中σC的序列设计特异性引物,通过PCR扩增σC基因,构建真核表达载体pEF1α-HA-σC,转染DF1细胞,在DF1细胞中表达ARVσC蛋白。结果显示,成功在DF1细胞中表达ARVσC蛋白,大小约为37 ku,Western-blot分析表明,表达的蛋白具有良好的反应原性,激光共聚焦显微镜观察发现在DF1细胞中表达的σC蛋白定位于细胞质中。本研究为今后深入研究σC蛋白在ARV感染过程中的功能和在ARV天然免疫中的具体调控机制奠定了基础。     

小反刍兽疫病毒FY株全基因组序列的测定及其分子特征的研究

根据小反刍兽疫病毒(PPRV)参考序列设计了11对特异性引物,然后用RT-PCR方法分段扩增出PPRV富阳分离株(PPRV-FY)的全基因组序列,用DNAstar软件和Mega软件对PPRV-FY株及参考毒株的基因序列进行了比对和分析,并根据N基因核苷酸序列绘制了系统进化树。结果,PPRV-FY株全长15 948 bp,编码6种结构蛋白(N、P、L、M、F和H),2种非结构蛋白(C和V),PPRV各毒株转录起始序列和转录终止序列都高度保守。同源性分析结果表明,PPRV-FY株与PPRV-Coted′Ⅰvoire89同源性最低,为89.0%,与PPRV/Tibet/30/2007株和PPRV/Tibet/2007株的同源性最高,为97.3%,其基因间隔区N-P长度一致,相似度最高,而M-F相似度最低。通过比较PPRV-FY株与参考毒株基因组末端调控序列,可以看出整个麻疹病毒属GP区和AGP区保守性较高,且存在不同程度的互补。氨基酸序列分析结果表明,PPRV-FY株在保守区域出现21处氨基酸突变,这些突变对其所编码蛋白的结构和功能有何影响尚需要进一步研究。此外,本文还基于N基因序列,对PPRV-FY株及参考毒株进行了系统进化分析。结果表明,PPRV-FY株与其它亚洲源PPRV野毒株共同形成一个拓扑群,属于第IV谱系。     

猪源乙型脑炎病毒HEN0701株全基因组的分子特征

将乙型脑炎病毒HEN0701株基因组RNA分4段进行RT-PCR扩增,并克隆入pCRⅡ-Blunt-TOPO载体中,测定全长cDNA序列。以MapDraw软件分析了乙型脑炎病毒HEN0701株的基因组结构,并将病毒基因组分成2个非编码区和10个基因,比较了HEN0701株和11株乙型脑炎病毒在全基因组和各基因的核苷酸及推导氨基酸的同源性。以MEGA5软件绘制HEN0701株和11株病毒C、E、NS3、NS5基因的进化树。结果显示,HEN0701株全基因组为10 965 nt,包含一长10 299 nt的开放阅读框。在核苷酸水平,HEN0701株与GⅠ分离株的全基因组和各基因的同源性均高,而与GⅢ分离株则较低;而在氨基酸水平,HEN0701株与GⅠ分离株在多聚蛋白和各病毒蛋白的同源性和HEN0701株与GⅢ分离株的相近。进化分析显示,不同基因进化树的拓扑结构相近,12株病毒的C、E、NS3、NS5基因进化方向相同,GⅠ分离株和GⅢ分离株间C基因进化距离最近。     

番鸭呼肠孤病毒σNS蛋白的原核表达及其多克隆抗体的制备

为制备番鸭呼肠孤病毒(MDRV)YB株σNS蛋白的多克隆抗体,首先经RT-PCR扩增了σNS基因的完整编码序列,并成功构建了重组表达质粒pET-YB-σNS。将其转化大肠杆菌BL21(DE3),经IPTG诱导后,SDS-PAGE显示成功高效表达出分子质量约为58ku的融合蛋白。该融合蛋白以包涵体和可溶性蛋白两种形式存在,表达时的最佳诱导时间、IPTG诱导浓度、诱导温度分别为4h、1mmol/L和37℃。通过对包涵体和可溶性蛋白进行尿素洗涤纯化和(或)Ni 2+柱亲和层析纯化,得到了高纯度的重组蛋白。分别对纯化前、后的重组蛋白进行Western-blot分析,结果显示两者均可以与MDRV阳性血清发生特异性反应,表明它们具备良好的反应原性。将纯化后的可溶性σNS蛋白免疫家兔,制备的多克隆抗体ELISA效价达1∶32 000。上述研究结果为后续MDRVσNS蛋白功能研究奠定了基础。     

猪细小病毒YK株NS1基因的克隆与序列分析

提取猪细小病毒(PPV)YK株基因组DNA,利用PCR技术扩增得到了NS1基因全序列,将其克隆到pMD18-T质粒载体并进行了序列测定和分析。结果表明,NS1基因全长1989bp,编码662个氨基酸。氨基酸序列中含有在PPV复制过程中起重要作用的保守基序GKRN,并有3个潜在的糖基化位点NISN、NFSN和NLTR。PPVYK株的NS1基因与其他PPV毒株NADL-2(4973)株、NADL-2(5075)株、NADL-2(5034)株和Kresse株相比,核苷酸同源性分别为98.3%、99.9%、99.9%和99.7%,氨基酸同源性分别为99.7%、99.7%、99.7%和97.7%。结果说明,NS1基因具有高度保守性。     

