Integration of the AmpFlSTR Identifiler PCR Amplification Kit with SRY-specific primers for gender identification

Dropout of the amelogenin Y-specific allele due to an interstitial deletion of the Yp involving the amelogenin Y locus (AMELY) can cause misidentification of sex genotype with potentially serious consequences in personal identification processes and criminal investigations. Inclusion of additional sex-defining markers in forensic DNA typing kits is therefore advisable. In this study, the co-amplification of the sex-determining region Y (SRY) gene and 16 STR loci included in the AmpFlSTR Identifiler PCR Amplification Kit was evaluated. Combination of SRY and Identifiler primers did not compromise the amplification outcome and generated a 90 bp male-specific SRY fragment, showing a reproducible peak height ratio in comparison with the AMELY peak. The SRY peak was detectable in presence of amounts of template DNA as low as 125 pg, and in mixed samples with a male/female DNA ratio of 1:100.     

线粒体16SrRNA和Cytb基因复合扩增进行种属鉴定

目的 建立一种用于种属鉴定的线粒体DNA16SrRNA基因和细胞色素b基因荧光标记复合扩增检测体系。方法 利用引物设计软件Primer 5．0对mtDNA序列的16SrRNA基因和细胞色素b基因各设计一对引物,建立复合扩增体系,分别扩增人和牛、猪、狗、鸡、草鱼5种常见动物,用310遗传分析仪对产物进行分析。结果 人和5种动物DNA扩增产物均出现两个峰。Cytb通用引物的扩增产物为人与动物的共有峰,为358bp;16SrRNA基因的扩增产物为人与动物间存在位置差异的特异峰,位于231～256bp之间。结论 该复合扩增体系可以明确区分人和5种动物样本,可用于种属鉴定。     

Spatial and temporal influences on bacterial profiling of forensic soil samples

Bacterial content may be helpful in differentiating forensic soil samples; however, the effectiveness of bacterial profiling depends on several factors, including uniqueness among different habitat types, the level of heterogeneity within a habitat, and changes in bacterial communities over time. To examine these, soils from five diverse habitats were tested over a 1 year period using terminal restriction fragment length polymorphism (TRFLP) analysis. Soil samples were collected at central locations monthly, and 10 feet in cardinal directions quarterly. Similarity indices were found to be least related among habitats, while the greatest bacterial similarities existed among collection locations within a habitat. Temporally, however, bacterial content varied considerably, and there was substantial overlap in similarity indices among habitats during different parts of the year. Taken together, the results indicate that while bacterial DNA profiling may be useful for forensic soil analysis, certain variables, particularly time, must be considered.     

西藏当雄牦牛皮蝇蛆病病原的分子分类鉴定

2011年在西藏当雄县感染皮蝇蛆牦牛的背部皮下收集到三期幼虫113个,首先进行了形态学鉴定,之后提取DNA,用特异性引物扩增COⅠ基因,并进行测序,与GenBank中的相关序列进行了同源性比较,建立了系统发育树。结果表明,西藏当雄县感染牦牛的皮蝇蛆为牛皮蝇蛆和中华皮蝇蛆。前者(85条)占样本总数(113)的75.22%,为西藏当雄牦牛皮蝇蛆病病原的优势虫种;COⅠ基因序列显示牛皮蝇和中华皮蝇的种间差异为10.8%～11.3%,同源性为88.7%～89.2%;牛皮蝇的株间差异为0.1%～0.6%,同源性为99.4%～99.9%,中华皮蝇的株间差异为0.1%～0.4%,同源性为99.6%～99.9%。说明COⅠ基因是牦牛皮蝇蛆病病原种类分子分类鉴定的可靠靶基因。     

用于检测仔猪致病菌的23S rRNA基因芯片的研制

以副猪嗜血杆菌、胸膜肺炎放线杆菌、多杀性巴氏杆菌、大肠杆菌、肠道沙门氏菌、猪链球菌等12种仔猪致病菌为目标细菌,23SrRNA基因为靶基因,从GenBank中下载其23SrDNA全序列,在其变异区设计特异性探针,在保守区设计通用引物。通过序列分析、PCR靶标与探针杂交试验,建立了有13条寡核苷酸探针和2对通用引物的仔猪常见致病菌基因芯片检测方法。以参考菌株粗提基因组DNA的10倍系列稀释模板做PCR,扩增产物与探针杂交,检出芯片的灵敏度为100fg。对33个参考菌株用芯片检测,结果有1例不正确,只鉴定到属;在61个野外分离株中,55株的芯片检测结果与生化或测序结果一致,有6例不一致,符合率为90%。初步研究证明,该检测方法能快速、有效地鉴定多种仔猪常见致病菌,但要区分某些细菌的致病株与非致病株,还要检测毒力/毒素基因。     

