应用mtDNA 16S rRNA基因鉴定动物组织种属

目的应用线粒体DNA 16S rRNA基因PCR测序方法进行动物组织种属鉴定。方法未知动物内脏样本8份,已知马鹿、北山羊、绵羊和鹅喉羚肌肉样本各1份作为对照。采用用常规酚-氯仿法提取模板DNA,分别用哺乳动物通用引物和4种已知对照特异性引物扩增16S rRNA基因片段,产物用2.0%琼脂糖电泳检测,并进行序列测定及与基因库已有的序列同源性比对。结果 8份未知样本经哺乳动物16S rRNA通用引物扩增,均检测出阳性条带;用鹅喉羚特异性引物扩增,均检测出阳性特异性条带;用其他3种特异性引物扩增,均未检出阳性条带;未知样本扩增的基因片段经测序及同源性比对,与鹅喉羚的同源性为96%~100%。结论本文未知动物样本均为鹅喉羚内脏组织。本文方法可在动物检材种属鉴定中选用。     

应用mtDNA16S rRNA基因测序鉴定肉产品种属

目的 应用mtDNA 16S rRNA基因测序方法进行肉产品种属鉴定.方法 15份有关部门送检的未知动物肌肉样本,3份市购猪、牛和羊的肌肉为对照样本.常规酚-氯仿法提取模板DNA,分别用通用引物和特异性引物扩增mtDNA的16S rRNA基因片段,产物用1.5％琼脂糖电泳检测,扩增的基因片段由上海生物工程公司进行序列测...     

基于高通量测序进行无创产前亲子鉴定的可行性

目的初步探讨基于高通量测序进行STR分型的技术方法应用于无创产前亲子鉴定的可行性。方法选择13个STR基因座(6个常染色体STR基因座,6个Y染色体STR基因座,1个性别判定基因座),进行复合PCR扩增和高通量测序文库构建后,采用Ion PGM400高通量测序平台进行测序,并采用自主研发软件NGS-STR genotyper(perl脚本)进行STR分型,本文简称上述过程为NGS-STR分型。对13个母子配对混合样本(母亲:儿子=2%~50%)、1组家系样本进行了上述NGS-STR分型,旨在(1)了解其在混合样本中的灵敏度及分型情况;(2)了解其在无创产前亲子鉴定中的应用可能性。结果 (1)当混合样本中低组分(儿子)的比例超过8%,所有基因座均可检出低组分的STR信息;(2)对1例血浆样本进行NGS-STR分型,共计69.2%的基因座可检出胎儿的STR基因型信息,且所有检出基因座均符合孟德尔遗传规律。结论初步证明了NGS-STR分型技术具有进行无创产前亲子鉴定的可行性。     

67例皮肤接触样本的采集及DNA提取方法的比较分析

<正>DNA分型检验已广泛应用于法医学实践检案,尤其皮肤脱落细胞DNA分型检验,对侦查破案有重要意义[1]。而对于此类检材,选择检材预处理及DNA提取方法至关重要。本文针对常见的皮肤接     

基于埋葬大鼠的骨骼微生物群落演替规律推断死亡时间

目的 基于大鼠模型研究埋葬尸体骨骼微生物的群落演替规律,并以此推断死亡时间（PMI）,为埋尸案件的死亡时间推断提供参考。方法 将20只大鼠埋葬于深度20 cm的土壤中,分别于5个时间点（7 d、14 d、30 d、45 d、60 d）采集上肢肱骨及下肢股骨,对细菌16S rRNA基因测序及数据分析,利用机器学习算法构建预测死亡时间的随机森林模型。结果 埋葬大鼠在60 d的分解过程中,上肢肱骨和下肢股骨微生物群落无显著差异,不同时间点微生物群落差异显著。在尸体腐败进程中,骨骼厚壁菌门、拟杆菌门相对丰度总体呈现上升趋势,变形菌门、放线菌门呈现下降趋势。利用随机森林算法筛选出与PMI相关的89个OTU作为标记物并进行预测模型的构建,其R2值可达86.32%,平均绝对误差（MAE）为2.11±1.81 d。结论 本实验基于埋葬大鼠模型所建立的骨骼微生物的死亡时间推断模型具有较好的准确性,可为埋葬案件的死亡时间推断提供参考。     

国内外五个二代测序Y-SNP检测体系的单倍群划分能力及人群区分效能比较研究

目的 比较五个基于二代测序平台的Y-SNP检测体系在单倍群划分以及人群区分能力上的差异,为法医学应用提供参考。方法 利用已发表的五个检测体系的Y-SNP、Y-Indel位点及单倍群信息进行统计分析,并对千人基因组高深度测序项目中的1 600例样本数据进行单倍群划分和遗传结构分析。结果 国内与国外研发的检测体系在单倍群占比及分辨率方面存在明显差异,其中639 Y-SNP体系在单倍群C、D、O中有最高的平均分辨率,在单倍群N和Q中CSYseq的平均分辨率最高。三个针对中国人群的检测体系均表现出较高的人群特异性,其中639 Y-SNP体系在三个中国人群中表现出较高的分辨率水平,最接近ISOGG 2019版发育树的精细度。除859 Y-SNP体系外,其余四个体系都对亚洲人群有较好的区分能力。结论 国内研发的三个Y-SNP检测体系在对中国人群进行单倍群精细划分以及人群区分方面具有突出优势。