禽呼肠孤病毒σB基因在杆状病毒表达系统中的表达与鉴定

本研究旨在通过Bac-to-Bac杆状病毒表达系统表达具有生物学活性的禽呼肠孤病毒σB蛋白。首先,根据NCBI中ARVσB基因序列,设计引物构建σB基因重组供体质粒pFast-σB。随后转化DH10bac感受态细胞,筛选获得重组穿梭质粒Bacmid-σB。通过脂质体介导法转化sf9细胞,获得重组杆状病毒rBac-σB。将重组病毒感染sf9细胞,表达重组蛋白。通过SDS-PAGE、Western-blot和间接免疫荧光(IFA)检测表明,ARVσB蛋白在sf9细胞中成功表达,分子量约为41 ku,并具有良好的生物学活性,为进一步研究ARVσB基因的功能及其基因工程亚单位疫苗的研究奠定了基础。     

H5N1亚型禽流感病毒新疆株NS基因的克隆和序列分析

根据已发表的H5N1禽流感病毒NS基因全序列设计了1对引物,对4株禽流感病毒新疆株的NS基因进行了RT-PCR扩增,并将其克隆到pMD 18-T载体上,分别获得了全长为817、851、8548、54 bp的全基因序列。序列分析结果表明,新疆毒株间的核苷酸同源性为97.8%~98.9%,氨基酸同源性为96.5%~98.7%,与广东、香港和东南亚等不同地区的11个毒株比较,同源性为90.0%~99.4%;与来自野禽、猪等不同种类的11个流感毒株比较,同源性为81.4%~99.3%。系统进化树分析表明,新疆株独立分支。     

水貂肠炎病毒疫苗株和野毒株PCR-RFLP鉴别方法的建立

为了建立水貂肠炎病毒(MEV)疫苗株与野毒株的鉴别检测方法,根据GenBank中的水貂肠炎病毒序列设计了1对引物,用来扩增包含水貂肠炎病毒NS1基因在内的2 013bp大小的片段。通过对国内疫苗毒MEVB株及其他细小病毒参考株的NS1基因序列比较发现,疫苗毒MEVB株NS1基因核苷酸1401位的碱基由T变为C,致使1399位～1404位的核苷酸构成由ATTGAT变异为ATCGAT,多了1个限制性内切酶ClaⅠ酶切位点,其他MEV分离毒株中均未出现此酶切位点。用特异性引物扩增出2 013bp的目的片段后,再用限制性内切酶ClaⅠ进行酶切分析,疫苗毒MEVB株被切割成1 404bp和609bp的2个片段,国内其他分离株均未出现上述片段。结果表明,所建立的PCR-RFLP方法可以区分疫苗毒MEVB株和野毒株。     

甘肃犬瘟热病毒流行株N蛋白和H蛋白基因的序列分析

采用RT-PCR方法扩增了3株犬瘟热病毒(CDV)分离株的N、H蛋白基因,将其克隆入pGEM-T Easy载体并进行序列分析。结果表明,获得的N蛋白基因序列与GenBank上登录的其他国家和地区的CDV分离株相应序列的同源性为92.5%～99.9%,获得的H蛋白基因与其他国家和地区的CDV分离株相应序列的同源性为81.7%～100%。由N蛋白基因和H蛋白基因推导的氨基酸序列构建的遗传进化树可知,这3株CDV流行株均处于野毒株的分支上,在N蛋白基因的遗传进化树上,CDV流行株呈现明显的地域性差异,而在H蛋白基因的遗传进化树上,不同国家和地区的CDV分离株之间虽有一定的地域联系,但与N蛋白基因相比,其地域性联系并不明显。说明这3株CDV流行株为野毒株,H蛋白基因的变异水平明显高于N蛋白基因,而N蛋白基因更能显示毒株与地域的关系。     

A型流感病毒NS1蛋白单克隆抗体的制备及其亚细胞定位分析

以A型流感病毒A/Swine/Guangdong/(H3N2,H3病毒)株的基因组作为模板,扩增NS1基因并构建原核表达载体p ET-28a(+)-NS1。以大肠杆菌表达的NS1蛋白为抗原免疫小鼠,制备单克隆抗体,获得了2株分泌单克隆抗体细胞株2H9和3A4。IFA和Western-blot检测显示,抗NS1单克隆抗体与H3病毒感染的细胞有良好的反应性和特异性。亚细胞定位分析显示,H3N2病毒的NS1聚集于核仁处,H1N1病毒NS1聚集于核内周边,PR8毒株的NS1少部分在核内聚集、多数胞质呈颗粒状分布。流感病毒NS1单克隆抗体的制备为流感病毒流行病学监测、鉴别诊断及对其蛋白功能研究提供了工具。     