iss基因与鸡大肠杆菌致病力的关系

为探讨iss基因的存在及其核苷酸序列的差异与鸡大肠杆菌致病力的关系,分别采用普通PCR及套式PCR方法检测iss基因在21株鸡大肠杆菌菌株中的分布,并进行序列测定,分析菌株携带iss基因的情况及不同毒力的菌株间iss基因序列的差异。结果显示,经套式PCR检测21株鸡大肠杆菌均携带iss基因,而普通PCR检测显示仅有13株携带iss基因;16株菌株iss基因与国外禽大肠杆菌iss基因参考序列同源性为100%;其余5株中,E1与参考序列同源性为93.5%,E33、O78与参考序列同源性为99.4%,E4、E21与参考序列同源性为99.7%。推测,iss基因可能在不同来源、不同毒力、不同血清型的鸡大肠杆菌中都普遍存在,仅是拷贝数高低不同,而不是目前普遍认为的"有或无"的关系,并且iss基因序列是高度保守的。iss基因与鸡大肠杆菌致病力的相关性可能与它所定位的质粒拷贝数有关,与iss基因的序列差异无关。     

传染性羊痒病抗性基因分型方法的建立

根据GenBank中登录的绵羊朊蛋白编码基因PRNP序列,设计并合成了可用于单核苷酸多态性(SNP)快速分析的3对引物和7条分别标记了FAM和VIC荧光染料的MGB探针,建立了一种利用荧光定量PCR扩增反应对羊痒病抗性基因进行筛选的方法。结果表明,设计的引物及探针具有特异性和高效扩增性,能够用于PRNP羊痒病抗性基因的快速分型。借助该方法可建立一整套完善的预警监测体系来预防该病的发生,也可用于羊痒病的常规实验室诊断。     

大熊猫轮状病毒CH-1株NSP4基因的克隆与生物信息学分析

用MA-104细胞增殖大熊猫轮状病毒(RV),并提取总RNA,经RT-PCR扩增,获得NSP4基因,将其克隆到载体进行测序,应用生物信息学方法初步分析NSP4基因的结构及功能,并与不同动物的RV构建系统进化树。结果显示,获得了长750bp的大熊猫RVNSP4基因,此序列包含1个528bp的完整开放阅读框,编码175个氨基酸;预测大熊猫RVNSP4基因的理论分子质量为20223.7u,等电点为6.84,半衰期为30h,不稳定系数为30.40,总平均亲水性为-0.240,疏水性为-2.400～2.622;无信号肽序列;跨膜结构分析表明,NSP4有1个跨膜区,其N端位于病毒膜外区,C端位于病毒膜内区;抗原表位预测显示,NSP4有6个抗原决定簇;结构预测显示,其可能包含2个N-糖基化作用位点、6个蛋白激酶C磷酸化作用位点、3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化作用位点和1个酪氨酸激酶磷酸化作用位点;系统进化树分析显示,大熊猫RV NSP4基因与猪RV NSP4基因的进化距离最近。     

乙型脑炎病毒E蛋白基因的原核表达及ELISA抗体检测方法的建立

通过PCR方法扩增流行性乙型脑炎病毒(JEV)E基因,全长1 500 bp,将其连入经双酶切的pET-28a(+)载体,构建了重组原核表达质粒pET28a-E.将pET28a-E转化大肠杆菌BL21(DE3)后,经IPTG诱导,进行SDS-PAGE分析.结果显示,E基因在大肠杆菌BL21中获得高效表达,表达的蛋白分子质量约53 ku.Western-blot分析表明,该表达产物具有良好的抗原性.在此基础上,利用该蛋白初步建立了检测猪JEV抗体的间接ELISA方法,并用武汉科前生物制品公司生产的猪JEV ELISA抗体检测试剂盒同时对250份临床采集的猪血清样品进行了检测,结果这两种方法的符合率达到92%,表明建立的ELISA方法具有较高的灵敏性和特异性.     

鸡毒霉形体H3株TM-1基因与鸡白细胞介素2基因串联子在大肠杆菌中的共表达

运用DNA重组技术将鸡白细胞介素2基因和鸡毒霉形体H3株TM-1基因进行串联,插入到pET-30a( )质粒的EcoRⅠ和HindⅢ多克隆位点间,经PCR鉴定、双酶切鉴定和序列测定,表明已成功构建了含鸡毒霉形体H3株TM-1基因和鸡白细胞介素2基因的融合基因,将含有此融合基因的重组质粒命名为pET-30a( )-TM-1-IL-2。将此重组质粒转化E.coliBL21(DE3)菌株。经IPTG 37℃诱导表达4 h后,SDS-PAGE电泳结果显示,此融合基因得到了表达,所表达出的融合蛋白的分子质量约为43 ku,主要以包涵体形式存在。表达产物在尿素存在下经超声波处理,获得了纯化的融合蛋白。这为进一步研究鸡白细胞介素2及鸡毒霉形体的生物学活性奠定了基础。