Evidence based strategy for normalization of quantitative PCR data,in forensic miRNA-analysis

Micro-RNA (miRNA) based analysis of body fluids and composition of complex crime stains has recently been introduced as a potential and powerful tool to forensic genetics. Analysis of miRNA analysis has several advantages over mRNA but reliable miRNA detection and quantification using quantitative PCR requires a solid and forensically relevant normalization strategy. In our study we evaluated a panel of 12 carefully selected reference genes for their suitability as endogenous controls in miRNA qPCR normalization in forensically relevant settings. We analyzed assay performances and variances in venous blood, semen, menstrual blood, saliva and vaginal secretion and mixtures thereof integrating highly standardized protocols with contemporary methodologies and included several well established computational algorithms.Based on these empirical results, we recommend normalization to the group of RNU24, RNU43, and RNU66, as this signature exhibits the most stable expression levels and the least expected variation among the evaluated candidate reference genes in forensically relevant body fluids. To account for the lack of consensus on how best to perform and interpret quantitative PCR experiments, our study's documentation is according to MIQE guidelines, defining the “minimum information for publication of quantitative real-time PCR experiments”.     

小鼠皮肤损伤后时序芯片数据分析及关键基因的筛选

目的 应用生物信息学方法对皮肤损伤后不同时间点的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行分析,为法医学皮肤损伤时间推断(wound age estimation)提供理论依据.方法 从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)下载基因芯...     

双内参基因用于大鼠挫伤肌肉TAB2 mRNA表达量检测

目的比较和分析Rpl32和Rpl13作为单内参基因与两者作为双内参基因,用于检测大鼠挫伤肌肉组织中TAB2 m RNA表达量的结果。方法 78只SD大鼠,随机分为正常对照组(1组)和肌肉损伤组(12组)。采用自由落体法制作大鼠肌肉挫伤模型,分别于4h~48h之间12个时间点取肌肉组织,提取总RNA、合成c DNA、采用real-time q PCR法,以Rpl32和Rpl13作为单独内参基因和二者作为双内参基因检测大鼠肌肉挫伤组织中TAB2 m RNA相对表达量,并计算检测结果的变异系数。结果以Rpl32或Rpl13单独作为内参基因或作为双内参基因,TAB2 m RNA表达随损伤时间总体均呈现降低的变化规律,但使用单内参基因在24h和32h出现极高值,而用双内参基因计算未出现极值,且各结果的变异系数均较小。结论 Rpl32和Rpl13作为双内参基因用于计算TAB2 m RNA相对表达量,可提高分析结果的准确性,在相关实验中建议选择使用。     

小鼠皮肤切创IL-10和IL-4的表达及其与损伤时间关系

目的　探讨IL 10、IL 4在小鼠皮肤切创愈合过程中的表达变化规律及其与损伤时间的关系。方法　应用免疫组织化学及图像分析技术 ,观察实验小鼠不同时程的生前伤 ( 0 5～ 168h)及死后伤 ( 1～ 6h)皮肤创伤局部IL 10、IL 4的表达情况。结果　生前伤 ,IL 10在伤后 1～ 3h阳性反应逐渐增强 ,3h达峰值 ,2 4h降至较低水平 ,伤后 48h再次升高 ,72h又达新峰值 ,其阳性表达部位主要在表皮细胞及单核 /巨噬细胞 ;IL 4于伤后 2 4h出现明显阳性反应 ,96h表达水平达峰值 ,168h仍维持在较高水平 ,其阳性细胞主要为创伤局部的成纤维细胞。死后伤 ,IL 10仅于死后 1～ 3h呈阳性染色 ,IL 4未见阳性染色。结论　IL 10、IL 4在小鼠皮肤切创愈合过程中的表达呈现一定的时序性变化。     

人体皮肤创伤组织细胞因子表达的时间相关性

目的探讨TGF-β1、b—FGF和VEGF在人体皮肤创伤组织中的表达变化及其与损伤时间的关系。方法收集15例机械性致伤的人体皮肤组织(受伤5—120min内死亡),常规制作组织切片后进行免疫组化染色,并统计分析TGF-β1、b—FGF和VEGF因子的表达情况。结果 TGF-β1在16—50min组表达升高,60～120min组呈阳性至强阳性表达;b—FGF在16—50min组表达升高明显,强阳性表达亦出现在60～120min组;VEGF仅在60—120min组出现阳性表达。统计学分析表明,TGF—β1和b—FGF的表达升高分别在受伤60~120min(P<0.01)和在16—50min(P<0.01)有显著性意义,VEGF表达升高只在60~120min(P<0.05)有显著性意义。结论 TGF-β1、b—FGF和VEGF的表达时间和表达强度与损伤时间有关;TGF-β1、b—FGF和VEGF的表达可为人体短存活期损伤时间的推断提供参考。