基于28SrRNA基因序列对洛阳地区嗜尸性蝇类的分子鉴定CSCD

目的通过检测嗜尸性蝇类28S r RNA基因中715 bp序列,鉴定常见嗜尸性蝇类种属,解决其形态学鉴定难题,为死亡时间推断提供技术支持。方法收集洛阳地区常见嗜尸性蝇类标本29只,经形态学鉴定后,用Chelex-100法提取腿部DNA,并对28S r RNA基因片段进行扩增和测序,与Gen Bank和EMBL数据库中的28条相应蝇种序列进行比对,用MEGA7.0软件进行序列整理,通过BLAST搜索进行序列比对,并分析所得序列碱基组成,建立种内及种间进化分歧率,构建系统发育树。结果形态学鉴定29只嗜尸性蝇类归属于3科5属6种。获得28S r RNA基因中715 bp的序列,在线BLAST比对结果显示相似度100%。系统发育树显示5种蝇类可以较好聚类。不同蝇种种间差异0.007~0.045,种内差异0~0.001,种间差异和种内差异没有交叉。结论 28S r RNA靶基因序列片段对嗜尸性蝇类有良好的鉴别能力,可以作为新的嗜尸性蝇类种属鉴定遗传标记。     

基于28SrRNA基因序列对洛阳地区嗜尸性蝇类的分子鉴定

目的通过检测嗜尸性蝇类28S r RNA基因中715 bp序列,鉴定常见嗜尸性蝇类种属,解决其形态学鉴定难题,为死亡时间推断提供技术支持。方法收集洛阳地区常见嗜尸性蝇类标本29只,经形态学鉴定后,用Chelex-100法提取腿部DNA,并对28S r RNA基因片段进行扩增和测序,与Gen Bank和EMBL数据库中的28条相应蝇种序列进行比对,用MEGA7.0软件进行序列整理,通过BLAST搜索进行序列比对,并分析所得序列碱基组成,建立种内及种间进化分歧率,构建系统发育树。结果形态学鉴定29只嗜尸性蝇类归属于3科5属6种。获得28S r RNA基因中715 bp的序列,在线BLAST比对结果显示相似度100%。系统发育树显示5种蝇类可以较好聚类。不同蝇种种间差异0.007~0.045,种内差异0~0.001,种间差异和种内差异没有交叉。结论 28S r RNA靶基因序列片段对嗜尸性蝇类有良好的鉴别能力,可以作为新的嗜尸性蝇类种属鉴定遗传标记。     

呼和浩特等地区嗜尸性苍蝇mtDNA中CO Ⅰ基因序列检测及法医学应用

目的通过对嗜尸性苍蝇线粒体DNA(mtDNA)上细胞色素氧化酶辅酶Ⅰ(COⅠ)中278bp基因序列的分析,对其成虫及其幼虫、蛹、卵的种属进行鉴定,解决依据形态学方法难以鉴定的难题。方法随机分别采集呼和浩特和甘肃敦煌地区兔和猪尸体上的嗜尸性苍蝇、幼虫、蛹及其腹中的卵,提取其mtDNA,经PCR扩增、产物检测与纯化、测序等,进行序列分析和构建系统发育树。结果双翅目嗜尸性苍蝇的种内基因差异均数小于1%,种间差异均数大于3%,成虫与幼虫、蛹、卵之间无显著性差异。结论mtDNA上COⅠ序列分析均可以有效地对嗜尸性苍蝇及其幼虫、蛹、卵进行种属鉴定,方法快速、简便和精确,可作为法医学嗜尸性苍蝇种属鉴别的可靠方法。     

嗜尸性蝇类线粒体DNA分子标记检测的研究进展

嗜尸性蝇类种属鉴定是利用昆虫进行检案的重要一步,常常对案件的侦破起到关键作用。传统上,仅依据其形态学特征来判断嗜尸性蝇类的种属。由于其形态结构复杂和种间形态差异微小等特点,尤其在其幼期很难鉴别其种属。利用线粒体DNA(mtDNA)上细胞色素氧化酶辅酶Ⅰ和Ⅱ(COⅠ和COⅡ)的序列对嗜尸性蝇类进行种属鉴定,是近几年来发展起来的新技术,该检测方法能有效地将嗜尸性蝇类鉴定到属种的水平,目前国内尚无这方面的报道,本文对国外这方面工作的进展作一综述。     

