3个miniSTR基因座四色荧光复合分型体系的构建及应用

目的建立D3S3053、D6S474、D20S482（扩增片段〈150bp）3个miniSTR基因座四色荧光复合分型体系,用于高度降解DNA样本的基因分型。方法采用6-FAM、HEX、TAMRA荧光染料标记D20S482、D3S3053、D6S474基因座上游引物,构建并优化复合扩增体系,在ABI310遗传分析仪上对扩增产物进行电泳分析,Genemapper3．2软件分析产物片段大小并进行分型。采用上述体系对120份河北汉族健康无关个体血样进行检测,并计算群体遗传学参数。比较该体系与ID试剂盒用于高度降解检材的成功率及灵敏度。结果D3S3053、D6S474、D20S4823个miniSTR基因座荧光标记复合扩增分型体系稳定可靠,灵敏度达50pg,用于高度降解检材分析的成功率明显高于ID试剂盒。3个基因座在河北汉族人群中的累积个人识别能力为0．998,累积非父排除率为0．84。结论该系统可用于分析高度降解DNA样本的基因分型,进行法医学个人识别和亲权鉴定。     

6个miniSTR基因座荧光标记复合扩增的遗传多态性

目的评价6个miniSTR基因座在DNA高度降解检材中的法医学应用价值,并调查广东汉族人群6个miniSTR基因座的遗传多态性。方法采用两个复合扩增PCR体系、四色荧光标记及毛细管电泳技术,对D1S1677,D2S441,D4S2364,D10S1248,D14S1434,D22S1045基因座进行基因型检测。结果6个miniSTR基因座均获得了清晰的基因型分型结果,扩增片段均小于120bp,分别检出7、7、5、8、8、7个等位基因和14、11、11、19、12、14种基因型,基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡。6个miniSTR基因座在广东汉族群体的个人识别率和非父排除率分别依次为0.863、0.895、0.792、0.894、0.814、0.904和0.392、0.360、0.353、0.568、0.378、0.513。10例IdentifilerTM试剂盒未能正确分型的高度降解DNA样本,采用6个miniSTR基因座复合扩增体系检测均提高了分型成功率结论6个miniSTR基因座荧光标记复合扩增体系在DNA高度降解检材的检测中具有较高的应用价值,并且在广东地区汉族群体中具有较好的遗传多态性。     

荧光标记8个 miniSTR 及 Amelogenin 复合扩增体系的建立

目的建立非CODIS系统miniSTR以及Amelogenin基因座的荧光复合扩增体系。方法筛选8个多态性高的非CODIS系统miniSTR基因座（D20S1082、D6s474、D12ATA63、D9S1122、D2S1776、D1S1627、D3$4529、D2S441）,并结合Amelogenin基因座设计荧光标记引物,优化反应条件,建立复合扩增体系。应用该体系对204份广州地区汉族血样,30个家系样本,及30份降解检材进行检测。结果建立的荧光标记8个miniSTR及Amelogenin复合扩增体系分型结果明确,稳定性好,且所有片段长度均少于200bp,提高了降解检材的分型成功率。在广州汉族人群的累积个人识别率为0．99999993,累积非父排除率为0．992287。结论构建的miniSTR荧光复合扩增体系,操作简便,分型准确,重复性好,对降解检材有效,易于在法医实验室推广应用,可对现有试剂盒起补充作用。     

3个miniSTR基因座荧光标记复合扩增体系的建立及应用

目的建立扩增片段小于115 bp,包括D1S1676、D6S1274和D17S1299 3个非CODIS系统的miniSTR基因座复合扩增系统,用于高度降解DNA样本的基因分型。方法采用不同荧光染料标记引物,通过PCR扩增,利用310遗传分析仪对100份成都汉族健康无关个体血样以及2份高度降解检材进行检测。结果荧光标记复合扩增D1S1676、D6S1274和D17S1299 3个miniSTR基因座,每个基因座均获得了清晰的基因型分型结果。100份样本,3个miniSTR基因座分别检出个9、9、7个等位基因和27、23、18种基因型,基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡。3个基因座在成都汉族人群的累积非父排除率、累积个体识别能力分别为0.9991和0.9160。结论本系统可以应用于个体识别和亲权鉴定,为DNA高度降解样本分型提供了新的方法。     

