一种新的STR复合扩增系统

本文在国内首次报道了Ｄ１６Ｓ５３９，Ｄ７Ｓ８２０和Ｄ１３Ｓ３１７三个位点的复合扩增技术，即将三个独立的ＳＴＲ位点放在同一个体系中进行扩增。本文应用ＰＣＲ技术对这三个ＳＴＲ基因座做复合扩增，采用高分辨率的聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，银染法显影技术，得到的图谱清晰易读。在亲子鉴定和个人识别中有很高的实用价值。     

用VBA语言开发群体遗传学统计分析软件

目的开发适用于短串联重复序列(STR)基因座群体遗传学统计分析的软件,促进和加快STR基因座群体遗传学基础研究。方法选用简单易用的MicrosoftVBAforExcel语言,利用宏功能,开发STR基因座群体遗传学统计分析软件。结果开发建立了基于VBA语言的“群体遗传学分析易”软件,能进行STR基因座群体遗传学分析。结论开发的基于VBA语言的“群体遗传学分析易”软件,具有计算统计功能完善、输入格式兼容性好、使用方便、输出格式清晰易懂的特点,可在国内外STR基因座群体遗传学研究领域推广应用。     

X染色体STR单倍型DXS7424-DXS101遗传多态性

目的研究X染色体STR单倍型DXS7424-DXS101在汉族群体中的法医学特征及其分布特点。方法本实验应用PCR和聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染技术对DXS7424和DXS101位点进行基因分型,利用相关统计方法进行数据分析。结果汉族151个男性样本中共检出37种单倍型,频率分布在0.0066～0.1391,GD值为0.9453,DP值达到0.9389,最常见单倍型为16-23。结论DXS7424-DXS101作为单倍型分析在汉族群体中具有较高的个体识别率和非父排除率,在法医学特殊亲权鉴定中具有良好的应用前景。     

5个STR基因座的遗传多态性及其法医学应用

目的获得D11S4951、D11S4957、GATA193H05、D2S2951、D6S2421基因座的群体遗传学数据,并分析其在法医学中的应用价值。方法随机抽取成都地区汉族群体无血缘关系个体的静脉血,EDTA抗凝,用Chelex-100法提取DNA,应用PCR技术,扩增上述5个短串联重复序列基因座,聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳分型。结果5个基因座在中国成都汉族人群中分别发现了7、10、8、6、8个等位基因,5个基因座的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。各基因座的杂合度分别为0.743、0.772、0.833、0.650和0.800;非父排除概率分别为0.497、0.549、0.662、0.356和0.599;个人识别几率分别为0.863、0.912、0.947、0.829和0.931。结论5个基因座在中国汉族群体中具有法医学应用价值。     

用Y-STR单倍型推断男性个体来源的分析

目的 利用17个Y-STR单倍型数据,推断分析浙江绍兴地区男性个体来源,为Y-STR数据库的建设与应用提供依据.方法 采集绍兴地区6县(市)区,104个镇(乡),1240个村的138个姓氏家族的7384份男性个体血样.采用YfilerTM复合扩增试剂盒进行17个Y-STR分型,所得数据进行县(市/区)/镇(乡/街道)/村/姓氏的组合和县(市/区)/镇(乡/街道)/村/姓氏/单倍型组合分布情况统计分析.结果 在7384份男性样本中,获得2 486种县(市/区)/镇(乡/街道)/村/姓氏组合,4957种县(市/区)/镇(乡/街道)/村/姓氏/单倍型组合,3149种Y-STR单倍型.其单倍型出现的次数从1至52次不等,其中仅出现1次的有2 471种(78.47％).对出现频率为17～ 52次的单倍型数据进行姓氏分析,发现平均有71.0％ (42.9％ ～87.5％)的人员来自同一姓氏,且在地域上多数为相邻镇或村的同姓人员.结论 利用Yfiler系统的17个Y-STR基因座单倍型数据,可以推断浙江绍兴地区男性个体的地域或姓氏来源.     

旋毛虫丝氨酸蛋白酶抑制剂(TsSerpin)基因的克隆及序列分析

为了分析旋毛虫丝氨酸蛋白酶抑制剂(TsSerpin)的分子特征,提取了旋毛虫标准株ISS534,河南、云南、天津、西安、哈尔滨等6个猪旋毛虫分离株基因组DNA,设计引物进行PCR扩增,克隆不同虫株TsSerpin基因组的DNA序列。将PCR产物连接到pMD18-T载体后转化至大肠杆菌DH5α感受态细胞,筛选阳性克隆进行序列测定,利用生物信息学软件对TsSerpin基因序列进行预测分析。结果显示,TsSerpin cDNA序列含有1个由1 122个核苷酸组成的开放阅读框,编码由373个氨基酸残基组成的多肽,蛋白质分子质量的理论值为42.5ku,理论等电点为6.54。该蛋白的二级结构中,α螺旋占36.7%,β折叠占25.2%,其余38.1%为无规则卷曲。TsSerpin第14~373位氨基酸序列为Serpin结构域,具有Serpin的保守序列FVADHPFLFFI。线性B淋巴细胞抗原表位分析显示,TsSerpin中含有12个潜在的B细胞抗原表位。TsSerpin基因的开放阅读框对应的基因组序列包含3个外显子和2个内含子。不同旋毛虫分离株TsSerpin序列高度保守,一致性在99%以上。上述研究结果为进一步研究TsSerpin蛋白的生物学功能和研制新型抗旋毛虫疫苗奠定了基础。     

