A群猪轮状病毒G5型OSU株VP7基因的克隆及其重组杆状病毒的鉴定

利用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增出A群猪轮状病毒(PRV)G5型OSU株长度约为1.0kb的基因片段,将其克隆到pMD 18-T载体上进行测序鉴定,证明为该PRV的VP7蛋白基因,与已发表的该PRV VP7基因序列的同源性为99.8%.将该基因黏端克隆至表达载体PblueBAChisC质粒中,酶切及PCR鉴定表明获得了PRV-VP7蛋白基因与PblueBAChisC质粒的阳性重组子.纯化该重组质粒并与线性杆状病毒DNA分子Bac-N-Blue共转染昆虫细胞sf9,5 d后收获重组病毒.通过对重组杆状病毒DNA分子的酶切及PCR鉴定,确定PRV-VP7基因已正确插入.将经3次蚀斑筛选纯化后的该重组杆状病毒接种于sf9细胞大量增殖后,获得了重组杆状病毒PRV-VP7蛋白的真核表达.     

大熊猫轮状病毒CH-1株VP1基因的克隆和生物信息学分析

为研究大熊猫源轮状病毒(RV)CH-1株外衣壳蛋白VP1基因的结构及功能,采用MA-104细胞增殖大熊猫源RV,提取总RNA,运用RT-PCR扩增VP1基因,将阳性克隆进行测序,用生物信息学软件预测其功能,并构建系统进化树。结果显示,成功获得了长3 287bp的GPRV VP1蛋白基因(GenBank登录号:HQ641297);经生物信息学分析,此序列包含有一个3 267bp的完整开放阅读框,编码1 089个氨基酸;无信号肽;无跨膜区,其整个蛋白都位于病毒膜外区;抗原表位预测显示VP1蛋白有41个抗原表位;系统进化树分析显示大熊猫轮状病毒CH-1株VP1基因与猪A组轮状病毒VP1基因的进化距离最近。本研究成功获得了大熊猫源RV VP1基因,为今后研究此基因的生物学功能奠定了基础。     

14株基因C型鸭甲肝病毒分离株的VP1基因变异及其编码蛋白的抗原表位分析

对14株分离自四川不同地区的基因C型鸭甲肝病毒(DHAV-C)VP1基因进行了PCR扩增、测序、序列比对分析以及抗原表位分析。结果显示,14株DHAV-C VP1基因核苷酸序列的同源性为92.2%～100%,推导氨基酸序列的同源性为85.8%～100%,与GenBank中的24株DHAV-C VP1基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为87.9%～99.3%和80.8%～100%。聚类分析显示,四川华阳地区分离的6株DHAV-C的VP1基因与黑龙江分离株Du/CH/LJS/090905同属一支,3株四川邛崃地区分离株与北京分离株C-GY及福建分离株FJ01同属一支,4株四川郫县分离株与1株四川邛崃分离株处于独立的小分支,它们与其他毒株之间存在一定的遗传距离。DHAV-C VP1蛋白由240个氨基酸组成,是由α螺旋、β折叠和无规则卷曲共同组成的混合型蛋白,VP1蛋白氨基酸序列的亲水性、抗原指数和表面可及性均较高,其中212～222位氨基酸区域的亲水性、抗原指数和表面可及性最高,可能是DHAV-C VP1蛋白上的B细胞表位优势区域,为DHAV-C表位疫苗的研究提供了理论依据。结果表明,四川分离株可能由于引种等原因从全国不同地区进入四川境内。     