3个miniSTR基因座在湖南汉族人群中的遗传多态性

目的建立扩增片段小于120bp,包括D10S1248、D2S441和D1S16773个miniSTR基因座的复合扩增系统,并调查其在湖南汉族人群中的遗传多态性。方法采用不同荧光染料标记引物,通过PCR扩增,利用ABI 310遗传分析仪对186份无关个体血样进行3个miniSTR基因座片段长度分析。结果D10S1248、D2S441和D1S1677 miniSTR基因座均获得了清晰的基因分型结果,经对186名无关个体进行分析,分别检出9、7、7个等位基因和21、19、15种基因型,基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡。3个基因座在湖南汉族人群的非父排除率和个体识别力分别为0．465、0．491、0．361和0．886、0．899、0．818。结论建立的3个miniSTR基因座扩增系统在DNA高度降解检材分析中具有较高的应用价值,并且在湖南汉族人群中具有较好的遗传多态性,可应用于个体识别和亲权鉴定。     

miniSTR荧光检测体系的建立及法医学应用

目的 建立检测片段均小于150bp的miniSTR荧光检测体系,提高对微量降解检材DNA的检测效能. 方法 应用Primer Premier 5软件设计、FastPCR 6.0筛选引物,组合成用四色荧光标记引物的miniSTR复合扩增体系.优化PCR检测条件和引物浓度,在3100-Avant仪上用POP4胶进行电泳检测.分型结果用DNA标准品9947A和007进行验证,并通过检测新鲜血样、疑难微量检材评估该体系的法医学应用效能.结果 建立的miniSTR荧光检测体系（D12A TA 63、D2S1776、D1GA TA 113、D4S2408、D17S974、D20S482、D3S3053、Ame logenin、D6S474、D9S1122）中各基因座的检测片段均小于150bp,各等位基因扩增均衡性良好,无非特异性扩增产物,等位基因频率分布符合Hardy-Weinberg平衡,累积个体识别率为0.999999983,三联体累积非父排除率为0.996 8.能成功检测腐败肌肉组织、低拷贝数DNA检材以及在40％甲醛溶液中固定12d的人体组织. 结论 miniSTR荧光检测体系可独立应用于降解DNA样本的个体识别鉴定或补充应用于亲权鉴定,提高对微量、降解检材DNA的检测能力.     

6个五核苷酸STR基因座荧光复合扩增体系的建立

目的 构建6个五核苷酸STR基因座荧光复合扩增体系。方法筛选6个多态性程度较高的五核苷酸STR基因座D10S2325、Penta B、Penta W、PentaX、Penta D和PentaE,按照复合扩增引物设计要求,重新设计引物并标记荧光染料,经反复调整和优化,构建6基因座荧光复合扩增体系,并用该复合扩增体系对239名武汉汉族无关个体进行分型。结果6个五核苷酸STR基因座荧光复合扩增体系分型稳定,可重复性好,与各自相应单基因座分型结果完全一致;累积个人识别率达0．999999988,累积非父排除率达0．998063807。结论本文构建的6个五核苷酸STR基因座荧光复合扩增体系具有很高的法医学实用价值,可作为商品化试剂盒的有效补充。     

9色荧光STR复合扩增体系的构建及验证

构建一套包含39个常染色体基因座及Amelogenin性别基因的9色荧光STR复合扩增体系，并验证其在微量与降解检材中的应用效果。根据中国人群核心基因座推荐标准及实际办案需要，筛选出合适的候选基因座，设计引物并以9种荧光染料对其进行标记，构建复合扩增体系并优化；对该体系进行灵敏度、种属特异性、稳定性等确证实验，并通过检验案件样本做进一步评估。结果表明：一套包含39个常染色体STR基因座及Amelogenin性别基因座（其中28个基因座<300 bp）的9色荧光复合扩增体系构建成功。各基因座均衡性良好，灵敏度达0.125 ng，对常见PCR抑制剂具备一定的耐受能力。两性混合样本最低检测比例为1∶4；适用于不同类型案件样本检测，且与市场上其他同类试剂盒比对分型结果一致，种属特异性较好。所构建体系首次采用9色荧光标记技术制成复合扩增试剂，一次性检出基因座数量多，系统效能高；该体系构成以miniSTR为主，对于微量降解检材具有较高的实际应用价值。     

荧光标记3个miniSTR基因座复合扩增系统的建立

目的建立扩增片段<135bp,包括D5S818,D8S1179,D16S539 3个miniSTR基因座复合扩增系统。方法采用不同荧光染料标记引物,通过PCR扩增,利用ABI 3100遗传分析仪进行片段长度分析,对100份无关个体血样,10个家系样本以及30份高度降解检材进行检测。结果本系统DNA分型结果与AmpFLSTR Identifiler试剂盒完全一致,且灵敏度高于AmpFLSTR Identifiler试剂盒。结论本系统可以应用于个人识别和亲权鉴定,为降解DNA样本分型提供了新的方法。     