三株传染性法氏囊病病毒超强毒株全基因组的克隆与序列分析

为了获得本实验室3株(HuB-1、HeB10XS02、SD10LY01)传染性法氏囊病病毒(IBDV)分离毒株的全基因组序列,并了解其序列特征,首先测定了这3株毒株对SPF鸡的致死率,然后利用融合PCR技术扩增获得全基因组序列,对其进行遗传进化分析。结果显示,3株毒株对SPF鸡的致死率均在60%以上,为IBDV超强毒株(vvIBDV)。遗传进化分析表明,3株分离毒株的A节段均位于超强毒分支。IBDV的B节段分为明显的3个亚群,其中HuB-1、SD10LY01的B节段属于第Ⅲ亚群,HeB10XS02的B节段则属于第Ⅱ亚群。第Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ亚群之间在VP1蛋白上存在17个保守氨基酸差异位点,其中第145~147位氨基酸形成独特的"三联体"基序,不同亚群具有不同的基序。本研究结果为更好地了解vvIBDV基因组特征以及致病性分子基础的研究提供了重要理论依据。     

共有等位基因数判别函数法在全同胞关系鉴定中的应用

目的建立共有等位基因数判别函数的全同胞鉴定方法,探讨检测基因座数目对鉴定的影响。方法根据344对全同胞和两两随机组合的3693对无关个体的19、21和39个常染色体STR分型结果,统计共有等位基因数,并利用SPSS软件中的Fisher判别分析法,分别建立全同胞-无关个体的判别函数及后验概率。结果同胞对和无关个体对共有等位基因数均符合正态分布,具有显著性差异,19、21和39个STR基因座同胞组判别函数分别为:L同胞=3.336×S19-40.484,L同胞=3.452×S21-46.289,L同胞=3.368×S39-84.891;无关个体组分别为:L无关=1.675×S19-10.725,L无关=1.758×S21-12.523,L无关=1.873×S39-26.738;平均错判率分别为2.060%、1.705%和0.570%。结论共有等位基因数判别函数法在全同胞-无关个体鉴定中具有应用价值,且检测基因座越多越有利于全同胞鉴定,降低错判风险。     

STRtyper-10G系统9个STR基因座突变分析

目的观察和分析STRtyper-10G系统9个STR基因座的突变特点。方法在7 707例肯定亲子关系的案件中,统计使用STRtyper-10G试剂盒（9个STR基因座）检测发现的突变事件,判断突变等位基因的来源,计算各基因座的突变率,分析突变特点。结果在9个基因座上共发现118个突变事件,均为1步突变;平均突变率为1.69×10-3（95%CI 1.40×10-3~2.03×10-3）,各基因座的突变率介于0.78×10-3~2.84×10-3,父、母来源突变比例为9.64∶1;短、中、长等位基因的突变比值约为1∶8∶3,增加和减少重复单位的突变比值为1.29∶1。结论 9个基因座的突变率存在显著差异,实际检案时应结合各基因座的突变率进行PI值计算更为科学。     

牛病毒性腹泻病毒JL-1株E0基因的序列分析及其原核表达

为研究牛病毒性腹泻病毒(BVDV)E0基因序列的保守性及其表达蛋白的抗原性,采用高保真酶从牛病毒性腹泻病毒JL-1株中扩增出完整的E0基因,将其测序结果与GenBank中公布的13株BVDV 1型和2株BVDV 2型的E0基因序列进行同源性比较并绘制系统进化树。将JL-1株E0基因克隆至原核表达载体pGEX-6P-1中以构建原核表达重组质粒pGEX-6P-E0,并转化至表达宿主菌BL21(DE3)pLysS,经IPTG诱导表达,进行SDS-PAGE和Western-blot分析。结果显示,JL-1株E0基因与13株BVDV 1型的E0基因具有较高的同源性,介于75.3%~94.0%之间,而与2株BVDV 2型的E0基因序列的同源性较低。原核表达获得可溶性的E0融合蛋白大小约为50ku。Western-blot分析结果显示,目的蛋白具有良好的反应原性。结果证实,牛病毒性腹泻病毒E0基因具有较高的保守性,其表达的蛋白具有较好的反应原性。