基于翅脉的图像数字化分析进行嗜尸性蝇类种类鉴定

目的基于翅脉的图像数字化分析对常见嗜尸性蝇类进行种类鉴定,为法医昆虫学中嗜尸性蝇类快速、准确的物种鉴定提供新的思路。方法用腐肉野外随机诱捕棕尾别麻蝇、绯角亚麻蝇、酱亚麻蝇、拟东方辛麻蝇、红尾粪麻蝇、巨尾阿丽蝇以及裸芒综蝇7种常见的嗜尸性蝇类雌雄成虫共226只,对每只苍蝇右翅的17个标志点进行数字化处理和图像分析,利用置换检验评估异速生长效应的影响,典型变量分析(canonical variate analysis,CVA)对7种嗜尸性蝇类物种间以及雌性物种间的翅形变化情况进行分析,交叉判别验证对分类的可靠性进行评价。结果在7种嗜尸性蝇类物种间和雌性成虫物种间,异速生长的影响具有统计学意义(P0.05)。CVA结果表明在7种嗜尸性蝇类物种间和雌性物种之间,翅膀形状变化具有明显的差异性,前2个典型变量占据了翅脉形状总变异的82.9%和84.1%。利用翅脉的图像数字化分析可以区分这7种常见的嗜尸性蝇类,总体种类判别准确率为81.2%～100.0%,7种雌性蝇类的种类判别准确率为75.0%～100.0%。结论基于翅脉的图像数字化分析是一种较为简便、可靠的昆虫物种鉴定的方法,可用于常见嗜尸性蝇类的种类鉴定。     

利用COI序列序列鉴定常见嗜尸性蝇种

目的 检测嗜尸性蝇类线粒体DNA(mtDNA)细胞色素氧化酶辅酶Ⅰ(COI)中278bp序列,鉴定蝇科3属5种嗜尸性蝇,解决其形态学种类鉴定的难题,为死亡时间推断提供技术支持.方法 从15省、市(地区)室外草地家兔尸体上采集蝇科3属5种共计18个蝇类成蝇样本,提取mtDNA进行PCR扩增,序列测定且上传GENBANK,...     

贵阳地区嗜尸蝇类季节分布实验研究

死后间隔时间的判断 ,尤其是对晚期尸体的死后间隔时间的判断 ,一直是法医学研究的重要课题之一 ,虽借助蝇类的生活史解决法医学有关问题己有着悠久的历史[1,2 ] ,但现有的资料已满足不了现代法医工作的需要。如嗜尸蝇类有多少种、季节分布情况、区域分布情况等资料 ,都有待于研究。只有在查清各种区域中的嗜尸蝇种和虫态变化 (即卵→蛆→蛹→羽化 )规律后 ,才能更好地利用它们不同的季节分布和虫态变化周期为法医学推断死后间隔时间。为此 ,对贵阳龙洞堡地区嗜尸蝇类季节分布进行实验研究。1　材料与方法1 1　实验场地实验场地位于贵阳龙洞…     

提取CO Ⅰ基因片段鉴定嗜尸性蝇类

目的通过扩增蝇类COⅠ基因片段,结合形态学特征鉴定嗜尸性蝇类的种类。方法运用改良平衡酚—tris饱和酚法提取蝇类DNA,进行COⅠ序列扩增和测序,与数据库序列进行比对和分析。结果改良平衡酚—tris饱和酚提取DNA方法可获得有效的蝇类DNA,并可应用于COⅠ基因片段扩增,进而进行蝇类种类的鉴定。结论平衡酚—Tris饱和酚法提取的噬尸性蝇类虫体DNA作为模板,用于COⅠ序列扩增,测序后与数据库目的序列分析比对,可准确鉴定嗜尸性蝇类的种类;和传统的昆虫形态学特征鉴定方法比较,该体系更准确,应用范围更广。     