大熊猫轮状病毒CH-1株外衣壳蛋白VP4基因的克隆与生物信息学分析

利用MA-104细胞培养增殖大熊猫轮状病毒CH-1株,提取总RNA,运用RT-PCR扩增外衣壳蛋白VP4基因,将其与pMD19-T simple vector连接并转化DH5α,经PCR扩增和测序分析进行鉴定,用生物信息学软件预测其功能,并构建系统进化树。结果显示,成功获得大熊猫轮状病毒VP4蛋白基因,长2 362bp,包含一个2 331bp的开放阅读框,编码776个氨基酸,测序结果在GenBank中的登录号为HQ641296。生物信息学分析表明,VP4蛋白基因编码产物分子质量为86 768.8u,理论等电点为5.56,半衰期为30h(体外哺乳类网状细胞),不稳定系数为28.64,脂肪指数为82.53,总平均亲水性为-0.265,最大疏水性为2.244,最小疏水性为-2.911;无信号肽序列;跨膜结构分析显示VP4蛋白无跨膜区,位于病毒膜外区;在VP4序列中的抗原决定簇主要位于VP4的N-末端和C-末端。预测其可能包含8个N-糖基化作用位点,15个蛋白激酶C磷酸化作用位点、15个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化作用位点、12个N-豆蔻酰化位点。系统进化分析显示,大熊猫轮状病毒的VP4基因与猪轮状病毒的VP4基因的进化距离最...     

三株犬细小病毒的分离鉴定及VP2基因序列分析

为了解江苏省犬细小病毒(CPV)的流行变异情况,对疑似感染犬细小病毒的病例样品进行特异性PCR鉴定和F81细胞培养,并对病毒VP2基因及其推导氨基酸序列进行遗传变异分析。结果显示,成功分离到3株CPV,间接免疫荧光试验测定的病毒滴度分别为3.2×103TCID50/m L、3.5×103TCID50/m L、1.0×104TCID50/m L;3株CPV分离株VP2基因的核苷酸序列同源性为99.4%～99.8%,与30株来自不同国家和地区的CPV参考株同源性分别为98.1%～99.9%。VP2基因序列进化树显示,3株CPV分离株与CPV-2型(疫苗株)、CPV-2a型、CPV-2b型、New CPV-2a型、New CPV-2b型及国外CPV-2c型毒株的亲缘关系较远,与国内CPV-2c型毒株的亲缘关系较近;根据VP2蛋白第426位氨基酸位点的分子特征,证明这3株CPV分离株均为CPV-2c型毒株。该结果为近期江苏省CPV分子流行病学调查提供了依据。     

我国部分地区新城疫病毒分子流行病学研究

将来自江苏、浙江、上海、福建、江西和新疆6省(市、自治区)的10株新城疫病毒(NDV)分离株经克隆纯化,用反转录PCR扩增其F基因9×102bp片段,测定序列,通过与国内外已发表的NDV F基因部分序列进行比较,测定的10个分离株分别属于Ⅲ、Ⅵ、Ⅶ3个基因型.其中近年流行的基因Ⅲ型病毒与同属于该型的经典强毒F48E8的同源性较低,约为92%;明显小于近年流行的基因Ⅲ型毒株之间的同源性(＞99%);近年分离的NDVⅥ型毒株之间的同源性和Ⅶ型NDV毒株之间的同源性为92%-96%.从各毒株的分离时间来看,新基因型NDV毒株不断出现,而原有的NDV强毒也能分离到.     

樱桃谷肉鸭源细小病毒QH-L01株的分离鉴定及VP1基因序列分析

2016年4月,四川邛崃某鸭场送检30只樱桃谷肉鸭,临床表现鸭喙变短、舌头伸出。从送检鸭脏器中分离鉴定出1株鸭源细小病毒,命名为QH-L01株。为进一步了解该病毒毒力及分子生物学特性,对其进行ELD50测定、VP1基因测序,并与其他细小病毒毒株进行比较。ELD50测定结果为10-6.54ELD50/0.2 m L;VP1核苷酸和氨基酸序列分析结果表明,该病毒结构基因全长2 203 bp,编码734个氨基酸,与鹅细小病毒核苷酸同源性为92.8%~99.8%,与番鸭细小病毒同源性为77.4%~87.3%;VP1编码的氨基酸同源性和鹅细小病毒及番鸭细小病毒分别为95.2%~99.5%和85.4%~91.1%。VP1基因进化分析显示,该病毒和鹅细小病毒SYG26-35分离株处于同一进化分支上。动物回归试验结果显示,试验组出现明显的鸭源细小病毒BADS症状,对照组无明显变化,表明该病毒分离鉴定成功。     

