Genetic landscape of the mitochondrial DNA control region in South African populations

A high-quality dataset of the mitochondrial DNA control region sequences was generated with Sanger and next-generation sequencing. The study was aimed at characterizing the maternal genetic ancestry and analyzing the haplogroup distribution of 246 individuals residing in South Africa. The study presents mtDNA sequences in South Africa for forensic applications.     

A Simple Method of VNTR D1S80 Locus Allelic Ladder Construction for Capillary Electrophoresis‐based Genotyping

VNTR D1S80 locus genotyping has been largely replaced in forensics by STR. As the statute of limitations on murder cases was abolished in the Republic of Korea in July 2015, the demand for re‐analysis of DNA from unresolved murder cases has increased. The National Forensic Service includes several recorded D1S80 genotypes as crucial clues. Here, we re‐established the D1S80 analysis system using capillary electrophoresis and confirmed the reproducibility of the system by comparison with the genotypes of eight DNA samples that had been analyzed using PAGE in 2006. In addition, we created an allelic ladder via new methodology using flanking region sequences. A single DNA sample (K562) and seven primers were used for the new ladder, which contains 12 alleles. Although artificial owing to the use of the flanking region rather than repeat unit reduction, the method is rapid and simple, and could be applicable in any laboratory.     

D7S817,D18S865位点的群体遗传学研究

目的　调查D7S817、D18S86 5两个STR位点的遗传多态性 ,获得群体遗传学基本数据。　方法　采用PCR和PAG垂直电泳技术、银染显色方法。结果　D7S817位点在成都汉族群体中发现 9个等位基因 ,2 3种基因型 ,杂合度为 0 .738,个人识别机率为 0 .931。在甘肃东乡族群体中发现 8个等位基因 ,2 0种基因型 ,杂合度为 0 .75 2 ,个人识别机率为 0 .917。D18S86 5位点在成都汉族群体中发现 7个等位基因 ,17种基因型 ,杂合度为 0 .72 ,个人识别机率为 0 .90 6 ;在甘肃东乡族群体中发现 6个等位基因 ,15种基因型 ,杂合度为 0 .814,个人识别机率为 0 .898。基因型频率分布符合Hardy -Weinberg平衡定律。等位基因频率的分布在 2个群体之间无显著性差异。　结论　D7S817、D18S86 5位点的扩增效率高 ,重复性好 ,个人识别能力强 ,在法医学个人识别和亲子鉴定应用中有较高的价值。     

TPOX基因座三个基因的检出及遗传多态性分析

研究 2个群体TPOX基因座遗传多态性及变异。应用PCR扩增、变性聚丙稀酰胺凝胶电泳结合银染技术对TPOX基因座进行检测。在 10 0例中国北方汉族及 93例南非两群体中各检出 7个等位基因 ,个人识别机率与非父排除率分别为 0 7978、 0 46 2 5和 0 914 1、 0 6 12 5。基因型频率分布符合Hardy Weinberg平衡。群体间比较结果显示 ,TPOX基因座存在明显的人种差别。另外 ,在 2个南非黑人个体中 ,各自检出了 3种TPOX基因片段 ,序列分析证实 ,它们在由特异性引物所限定的DNA片段区域内 ,除核心序列重复次数的差别外 ,其余序列完全相同。推测其是由染色体不等交换形成嵌合体所致。研究结果表明 :TPOX基因座属较高鉴别能力遗传标记 ,在法医学及人类遗传学研究中具有重要意义     

用分子克隆技术构建D12S375基因座等位基因分型标准物及汉、回、维族群体遗传学研究

采用分子克隆技术大量制备STR基因座等位基因分型标准物 ,解决长期困扰STR分型的准确性和标准化问题。PCR扩增出D12S375基因座的 7个等位基因片段 ,将其插入pUC重组质粒中 ,经DNA测序分析证实插入片段的结构及大小 ,按重复单位的重复次数对插入的等位基因片段进行命名 ,最后经转染、扩增及再鉴定后制备出标准D12S375基因座等位基因分型标准物。应用此分型标准物 ,调查D12S375基因座在成都汉族 ,甘肃回族及新疆维族群体中的基因型分布频率 ,评估其在法医学实践中的应用价值。     