应用mtDNA COI基因序列鉴别常见嗜尸性蝇类种属

目的探讨mtDNA基因序列对常见嗜尸性蝇类的种属鉴别应用价值。方法收集不同区域2科4属6个种30个蝇类样本,提取样本线粒体DNA后扩增COI基因序列,以琼脂糖电泳检测扩增产物并测序,以DNAMAN6.0分析软件分别截取498bp序列,用MEGA5.2软件分别进行序列分析,然后构建系统发育树,比较各地区不同种属样本的序列差异。结果 6个种属的嗜尸性蝇类30个样本mtDNA的COI基因具有一定的序列差异,种内进化分歧均数在0.1%~1.6%之间,种间进化分歧均数在2.2%~11.2%之间,6个种属通过系统发育树均可明确区分。结论 COI基因序列分析和系统发育树对嗜尸性蝇类的种属检验具有重要帮助作用,可用于现场样本的准确、快速种属鉴定。     

16SrDNA序列分析在嗜尸性蝇类鉴定中的应用

目的通过mtDNA上16SrDNA中551bp基因序列分析,解决依据COI和COII上278bp和635bp基因序列难以鉴别丝光绿蝇、铜绿蝇种类的难题,为法医学嗜尸性苍蝇种类的鉴别提供依据。方法随机采集放置在呼和浩特及成都地区室外草地家兔尸体上的铜绿蝇和丝光绿蝇,对其mtDNA上16SrDNA中551bp基因序列进行分析、比对,构建系统发育树。结果通过对嗜尸性蝇类mtDNA上16SrDNA的551bp基因序列分析可以对丝光绿蝇和铜绿蝇进行鉴别。结论16SrDNA上551bp基因序列分析是对嗜尸性蝇类(尤其是铜绿蝇和丝光绿蝇)进行种类鉴定的有效方法,是对依据COⅠ和COⅡ序列分析方法鉴别嗜尸性苍蝇种类的重要补充。     

嗜尸性苍蝇mtDNA中COⅡ基因序列检测

目的利用线粒体DNA(m tDNA)上细胞色素氧化酶辅酶Ⅱ(COⅡ)中635bp基因序列,解决嗜尸性苍蝇及其卵和幼虫种类鉴定的难题。方法随机采集放置在呼和浩特地区室外草地家兔尸体上的嗜尸性苍蝇、幼虫、苍蝇腹中的卵。利用Chelex方法提取上述苍蝇m tDNA;通过Perk in-E lm er 9600扩增仪进行PCR扩增;琼脂糖水平电泳和银染显色技术进行扩增结果检测;PCR胶回收试剂盒纯化;AB I 377测序仪测序;DNAMAN 4.0序列分析软件,进行序列比对,截取等长度片段;MEGA2.1软件包进行序列分析和构建系统发育树。结果上述嗜尸性苍蝇m tDNA上COⅡ基因序列在双翅目嗜尸性苍蝇的种内差异均数小于1%,种间差异均数大于3%,成虫与幼虫、卵无明显差异。以此能够根据COⅡ序列差异判断两个个体是否同种。然而,对于亲缘关系非常接近的铜绿蝇和丝光绿蝇来说,由于二者的种内、种间进化分歧均数非常接近,运用上述两个片段则很难区别。结论m tDNA上COⅡ序列分析能有效地对绝大多数嗜尸性苍蝇进行种类鉴定。该检测方法快速、简便和精确,能作为法医鉴别嗜尸性苍蝇种类的依据。     

Forensic applications of the sequencing of mitochondrial DNA cytochrome oxidase subunit I gene for sarcosaphagous flies (Diptera) in Huhhot and Dunhuang district

OBJECTIVE: To solve the problems of identification of Sarcosaphagous flies and their larvae, pupas and eggs. METHODS: Sarcosaphagous Flies (Diptera) Samples were collected on the corpses of rabbits in the Huhhot district and a pig in the Dunhuang district. A 278bp region in the cytochrome oxidase subunit I (CO I) gene in mtDNA was analysed by DNA sequencing, A neighbour-joining tree using the Tamura and Nei model of nucleotide substitution was also constructed using the MEGA2.1 package. RESULTS: A 278 base pairs region of the gene for CO I encoding region of mtDNA of above all samples was showed less than 1% sequence divergence within species and about 3% divergence between species. CONCLUSION: It is an effective, easy and accurate method to be used for identification of these Sarcosaphagous Flies (Diptera) to species group by sequencing the 278 base pairs region of the CO I encoding gene of mtDNA.     