地方蛋鸡群中A亚群禽白血病病毒的分离与全基因组序列分析

利用DF1细胞培养、ELISA和多聚酶链式反应(PCR)从地方蛋鸡群中分离并鉴定了1株A亚群禽白血病病毒(ALV-A),命名为AH10。依据GenBank中已发表的序列分段扩增获得AH10株的全基因序列。序列对比分析发现,AH10株基因全长7 458 bp,其中gp85与国内另一蛋鸡A亚群SDAU09C3株同源性最高,氨基酸同源性达到96.5%。此外,AH10株在非编码区5′-LTR区域存在蛋鸡群A亚群禽白血病所共有的19个碱基的插入突变。研究结果进一步完善了我国地方蛋鸡群中禽白血病的流行病学信息。     

一株金丝猴源毕氏肠微孢子虫的基因鉴定

采用巢式PCR法鉴定1株来自成都动物园猴源毕氏肠微孢子虫分离株(CDR01)的基因型。通过饱和蔗糖溶液漂浮法收集孢子,提取DNA后经PCR扩增ITS、MS1、MS3、MS4和MS7基因,扩增产物经测序后进行同源性和系统发育分析。结果表明,CDR01分离株的ITS、MS1、MS3、MS4和MS7基因序列与人源分离株(Gen Bank登录号:AF101200)、K-88恒河猴源分离株(Gen Bank登录号:KF305606)、秦岭羚牛源分离株1-QY25(Gen Bank登录号:KR048567)、NY-22恒河猴源分离株(Gen Bank登录号:KF305616)、人源分离株6975(Gen Bank登录号:HQ615922)的同源性均为100%。基于ITS的种系发育结果显示,CDR01与参考序列KU194595位于同一分支,ITS基因型为D型。MS1、MS3、MS4和MS7基因形成了一个MLG基因型。本研究首次报道了四川省金丝猴感染微孢子虫D型,并且用MLST法确定了该分离株的基因亚型。     

蓝舌病病毒单克隆抗体的制备及生物学特性鉴定

以纯化的蓝舌病病毒(BTV)11型VP7免疫BALB/c小鼠,运用淋巴细胞杂交瘤技术,借助间接ELISA筛选,获得了3株分泌抗BTV11 VP7的群特异性单克隆抗体(McAb)的杂交瘤细胞株,命名为C12D9、B4 F3、E1 A7.这3株杂交瘤细胞株连续传代3个月再经液氮冻存6个月后复苏培养,仍能稳定分泌特异性McAb.3株McAb均具有ELISA特性和免疫沉淀特性,其中C12D9株上清液的ELISA效价为1256,腹水的ELISA效价为10-6.亚类鉴定,C12D9株为小鼠IgG1,B4F3、E1 A7为IgG2a和IgG2b.琼脂免疫扩散试验和间接ELISA试验表明,这3株均与BTV11型VP7发生特异性反应,为BTV群特异性McAb.     

福建地方鸡B亚群禽白血病病毒的分离鉴定

在对福建某地方鸡群进行禽白血病流行病学调查的基础上,对疑似病例进行p27抗原检测,取阳性血清接种DF-1细胞分离病毒。采用PCR及间接免疫荧光试验鉴定其亚群并对其gp85基因进行序列分析。结果显示,分离株FJ15HT0的B亚群特异性PCR检测呈阳性;IFA显示感染该毒株的DF1细胞中可检测到p27抗原,而未检测到J亚群特异性囊膜蛋白的表达;对该毒株gp85序列进行分析,发现与多株ALV-B参考毒株氨基酸序列的同源性为91.6%~98.8%,其中与GX10LS01株同源性最高为98.8%,与A、C、D、E亚群同源性在69.4%~84.2%,与J亚群同源性仅为36%~38%。该研究首次分离并鉴定河田鸡群中ALV-B,为后续的研究奠定了基础。     

