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目的利用实验数据对法医学二代测序STR分型测序深度与分型结果准确度的关联性进行评估。方法使用商业化基因组DNA制备单一来源和混合的DNA样本,以Thermo Fisher公司的25重早期测试试剂盒进行目的STR片段扩增,每种扩增产物分别使用4种不同的序列标签平行建库,并控制标记每一种序列标签的文库上机量依次占一张Ion 318芯片的1/4、1/8、1/16、1/32。经Ion PGMTM基因测序仪测序,以及Ion Torrent SuiteTM软件进行数据分析;同时对庞敬博等人发表的基于相同试剂盒和测序仪检测的95名中国汉族无关个体的6928条等位基因、影子峰和噪音序列进行测序深度统计分析,寻找测序深度与STR分型准确度的关联性。结果各基因座测序深度随文库上样量减少而呈明显下降趋势。对于单一来源样本,每张芯片上样不超过8个均一化文库可实现全部基因座的完整分型;对于1∶20比例的混合DNA,每张芯片上样不超过4个均一化文库时,未发现微量组分的等位基因丢失。人群数据测序深度统计显示,该体系基因座间存在不均衡性,有必要针对各基因座分别设定分析阈值参数。结论测序深度与法医学STR分型结果的准确性密切相关,各基因座最低测序深度与平均测序深度的比值可作为设定分析阈值的重要参考指标。本研究确定的单张芯片上样数量仅适用于本实验体系,但相关实验设计和方案可供其他实验体系开展类似工作参考。 相似文献
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邢台,一个有3500年建城史的都府。2021年新年刚过,它就和石家庄一同成为了全国人民关注的地方。1月3日邢台南宫出现新冠肺炎确诊患者,1月9日全域封控,1月12日第二轮核酸检测启动。"党和人民需要我们的时候到了!因社区管控不便到机关上班的同志,在做好自身防护的前提下,要积极参与到所在小区疫情防控中去。 相似文献
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有这样一群人,他们虽然不在临床一线,却同病毒面对面拼力交战;他们所在的隐形战线,让病毒无处遁形。他们有一个共同的名字--疾控人。自疫情发生以来,他们战斗的脚步从未停下。春节期间,半月谈记者来到北京市疾病预防控制中心传染病地方病控制所,跟随实验室工作人员探访新型冠状病毒核酸检测全过程。在病原检测实验室区域,半月谈记者按要求戴上口罩、橡胶手套,穿上一次性隔离服、隔离帽、鞋套,在实验室工作人员潘阳的带领下踏入实验检测区。 相似文献
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当前,全球疫情呈现复杂演变态势,国内多个省份呈现散在、多点、局部暴发的流行态势。为保障人民群众健康,很多地区开启了战役式、集中式大规模人群核酸检测策略,不仅成本巨大,且在推进过程中缺乏精准靶向的风险漏洞管理,极易构成疫情传播隐患。为此,建议进一步完善我国新冠疫情防控策略:一是从源头遏制境外疫情输入,严控冷链相关风险引发国内疫情传播。 相似文献
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本文利用苏州市公安系统DNA数据库资源,进行大规模汉族人群的15个基因座的遗传多态性分析。采用Amp FISTR Identifiler试剂盒、Amp FISTR Identifiler Plus试剂盒、AGCU 17+1试剂盒进行扩增,经测序后获得510 000名汉族个体15个STR基因座的DNA分型,应用Excel软件计算等位基因的分布频率等群体遗传学数据。在15个STR基因座共检出等位基因344个、基因型1890个。所调查的汉族人群15个基因座具有较好的识别力。 相似文献
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