mtDNA COI和ND5基因用于鉴别常见嗜尸性蝇类

目的对蝇类mtDNA 523bp COI和347bp ND5基因片段进行序列分析,评价其在以嗜尸性蝇类种属鉴定中应用的可行性。方法从广州(广东省)、湛江(广东省)、韶关(广东省)、沈丘(河南省)及蜂蛹寨(四川省)采集7种嗜尸性蝇类标本,进行形态学种属鉴定,取其腹部肌肉提取DNA,利用基因特异性引物对线粒体COI、ND5基因进行PCR扩增,产物经纯化后进行测序,MEGA 3.0软件对DNA序列进行碱基组成、进化分歧率和系统发育分析。结果进化分歧率ND5基因种内小于1.83%,种间大于2.62%;种间与种内进化分歧率范围间没有交叉;COI基因种间在0.48%～14.8%之间,种内在0.24%～8.3%之间,种内进化分歧范围与种间进化分歧范围存在交叉。结论 ND5基因片段可在种水平有效鉴别常见嗜尸性蝇类,也可鉴别近缘种。而单独运用COI基因不能有效进行种属鉴定。     

NCBI数据库在常见嗜尸性蝇类种属鉴别中的应用

目的探讨NCBI数据库比对分析对常见嗜尸性蝇类种属鉴别中的应用价值。方法收集2009年1月至2012年12月重庆市常见嗜尸性蝇类不同发育历期2科5属7种样本52份,采用Chelexl00法提取mtDNA,利用2对引物扩增细胞色素C氧化酶辅酶I基因,分别截取498bp和841bp相同长度的序列,采用MEGA软件计算种内及种间进化分歧情况,并分别在NCBI数据库进行序列BLAST搜索种属同源性比对分析。结果所得序列种内进化分歧均数在0％～0．7％之间,种问进化分歧均数在7．5％～16．1％之间;7个种属的样本序列Ⅰ和序列Ⅱ分别有5个和6个种属完全比对正确,样本总体的正确率分别达到96．15％和98．08％,Maxident值均在97％以上。结论采用序列同源性比对分析,并借助NCBI数据库强大的检索分析功能,可准确进行常见嗜尸性蝇类的种属鉴定,为法医学死亡时间推断提供重要参考依据。     

DNA‐Based Identification of Forensically Important Lucilia (Diptera: Calliphoridae) in the Continental United States*

Abstract: Correct species identification is critical when dipteran larvae are used for inference of the postmortem interval. To facilitate DNA‐based identification of forensically important flies of the genus Lucilia in the continental United States, we develop a vouchered reference collection and DNA sequence database. A total of 122 specimens were collected for nine of the 10 species of Lucilia reported to occur in the continental United States. Using the polymerase chain reaction and DNA sequencing, data were obtained for an 1100‐bp region of the mitochondrial gene encoding cytochrome oxidase I (COI). We consider a species suitable for DNA‐based identification if it is exclusively monophyletic in >95% of bootstrap pseudoreplicate phylogenetic analyses. Seven of the nine species meet that criterion. Two species (Lucilia coeruleiviridis and Lucilia mexicana) share COI sequence and cannot be distinguished using our reference database. We conclude that DNA‐based identification is likely to be successful for the other seven species.     

Use of PCR-RFLP for differentiation of calliphorid larvae (Diptera,Calliphoridae) on human corpses

Blowfly larvae found on human corpses are important for the estimation of the postmortem interval (PMI) and other questions of forensic relevance. Some of these species are difficult to differentiate morphologically, therefore a molecular method was elaborated for species identification. Specific fragments of the COI and COII region of the mitochondrial DNA (mtDNA) were amplified followed by digestion with different restriction enzymes. Using a 1.3 kb fragment, identification of Lucilia sericata, Calliphora vicina and Calliphora vomitoria was possible by digestion with only one restriction enzyme using either DraI or HinfI. Furthermore, we sequenced 349 bp (a part of the COI and COII regions) from the same three species and found 34 nucleotide distinctions between C. vicina and L. sericata, 30 between C. vomitoria and L. sericata and 15 between the two Calliphora species. These results aid in quick identification of species used for estimation of PMI.