H7N2禽流感病毒分离株血凝素蛋白全基因的序列分析

为进一步分析H7N2禽流感病毒(AIV)分离株血凝素(HA)基因的特性,参照已发表序列设计了1对引物,采用RT-PCR获得了1条约1.7 kb的DNA片段,测序后进行了同源性比较、HA基因系统发育进化树分析和氨基酸编码分析。结果表明,所测的2个分离株的HA基因全长1 664 bp,编码除信号肽以外的HA蛋白的全部544个氨基酸,其中包括HA1的323个氨基酸,HA2的221个氨基酸。2个分离株HA基因核苷酸序列的同源性为99.4%;与GenBank中AIV标准株A/Afri.Star./Eng-Q/983/79(H7N1)的同源性最高,分别为99.4%和99.0%;与美国A/Chicken/NewYork/13142-5/94(H7N2)株同源性很低(仅65.0%),而与以色列、意大利H7N2AIV的同源性较高(为96%~97%);2个分离株在HA基因进化树中均处于H7亚型AIV的欧亚群系分支内。推导氨基酸的序列分析表明,其HA蛋白裂解位点的氨基酸序列为-GR-GLF-,仅包含1个碱性氨基酸(R-)残基,符合低致病力AIV的基因特征。     

闽西地区猪源大肠杆菌耐药基因bla_(CTX-M-9G)的流行性分析

为了解闽西地区猪源大肠杆菌耐药基因blaCTX-M-9G流行性以及对β-内酰胺类药物的耐药情况,以期为本地区抗菌药的合理应用提供依据。从闽西地区规模化猪场采集腹泻仔猪肛门拭子分离大肠杆菌,对分离株进行β-内酰胺类药物敏感性测定及耐药基因检测。结果显示,共分离大肠杆菌213株;分离株对氨苄西林、阿莫西林/克拉维酸、头孢噻呋和头孢噻肟表现出较高的耐药率,分别为46.9%、44.1%、28.6%和23.9%;经耐药基因检测,bla_(CTX-M-9G)基因检出率为17.4%(37/213),在bla_(CTX-M-9G)阳性菌中还检测出qnrA(5.4%)、qnrB(37.8%)、qnrS(73.0%)、oqxA(70.3%)、oqxB(75.7%)及qepA(18.9%)等PMQR耐药基因,其中83.8%含有三种以上耐药基因,以携带blaCTX-M-9G+qnr S+oqx A+oqx B基因型最为流行,检出率为32.4%。闽西地区猪源大肠杆菌对β-内酰胺类药物表现出一定的耐药性,bla_(CTX-M-9G)耐药基因携带率较高,并且耐药基因bla_(CTX-M-9G)阳性菌中PMQR基因的携带率较高。     

鸡源多杀性巴氏杆菌的分离鉴定及其毒力基因的检测

取病死鸡肝接种于血清琼脂平板,挑取符合巴氏杆菌特征的单菌落进行纯化培养和染色镜检;对纯培养菌提取核酸,进行16S r RNA、kmt1和cap A基因的PCR鉴定,7个管家基因的PCR扩增和多位点序列分型,以及12个毒力基因的PCR检测;并进行分离菌的动物回归试验。结果显示,分离的2株病原菌(HN-1和CZ-6)均为两极浓染的革兰阴性短杆菌,16S r RNA和kmt1基因序列与多杀性巴氏杆菌的同源性均高于99%,荚膜血清型鉴定为A型,基因型为ST129型,除tox A、ptf A、nan H之外的9个毒力基因均被检出,动物回归试验表明分离菌对鸡的致病性较强。结果表明,这2株鸡源多杀性巴氏杆菌的分离鉴定为我国禽源菌株的遗传特性研究提供了一定参考。     

