人工感染猪繁殖与呼吸综合征病毒猪脑组织的转录组学分析

运用Illumina高通量测序技术对感染猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的猪脑组织进行RNA-Seq测序,试图分析感染PRRSV的猪脑组织中炎症相关基因以及炎症信号通路的作用.结果 显示,PRRSV进入脑组织引起...     

VWA基因座在一个三代家系发生的两次突变

目的探讨短串联重复序列遗传变异的方式。方法用Identifiler^TM试剂盒和DNATyper15^TM试剂盒进行检测,用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳法对VWA基因座突变家系中3代父、母、子的DNA样本进行STR基因分型,将需测序的等位基因条带从凝胶上切下,再进行PCR扩增,产物经纯化后进行测序。结果此3代家系中Ⅱ-7、Ⅲ-8发生等位基因变异表现为一个重复单位的增加或减少。其中Ⅱ-7的一条发生突变的等位基因具体来源可知,Ⅲ-8的一条突变等位基因无法确定。结论本文中VWA基因座等位基因突变主要表现为一个重复单位的增加,没有碱基的插入或缺失,突变主要来自父亲,突变等位基因无TCTA（TCTG）3（TCTA）n、TCTA（TCTG）5-6（TCTA）n突变类型,均为TCTA（TCTG）4（TCTA）n型突变。     

新型测序技术——焦磷酸测序及其在法医中的应用

疑难生物检材的检验及大量样本的快速检出一直是法医工作中的难点。焦磷酸测序技术是近几年兴起的一种高通量测序技术,它具有快速、简单、准确、灵敏度高和费用低等特点。本文对它的原理、步骤、优缺点及疑难检材、种属性别鉴定、线粒体及甲基化检测和微生物法医学等领域的应用作简要介绍,供同仁参考。     

基于二代测序平台的261plex微单倍型检测体系的研究

目的 建立基于二代测序平台的261plex微单倍型检测体系,进行遗传学调查和法医物证检验,评价该体系的法医学应用价值。方法 以人类基因组GRCh38为参考序列,使用dbSNP数据库以千人基因组计划中东亚人群为目标人群,等位基因频率介于0.1～0.5之间筛选SNP位点,使用Ion AmpliSeq Designer设计引物。调查山东汉族200名无关个体的261plex遗传多态性,并对该体系进行性能评价。结果 本文建立的261plex微单倍型检测体系片段短、灵敏度高、稳定性好、特异性强、个体识别率高、混合及降解检材适用性好。结论 该检测体系在法医个体识别和亲权鉴定,特别是混合及降解检材检验方面有很高的应用价值。     

二代测序在始祖推断中的应用1例

<正>1案例1.1简要案情我市某辖区城中村拆迁区发生一起非正常死亡事件,死者为女性,尸体高度腐败,尸表呈黑色。事发地位于大学城附近,常有黑人留学生在附近活动,技术人员无法排除死者为黑人女性的可能性。为确定死者身源,办案人员采集死者生物样品及一名相关排查人员血样（博茨瓦纳籍黑人男性）送至实验室备检。     

基于埋葬大鼠的骨骼微生物群落演替规律推断死亡时间

目的 基于大鼠模型研究埋葬尸体骨骼微生物的群落演替规律,并以此推断死亡时间（PMI）,为埋尸案件的死亡时间推断提供参考。方法 将20只大鼠埋葬于深度20 cm的土壤中,分别于5个时间点（7 d、14 d、30 d、45 d、60 d）采集上肢肱骨及下肢股骨,对细菌16S rRNA基因测序及数据分析,利用机器学习算法构建预测死亡时间的随机森林模型。结果 埋葬大鼠在60 d的分解过程中,上肢肱骨和下肢股骨微生物群落无显著差异,不同时间点微生物群落差异显著。在尸体腐败进程中,骨骼厚壁菌门、拟杆菌门相对丰度总体呈现上升趋势,变形菌门、放线菌门呈现下降趋势。利用随机森林算法筛选出与PMI相关的89个OTU作为标记物并进行预测模型的构建,其R2值可达86.32%,平均绝对误差（MAE）为2.11±1.81 d。结论 本实验基于埋葬大鼠模型所建立的骨骼微生物的死亡时间推断模型具有较好的准确性,可为埋葬案件的死亡时间推断提供参考。     

线粒体二代全测序在陈旧检材亲缘鉴定中应用1例

<正>1案例资料1.1简要案情张某拟重修母亲坟墓,因墓穴混淆,无法辨认生母尸骨,需鉴定张某与尸骨是否存在母子关系。1.2检验方法对可疑张某母坟中取出的磨牙与张某血滤纸的DNA进行提取、扩增和电泳,其过程由不同人员,不同实验室进行操作。磨牙DNA的模板制备根据张付瑶等方法[1],DNA的定量使用Qubit?ds DNA荧光试剂盒,Qubit?2.0进行定量。牙齿降解指数采     

二代测序技术在法医遗传学中的应用研究进展(2011～2016)

对生物检材进行DNA分型是解决法医遗传学实践中个体识别和亲权鉴定问题的重要步骤,法医学实践中复杂生物检材和复杂亲缘关系鉴定等一直是现有的检测分析技术的难点和挑战。随着DNA技术的发展,新的检测分析技术不断引入到法医遗传学领域,以期提高检测效能。二代测序技术具有测序通量高、成本低等特点,能够获得样本DNA详细序列和相对含量等信息,有助于生物检材的检测和案件的分析。二代测序技术在法医遗传学领域的应用受到广泛关注,相关的应用研究逐渐增多。本文就目前法医遗传学领域借助二代测序技术对遗传标记分析的研究进展进行总结,希望能为相关研究和应用提供参考。     

运用二代测序技术拆分混合STR分型

目的探讨二代测序技术在混合STR分型拆分中的应用。方法对一例强制猥亵妇女案中受害人颈部的拭子和血样作DNA提取,以Precision ID GlobalFiler^TM NGS STR Panel v2试剂盒制备文库,经Ion S5测序仪测序,运用Torrent_Suite_v5.2.1软件进行数据分析后,将检测基因座的序列多态STR分型与长度多态STR分型进行比较。结果在D8S1179、D21S11、D2S441、D2S1338、D10S1248五个基因座发现存在序列特异的等位基因亚型,利用这些亚型对混合STR分型进行了成功拆分。结论二代测序技术提供的等位基因序列信息可对混合STR分型的拆分起到帮助作用。     

进博会上大明星 基因测序创新的一次重大飞跃

基因测序作为人类探索生命密码的手段之一,对生命科学、医学等领域的发展起到巨大推动作用。第五届进博会,因美纳带着重磅新品NovaSeqTMX Plus高通量测序仪在进博舞台“全球首展”“亚洲首秀”,这款产品每年可以测序超过20000个人类标准全基因组,其测序通量是上一代测序仪的2.5倍,将极大地加速基因组学发现和临床洞察,增进人类对疾病的了解,最终改善患者的生活。