Human Leukocyte Antigen alleles as an aid to STR in complex forensic DNA samples

Human biological samples with multiple contributors remain one of the most challenging aspects of DNA typing within a forensic science context. With the increasing sensitivity of commercially available kits allowing detection of low template DNA, complex mixtures are now a standard component of forensic DNA evidence. Over the years, various methods and techniques have been developed to try to resolve the issue of mixed profiles. However, forensic DNA analysis has relied on the same markers to generate DNA profiles for the past 30 years causing considerable challenges in the deconvolution of complex mixed samples. The future of resolving complicated DNA mixtures may rely on utilising markers that have been previously applied to gene typing of non-forensic relevance. With Massively Parallel Sequencing (MPS), techniques becoming more popular and accessible even epigenetic markers have become a source of interest for forensic scientists.The aim of this review is to consider the potential of alleles from the Human Leukocyte Antigen (HLA) complex as effective forensic markers. While Massively Parallel Sequencing of HLA is routinely used in clinical laboratories in fields such as transplantation, pharmacology or population studies, there have not been any studies testing its suitability for forensic casework samples.     

二代测序技术在Y染色体遗传标记分型中的法医学应用

法医遗传学领域常利用Y染色体的父系遗传特点,对非重组区遗传标记进行检测并用于亲缘关系鉴定、混合斑检测、家系排查以及种族推断等研究.目前毛细管电泳仍是应用最为广泛的检测技术,基于该技术的商业化检测试剂盒及数据分析处理系统十分成熟.随着生物信息量的增长,传统检测技术通量低的弊端逐渐显现,推动了法医DNA分型技术的革新.近年...     

基于16S rRNA基因测序探讨加味交泰丸对腹泻型肠易激综合征患者肠道菌群的影响

目的 探究加味交泰丸对腹泻型肠易激综合征(diarrhea-predominant irritable bowel syndrome, IBS-D)患者肠道菌群的影响。方法 将60例IBS-D患者随机分为中药组和西药组,每组30例。另选健康者10例作为健康对照组。中药组采用加味交泰丸治疗,西药组采用地衣芽孢杆菌治疗。采用IBS严重程度评分系统(irritable bowel syndrome-severity scoring system, IBS-SSS)评估两组患者临床疗效,采用16S rRNA基因测序法检测肠道菌群。结果 两组患者治疗前IBS-SSS评分比较,差异无统计学意义(P>0.05);治疗4周后,两组患者的IBS-SSS评分均较治疗前显著下降(P<0.05),且中药组评分降低程度更显著(P<0.05)。与健康对照组比较,IBS-D患者的肠道菌群α多样性显著降低(P<0.05),β多样性也有显著差异(P<0.05),但中药及西药治疗对肠道菌群的多样性无显著影响;在属水平上,加味交泰丸治疗显著增加了优势菌Eubacterium＿eligens＿g...     

降解生物检材DNA分析研究新进展

在法医检案过程中,如何从降解生物检材中获得正确的DNA分型是法医学界的一个难题.本文对降解生物检材DNA分析研究取得的新进展进行综述,从检案的各个环节出发对近年来提高DNA分型成功率的方法和技术进行了详细介绍,例如新型遗传标记的开发和二代测序技术的应用等.希望为降解检材的分析提供新的思考和方法.     

番鸭细小病毒MDPV YZ株VP2和VP3蛋白基因的克隆和序列测定

根据国外已发表的番鸭细小病毒(MDPV)FM株基因组核苷酸序列设计了1对引物,应用PCR技术扩增了MDPV YZ株的VP2和VP3蛋白基因片段.将扩增后的VP2和VP3蛋白基因克隆到pCR 3.1 T载体上,MDPV YZ株基因大小为1764 bp,编码528个氨基酸,并对插入片段进行序列测定.测定结果表明,我国分离的MDPV YZ株蛋白基因序列与国外发表的序列的同源性为98.5%.     

1对同卵双生新生儿DNA甲基化谱差异分析

目的 探索1对同卵双生新生儿之间DNA甲基化谱的差异.方法 应用甲基化免疫共沉淀结合高通量测序法对1对同卵双生新生儿的DNA甲基化谱进行检测,分析基因组DNA甲基化特点及其之间的差异,筛选适用于法医学分析的甲基化位点.结果 两样本各获得7300万原始测序序列(raw reads)数据,与人类基因组参考序列比对,各得到4800万和5000万唯一比对reads,其中大部分分布在重复区域,且在Alu序列分布最为广泛.两样本DNA甲基化富集区域(peak)各检测到257 362条和197 272条,基因组覆盖率分别为6.53％和5.29％,分布在基因组不同区域,以中间内含子区含量最多.分析两样本甲基化差异区域得到2205条差异的甲基化序列,其中595条位于基因区域,1610条位于基因间区,从中筛选出113条序列,用于进一步深入研究其法医学应用价值.结论 本研究初步证实了DNA甲基化用于同卵双生子鉴定的可行性,为筛选同卵双生子DNA甲基化差异位点提供了基础数据.     

基于高通量测序进行无创产前亲子鉴定的可行性

目的初步探讨基于高通量测序进行STR分型的技术方法应用于无创产前亲子鉴定的可行性。方法选择13个STR基因座(6个常染色体STR基因座,6个Y染色体STR基因座,1个性别判定基因座),进行复合PCR扩增和高通量测序文库构建后,采用Ion PGM400高通量测序平台进行测序,并采用自主研发软件NGS-STR genotyper(perl脚本)进行STR分型,本文简称上述过程为NGS-STR分型。对13个母子配对混合样本(母亲:儿子=2%~50%)、1组家系样本进行了上述NGS-STR分型,旨在(1)了解其在混合样本中的灵敏度及分型情况;(2)了解其在无创产前亲子鉴定中的应用可能性。结果 (1)当混合样本中低组分(儿子)的比例超过8%,所有基因座均可检出低组分的STR信息;(2)对1例血浆样本进行NGS-STR分型,共计69.2%的基因座可检出胎儿的STR基因型信息,且所有检出基因座均符合孟德尔遗传规律。结论初步证明了NGS-STR分型技术具有进行无创产前亲子鉴定的可行性。     

试论我国专利产品平行进口的立法规制

各国对国际贸易中专利产品平行进口的法律规定分歧较大,我国专利法对此无明确规定。从经济与法律两个层面分析,允许平行进口短期内有益于进口国的消费者;长远地看,会对发展中国家吸引外资和专利技术产生不利的影响。我国专利法以禁止专利产品的平行进口为原则,同时规定专利产品合法地平行进口所适用的情形。     

鸡肾型传染性支气管炎病毒的分离及其N基因片段的克隆和测序

通过形态学观察、动物回归试验、鸡胚接种试验、病毒干扰试验以及血凝试验分离鉴定了1株肾型鸡传染性支气管炎病毒(IBV)。在透射电子显微镜下,病毒粒子多呈球形,直径为80~120 nm,有囊膜,表面有冠状突起。鸡胚连续盲传至第 1~2 代,开始出现死亡或出现侏儒胚;分离株可显著干扰NDV在鸡胚中的增殖;病毒尿囊液无凝血活性,但经5 g/L胰蛋白酶处理后,能够凝集10 mL/L的鸡红细胞。利用RT PCR技术对分离株的N基因进行了扩增,经克隆、序列测定和分析比较,证实分离株为肾型IBV,命名为AH3 04株。