猪圆环病毒2型基因型鉴别PCR检测方法的建立

采用PCR方法从猪圆环病毒2型(PCV2)山东分离株中扩增ORF2基因片段,结合GenBank中已登录的PCV2基因序列进行同源性分析及基因型鉴定,确定山东省PCV2的流行优势基因型,探讨PCV2基因的遗传变异特性。依据PCV2基因型间的差异性序列,设计、合成特异性PCR引物,建立PCV2基因型鉴别PCR检测方法,并从敏感性、特异性、重复性等方面评价其性能。结果,获得了28株PCV2ORF2完整基因,其中4株为PCV2a型,21株为PCV2b型,3株为新基因型PCV2d型,显示山东省流行的PCV2优势基因型为PCV2b。基因同源性分析表明,2000-2012年国内不同地区分离株的基因同源性为90.5%~99.8%,不同基因型PCV2存在一定形式的特有氨基酸位点序列。用建立的PCV2基因型鉴别PCR方法扩增的片段大小分别为341bp和177bp,该方法最低能检测病毒DNA的量为5ng/μL;特异性试验结果显示,该方法只对PCV2a和PCV2b的DNA扩增阳性,而对猪圆环病毒1型(PCV1)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、伪狂犬病病毒(PRV)、猪细小病毒(PPV)、猪瘟病毒(CSFV)、乙型脑炎病毒(JEV)和大肠杆菌(Escherichia coli)的扩增结果均为阴性;重复检测10次的结果均一致。结果表明,建立的PCR方法具有良好的特异性和重复性,可用于PCV2基因型的鉴别检测。     

广西地区2004-2010年猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5及ORF7基因的遗传变异分析

为了解广西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的分子遗传进化情况,对2004-2010年间广西的PRRSV阳性病料进行了ORF5、ORF7基因扩增和序列分析。结果显示,所获得的毒株均属于美洲型毒株,其ORF5基因间的氨基酸序列同源性为89.6%～99.5%,与VR-2332、Ch-1a、JXA1株的氨基酸序列同源性分别为84.6%～91%、89.6%～95.5%和93%～99%,而与LV的同源性为54.7%～56.7%;ORF7基因间的氨基酸序列同源性为87.1%～99.2%,与VR-2332、Ch-1a、JXA1株的氨基酸序列同源性分别为91.1%～96%、91.9%～96%和89.5%～99.2%,而与LV的同源性为55.6%～58.1%。基于ORF5和ORF7基因核苷酸序列绘制的遗传进化树,可将所有PRRSV分离株分为4个亚群,广西地区的毒株分布在以CH-1a为代表的Ⅱ亚群、以HB-1为代表的Ⅲ亚群和以JXA1为代表的Ⅳ亚群,以Ⅳ亚群为主。表明当前广西PRRSV流行毒株以美洲型Ⅳ亚群为优势基因亚群,并且各毒株间的ORF5和ORF7基因序列存在一定差异,但没有明显的地域特征。     

猪生殖与呼吸综合征病毒NX/ZhW/07株的分离鉴定及其ORF5、Nsp2基因特性分析

将2007年宁夏送检的疑似猪高热病病料处理后接种于Marc-145细胞,结果Marc-145细胞出现典型的细胞病变,应用猪生殖与呼吸综合征(PRRS)病原检测试剂盒从细胞培养物中检测到PRRSV,将其命名为NX/Zhw/07.采用RT-PCR方法扩增该分离株的ORF5和Nsp2基因,并进行序列分析.结果表明,NX/ZhW/07株的ORF5基因与GXHP-5、Hainan-1、HUBl、Hunan-1、JIANGSU、Jiangxi-1、LN-5和SHH-5株的核苷酸序列的同源性分别为92%～94%,其中与CH-la株的核苷酸序列的同源性最高,达99.2%.Nsp2基因序列分析显示,出现30个氨基酸的不连续缺失,与国内高热病分离株JXA1的缺失位置完全一致.由此推测NX/ZhW/07株属于PRRSV美洲型变异株.     