鸡病毒性关节炎病毒C-98分离株S1基因的克隆与序列分析

提取鸡病毒性关节炎病毒(AVAV)内蒙古分离株(C-98株)总RNA,参考GenBank中禽呼肠孤病毒(ARV)S1133株S1基因序列设计了2对引物,应用RT-PCR技术扩增了病毒S1基因,将S1基因cDNA克隆到pGEM-T Easy载体后测序。将测定序列拼接后与参考毒株ARV-176、ARV-138、ARV-S1133、MDRV-YJL的S1基因序列进行了比较。结果显示,AVAV C-98分离株的S1基因与强毒株ARV-176株的同源性最高,达99.9%;与MDRV-YJL的同源性为99.3%,与弱毒疫苗株ARV-S1133的同源性也达97.9%;与ARV-138株的同源性最低,为81.2%。表明,AVAV C-98株与参考毒株的差异较小,与疫苗株ARV-S1133有很高的同源性。     

猪瘟病毒E2基因主要抗原区原核表达载体的构建及表达

用RT PCR技术对猪瘟兔化弱毒C株、石门强毒株 (Shimen)、近期地方流行的属于第 1群毒株的新疆毒株 (XJ)和第 2群代表毒株甘肃临洮 (LT)株E2基因的主要抗原区进行扩增 ,均得到约 5 6 1bp的基因片段 ;经克隆测序及序列分析 ,该基因编码 187个氨基酸残基 ,预计蛋白分子质量为 2 1.7ku。将这 4个基因分别克隆到原核表达载体 pGEX 4T 1中 ,经酶切、PCR扩增和测序分析确证其正确插入到表达载体中 ,阅读框是正确的 ,从而构建成重组表达载体。重组质粒转化至宿主菌BL2 1(DE3)中 ,用异丙基硫代 β D 半乳糖苷 (IPTG )进行诱导表达 ,对表达的蛋白用SDS PAGE电泳、免疫印迹和薄层凝胶扫描分析。结果表明 ,E2基因的主要抗原区可以在大肠埃希氏菌中表达 ,表达的蛋白多以包涵体形式存在 ,表达产物的分子质量约为 5 0 .0ku ,与理论推测的分子质量一致 ;薄层凝胶扫描分析表明 ,表达蛋白约占菌体蛋白总量的 2 0 .1% ;免疫印迹结果证明 ,表达的E2蛋白可被猪瘟阳性血清所识别。     

禽呼肠孤病毒感染鸡胚成纤维细胞后三种细胞因子基因mRNA转录水平的动态变化

为了分析禽呼肠孤病毒(ARV)S1133株感染鸡胚成纤维细胞(CEF)对细胞产生的细胞因子IL-1β、IL-6和TNF-α的影响,并探讨禽呼肠孤病毒的感染机制及病毒与宿主之间的作用关系,运用实时荧光定量RT-PCR技术,测定和分析了ARV-S1133感染CEF细胞后ARV结构蛋白σC和IL-1β、IL-6、TNF-α的动态转录水平。结果显示,ARV-S1133感染CEF后第10小时起病毒σC基因mRNA的相对表达量开始迅速上升,在第48小时达到最高峰(13 162.73倍);ARV-S1133感染后引起CEF中IL-1β、IL-6、TNF-αmRNA表达量发生变化,这3个基因mRNA的表达变化趋势相似。IL-1β、IL-6、TNF-α基因mRNA转录水平在感染早期迅速上升,在感染后第6小时达到第1个峰值,随后下降,在感染中后期再次显著上升,在第48小时达到第2个峰值。IL-1β、IL-6、TNF-α在感染后第6、24、36和48小时的mRNA转录水平与对照组差异极显著(P0.01)。结果表明,ARV感染后可诱导CEF分泌IL-1β、IL-6、TNF-α的水平上调,进而发生炎症反应,说明IL-1β、IL-6、TNF-α可能与禽呼肠孤病毒的复制和致病机制相关。     

一株野生灰雁禽流感H9亚型病毒全基因序列的测定与分析

为研究新疆野生灰雁禽流感毒株的基因变异与演化,选择A/Grey goose/XJBZH/1/09(H9N2)株,应用RT-PCR对该毒株的8个基因片段进行了克隆、序列测定与分析。结果,该毒株的HA、NA、NS、M、NP、PB1、PB2和PA这8个基因的核苷酸序列长度分别为1 831、1 548、1 077、1 202、1 705、2 342、2 426和2 319bp。基因序列分析表明,该毒株的HA基因与鸡源毒株A/Chicken/Xinjiang/01/2010(H9N2)的同源率为99.3%;HA和NA基因与鸽源毒株A/pigeon/HongKong/WF53/03(H9N2)的同源率分别为91.5%和91.1%;HA、NA、NS和PB1基因与猪源毒株A/swine/Yangzhou/1/2008(H9N2)的同源率分别为97.5%、97.8%、96.9%和97.5%;NA基因与人源毒株A/Shaoguan/408/98(H9N2)的同源率为93.8%;M、NP、PA和PB2基因与所选的全部参考毒株的同源率均很低。遗传进化分析表明,A/Greygoose/XJBZH/1/09(H9N2)株属于欧亚种系,位于Y280-like亚群。