SMART:自主研发的混合STR图谱分析系统

目的混合STR图谱的分析是法医遗传学领域的一个难题。目前国内大多数法医DNA实验室依靠人工方法分析混合STR图谱,费时费力,且拆分效果也多有主观性,难以满足日益增长的混合STR图谱分析的需求。本文介绍一套自主研发的混合STR图谱分析系统——SMART(STR Mixture Analysis and Resolution Tools),其能够实现对混合STR图谱的自动化分析,包括拆分混合STR图谱和计算似然比。方法SMART使用的STR峰高的概率模型,考虑了影子峰、降解、基因座特异性扩增效率、峰高变异、插入峰、峰丢失等因素。模型通过比较各个基因型集合拟合当前混合STR图谱的似然值大小来推断最有可能的基因型集合,采用了马尔可夫链蒙特卡洛(MCMC)算法进行求解。结果SMART可应用于不同试剂盒和遗传分析仪产生的数据。经使用ABI-3500XL遗传分析仪和Global Filer试剂盒测试,SMART能够实现对2~5人的混合STR图谱的分析,输出包括混合比例、混合图谱质量、各个贡献者单人的STR基因分型、似然比等多项结果。结论SMART作为一款自主研发的混合STR图谱分析系统,其基本涵盖了国外同类分析系统所具有的功能,技术性能指标达到国际先进水平,能够满足一线法医工作者对于混合STR图谱分析的多样化需求,提高混合STR图谱结果的利用率。     

超滤管在陈旧生物检材中的应用

目的探讨millipore超滤管滤过方法对陈旧生物检材DNA分型检验的应用价值。方法将23份陈旧血样分别剪取同样合适大小的血片3组,标为A、B、C组,磁珠法提取DNA,分别用80μL、80μL、20μL洗脱液洗脱得到模板DNA,其中A、C组模板直接扩增,B组用millipore超滤管滤过浓缩后扩增。PCR产物用AB3130x L基因分析仪检测,Gene Mapper ID V3.2软件进行自动分型。所得实验数据用SPSS软件分析处理。结果 A组没有1例样本扩出全部STR基因座,B组有18例样本扩出全部STR基因座,C组有11个样本扩出全部STR基因座。结论应用millipore超滤管滤过方法可以明显提高陈旧生物检材的DNA分型成功率。     

硅珠法提取腐败肋软骨DNA

本文对硅珠法在提取腐败肋软骨DNA方面进行实验研究,硅珠提取法克服了常规Chelex-100提取法扩增效率低的缺点,具有简捷、灵敏的优点,并不受检材种类和条件影响,扩增成功率高,实验所需时间短,有很强的应用价值。     

基于国产遗传分析仪的毛细管电泳筛分介质的制备

目的制备一种毛细管电泳筛分介质,将其应用于GA118-16A型遗传分析仪上。方法通过聚合反应、冷冻干燥得到白色固体聚丙烯酰胺(LPA),经溶胶缓冲液溶胀后获得所需的毛细管电泳筛分介质。对其分子量、结构等关键性能指标进行表征;并将其应用于GA118-16A型遗传分析仪上,根据空间校正、光谱校正及STR检测结果对其筛分性能进行评价。结果制备的筛分介质Mw 1.8×105Da,Mn 1.2×105Da,多分散性1.5;结构正确且纯度高;在GA118-16A型遗传分析仪上能够建立空间校正、光谱校正文件;能够有效分离相差1bp的DNA片段,峰型尖锐、无杂峰、无拖尾、无丢峰现象。结论该方法制备的筛分介质完全可应用于GA118-16A等国产遗传分析仪。     

1例Turner患者Amelogenin和STR基因座分型及核型分析

应用Amelogenin基因座和染色体核型分型技术,对一名10岁,社会性别为女性、Amelogenin基因座为＂X,Y＂的儿童进行亲子鉴定,结果否定女童的亲子关系并判断女童是Turner综合征患者,现报道如下。     

激光捕获显微分离技术在DNA检验中的应用研究

目的建立一套显微细胞捕获技术用于法医学生物检材DNA检验方法。方法使用VeritasTM LCM激光捕获仪,采用紫外加红外的捕获方式,对框架覆膜玻片上经苏木素染色口腔上皮细胞进行捕获,采用改良硅珠法提取细胞DNA,使用Identifiler TM试剂盒在5μL体系中进行PCR扩增。结果成功获得20个口腔上皮细胞的13个以上完整STR基因座分型谱带。结论本研究建立的方法适合法医学生物检材制成的染色涂片上细胞的DNA检验。     

GA118-16A型遗传分析仪在案件检验中的应用

2010年,国内首台具有自主知识产权的法医DNA检测仪研制成功,命名为"GA118-16A型遗传分析仪"。2017年8月,我中心正式在案件检验中试用GA118-16A型遗传分析仪,对上千份检材进行实际检验后,发现该仪器操作简单、方便,灵敏度、稳定性较好,基因分型结果完整准确、图谱清晰,可用于一线公安机关DNA实验室实际检案和数据库建设。     

绵羊PRNP密码子136和154及171等位基因型的ARMS-PCR鉴定方法的建立

根据已获得的绵羊PRNP密码子136、154和171等位基因型的序列,设计并合成了针对各等位基因型的特异性引物,摸索3′末端引入的错配碱基种类及位置,优化扩增条件,以建立绵羊PRNP密码子136、154和171等位基因型的ARMS-PCR鉴定方法。应用ARMS-PCR分析已知PRNP等位基因型的绵羊血样,验证ARMS-PCR与PCR-SSCP鉴定PRNP等位基因型的符合率。经ARMS-PCR验证,已知的15种绵羊PRNP等位基因型的94份血样,两者的基因分型符合率达100%。研究结果显示,该ARMS-PCR分型法能够准确鉴定出绵羊PRNP密码子136、154和171的等位基因型,且具有简便、快速、廉价的优点,适合于绵羊PRNP等位基因型的普查。     

微量混合脱落细胞扩增和电泳时间的影响

当前犯罪现场约52%的法医学物证,为微量脱落细胞的生物检材。研究微量混合脱落细胞生物检材提取后扩增和电泳时间对检测结果的影响。初步表明微量生物检材随着时间的推移,存在降解。