猪非典型瘟病毒GX01-2018株全基因组分子特征的分析

猪非典型瘟病毒(APPV)被证实是新生仔猪先天性震颤的致病因子。为了解广西APPV流行毒株的分子遗传特征,采用RT-PCR分段扩增APPV阳性病料,经克隆、测序、拼接,获得1株APPV的全基因序列,遂被命名为GX01-2018株。结果显示,GX01-2018株基因组全长11 565 bp,包括一个编码3 635个氨基酸的阅读框(ORF)。同源性分析显示,GX01-2018株与国内代表毒株广西GX-CH_2016株、江西JX-JM01-2018A01株、广东China/GD-SD/2016株、广东GD株核苷酸序列的同源性分别为98.2%、92.9%、83.4%、90.8%。GX01-2018株与国外代表毒株美国000515株、德国Bavaria_S5/9株、奥地利AUT-2016_C株、荷兰NL1株核苷酸序列的同源性分别为87.8%、90.7%、90.5%、90.7%。上述国内外代表毒株间Npro、Erns、E2基因核苷酸序列的同源性分别为79.1%～97.2%、83.0%～98.4%、83.1%～96.8%。基于APPV全基因组以及E2、Npro、Erns基因核苷酸序列绘制遗传进化树,获得相似的进化树图。来自广西的GX01-2018株与欧洲型毒株位于一个分支,而同样来自广西的GX04/2017株与美洲型毒株位于另一个分支。表明APPV流行毒株具有遗传多样性,来自同一地区的流行毒株出现较大的遗传变异。     

鹅副黏病毒辽宁分离株HN基因的克隆与序列分析

采用RT-PCR技术对鹅副黏病毒辽宁分离株 DG-01 的 HN基因进行了扩增,获得了 1条1.8 kb的特异性条带。将此扩增产物克隆至pGEM-T载体,重组克隆质粒经鉴定后进行 DNA序列测定。测序结果表明,所克隆的基因片段长度为1 810 bp,含有1个1 716 bp的开放性阅读框架,编码571个氨基酸。核苷酸同源性分析表明:DG 01株与我国其他9株鹅副黏病毒的同源性为89.9%~95.1%;与国内外NDV HN基因的同源性为82.1%~95.2%,与国内标准强毒F48E9的同源性为84.7%,与Taiwan95和NL/96株的同源性分别为94.1%和95.2%。     

猪源乙型脑炎病毒的分离鉴定及其E基因分析

采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)方法检测猪流产胎儿病料中的乙型脑炎病毒(JEV),并对阳性病料做病毒分离与纯化.通过空斑减数试验测定了分离株和JEV P3株的中和指数.对分离株的prM-E基因进行克隆并测序,将推导的E蛋白序列与GenBank中登录的JEV毒株的E蛋白序列做比较分析.以E基因序列为基础,绘制进化树.结果显示,在检测的9份病料中有3份呈JEV阳性,并分离出1株JEV,命名为HEN0701.经测定,P3株的中和指数为12,分离株的中和指数为2.prM与E基因的序列分析表明,分离株与P3和Beijing-1株的同源性较低,最高仅为87.7%;而与JEV/sw/Mie/40/2004、KV1899、SH17M-07和YN79-Bao83株的同源性较高,最低为96.6%.进化分析表明,分离株属基因Ⅰ型.E蛋白序列分析结果显示,分离株与基因Ⅰ型JEV的E蛋白序列高度同源,且与SH-53、JEV/sw/Mie/40/2004和VN22/Viet Nam/2002/swine blood株的E蛋白序列完全相同,而与基因Ⅲ型JEV的E蛋白序列存在4个共同的氨基酸变异位点.