五色荧光标记20个基因座复合扩增体系及法医学应用

目的建立20个基因座五色荧光标记复合扩增检测体系,并评价其法医学应用价值。方法收集368份无关人血样及55份实际案例样本(包括血斑、体液斑、组织及毛发),采用五色荧光素标记技术,对Amelogenin和19个STR基因座(D19S433、D5S818、D21S11、D18S51、D6S1043、D3S1358、D13S317、D7S820、D16S539、CSF1PO、Penta D、vWA、D8S1179、TPOX、Penta E、TH01、D12S391、D2S1338和FGA)进行基因型检测,并考察方法的一致性、灵敏度、种属特异性及检材适用性。结果本文五色荧光标记复合扩增检测体系可对所选20个基因座分型,结果稳定准确,且均衡性良好、无杂峰;群体调查显示累积个人识别率和累积非父排除率分别是0.999 999 999 999 999 999 999和0.999 999 99;灵敏度达125pg,种属特异性高,实际案例检材分型成功率高。结论本文五色荧光标记复合扩增检测体系各项指标可达到当前商品化试剂盒的检测水平,具有重要的法医学应用价值。     

Construction and application of four fluorescence labeled multiplex typing system for 3 miniSTR loci

We constructed a multiplex PCR system for 3 miniSTR loci D20S482, D3S3053, D6S474. This typing system showed high stability and sensitivity (0.05 ng). Population data investigated in 120 healthy unrelated Chinese Han individuals showed higher genetic polymorphism, with the combined power of discrimination and power of exclusion being 0.998 and 0.84. The amplification product length ranged from 88 bp to 127 bp for all three loci. The successful rate of typing highly degraded samples using this miniSTR multiplex PCR system was significantly higher than using identifiler kit, indicating the multiplex set represents a useful tool in Chinese forensic practice, especially for the highly degraded DNA sample.     

3个miniSTR基因座在高度降解检材中的应用及其遗传多态性

目的研究D1S1677、D4S2364、D10S1248 3个m in iSTR基因座在DNA高度降解检材中的法医学应用价值并调查河北地区汉族人群3个基因座的遗传多态性。方法对所有样本的3个基因座进行PCR扩增;PCR产物在AB I3100 Avant基因分析仪上电泳分离;GeneScan 3.7及Genotyper3.7软件分析结果。结果3个m in iSTR基因座均获得了清晰的基因型分型结果,扩增片段均小于125bp,分别检出7,5,8个等位基因和12,10,16种基因型,基因型分布均符合Hardy-W e inberg平衡。3个基因座在河北汉族人群的非父排除率和个人识别力分别为0.3530、0.3637、0.4901和0.7954、0.8113、0.8913。结论3个m in iSTR基因座在DNA高度降解检材的法医学分析中具有较高应用价值,并且在河北地区汉族人群中具有较好的遗传多态性。     

Characterization of new miniSTR loci to aid analysis of degraded DNA

A number of studies have demonstrated that successful analysis of degraded DNA specimens from mass disasters or forensic evidence improves with smaller sized polymerase chain reaction (PCR) products. We have scanned the literature for new STR loci, unlinked from the CODIS markers, which can generate amplicons less than 125 bp in size and would therefore be helpful in testing degraded DNA samples. New PCR primers were designed and tested for the STR loci D1S1677, D2S441, D4S2364, D10S1248, D14S1434, and D22S1045, arranged into two miniSTR triplexes. All loci show a moderate degree of polymorphism among 474 U.S. population samples tested and were reliable and sensitive to at least 100 pg of DNA template under controlled laboratory conditions and pristine DNA samples. The utility of these new loci were confirmed in comparing the success of the miniSTR assays for typing degraded bone samples while partial profiles were observed with the majority of the samples using a commercial STR kit.     

Population data of nine miniSTR loci in Koreans

For highly degraded DNA samples of forensic casework, new miniSTR systems have been developed to supplement the current STR systems. In the present study, nine miniSTR loci were analyzed in 300 unrelated Koreans using three multiplex PCR systems (multiplex I: D10S1248, D14S1434 and D22S1045; multiplex II: D1S1677, D2S441 and D4S2364; and multiplex III: D3S3053, D6S474 and D20S482), and allele frequencies and forensic parameters were calculated. These data demonstrated that D10S1248, D2S441, D22S1045, D14S1434, and D6S474 are as highly informative as the CODIS STRs suggesting that the miniSTRs could be useful for forensic analysis of degraded DNA.