24个X-STR及7个Y-STR基因座复合扩增体系建立及法庭科学有效性验证

目的建立24个X-STR基因座及7个Y-STR基因座的复合扩增体系,进行24个X-STR基因座的遗传多态性调查,并评价该体系的法医学应用价值。方法采用六色荧光标记技术,对24个X-STR基因座(DXS6803,DXS10159,DXS10146,DXS7132,DXS10075,DXS8378,DXS7424,DXS101,DXS6795,HUMARA,DXS10074,DXS6801,DXS6789,DXS10135,GATA144D04,DXS7423,DXS10101,HPRTB,DXS10148,GATA165B12,DXS10103,DXS8377,DXS6797,DXS6810)进行复合扩增和毛细管电泳检测;调查山东汉族1057名无关男性个体24个X-STR基因座的遗传多态性,并对系统性能进行评价。结果本文建立的复合扩增体系中的24个X-STR基因座,在1057名个体中共检出1057种单倍型。方法特异性好,分型结果准确稳定,灵敏度达0.0625ng,实际案例常见生物检材的检验结果良好。结论该复合扩增检测体系可以用于实际案例检验,弥补商品化X-STR基因座复合扩增检测体系的不足,联合应用加入的Y-STR基因座适用于混合斑的鉴别。     

Analysis of Luminescent Gunshot Residue (LGSR) on Different Types of Fabrics

The collection of gunshot residue on fabric can be an arduous task due to the microscopic size of particles (blind collection) and sheddability of some fabrics. The introduction of luminescent markers and consequent formation of luminescent gunshot residue (LGSR) can facilitate this analysis. In this study, different fabrics were analyzed in order to verify the persistence of the LGSR on them, the possibility of collecting and analyzing particles by video spectral comparator (VSC) and SEM/EDS. Also, different colored fabrics were used as targets in order to investigate influence of fabric color on LGSR visualization. Furthermore, the influence of the fabric type in the distribution of the LGSR deposited around the projectile´s hole entrance was evaluated. The fabric sheddability did not alter collection of the particles or analysis. It was possible to observe and collect LGSR on all tested fabrics, even after the fabric had been shaken, or in colored fabrics.     

用新设计引物调查武汉汉族Penta D和Penta E基因座遗传多态性

目的　研究PentaD和PentaE基因座分型引物设计 ,调查PentaD和PentaE基因座在武汉汉族人群中的遗传多态性。方法　用重新设计的PentaD和PentaE基因座分型引物 ,采用热启动PCR和PAGE技术对 2 81名武汉地区汉族无关个体进行分型调查 ,并将其分型结果与Promega公司的PowerPlexTM16系统荧光标记复合扩增试剂盒分型结果进行比较。结果　新设计引物扩增产物的片段大小范围分别为 15 3～ 198bp和 10 7～ 2 12bp ,其分型结果与PowerPlexTM16系统的分型结果完全一致 ,且用银染法检测的灵敏度显著提高 (由 0 5ng提高到 0 2ng)。PentaD和PentaE基因座在武汉汉族群体分别检出 10个和 2 1个等位基因 ,其基因型频率分布均符合Hardy Weinberg平衡。家系调查证实了其等位基因的传递符合孟德尔遗传规律。两基因座的个体识别能力 (DP)分别为 0 92 62、 0 9860 ,非父排除率 (PE)分别为 0 665 1、 0 83 2 5。结论　新设计引物用于PentaD和PentaE基因座的分型检测准确可靠 ,两基因座多态性程度高 ,在法医学个人识别和亲子鉴定中具有使用价值。     

4个YSTRs基因座的复合扩增

目的 建立DYS19、DYS389 Ⅰ、DYS389 Ⅱ、DYS385复合扩增体系。方法 遴选Y STRs基因座的引物，分别用FAM、TAMRA、TET标记DYS19、DYS385、DYS389 Ⅰ、DYS389 Ⅱ，优化扩增条件，考察扩增体系的个体识别能力、灵敏度、种属特异性及突变情况。结果 所建立的4基因座Y STRs复合扩增体系分型清晰，单倍型多样性达0.989，且特异性好，灵敏度高(1ng DNA)，未观察到突变。结论 所建立的4个Y STRs基因座复合扩增方法适合法医学应用。     

模板DNA用量对荧光STR复合扩增检测的影响

目的 探讨模板DNA用量对荧光STR复合扩增检测的影响,寻求荧光STR复合扩增检测的最适扩增模板DNA用量。方法 采用模板DNA(9947A)不同的扩增用量,对Profiler Plus试剂盒的基因座进行扩增,在3100型全自动遗传分析仪上作了检测。结果 3100型遗传分析仪检测的最适扩增模板DNA用量在0.31～2.5ng之间。结论 模板DNA量过高或过低均会影响荧光STR复合扩增检测结果的可靠性。